mTORC1 在多(duo)種(zhong)腫(zhong)瘤中(zhong)過(guo)(guo)度激活(huo)(huo)，作(zuo)者在這里對(dui)結節性硬化癥復合(he)物(wu)(TSC)與(yu)mTORC1活(huo)(huo)性亢(kang)進(jin)過(guo)(guo)度激活(huo)(huo)相(xiang)關的(de)(de)(de)(de)腫(zhong)瘤進(jin)行了(le)單細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)轉錄(lu)組(zu)(zu)，TCR和單細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)空間轉錄(lu)組(zu)(zu)的(de)(de)(de)(de)聯合(he)分(fen)析。1. 識(shi)別了(le)stem-like tumor cell state (SLS)通(tong)過(guo)(guo)調(diao)控已(yi)知性巨噬(shi)細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)與(yu)T細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)功能失調(diao)相(xiang)關。雷帕(pa)(pa)霉素及其衍(yan)生(sheng)物(wu)(rapalogs)是TSC腫(zhong)瘤的(de)(de)(de)(de)主要治(zhi)療方法，干細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)樣腫(zhong)瘤細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(SLS)在體外(wai)表(biao)(biao)現(xian)出雷帕(pa)(pa)霉素耐藥，讓(rang)人聯想到這些藥物(wu)對(dui)患者的(de)(de)(de)(de)細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)抑制(zhi)作(zuo)用(yong)。2. 促血管(guan)生(sheng)成因子MDK在SLS細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)群(qun)中(zhong)高(gao)表(biao)(biao)達(da)(da)，這與(yu)SLS居多(duo)的(de)(de)(de)(de)樣本中(zhong)內皮細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)的(de)(de)(de)(de)富集有關。體內外(wai)實(shi)驗顯示抑制(zhi)MDK表(biao)(biao)達(da)(da)聯合(he)雷帕(pa)(pa)霉素能協同(tong)的(de)(de)(de)(de)減少TSC細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)系(xi)的(de)(de)(de)(de)生(sheng)長。總之，這項研究揭示了(le)mTORC1過(guo)(guo)度激活(huo)(huo)的(de)(de)(de)(de)干細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)特征的(de)(de)(de)(de)腫(zhong)瘤細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)自發的(de)(de)(de)(de)雷帕(pa)(pa)霉素耐藥機(ji)(ji)制(zhi)和通(tong)過(guo)(guo)免疫抑制(zhi)適應的(de)(de)(de)(de)腫(zhong)瘤生(sheng)存機(ji)(ji)制(zhi)。

1.AML和LAM的(de)單細胞概覽和AML細胞中的(de)通路和遺傳調(diao)控網絡的(de)圖(tu)譜

研究者對腫瘤切除時獲得的(de)(de)(de)6個(ge)腎(shen)性AML腫瘤和(he)(he)4個(ge)正常(chang)(chang)(chang)組(zu)織(zhi)(zhi)(zhi)進(jin)行scRNA-Seq和(he)(he)scTCR-Seq（圖(tu)1a）。在(zai)肺移植時獲得的(de)(de)(de)5個(ge)LAM組(zu)織(zhi)(zhi)(zhi)也進(jin)行了scRNA-Seq。過(guo)濾掉(diao)低(di)質(zhi)量的(de)(de)(de)細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)后，共分析了來自AML的(de)(de)(de)108,071個(ge)細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)和(he)(he)來自匹配的(de)(de)(de)正常(chang)(chang)(chang)腎(shen)臟(zang)的(de)(de)(de)33,136個(ge)細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)；分析了LAM肺部樣本的(de)(de)(de)42,202個(ge)細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)。AML組(zu)織(zhi)(zhi)(zhi)和(he)(he)正常(chang)(chang)(chang)組(zu)織(zhi)(zhi)(zhi)的(de)(de)(de)免疫(yi)和(he)(he)基質(zhi)區的(de)(de)(de)主要細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)類型(xing)見圖(tu)1b, c。正常(chang)(chang)(chang)腎(shen)臟(zang)含有49%的(de)(de)(de)上皮細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)，而AML中(zhong)只(zhi)有1.1%的(de)(de)(de)上皮細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)（圖(tu)1d）。與正常(chang)(chang)(chang)組(zu)織(zhi)(zhi)(zhi)相比，許多免疫(yi)類細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)在(zai)腫瘤組(zu)織(zhi)(zhi)(zhi)中(zhong)被富集，包括巨噬細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)（18.3% vs 2.7%）、樹突(tu)狀細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)（4% vs 0.7%）和(he)(he)T細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)（32.6% vs 14.1%）。在(zai)LAM組(zu)織(zhi)(zhi)(zhi)中(zhong)發現(xian)的(de)(de)(de)主要細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)類型(xing)包括免疫(yi)細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)（T細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)、NK細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)、B細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)、巨噬細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)和(he)(he)單(dan)核細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)）、間質(zhi)細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)、上皮細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)和(he)(he)內皮細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)（淋巴細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)和(he)(he)血液）（圖(tu)1e）。

