2022-12-27
時光荏苒，歲月如歌。
時間仿若白駒過隙一般，不(bu)知不(bu)覺已來到了2022年的年末。
回首2022，我們經歷(li)了不同尋常的一年(nian)。這一年(nian)雖有幾多坎坷和泥濘，但心中留存更多的卻是收獲與不舍。
說起收獲，作為氣派一家人最有話語權。今年派森諾合作發表的文章不管是數量還是質量都屢創新高，在各大期刊嶄露頭角。今天小派就從多組學入手，來為大家整理一些2022年經典高分多組學項目文章。動物、植物、真菌和細菌應有盡有，涵蓋農學、醫學各個方面，速速來學習一下吧。
PART 01 轉錄組+蛋白組
通過(guo)不同的(de)(de)轉(zhuan)錄組項(xiang)目類(lei)(lei)型可以得(de)到不同RNA種類(lei)(lei)表達(da)譜的(de)(de)集合，但是(shi)轉(zhuan)錄水(shui)平(ping)的(de)(de)調(diao)(diao)控(kong)(kong)關系是(shi)否(fou)意味(wei)著蛋(dan)白水(shui)平(ping)也有類(lei)(lei)似(si)的(de)(de)調(diao)(diao)控(kong)(kong)關系呢？答(da)案(an)是(shi)否(fou)定的(de)(de)，因為轉(zhuan)錄后(hou)調(diao)(diao)控(kong)(kong)、蛋(dan)白修飾等等原因的(de)(de)存(cun)在都會對蛋(dan)白的(de)(de)實際表達(da)產生一定影響。所以我(wo)們需要將(jiang)轉(zhuan)錄組和蛋(dan)白組結合來看(kan)，方能(neng)窺(kui)探(tan)到基因到RNA再到蛋(dan)白的(de)(de)整個(ge)真實調(diao)(diao)控(kong)(kong)網絡。 大麗輪枝菌（Verticillium dahliae）是一種土壤傳播的植物病原真菌，可導致許多作物萎蔫壞死，造成重大經濟損失。當受到壓力或沒有合適的宿主時，這種真菌會產生黑色素化的微菌核，并在土壤中存活20年，直到條件適合感染，這對大麗輪枝菌的生存與繁殖至關重要。在不利的環境條件下，大麗輪枝菌的分泌蛋白VdASP F2的缺失會顯著影響微菌核的形成。然而，VdASP F2在微菌核形成中的潛在機制尚不清楚。 發表期刊：Microbial Biotechnology 影響因子：6.575 香菇(Lentinula edodes)具有很高的營養價值和經濟價值，其產量占世界蘑菇產量的五分之一以上。香菇的生長過程是從菌絲結生長到菌絲形成棕色膜、原基和子實體發育。其中，棕褐色菌膜的形成，是香菇生長周期中一個獨特的階段。褐膜的厚度和深度影響著原基的發育和子實體的品質，因此，褐膜的質量決定著香菇能否成功栽培。 發表期刊：mSystems 影響因子：7.324
PART 02 轉錄組+代謝組
代(dai)謝(xie)組(zu)(zu)是最下游(you)的組(zu)(zu)學(xue)，也是和(he)表型最緊密相(xiang)關的組(zu)(zu)學(xue)。轉錄組(zu)(zu)和(he)代(dai)謝(xie)組(zu)(zu)的聯合分析，可(ke)以(yi)了解到(dao)基因表達差(cha)異(yi)和(he)最下游(you)組(zu)(zu)學(xue)之(zhi)間的直(zhi)接變化關系，據(ju)此(ci)還可(ke)和(he)表型數據(ju)直(zhi)接關聯，闡述三者(zhe)之(zhi)間的調控機制。 細菌(jun)性陰(yin)道炎(Bacterial vaginosis, BV)是世(shi)界上比較常見的(de)(de)女性陰(yin)道感染疾病(bing)(bing)，發病(bing)(bing)率高達29%，防(fang)治(zhi)該(gai)病(bing)(bing)的(de)(de)費用(yong)全球每年(nian)(nian)約50億美元。其(qi)發病(bing)(bing)機制是陰(yin)道菌(jun)群失調，乳(ru)酸桿(gan)菌(jun)減少而導致其(qi)他病(bing)(bing)原體如(ru)加德納菌(jun)(G. vaginalis)等的(de)(de)大量繁殖(zhi)。臨(lin)床常用(yong)治(zhi)療藥物(wu)是口服或局部(bu)使用(yong)抗(kang)(kang)生素(su)如(ru)甲(jia)硝唑，但是超過半數(shu)的(de)(de)患者都(dou)會(hui)在一年(nian)(nian)內再次復發。為了解決上述問題，急需開發不同(tong)于傳統抗(kang)(kang)生素(su)作用(yong)機制的(de)(de)抗(kang)(kang)菌(jun)藥物(wu)。 期刊：Advanced Science 影響因子：17.521 炎(yan)癥(zheng)性(xing)腸(chang)病(bing)(IBD)與結(jie)腸(chang)慢性(xing)炎(yan)癥(zheng)有(you)(you)關(guan)(guan)， IBD的(de)發病(bing)機(ji)(ji)制復雜，與遺傳易感性(xing)、微生物失(shi)調和環境(jing)因(yin)素有(you)(you)關(guan)(guan)。盡管其病(bing)因(yin)尚不清楚，但腸(chang)道屏障的(de)破壞和持續的(de)炎(yan)癥(zheng)已被證實是重(zhong)要的(de)原因(yin)。持續的(de)炎(yan)癥(zheng)可通(tong)過(guo)脂(zhi)質代謝(xie)失(shi)調而(er)加重(zhong)腸(chang)道損傷(shang)。