2022-07-29
物種關系(xi)Circos圖，在(zai)微生(sheng)物群落(luo)研究(jiu)中(zhong)可用于展示物種-樣本豐度關聯關系(xi)。該(gai)圖由柱狀(zhuang)圖+和弦圖組(zu)合而成，它能夠很直(zhi)觀地反映出(chu)各物種在(zai)樣品/分組(zu)中(zhong)的豐度，以及各個樣品/分組(zu)中(zhong)所(suo)含物種的豐度信息。
一、圖形解讀
第一圈(quan)：ASV/OTU物(wu)種注釋信息中某一(yi)個分(fen)類水平、各樣(yang)(yang)品(pin)或樣(yang)(yang)品(pin)分(fen)組信息；
第(di)二(er)圈：ASV/OTU在樣品中相(xiang)對(dui)豐度的(de)百分比信(xin)息(xi)；
第三圈：ASV/OTU與樣品主區(qu)(qu)塊，以不同顏(yan)色進(jin)行區(qu)(qu)分，區(qu)(qu)塊外的(de)刻(ke)度(du)為ASV/OTU的(de)絕對豐度(du)信息(xi)；
第(di)四(si)圈：ASV/OTU及樣(yang)品副區塊(kuai)，與主區塊(kuai)（第(di)三圈）對(dui)應，展示了(le)ASV/OTU在各樣(yang)品中(zhong)的豐(feng)度，以及各樣(yang)品所含每種(zhong)ASV/OTU的豐(feng)度信(xin)息；
第五圈(quan)：展示ASV/OTU、樣(yang)品關聯(lian)信息的連(lian)線(xian)，與ASV/OTU及樣(yang)品副區塊（第(di)四圈(quan)）相對應(ying)。
二、數據準備和格式說明
2.1 數據(ju)格式(shi)
上傳文件至少三(san)列，第一列為ASV或OTU的ID，最后一列為該ASV或OTU的物種注釋信息，其間各列為這些ASV或OTU在樣本中的序列豐度。
可選擇是否需要(yao)上(shang)傳分(fen)(fen)組(zu)文件，有分(fen)(fen)組(zu)文件時，則展示物種在每個(ge)分(fen)(fen)組(zu)間的豐度信息。分(fen)(fen)組(zu)文件第一(yi)列為(wei)樣(yang)品名(ming)稱，第二(er)列為(wei)分(fen)(fen)組(zu)名(ming)稱，第一(yi)列樣(yang)品名(ming)稱需要(yao)和上(shang)傳文件中一(yi)致。
2.2 數據獲(huo)取
項(xiang)目用戶可以進入微生物多樣性組成(cheng)譜分(fen)析(xi)頁面，在(zai)【 序列處理分(fen)析(xi) → ASV/OTU表抽平 】點(dian)擊下載豐(feng)度信息表文(wen)件后，用excel篩選需要的數據另存(cun)為制(zhi)表符(fu)分(fen)隔文(wen)本文(wen)件即(ji)可。
三、圖形功能介紹
3.1 調整物種和(he)樣本的(de)顏色
分別對物(wu)(wu)種(zhong)和樣本進行顏色的調整，左邊(bian)為(wei)物(wu)(wu)種(zhong)，右邊(bian)為(wei)樣本。
3.2 調整物種-樣本(ben)的間距(ju)
我們提供了公式：間(jian)距 ≤ 360°/（物(wu)種數目(mu)+樣品(pin) or 分組數目(mu)）用于(yu)計算(suan)物(wu)種-樣本的最(zui)大(da)間(jian)距，可在最(zui)大(da)間(jian)距范圍內，調整出最(zui)合適的呈圖效果。
3.3 調整物(wu)種(zhong)和樣本(ben)的連線樣式(shi)
調整連(lian)線的方向為：
● 物種-樣本（從物種出發，向各個樣(yang)本(ben)分(fen)散(san)）；
● 樣本-物種（從樣本出發，向各個物種分(fen)散(san)）；
● 雙方向（物(wu)種到(dao)樣本，樣本到(dao)物(wu)種）；
● 無方向(xiang)。
以及設置連線的樣式為色塊(kuai)或者箭(jian)頭(tou)。
四、數據設置
可調整需要展示的豐度數目（相對(dui)豐(feng)度最(zui)高的n個物種），分類水平以及相對豐度排名計算方式。
五、其他設置
可分別顯示，絕對豐度標簽（即內圈數值刻度）和相對豐度%標簽（即物種內樣本組成百分比），以及外圈標簽。