對(dui)間(jian)質(zhi)細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)群的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)重新聚類顯示了(le)(le)(le)來自(zi)正(zheng)常(chang)(chang)腎(shen)(shen)組織和(he)(he)(he)(he)AML腫瘤(liu)組織的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)獨(du)立細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)群（圖(tu)1f）。除(chu)了(le)(le)(le)AML細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)（如(ru)(ru)上所(suo)述），該(gai)集群還(huan)包(bao)(bao)含腫瘤(liu)相(xiang)關(guan)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)成(cheng)纖(xian)維(wei)(wei)細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)（TAF）。通過Seurat的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)差異(yi)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)表(biao)達(da)(da)分(fen)析發現，與(yu)TAF和(he)(he)(he)(he)正(zheng)常(chang)(chang)腎(shen)(shen)臟(zang)相(xiang)比，160個(ge)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)在(zai)腫瘤(liu)細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)中(zhong)(zhong)(zhong)唯一(yi)上調(diao)，包(bao)(bao)括以(yi)前(qian)報道的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)（如(ru)(ru)GPNMB、SQSTM1/p62、MMP2、PTGDS）和(he)(he)(he)(he)參(can)與(yu)腫瘤(liu)轉移的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)（如(ru)(ru)MMP11、MDK、DCN、PDPN）（圖(tu)1g，補充(chong)圖(tu)3b，補充(chong)數據1）。與(yu)匹配的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)正(zheng)常(chang)(chang)間(jian)質(zhi)細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)相(xiang)比，兩個(ge)長(chang)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)非編碼RNAs（lncRNAs）（MALAT1，NEAT1）在(zai)腫瘤(liu)細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)和(he)(he)(he)(he)腫瘤(liu)相(xiang)關(guan)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)成(cheng)纖(xian)維(wei)(wei)細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)中(zhong)(zhong)(zhong)都(dou)被上調(diao)（圖(tu)1g和(he)(he)(he)(he)補充(chong)圖(tu)3c），表(biao)明AML細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)重塑了(le)(le)(le)成(cheng)纖(xian)維(wei)(wei)細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)。為了(le)(le)(le)確(que)定(ding)AML細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)與(yu)TAF和(he)(he)(he)(he)正(zheng)常(chang)(chang)腎(shen)(shen)臟(zang)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)不同調(diao)節(jie)途徑(jing)，研究者(zhe)使用了(le)(le)(le)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)集變異(yi)分(fen)析（GSVA）。標志(zhi)性的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)集分(fen)析（包(bao)(bao)含50個(ge)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)集）確(que)定(ding)了(le)(le)(le)參(can)與(yu)膽(dan)固醇平(ping)衡(heng)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)是(shi)AML細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)中(zhong)(zhong)(zhong)上調(diao)最多的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)途徑(jing)，而(er)第二大上調(diao)途徑(jing)是(shi)mTORC1信(xin)號傳導(dao)，這(zhe)是(shi)在(zai)AMLs和(he)(he)(he)(he)LAM中(zhong)(zhong)(zhong)TSC2損失的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)一(yi)個(ge)眾(zhong)所(suo)周知的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)生化效應（圖(tu)1h）。研究者(zhe)使用SCENIC分(fen)析發現：在(zai)AML細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)中(zhong)(zhong)(zhong)更多的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)調(diao)控因(yin)(yin)(yin)(yin)子(zi)(zi)被上調(diao)。該(gai)分(fen)析還(huan)確(que)定(ding)了(le)(le)(le)與(yu)AML相(xiang)關(guan)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)轉錄因(yin)(yin)(yin)(yin)子(zi)(zi)和(he)(he)(he)(he)調(diao)節(jie)子(zi)(zi)，包(bao)(bao)括參(can)與(yu)表(biao)觀遺傳調(diao)控的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)幾個(ge)因(yin)(yin)(yin)(yin)子(zi)(zi)，如(ru)(ru)HDAC2、SIRT6、FOXN3、MEF2A（圖(tu)1i，補充(chong)圖(tu)3d。補充(chong)資料2、3）。所(suo)關(guan)注的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)具體基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)包(bao)(bao)括MDK（在(zai)此(ci)新發現的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)在(zai)AML中(zhong)(zhong)(zhong)高表(biao)達(da)(da)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)）和(he)(he)(he)(he)GPNMB（AML的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)一(yi)個(ge)已(yi)知標記）。研究者(zhe)使用RNA原位雜交，在(zai)AML腫瘤(liu)中(zhong)(zhong)(zhong)檢測到MDK的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)表(biao)達(da)(da)，但(dan)在(zai)鄰近(jin)的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)正(zheng)常(chang)(chang)腎(shen)(shen)臟(zang)中(zhong)(zhong)(zhong)沒有檢測到（圖(tu)1j）。MDK是(shi)一(yi)種肝素結(jie)合的(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)(de)生長(chang)因(yin)(yin)(yin)(yin)子(zi)(zi)，能促進細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)生長(chang)和(he)(he)(he)(he)血管(guan)生成(cheng)。

2.AML腫瘤細胞表現為兩種主要狀態:干細胞樣和炎性

對6596個(ge)(ge)AML細胞進行(xing)重(zhong)新聚(ju)類顯(xian)示(shi)了四個(ge)(ge)細胞群（圖(tu)(tu)2a，b）。Custer 1顯(xian)示(shi)中(zhong)(zhong)(zhong)胚(pei)層(ceng)特(te)異性(xing)(xing)轉錄(lu)因子(zi)21（TCF21）的(de)(de)相對高(gao)(gao)表達，這是平滑(hua)肌細胞表型(xing)調節的(de)(de)主調控因子(zi)（圖(tu)(tu)2b，補(bu)(bu)(bu)充(chong)圖(tu)(tu)4b）。他們注意(yi)到幾(ji)個(ge)(ge)基(ji)因（SOX4，TCF4）（圖(tu)(tu)2b，補(bu)(bu)(bu)充(chong)圖(tu)(tu)4c），已(yi)知是干細胞標志物。研(yan)究者計算 "干性(xing)(xing)評分"并(bing)發現(xian)(xian)：群組1顯(xian)示(shi)出(chu)最高(gao)(gao)的(de)(de)干性(xing)(xing)分數(shu)（圖(tu)(tu)2c），并(bing)顯(xian)示(shi)出(chu)炎癥(zheng)基(ji)因的(de)(de)高(gao)(gao)表達（圖(tu)(tu)2b，補(bu)(bu)(bu)充(chong)圖(tu)(tu)4e）。基(ji)于這些特(te)征，他們將聚(ju)類1定義(yi)為(wei)干細胞樣狀態(tai)（SLS），聚(ju)類2定義(yi)為(wei)炎癥(zheng)狀態(tai)（IS）。嘌(piao)(piao)呤(ling)(ling)相關的(de)(de)代謝與mTORC1途(tu)徑有關，高(gao)(gao)水平的(de)(de)嘌(piao)(piao)呤(ling)(ling)核苷酸是維持(chi)癌(ai)癥(zheng)干性(xing)(xing)所必(bi)需的(de)(de)，而外(wai)部(bu)補(bu)(bu)(bu)充(chong)次黃嘌(piao)(piao)呤(ling)(ling)則會促進腫(zhong)瘤干性(xing)(xing)。研(yan)究者從單細胞轉錄(lu)組中(zhong)(zhong)(zhong)產(chan)生了偽Bulk RNA-seq數(shu)據(ju)，并(bing)發現(xian)(xian)與正常(chang)對照組相比，兩種(zhong)腫(zhong)瘤細胞狀態(tai)下嘌(piao)(piao)呤(ling)(ling)途(tu)徑中(zhong)(zhong)(zhong)鳥嘌(piao)(piao)呤(ling)(ling)/鳥苷的(de)(de)代謝都升高(gao)(gao)了（圖(tu)(tu)2d）。

