2022-04-01
轉錄(lu)組云分析，又稱云平臺，是我們在2020年推出的一款(kuan)線上分析平臺。該產品經推出后憑借(jie)其“圖表豐富、交互炫酷以及(ji)可(ke)以自(zi)由的刪減樣品、調(diao)整(zheng)分組”等優勢，獲得了(le)學術各界的一致好(hao)評。
而在近期，為了(le)方便(bian)各位老師可以更簡單快捷(jie)的實現分析目的，派森諾生物重(zhong)磅推出(chu)了(le)“小(xiao)白”式(shi)一(yi)(yi)鍵分析功能。下(xia)面就給大家介(jie)紹(shao)下(xia)一(yi)(yi)鍵分析的使用方式(shi)以及其獨特之處。
首先讓我們看一下一鍵分析的主(zhu)界面： 主界面大體(ti)分為了三部(bu)分： 分析內容：在(zai)此可以選擇(ze)想要分(fen)析(xi)的主要內容，表達(da)分(fen)析(xi)、差異(yi)分(fen)析(xi)、富集分(fen)析(xi)等轉錄組常用(yong)的所有重點(dian)分(fen)析(xi)內容都可以選擇(ze)，想分(fen)析(xi)哪一項只需在(zai)前(qian)面方框打“√”即可。 樣品分組：增加分(fen)析樣(yang)本(ben)、剔除(chu)離群樣(yang)本(ben)、改(gai)變樣(yang)本(ben)分(fen)組(zu)等內容都可以在此(ci)處進(jin)行調整。我們后續對(dui)此(ci)處內容做重要解讀(du)。 分析參數：分(fen)為分(fen)析方(fang)法、顯著性(xing)檢驗、顯著性(xing)水平以及差異倍數四部(bu)分(fen)。 分(fen)析方法分(fen)為DESeq、DESeq2和(he)edgeR三部分(fen)。其中DESeq2必須有生物學(xue)重復才(cai)可以使用，標準分(fen)析中默(mo)認(ren)使用DESeq進行分(fen)析。 顯著性(xing)檢驗和(he)顯著性(xing)水平即是我們常說的(de)P值。此處可(ke)(ke)選擇Pvalue和(he)Padjust兩部分，一般統(tong)計學中要求Pvalue小于0.05即可(ke)(ke)，若差(cha)異基因過多或者(zhe)想篩(shai)選條件更嚴格一些也可(ke)(ke)選擇Padjust小于0.05。 差(cha)(cha)異(yi)(yi)倍數是我們計(ji)算(suan)差(cha)(cha)異(yi)(yi)顯著性所選定的一個閾值(zhi)，若您的差(cha)(cha)異(yi)(yi)基因過多(duo)或(huo)過少，在滿(man)足P小于0.05的條件(jian)下可對該值(zhi)進(jin)行調整（標(biao)準(zhun)分析默認差(cha)(cha)異(yi)(yi)倍數為2倍）。 分析內(nei)容和(he)分析參數比較一(yi)目了然(ran)，大(da)家應(ying)該也都能理(li)解怎么選擇和(he)設(she)置。接下(xia)(xia)來我們重點講一(yi)下(xia)(xia)樣品(pin)分組如何設(she)置： 第一步： 點擊新建分組方案（下圖左），就進入了分組設置主界面（下圖右）。 重新設置分(fen)組。 在該步(bu)驟中(zhong)相當于我們(men)把所(suo)有的樣本(ben)都(dou)打亂(luan)了(le)，每個(ge)樣本(ben)都(dou)成了(le)一個(ge)最基本(ben)的單元。大家可以將其理解為重新填(tian)分組表的過程(cheng)，所(suo)以我們(men)才可以實現增刪樣本(ben)以及(ji)調(diao)整分組等一系列操作。 我們(men)以(yi)云平臺示例項(xiang)目為(wei)例，該(gai)項(xiang)目默認分為(wei)A（A1、A2、A3）、B（B1、B2、B3）、C（C1、C2、C3）三組(zu)。為(wei)了一次性達到調整(zheng)分組(zu)和(he)增刪樣本的目的，我們(men)對該(gai)項(xiang)目9個(ge)樣本重(zhong)新做以(yi)下定義： D組= A1、A2、A3 E組= C1、C2、C3 F組= B1、B2（剔除樣本B3） 接下來進入具體操作界(jie)面： 1）編(bian)輯分組方案名稱(cheng)（命名為(wei)NEW）。