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快來解鎖韋恩圖/upset圖使用場景

2022-11-23

在生物信息學研(yan)究領域中，韋恩圖、花(hua)瓣圖和upset圖都可以用(yong)來觀察所有樣本(ben)（組(zu)）間的共有信息(xi)以及每個(ge)樣本(ben)（組(zu)）獨有的信息(xi)。但(dan)是它們使用(yong)的場景不同，韋恩圖適合組別較少的數據，當組別大于5時(shi)，韋(wei)恩圖呈現的繪圖效果復雜且不美(mei)觀，此時花瓣圖/upset圖是個非(fei)常不錯的選擇，下面就一起看(kan)看(kan)如(ru)何使用(yong)花瓣圖/韋恩圖/upset圖吧~


一、韋恩圖 / upset圖 / 花瓣圖介紹

1.1 韋恩圖

韋恩(en)圖是一種用于顯示集合重疊區域的關系圖表，通過圖形之間的重疊來反映數據集之間的相交關系。主要用于展示 2-5 個分組。

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1.2 upset圖

upset圖 展示多個集合之間的共有或特有元素，主要用于展示 3-7 組（目前設置最大的是7組）。

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1.3 花瓣(ban)圖(tu)

花瓣(ban)圖主要用于展示各個樣品獨有以及共有的元素個數分布情況，主要用于展示6個以上(shang)分組。

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二、在微生物多樣性分析中的應用

2.1 進入繪圖(tu)界面(mian)

若(ruo)是基因(yin)云項目用(yong)戶，可以通過項目中心相應項目編(bian)號，進入微生物群落多樣性組(zu)成譜(pu)分析系(xi)統頁(ye)面(mian)，找(zhao)到【 物(wu)種(zhong)(zhong)差(cha)異與標志物(wu)種(zhong)(zhong)分析 → ASV/OTU韋恩圖 】這一(yi)章節，進行繪(hui)圖(tu)使用。

若是非基因(yin)云項目用戶(hu)，可以在首頁云分(fen)析模塊，通過點(dian)擊【立(li)即體(ti)(ti)驗(yan)】按鈕(niu)進(jin)入相應章節繪圖界面(mian)，體(ti)(ti)驗(yan)試用哦。

2.2 調整參數

  • 圖表調整提供花瓣寬度以及中心透明度等調整參數。

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  • 切換不同圖表類型為經典韋恩圖、齒輪韋恩圖和花瓣(ban)圖。

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三、在轉錄組分析中的應用

3.1 進入繪圖頁(ye)面


若是基因云項目用戶，可以通過項目中心相應項目編號，進入真核有參轉錄組分析系統頁面，找到【 表達差異分析  → 差異基(ji)因韋恩圖(tu) 】這一章節，進行繪圖使用。

若是(shi)非基(ji)因(yin)云項目用戶(hu)，可以在首頁云分析模塊，通(tong)過點擊【立即體驗】按鈕進入相應章節繪圖界面，體驗試用哦(e)。


3.2 圖表切換


可切換花瓣圖、韋恩(en)圖和upset圖。

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3.3 upset圖解(jie)


下圖以(yi)各比較組(zu)之間基因差異表達情況為例，upset圖詳細展示(shi)了兩(liang)(liang)兩(liang)(liang)比較組(zu)間獨有(you)的及共有(you)的差異基因數目。

三個比較(jiao)組：A_vs_B、A_vsC、B_vs_C；

左邊(bian)柱(zhu)子：展示了3個比較組(zu)各自的差異基(ji)因(yin)數目；

上(shang)邊柱子：需結合右下方交(jiao)集點圖查看。以第一根(gen)柱子(zi)(zi)為例，展示(shi)了(le)A_vs_C和B_vs_C兩個比(bi)較組(zu)之間共有的差(cha)(cha)異基因數目(mu)；以第二根(gen)柱子(zi)(zi)為例，展示(shi)了(le)A_vs_C獨有的差(cha)(cha)異基因數目(mu)。

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