人們越(yue)(yue)來(lai)越(yue)(yue)認識到(dao)，缺氧的(de)微環境以(yi)及轉移過(guo)程中誘發的(de)壓力(li)會引發休(xiu)眠狀態，使腫瘤(liu)細(xi)胞(bao)(bao)對藥物(wu)治療和(he)壓力(li)產(chan)生抗(kang)性(xing)。研究者(zhe)進一(yi)步(bu)分析一(yi)組休(xiu)眠標記(ji)基因，發現在(zai)SLS群體(ti)中高表達（群集1），包括轉錄因子NR2F1（圖2e）。NR2F1通過(guo)整合靜止(zhi)和(he)生存的(de)表觀遺(yi)傳(chuan)程序，成為誘導和(he)維持(chi)腫瘤(liu)干細(xi)胞(bao)(bao)休(xiu)眠的(de)一(yi)個關鍵節(jie)點(dian)。Regulon分析證實，NR2F1 regulon活性(xing)在(zai)SLS（群集1）中被上調（圖2f）。并且(qie)雌(ci)二醇處(chu)理增加了NR2F1的(de)表達和(he)regulon活性(xing)（圖2g）。研究者(zhe)通過(guo)對SLS和(he)IS的(de)marker（MDK和(he)TAGLN，圖2i）以(yi)及Cathepsin K（AML/LAMmarker基因）進行共(gong)染色，在(zai)腫瘤(liu)樣本中鑒定(ding)(ding)到(dao)了SLS和(he)IS群體(ti)。量化顯示MDK和(he)TAGLN幾乎沒(mei)有(you)共(gong)定(ding)(ding)位，而MDK與CTSK或TAGLN與CTSK廣泛(fan)共(gong)染（圖2j），支持(chi)存在(zai)兩個不同的(de)AML細(xi)胞(bao)(bao)群，MDK+和(he)TAGLN+。

3.LAM中出現的細胞群與AML中觀察到的兩種類型相似

遺傳學研究(jiu)顯示，AML和(he)(he)LAM的(de)細(xi)(xi)(xi)胞(bao)來自一(yi)(yi)個共同的(de)前體細(xi)(xi)(xi)胞(bao)。為了(le)確定在AML中(zhong)發現的(de)兩種(zhong)細(xi)(xi)(xi)胞(bao)狀(zhuang)態(tai)是否存在于(yu)肺(fei)部LAM中(zhong)，研究(jiu)者使用與(yu)AML相同的(de)標記(ji)基因(yin)組和(he)(he)方(fang)法(fa)分析了(le)五個LAM肺(fei)部的(de)57186個細(xi)(xi)(xi)胞(bao)，共鑒定了(le)375個LAM細(xi)(xi)(xi)胞(bao)（圖(tu)1e）并聚類成(cheng)了(le)4個細(xi)(xi)(xi)胞(bao)群(qun)（圖(tu)2k）。與(yu)AML相似，一(yi)(yi)個集群(qun)表達(da)SLS/調節性(xing)(xing)(xing)平(ping)滑肌標志(zhi)(zhi)基因(yin)（集群(qun)2），另一(yi)(yi)個集群(qun)表達(da)IS/收縮性(xing)(xing)(xing)平(ping)滑肌標志(zhi)(zhi)基因(yin)（集群(qun)1）（圖(tu)2l）。還確定了(le)一(yi)(yi)個表達(da)所有這些基因(yin)的(de)中(zhong)間狀(zhuang)態(tai)（簇0）。SLS群(qun)體和(he)(he)中(zhong)間狀(zhuang)態(tai)顯示出較高的(de)干性(xing)(xing)(xing)評分（圖(tu)2m）。此外，與(yu)SLS AML細(xi)(xi)(xi)胞(bao)一(yi)(yi)樣，LAM細(xi)(xi)(xi)胞(bao)的(de)SLS群(qun)也有NF2F1表達(da)和(he)(he)調節子活(huo)性(xing)(xing)(xing)的(de)上(shang)調（圖(tu)2n）。在LAM細(xi)(xi)(xi)胞(bao)中(zhong)，VEGFD（一(yi)(yi)種(zhong)有效的(de)LAM生(sheng)物標志(zhi)(zhi)物）的(de)表達(da)遠遠低于(yu)MDK（一(yi)(yi)種(zhong)有效的(de)血管生(sheng)成(cheng)和(he)(he)淋巴管生(sheng)成(cheng)的(de)生(sheng)長因(yin)子）（圖(tu)2o），表明MDK在LAM相關(guan)的(de)淋巴管生(sheng)成(cheng)中(zhong)的(de)潛在作用。