然而(er)，脂(zhi)質代謝(xie)異常與炎(yan)癥(zheng)性(xing)腸(chang)病(bing)發病(bing)機(ji)(ji)制的(de)相(xiang)關(guan)(guan)性(xing)仍有(you)(you)待進一步研究(jiu)。 期刊：Journal of Agricultural and Food Chemistry 影響因子：5.895 土(tu)壤重金(jin)屬(shu)污(wu)染(ran)已(yi)成為世界性(xing)的環境問題。在(zai)所有重金(jin)屬(shu)中，Cd因(yin)其強溶解(jie)性(xing)、流動性(xing)和(he)毒性(xing)被(bei)(bei)廣泛研究。Cd 在(zai)植(zhi)(zhi)物(wu)組織中很容易被(bei)(bei)吸收(shou)、運輸和(he)積累。因(yin)其無法被(bei)(bei)生物(wu)降解(jie)，在(zai)植(zhi)(zhi)物(wu)中會長期(qi)存在(zai)。而且由于食物(wu)鏈污(wu)染(ran)，對人(ren)類和(he)動物(wu)健康(kang)也會構成潛在(zai)威脅。因(yin)此，對重金(jin)屬(shu)污(wu)染(ran)（尤其是Cd）土(tu)壤進(jin)行修復治(zhi)理勢在(zai)必行。 期刊：Journal of Hazardous Materials 影響因子：14.244 草菇(Volvariella volvacea)又稱蘭花菇，味道鮮美，營養豐富，脂質含量低。低溫貯藏是大多數食用菌保存和運輸的常規方法。然而，在傳統的保存溫度(4℃)下，草菇會變軟、液化，甚至腐爛，這種現象被稱為“低溫自溶”。因此，尋找一種更為安全的保存草菇的食品添加劑是十分必要的。 期刊：Postharvest Biology and Technology 影響因子：6.751 泰(tai)樂菌(jun)素(su)(TYN)是一種常(chang)用的大(da)環內酯類抗(kang)生素(su)，可(ke)有效(xiao)對(dui)抗(kang)革蘭氏陽性菌(jun)，并可(ke)作為獸(shou)藥用于預(yu)防腸道和(he)呼吸道感染。TYN殘留物可(ke)以通過在農田中(zhong)施用糞肥和(he)瀉湖廢水進(jin)入環境(jing)，已有研(yan)究(jiu)表(biao)明，TYN對(dui)藻類的生長和(he)發育產生不利影響。 期刊：Aquatic Toxicology 影響因子：5.202
PART 03 轉錄組+代謝組+其他組學
隨著科研(yan)水平(ping)的日益提高，單個(ge)組(zu)學(xue)(xue)的數據(ju)已經(jing)很難滿足人(ren)們的需求，大家往(wang)往(wang)會(hui)選擇將多個(ge)組(zu)學(xue)(xue)的數據(ju)整合到一起，通過基因(yin)水平(ping)、表觀水平(ping)、蛋白水平(ping)、代謝水平(ping)以及微(wei)生態等各(ge)個(ge)方面來挖(wa)掘關(guan)鍵信息，各(ge)個(ge)組(zu)學(xue)(xue)之間還可以相互(hu)驗證，達到一個(ge)完美的邏輯閉(bi)環。 藥物濫用和過(guo)度飲酒(jiu)都可(ke)引(yin)(yin)起肝(gan)(gan)損(sun)傷(shang)，并引(yin)(yin)發一(yi)系列病理(li)生(sheng)理(li)過(guo)程，進而(er)導致肝(gan)(gan)脂肪變性、肝(gan)(gan)炎(yan)和肝(gan)(gan)纖(xian)維化等。由肝(gan)(gan)損(sun)傷(shang)引(yin)(yin)起的(de)肝(gan)(gan)病造(zao)成了巨(ju)大的(de)經濟負(fu)擔(dan)，并引(yin)(yin)起廣泛(fan)關(guan)注。然而(er)，目前仍沒有(you)有(you)效的(de)治療方法。 期刊：Frontiers in Pharmacology 影響因子：5.988 線(xian)粒體質(zhi)量(liang)控制(MQC)可防止線(xian)粒體內(nei)活(huo)性(xing)氧 (mtROS) 的(de)(de)積累，從而保護(hu)細胞免受 DNA 損傷(shang)、基因組不穩定和程序(xu)性(xing)細胞死亡。然而，其潛在的(de)(de)機(ji)制尚不完全清楚，尤其在真菌(jun)物種中(zhong)。熱激蛋白（HSF）是一個保守的(de)(de)核轉錄因子(zi)家族，通(tong)過(guo)直接結合伴侶基因中(zhong)蛋白質(zhi)啟動子(zi)的(de)(de)熱休克(ke)元件，成為(wei)UPRs的(de)(de)主要調節因子(zi)。在致病性(xing)真菌(jun)病原(yuan)體新(xin)型(xing)隱球菌(jun)中(zhong)HSF的(de)(de)相(xiang)關研究較少。 期刊：Nature Communications 影響因子：17.694
好了(le)，以(yi)上(shang)就是小編(bian)為大家精選(xuan)的多組學文章(zhang)合(he)集了(le)，文章(zhang)中(zhong)的研(yan)究方法和寫作(zuo)思路都很經典，而且多組學文章(zhang)也越來越成為一種新的趨勢，希望上(shang)述文章(zhang)能為大家的科(ke)研(yan)之路提供(gong)一些新的idea。 如(ru)有任何多(duo)組(zu)學相關的(de)問題歡迎(ying)大家隨(sui)時和我們聯系(xi)，派森諾生物致力(li)于提供優質、全面的(de)多(duo)組(zu)學一站式精致服務體系(xi)！
