2023-01-18
一、圖表說明
通過熱圖與柱狀圖組合的形式展示數據特征,從而更加直觀反映樣品/組內或組間的差異。熱圖可用于展示物種在樣品中的豐度值、基因在樣品中的表達量等數據,柱狀圖可用于展示物種對于分類器模型的重要性打分值、基因表達差異倍數等。
二、數據準備
2.1 數據文件 以物(wu)種(zhong)在樣品(pin)中的豐(feng)度為(wei)(wei)例,第一列(lie)為(wei)(wei)物(wu)種(zhong)名,第二列(lie)至倒數第二例為(wei)(wei)物(wu)種(zhong)在樣品(pin)中豐(feng)度值(zhi)經過取對數/標(biao)準(zhun)化/無(wu)處(chu)理后得到(dao)的計算值(zhi),最后一列(lie)為(wei)(wei)物(wu)種(zhong)對于分類器模型的重要性打分值(zhi)。 2.2 分組文件(非必需) 第(di)(di)一(yi)列為(wei)(wei)樣品(pin)名(ming),必(bi)須和數據文(wen)(wen)件中第(di)(di)一(yi)行樣本名(ming)一(yi)一(yi)對應,第(di)(di)二(er)列為(wei)(wei)樣品(pin)分組(zu)信(xin)息。分組(zu)文(wen)(wen)件為(wei)(wei)繪圖的非必(bi)需文(wen)(wen)件,如(ru)果上傳分組(zu)文(wen)(wen)件則(ze)在熱圖上方可選擇是否顯示分組(zu)方塊(kuai)。
三、圖形解讀
下(xia)面(mian)以物種豐(feng)度用(yong)隨機(ji)森(sen)林算法分析結(jie)果為例,一起看看這(zhe)款(kuan)工具的實際應用(yong): 熱(re)圖:展示分類(lei)單元名(ming)在(zai)各樣(yang)品/各分組中的(de)(de)豐度(du)值(通(tong)常對豐度(du)值按行(xing)取對數/標(biao)(biao)準化/不處理)。縱坐標(biao)(biao)為在(zai)門、綱、目、科、屬或種水(shui)平(ping)的(de)(de)分類(lei)單元名(ming),橫坐標(biao)(biao)為樣(yang)品名(ming)。 柱(zhu)狀圖:展示物種對于分類器模型的重要性打分值。柱子越長表示物種對模型的重要性打(da)分值越大(da),表明該物種對組間/組內物種鑒定的重要性越大,據此可認為這些重要性打分值較大的物種是組間(jian)差異的標志物種。
四、圖表設置
4.1 圖表顏色 可自定(ding)義設(she)置(zhi)熱圖圖表(biao)顏色,分組顏(yan)色(上傳分組文件時可調整),以及柱(zhu)形圖的顏色。顏色組合豐富,任您搭配使用。 4.2 顯示分組 當繪圖上傳了分組文件時,可選擇是否在熱圖上方顯示表示樣品分組(zu)信息的方塊。如果沒有上傳分組文件,圖表設置中不顯示該調整(zheng)項。 4.3 調整熱圖寬高 該工具(ju)還支持熱圖單元格(ge)的寬度(du)和高度(du)調整,可(ke)以根(gen)據不同電腦屏幕(mu)分(fen)辨(bian)率大小(xiao),靈活調整圖表至最佳展示效果。