4.AML細胞的干細胞樣細胞群可能與雷帕霉素耐藥有關

研(yan)究者(zhe)觀察到腫(zhong)(zhong)瘤(liu)細(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)亞(ya)群(qun)的(de)(de)干性(xing)和(he)休眠性(xing)增(zeng)強(qiang)，這(zhe)(zhe)是耐藥性(xing)腫(zhong)(zhong)瘤(liu)細(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)的(de)(de)典型特征，這(zhe)(zhe)促使研(yan)究者(zhe)直接研(yan)究雷(lei)帕(pa)(pa)霉(mei)(mei)素(su)在(zai)(zai)AML細(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)中的(de)(de)耐藥性(xing)。他們從本研(yan)究分析的(de)(de)AML腫(zhong)(zhong)瘤(liu)之一做了原(yuan)代培養，并用DMSO（對(dui)(dui)照）或(huo)雷(lei)帕(pa)(pa)霉(mei)(mei)素(su)（實驗）處理這(zhe)(zhe)些細(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)，然后進行scRNA-Seq分析（圖(tu)3a），聚(ju)類(lei)確定了7個(ge)細(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)群(qun)（圖(tu)3b），AML細(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)占33%（圖(tu)3c）。集群(qun)4包含(han)來自對(dui)(dui)照組(zu)和(he)雷(lei)帕(pa)(pa)霉(mei)(mei)素(su)治(zhi)療組(zu)的(de)(de)AML細(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)，表(biao)明它包含(han)對(dui)(dui)雷(lei)帕(pa)(pa)霉(mei)(mei)素(su)有抵(di)抗力的(de)(de)細(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)，或(huo)者(zhe)至少是轉錄(lu)沒有被雷(lei)帕(pa)(pa)霉(mei)(mei)素(su)治(zhi)療改變(bian)的(de)(de)細(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)。在(zai)(zai)這(zhe)(zhe)個(ge)集群(qun)中，許多AML腫(zhong)(zhong)瘤(liu)標志基(ji)因(yin)的(de)(de)表(biao)達(da)不受(shou)雷(lei)帕(pa)(pa)霉(mei)(mei)素(su)的(de)(de)影響，而在(zai)(zai)其他集群(qun)中雷(lei)帕(pa)(pa)霉(mei)(mei)素(su)抑制了這(zhe)(zhe)些腫(zhong)(zhong)瘤(liu)基(ji)因(yin)的(de)(de)表(biao)達(da)，例如CTSK（圖(tu)3d）。此外，第4群(qun)中的(de)(de)細(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)顯(xian)示出高干性(xing)評(ping)分（圖(tu)3e）和(he)高休眠評(ping)分（圖(tu)3f和(he)補充圖(tu)6c）。NR2F1調(diao)節子的(de)(de)活性(xing)在(zai)(zai)這(zhe)(zhe)個(ge)簇中也很高（圖(tu)3g）。

據報道，MDK在(zai)(zai)其他(ta)腫(zhong)瘤中介(jie)導耐藥性(xing)，為(wei)了(le)確(que)定(ding)(ding)(ding)MDK是否參與(yu)(yu)(yu)雷(lei)帕霉素耐受，以及MDK是否受TSC途徑的(de)(de)(de)(de)(de)調(diao)節，研(yan)(yan)究者(zhe)使(shi)用(yong)了(le)兩(liang)(liang)種TSC的(de)(de)(de)(de)(de)細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)模型，發現與(yu)(yu)(yu)TSC2-reexpressing 621-103細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)相(xiang)比(bi)，在(zai)(zai)TSC2缺(que)陷(xian)(xian)的(de)(de)(de)(de)(de)AML患者(zhe)衍生的(de)(de)(de)(de)(de)621-101細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)中，以及與(yu)(yu)(yu)TSC2-add back TTJ+ TSC2細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)相(xiang)比(bi)，MDK的(de)(de)(de)(de)(de)表達上調(diao)了(le)（圖3h）。與(yu)(yu)(yu)對照組相(xiang)比(bi)，患者(zhe)來源和(he)小(xiao)鼠來源的(de)(de)(de)(de)(de)TSC2缺(que)陷(xian)(xian)細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)系(xi)中的(de)(de)(de)(de)(de)MDK水平都明顯升高（圖3i）。接(jie)下來，研(yan)(yan)究者(zhe)用(yong)DMSO、雷(lei)帕霉素（20 nM）、iMDK（MDK抑制(zhi)劑，1 μM）或(huo)雷(lei)帕霉素（20 nM）和(he)iMDK（1 μM）的(de)(de)(de)(de)(de)組合處(chu)(chu)理(li)(li)TSC2缺(que)陷(xian)(xian)細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)（621-101，TTJ）和(he)正常人(ren)類(lei)成纖維細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)（NHLF）。在(zai)(zai)所有(you)3個細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)系(xi)中，單獨使(shi)用(yong)iMDK處(chu)(chu)理(li)(li)的(de)(de)(de)(de)(de)效(xiao)果(guo)最小(xiao)。當與(yu)(yu)(yu)雷(lei)帕霉素結合時(shi)，iMDK對兩(liang)(liang)個TSC2缺(que)失的(de)(de)(de)(de)(de)細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)系(xi)有(you)協(xie)同作用(yong)（圖3j）。他(ta)們將協(xie)同作用(yong)定(ding)(ding)(ding)義(yi)為(wei)兩(liang)(liang)種藥物的(de)(de)(de)(de)(de)綜合效(xiao)果(guo)大于每種藥物的(de)(de)(de)(de)(de)單獨活性(xing)之(zhi)和(he)。為(wei)了(le)確(que)定(ding)(ding)(ding)iMDK是否在(zai)(zai)體內(nei)使(shi)腫(zhong)瘤對雷(lei)帕霉素治(zhi)療敏感，他(ta)們使(shi)用(yong)TSC2缺(que)陷(xian)(xian)的(de)(de)(de)(de)(de)TTJ細(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)在(zai)(zai)免(mian)疫缺(que)陷(xian)(xian)的(de)(de)(de)(de)(de)無胸肌裸鼠體內(nei)產生皮下腫(zhong)瘤。與(yu)(yu)(yu)單獨使(shi)用(yong)雷(lei)帕霉素相(xiang)比(bi)，iMDK和(he)雷(lei)帕霉素的(de)(de)(de)(de)(de)聯合治(zhi)療導致(zhi)了(le)更(geng)(geng)快的(de)(de)(de)(de)(de)腫(zhong)瘤反應的(de)(de)(de)(de)(de)發生，以及更(geng)(geng)低的(de)(de)(de)(de)(de)腫(zhong)瘤負擔，而(er)單獨使(shi)用(yong)iMDK沒(mei)有(you)明顯的(de)(de)(de)(de)(de)效(xiao)果(guo)（圖3k，補充圖6d）。