基于分組調(diao)整(zheng)指的(de)是在之前已經分析過的(de)分組基礎上(shang)進行調(diao)整(zheng)。 2）添加分組名稱。此處注(zhu)意(yi)，編輯完組名之后一定要點“+”號，否則無法進入分組池進行樣本分配。 3）單擊樣(yang)品(pin)池樣(yang)品(pin)名稱進(jin)行樣(yang)品(pin)分配。若樣(yang)品(pin)比較多也(ye)可以在樣(yang)品(pin)池上方進(jin)行搜索。 三個分(fen)組(zu)重復以上步驟： 此刻只剩下孤零(ling)零(ling)的一個B3樣本(ben)還在樣品(pin)池沒有被選中，它也是本(ben)次(ci)分析(xi)中需要被剔除的樣本(ben)，所以我們(men)可以忽略它的心情，設置完(wan)點擊確定(ding)就好。 細心的(de)老師可能就發現問題了(le)(le)，既然是填(tian)寫分組(zu)表，那么為什(shen)么沒(mei)有(you)填(tian)寫兩兩比較組(zu)呢？這就來到了(le)(le)我(wo)們(men)的(de)第三步(bu)。 第三步： 創(chuang)建比較方(fang)案。 重新(xin)點擊新(xin)建分組方(fang)案（下圖左(zuo)），就(jiu)進入到了創(chuang)建比較方(fang)案主界面(mian)（下圖右）。 1）首先我(wo)們也需(xu)要給比較方(fang)案(an)進行命名(ming)(ming)。也可(ke)以和分組方(fang)案(an)名(ming)(ming)稱相(xiang)同，此處為了加(jia)以區分，我(wo)們命名(ming)(ming)為NEW1。 2）基于方案調(diao)整(zheng)。此(ci)處和上方分(fen)組(zu)方案差不(bu)多，如果之前(qian)有調(diao)整(zheng)過比較組(zu)，也(ye)可以在(zai)之前(qian)的基礎上重新進行調(diao)整(zheng)。 3）比較組(zu)設(she)(she)置(zhi)(zhi)。選定對(dui)照(zhao)組(zu)D，處理(li)組(zu)E，然后點擊“+”號(hao)，就(jiu)完(wan)(wan)成了一個D vs E比較組(zu)的(de)(de)設(she)(she)置(zhi)(zhi)。同理(li)再進行(xing)D vs F比較組(zu)的(de)(de)設(she)(she)置(zhi)(zhi)，全部設(she)(she)置(zhi)(zhi)完(wan)(wan)成后點擊右下角確認。 注：此處一定不要忘(wang)記(ji)點擊“+”號，很多(duo)老師都是在這里忘(wang)記(ji)點擊導致(zhi)后續(xu)分析無法進行。 此(ci)時，所有的分(fen)析都設置完了，來到了我們(men)激動人心(xin)的時刻。將左(zuo)側分(fen)析內容全部勾選，分(fen)析參數按需調整(zheng)，然后點擊“提交分(fen)析”。 我們就會得到一個分析記錄號，剛提交的時候，一鍵分析的狀態還是“等待中”。稍微片刻，分析狀態就會變為“完成”，并生成對應的記錄編號。 每一個記錄編號(hao)，都是一個超鏈(lian)接(jie)(jie)，我們以(yi)聚(ju)(ju)類(lei)分析為例，點擊超鏈(lian)接(jie)(jie)就可(ke)以(yi)進入對(dui)應的(de)分析結果界面。因為我們剔除掉了B3樣(yang)本(ben)，所(suo)以(yi)此時(shi)聚(ju)(ju)類(lei)熱圖的(de)樣(yang)品數(shu)也變為了8個。 好了，至此我們“一(yi)鍵分析”就介(jie)紹(shao)完了，是(shi)不是(shi)很簡單。雖(sui)然操作簡單，但是(shi)其實用(yong)性卻是(shi)當之(zhi)無愧的名列前茅(mao)，轉錄組經常用(yong)到的表達、差異和富集等重點分析內容(rong)都被收錄在內，功能之(zhi)強大可(ke)謂是(shi)一(yi)點都不簡單。 一(yi)言以蔽之，“一(yi)鍵分析”真是“簡單又不簡單”！
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