2022-05-07
一．軟件介紹
10X genomics 公司不僅(jin)為單細(xi)胞轉錄組(zu)數據分析提供了(le)(le)配套的(de) cell Ranger 軟件(jian)，同時也提供了(le)(le)專門的(de)分析結果查看(kan)軟件(jian)-Loupe Cell Browser，該軟件(jian)是一個(ge)圖形界(jie)面(mian)的(de)軟件(jian)，操作(zuo)非常的(de)方(fang)便，支持(chi) windows 和 mac 兩(liang)種操作(zuo)系統，下(xia)載地址如下(xia)：//support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/downloads/latest 二、操作指南 安裝好之后，雙擊啟動(dong)，界面如下： 在(zai)收到(dao)的單細(xi)胞測(ce)序結(jie)果文(wen)件夾中找(zhao)到(dao)后(hou)綴(zhui)名為 cloupe 文(wen)件，通過左上角 File->Open File，或者(zhe)箭(jian)頭所指(zhi)直(zhi)接(jie)打開，導(dao)入后(hou)綴(zhui)名 cloupe 的文(wen)件，導(dao)入成功(gong)后(hou)的頁面如下： 圖(tu)片默認展示(shi)的(de)(de)(de)是 t-SNE 降維后的(de)(de)(de) 2D-plot，細胞的(de)(de)(de)顏(yan)色(se)(se)根據 Graph-Based 聚(ju)類(lei)結果進行(xing)填充，對(dui)于(yu)聚(ju)類(lei)得到的(de)(de)(de) cluster，可以通(tong)過(guo)對(dui)應(ying)的(de)(de)(de)顏(yan)色(se)(se)框(kuang)（右擊選擇(ze) Edit color 或 Edit name）來調節是否(fou)在圖(tu)中顯(xian)示(shi)以及顯(xian)示(shi)的(de)(de)(de)顏(yan)色(se)(se)。通(tong)過(guo)選擇(ze) Graph-Based 右側的(de)(de)(de)三角形下(xia)拉按鈕可以查看其他(ta)聚(ju)類(lei)的(de)(de)(de)結果，比如 K-means 聚(ju)類(lei)的(de)(de)(de)結果(下(xia)圖(tu))。 我們(men)也可(ke)以(yi)點(dian)擊(ji)右側 Export可(ke)以(yi)導出每個(ge)細胞對應的 cluster 信息(xi)的 csv 格(ge)式文件(jian)。接下來我們(men)把視線轉移到中下方(fang)的表格(ge)，它顯示(shi)的是feature table, 即(ji)每個(ge)cluster下顯著差異的基因列表，示(shi)意如下： 同(tong)時也可以點(dian)擊(ji)上圖(tu)紅色標出的部分(fen)進行選(xuan)擇和導出差異結果，默認導出 top50 的 genes，可按照(zhao)實(shi)際需要進行選(xuan)擇。 在確定(ding)我們(men)感興趣的差(cha)異基(ji)因后，我們(men)可以基(ji)于結果(guo)繪制每個 cluster 的 top marker 的 heatmap 圖，通過點擊下圖紅(hong)框標出的部分進行熱圖的展示(shi)（左側(ce)紅(hong)框標出的按鈕）和導(dao)出完成熱圖（右(you)側(ce)紅(hong)框標出的按鈕）。 以上這些就(jiu)是該軟(ruan)件(jian)(jian)的基本功能(neng)，相比網頁的顯示結果，該軟(ruan)件(jian)(jian)交互式(shi)更(geng)強，可以更(geng)加方(fang)便的探究數據，具(ju)體(ti)每個按(an)鈕的功能(neng)注釋詳見下圖。 本次Loupe Browser的(de)基礎(chu)使(shi)用(yong)說明就分享(xiang)完了，后(hou)續我們會進一(yi)步分享(xiang)復雜(za)一(yi)點的(de)使(shi)用(yong)教程，比如(ru)如(ru)何(he)識別細胞類型，請持續關注我們哦，這款高(gao)度個(ge)性化且方便的(de)軟件，大(da)家(jia)先速速用(yong)起來吧~