5.異質性腫瘤細胞狀態對內皮細胞的重塑

研究(jiu)者探(tan)究(jiu)了SLS和IS對腫(zhong)瘤微環境的(de)(de)潛在不同影響。在6個(ge)AML樣本中(zhong)(zhong)，2個(ge)AML主要(yao)由IS組成（>70%），4個(ge)主要(yao)是SLS（>80%）（圖(tu)4a）。以SLS為主的(de)(de)腫(zhong)瘤有更多(duo)的(de)(de)內(nei)皮(pi)(pi)(pi)細(xi)胞（圖(tu)4b）。為了驗證這(zhe)一點，他(ta)們對每(mei)個(ge)AML進行了內(nei)皮(pi)(pi)(pi)細(xi)胞標記物(wu)CD31的(de)(de)免(mian)疫組化(hua)（IHC）染色，發(fa)現與scRNA-Seq預測的(de)(de)百(bai)分比有很(hen)強的(de)(de)相關性（圖(tu)4c），在SLS主導的(de)(de)腫(zhong)瘤中(zhong)(zhong)內(nei)皮(pi)(pi)(pi)細(xi)胞的(de)(de)百(bai)分比更高(gao)(gao)（圖(tu)4d，補充(chong)圖(tu)7a）。差異表(biao)(biao)(biao)(biao)達(da)(da)分析顯示(shi)，MDK的(de)(de)表(biao)(biao)(biao)(biao)達(da)(da)要(yao)比VEGFD高(gao)(gao)得多(duo)，MDK在群集1（SLS）中(zhong)(zhong)表(biao)(biao)(biao)(biao)達(da)(da)較高(gao)(gao)，而VEGFD在群集3（IS）中(zhong)(zhong)表(biao)(biao)(biao)(biao)達(da)(da)較高(gao)(gao) (圖(tu)4e)。這(zhe)些(xie)數據表(biao)(biao)(biao)(biao)明，SLS腫(zhong)瘤中(zhong)(zhong)促血管(guan)生成的(de)(de)MDK的(de)(de)高(gao)(gao)表(biao)(biao)(biao)(biao)達(da)(da)可能是該(gai)亞(ya)型(xing)AML中(zhong)(zhong)富含內(nei)皮(pi)(pi)(pi)細(xi)胞的(de)(de)原(yuan)因。

6.scRNA-Seq和scTCR-Seq的綜合分析揭示了SLS優勢腫瘤的T細胞功能障礙和抑制的克隆擴展

在(zai)人類(lei)TSC腫(zhong)(zhong)(zhong)瘤(liu)(liu)(liu)中(zhong)(zhong)已經觀察到T細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)的(de)(de)浸(jin)潤(run)和(he)(he)衰竭，并且在(zai)小鼠模(mo)型(xing)(xing)中(zhong)(zhong)觀察到免(mian)疫(yi)(yi)療法(fa)的(de)(de)明顯(xian)(xian)益(yi)處。為(wei)了(le)確(que)定T細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)是否受到AML中(zhong)(zhong)腫(zhong)(zhong)(zhong)瘤(liu)(liu)(liu)細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)狀(zhuang)態的(de)(de)影響，研(yan)究(jiu)者重點研(yan)究(jiu)了(le)4個(ge)與正(zheng)常腎臟配對(dui)的(de)(de)AML，其中(zhong)(zhong)2個(ge)以SLS為(wei)主，2個(ge)以IS為(wei)主。對(dui)腫(zhong)(zhong)(zhong)瘤(liu)(liu)(liu)來(lai)源的(de)(de)CD8+T細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)進行(xing)重新(xin)聚類(lei)，發現了(le)3個(ge)主要的(de)(de)細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)群(qun)：記憶/免(mian)疫(yi)(yi)T細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)（CD8 Tm/naive）、效(xiao)應T細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)（CD8 Teff）和(he)(he)增殖(zhi)T細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)（CD8 T-prolif），以及每個(ge)主要細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)群(qun)中(zhong)(zhong)的(de)(de)亞(ya)(ya)群(qun)，它們具有不同(tong)的(de)(de)免(mian)疫(yi)(yi)檢查點基因(yin)或細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)毒(du)性效(xiao)應基因(yin)的(de)(de)表達(da)（圖(tu)(tu)5a，b）。來(lai)自SLS優(you)勢腫(zhong)(zhong)(zhong)瘤(liu)(liu)(liu)的(de)(de)CD8+T細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)與來(lai)自IS優(you)勢腫(zhong)(zhong)(zhong)瘤(liu)(liu)(liu)的(de)(de)CD8+T細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)相(xiang)比(bi)，顯(xian)(xian)示(shi)(shi)出(chu)更低的(de)(de)細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)毒(du)性分(fen)(fen)(fen)數(shu)，而(er)且每個(ge)亞(ya)(ya)群(qun)內(nei)的(de)(de)細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)毒(du)性細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)（定義為(wei)表達(da)至少一種(zhong)細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)毒(du)性效(xiao)應基因(yin)）的(de)(de)百分(fen)(fen)(fen)比(bi)也較低（圖(tu)(tu)5c）。此外，SLS主導(dao)的(de)(de)腫(zhong)(zhong)(zhong)瘤(liu)(liu)(liu)衍(yan)生細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)表現出(chu)更高的(de)(de)衰竭分(fen)(fen)(fen)數(shu)（圖(tu)(tu)5c）。盡管每個(ge)亞(ya)(ya)群(qun)中(zhong)(zhong)衰竭細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)的(de)(de)頻(pin)(pin)率(lv)大致相(xiang)同(tong)（圖(tu)(tu)5c），但SLS主導(dao)的(de)(de)腫(zhong)(zhong)(zhong)瘤(liu)(liu)(liu)中(zhong)(zhong)衰竭的(de)(de)CD8+Teff細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)的(de)(de)比(bi)例(li)高于IS主導(dao)的(de)(de)腫(zhong)(zhong)(zhong)瘤(liu)(liu)(liu)，而(er)IS主導(dao)的(de)(de)腫(zhong)(zhong)(zhong)瘤(liu)(liu)(liu)顯(xian)(xian)示(shi)(shi)出(chu)更高的(de)(de)細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)毒(du)性CD8+Teff和(he)(he)CD8+Tm/Naive群(qun)體的(de)(de)頻(pin)(pin)率(lv)（圖(tu)(tu)5d）。對(dui)腫(zhong)(zhong)(zhong)瘤(liu)(liu)(liu)來(lai)源的(de)(de)CD4+T細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)的(de)(de)類(lei)似分(fen)(fen)(fen)析顯(xian)(xian)示(shi)(shi)了(le)6種(zhong)CD4+T細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)的(de)(de)亞(ya)(ya)型(xing)(xing)（圖(tu)(tu)5e，f）。雖然(ran)來(lai)自IS顯(xian)(xian)性腫(zhong)(zhong)(zhong)瘤(liu)(liu)(liu)的(de)(de)記憶型(xing)(xing)CD4+T細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)和(he)(he)CD40LG高的(de)(de)群(qun)體顯(xian)(xian)示(shi)(shi)出(chu)較高的(de)(de)細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)毒(du)性分(fen)(fen)(fen)數(shu)（圖(tu)(tu)5g），但在(zai)SLS顯(xian)(xian)性腫(zhong)(zhong)(zhong)瘤(liu)(liu)(liu)和(he)(he)IS顯(xian)(xian)性腫(zhong)(zhong)(zhong)瘤(liu)(liu)(liu)之(zhi)間沒有觀察到任何亞(ya)(ya)型(xing)(xing)的(de)(de)細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)頻(pin)(pin)率(lv)的(de)(de)明顯(xian)(xian)差異（圖(tu)(tu)5h）。

腫瘤(liu)(liu)激活的(de)(de)(de)(de)(de)淋巴(ba)細(xi)(xi)(xi)胞會發生克(ke)(ke)(ke)隆(long)(long)性(xing)(xing)擴增(zeng)(zeng)(zeng)，來自同(tong)一克(ke)(ke)(ke)隆(long)(long)的(de)(de)(de)(de)(de)擴增(zeng)(zeng)(zeng)T細(xi)(xi)(xi)胞具有(you)相(xiang)同(tong)的(de)(de)(de)(de)(de)TCR序列(lie)（克(ke)(ke)(ke)隆(long)(long)型(xing)(xing)(xing)）。研究(jiu)者發現在(zai)以(yi)IS為主的(de)(de)(de)(de)(de)腫瘤(liu)(liu)中(zhong)，有(you)229個(ge)克(ke)(ke)(ke)隆(long)(long)型(xing)(xing)(xing)在(zai)CD8+T細(xi)(xi)(xi)胞亞(ya)型(xing)(xing)(xing)中(zhong)共享(xiang)(xiang)(xiang)，319個(ge)克(ke)(ke)(ke)隆(long)(long)型(xing)(xing)(xing)在(zai)CD4+T細(xi)(xi)(xi)胞亞(ya)型(xing)(xing)(xing)中(zhong)共享(xiang)(xiang)(xiang)，但在(zai)以(yi)SLS為主的(de)(de)(de)(de)(de)腫瘤(liu)(liu)中(zhong)只有(you)5個(ge)克(ke)(ke)(ke)隆(long)(long)型(xing)(xing)(xing)在(zai)CD8+T亞(ya)型(xing)(xing)(xing)中(zhong)共享(xiang)(xiang)(xiang)（圖5i）。SLS腫瘤(liu)(liu)在(zai)CD8+T群(qun)(qun)體(ti)中(zhong)顯(xian)(xian)示(shi)出(chu)相(xiang)當有(you)限(xian)的(de)(de)(de)(de)(de)亞(ya)型(xing)(xing)(xing)之(zhi)(zhi)間(jian)的(de)(de)(de)(de)(de)克(ke)(ke)(ke)隆(long)(long)型(xing)(xing)(xing)共享(xiang)(xiang)(xiang)，而(er)(er)在(zai)CD4+T群(qun)(qun)體(ti)中(zhong)沒(mei)有(you)克(ke)(ke)(ke)隆(long)(long)型(xing)(xing)(xing)共享(xiang)(xiang)(xiang)，而(er)(er)IS腫瘤(liu)(liu)在(zai)CD8+T和(he)(he)CD4+T群(qun)(qun)體(ti)中(zhong)都顯(xian)(xian)示(shi)出(chu)亞(ya)型(xing)(xing)(xing)之(zhi)(zhi)間(jian)廣泛的(de)(de)(de)(de)(de)克(ke)(ke)(ke)隆(long)(long)型(xing)(xing)(xing)共享(xiang)(xiang)(xiang)（圖5j）。CD8+ Teff亞(ya)型(xing)(xing)(xing)中(zhong)75%的(de)(de)(de)(de)(de)擴增(zeng)(zeng)(zeng)TCRs與IS腫瘤(liu)(liu)中(zhong)的(de)(de)(de)(de)(de)CD8+ Tm/Naive亞(ya)型(xing)(xing)(xing)共享(xiang)(xiang)(xiang)，顯(xian)(xian)示(shi)了這(zhe)兩(liang)種CD8+ T細(xi)(xi)(xi)胞狀態之(zhi)(zhi)間(jian)的(de)(de)(de)(de)(de)動態聯系。在(zai)IS腫瘤(liu)(liu)中(zhong)，大多(duo)數增(zeng)(zeng)(zeng)殖的(de)(de)(de)(de)(de)CD8+T細(xi)(xi)(xi)胞與CD8+Teff群(qun)(qun)體(ti)共享(xiang)(xiang)(xiang)克(ke)(ke)(ke)隆(long)(long)型(xing)(xing)(xing)，這(zhe)可能(neng)意味著腫瘤(liu)(liu)抗原(yuan)反應性(xing)(xing)T細(xi)(xi)(xi)胞增(zeng)(zeng)(zeng)殖（圖5j）。增(zeng)(zeng)(zeng)殖的(de)(de)(de)(de)(de)T細(xi)(xi)(xi)胞與兩(liang)個(ge)細(xi)(xi)(xi)胞毒性(xing)(xing)Taff群(qun)(qun)體(ti)（CD8 Teff-TNF和(he)(he)CD8 Teff-IFNG）共享(xiang)(xiang)(xiang)大量的(de)(de)(de)(de)(de)克(ke)(ke)(ke)隆(long)(long)型(xing)(xing)(xing)。此(ci)外，在(zai)CD8 Teff和(he)(he)兩(liang)個(ge)細(xi)(xi)(xi)胞毒性(xing)(xing)Teff群(qun)(qun)體(ti)（CD8 Teff-TNF和(he)(he)CD8 Teff-IFNG）之(zhi)(zhi)間(jian)觀(guan)察到(dao)廣泛的(de)(de)(de)(de)(de)克(ke)(ke)(ke)隆(long)(long)共享(xiang)(xiang)(xiang)，這(zhe)表(biao)明向功能(neng)性(xing)(xing)T細(xi)(xi)(xi)胞分化的(de)(de)(de)(de)(de)軌跡是活躍和(he)(he)動態的(de)(de)(de)(de)(de)。這(zhe)些觀(guan)察結果(guo)表(biao)明，在(zai)IS腫瘤(liu)(liu)中(zhong)觀(guan)察到(dao)的(de)(de)(de)(de)(de)高(gao)頻率的(de)(de)(de)(de)(de)細(xi)(xi)(xi)胞毒性(xing)(xing)CD8+T細(xi)(xi)(xi)胞，至少部分是由于可能(neng)的(de)(de)(de)(de)(de)腫瘤(liu)(liu)識別效應細(xi)(xi)(xi)胞的(de)(de)(de)(de)(de)動態分化。研究(jiu)者使(shi)用RNA速率分析支持(chi)了從(cong)CD8效應T細(xi)(xi)(xi)胞到(dao)增(zeng)(zeng)(zeng)殖T細(xi)(xi)(xi)胞以(yi)及從(cong)多(duo)個(ge)CD4+T亞(ya)群(qun)(qun)到(dao)Tregs的(de)(de)(de)(de)(de)分化軌跡（圖5k）。相(xiang)反，以(yi)SLS為主的(de)(de)(de)(de)(de)腫瘤(liu)(liu)顯(xian)(xian)示(shi)出(chu)亞(ya)型(xing)(xing)(xing)之(zhi)(zhi)間(jian)有(you)限(xian)的(de)(de)(de)(de)(de)分化潛力(li)。

7.劃分TSC中的抑制性免疫微環境

免疫(yi)抑制(zhi)性骨髓(sui)細(xi)胞(bao)，如腫(zhong)(zhong)(zhong)(zhong)瘤(liu)(liu)(liu)(liu)相(xiang)(xiang)(xiang)(xiang)關(guan)巨噬(shi)細(xi)胞(bao)（TAMs），由于其強大的(de)(de)(de)(de)抑制(zhi)功能(neng)和(he)(he)在(zai)腫(zhong)(zhong)(zhong)(zhong)瘤(liu)(liu)(liu)(liu)微環境中(zhong)(zhong)的(de)(de)(de)(de)高(gao)豐(feng)度(du)，被認為是癌(ai)癥免疫(yi)治療的(de)(de)(de)(de)主要障(zhang)礙。如上所(suo)(suo)述，巨噬(shi)細(xi)胞(bao)的(de)(de)(de)(de)富集(ji)是AML中(zhong)(zhong)最(zui)引人注(zhu)目(mu)的(de)(de)(de)(de)免疫(yi)浸潤（圖(tu)(tu)1b，d）。這(zhe)(zhe)種巨噬(shi)細(xi)胞(bao)在(zai)AML中(zhong)(zhong)的(de)(de)(de)(de)富集(ji)被CD68 IHC證實（圖(tu)(tu)6a）。與來自匹(pi)配的(de)(de)(de)(de)正常腎臟的(de)(de)(de)(de)巨噬(shi)細(xi)胞(bao)相(xiang)(xiang)(xiang)(xiang)比，這(zhe)(zhe)些AML衍生(sheng)的(de)(de)(de)(de)巨噬(shi)細(xi)胞(bao)顯示出更(geng)高(gao)的(de)(de)(de)(de)免疫(yi)檢查點基(ji)因T細(xi)胞(bao)免疫(yi)球(qiu)蛋白和(he)(he)含粘(zhan)液結構域蛋白3（TIM3）的(de)(de)(de)(de)表(biao)(biao)(biao)達(da)，以及由VSIR編碼(ma)的(de)(de)(de)(de)V域免疫(yi)球(qiu)蛋白抑制(zhi)T細(xi)胞(bao)活化(hua)（VISTA）的(de)(de)(de)(de)表(biao)(biao)(biao)達(da)（圖(tu)(tu)6b）。腫(zhong)(zhong)(zhong)(zhong)瘤(liu)(liu)(liu)(liu)浸潤性巨噬(shi)細(xi)胞(bao)上的(de)(de)(de)(de)VISTA和(he)(he)TIM3的(de)(de)(de)(de)表(biao)(biao)(biao)達(da)與腫(zhong)(zhong)(zhong)(zhong)瘤(liu)(liu)(liu)(liu)微環境中(zhong)(zhong)的(de)(de)(de)(de)T細(xi)胞(bao)功能(neng)障(zhang)礙有關(guan)。接下(xia)(xia)來，研(yan)究(jiu)者使(shi)用DSP技術進一步分析(xi)了1個SLS腫(zhong)(zhong)(zhong)(zhong)瘤(liu)(liu)(liu)(liu)和(he)(he)1個IS腫(zhong)(zhong)(zhong)(zhong)瘤(liu)(liu)(liu)(liu)并證實IS標記(ji)基(ji)因ACTA2在(zai)IS主導的(de)(de)(de)(de)腫(zhong)(zhong)(zhong)(zhong)瘤(liu)(liu)(liu)(liu)中(zhong)(zhong)表(biao)(biao)(biao)達(da)較高(gao)（圖(tu)(tu)6c）。并發(fa)現主要在(zai)SLS腫(zhong)(zhong)(zhong)(zhong)瘤(liu)(liu)(liu)(liu)細(xi)胞(bao)中(zhong)(zhong)表(biao)(biao)(biao)達(da)的(de)(de)(de)(de)APOE、LGALS1和(he)(he)PCSK1N與SLS為主的(de)(de)(de)(de)腫(zhong)(zhong)(zhong)(zhong)瘤(liu)(liu)(liu)(liu)中(zhong)(zhong)的(de)(de)(de)(de)巨噬(shi)細(xi)胞(bao)頻(pin)率/活性有很高(gao)的(de)(de)(de)(de)相(xiang)(xiang)(xiang)(xiang)關(guan)性（圖(tu)(tu)6d。補(bu)充(chong)數(shu)據6）。所(suo)(suo)有這(zhe)(zhe)些基(ji)因都(dou)編碼(ma)分泌蛋白，表(biao)(biao)(biao)明SLS腫(zhong)(zhong)(zhong)(zhong)瘤(liu)(liu)(liu)(liu)細(xi)胞(bao)分泌組對巨噬(shi)細(xi)胞(bao)有特定(ding)的(de)(de)(de)(de)旁分泌調節作(zuo)(zuo)用。接下(xia)(xia)來，研(yan)究(jiu)者使(shi)用配體(ti)-受體(ti)相(xiang)(xiang)(xiang)(xiang)互(hu)作(zuo)(zuo)用分析(xi)，并發(fa)現通(tong)過APOE-TYROBP（DAP12）的(de)(de)(de)(de)腫(zhong)(zhong)(zhong)(zhong)瘤(liu)(liu)(liu)(liu)巨噬(shi)細(xi)胞(bao)相(xiang)(xiang)(xiang)(xiang)互(hu)作(zuo)(zuo)用是腫(zhong)(zhong)(zhong)(zhong)瘤(liu)(liu)(liu)(liu)微環境相(xiang)(xiang)(xiang)(xiang)互(hu)作(zuo)(zuo)用中(zhong)(zhong)最(zui)強的(de)(de)(de)(de)相(xiang)(xiang)(xiang)(xiang)互(hu)作(zuo)(zuo)用（圖(tu)(tu)6e）。

研(yan)究者(zhe)對所有巨(ju)(ju)噬(shi)細胞(bao)(bao)（SLS+IS+正常）重新(xin)聚(ju)類并確定了12個(ge)聚(ju)類（圖(tu)(tu)(tu)6f）。除(chu)了兩個(ge)主(zhu)要(yao)來自正常腎臟(zang)的(de)(de)(de)(de)(de)小集(ji)群(qun)（集(ji)群(qun)8和(he)(he)集(ji)群(qun)9），大多數集(ji)群(qun)主(zhu)要(yao)來自腫(zhong)瘤(liu)（圖(tu)(tu)(tu)6g，h）。在(zai)腫(zhong)瘤(liu)衍生的(de)(de)(de)(de)(de)巨(ju)(ju)噬(shi)細胞(bao)(bao)群(qun)中(zhong)(zhong)發現了兩種主(zhu)要(yao)類型的(de)(de)(de)(de)(de)巨(ju)(ju)噬(shi)細胞(bao)(bao)（組(zu)織(zhi)駐留巨(ju)(ju)噬(shi)細胞(bao)(bao)（TRM）和(he)(he)TAMs）。基(ji)于IL7R98和(he)(he)炎癥基(ji)因的(de)(de)(de)(de)(de)高(gao)表達(da)，集(ji)群(qun)2和(he)(he)集(ji)群(qun)3被(bei)注釋為TRM（圖(tu)(tu)(tu)6i和(he)(he)補(bu)充圖(tu)(tu)(tu)9e）。AML中(zhong)(zhong)的(de)(de)(de)(de)(de)TAMs主(zhu)要(yao)由4個(ge)簇(cu)（簇(cu)0、簇(cu)1、簇(cu)4和(he)(he)簇(cu)6）組(zu)成，其(qi)特點是(shi)M2模(mo)塊得分(fen)高(gao)（圖(tu)(tu)(tu)6h和(he)(he)補(bu)充圖(tu)(tu)(tu)9f）。TAMs在(zai)SLS和(he)(he)IS腫(zhong)瘤(liu)之(zhi)間(jian)(jian)顯示出驚人(ren)的(de)(de)(de)(de)(de)差異（圖(tu)(tu)(tu)6i）。第(di)1群(qun)和(he)(he)第(di)6群(qun)的(de)(de)(de)(de)(de)細胞(bao)(bao)顯示TREM2和(he)(he)TYROBP的(de)(de)(de)(de)(de)高(gao)表達(da)（圖(tu)(tu)(tu)6k）。這些(xie)數據(ju)表明(ming)，來自SLS腫(zhong)瘤(liu)的(de)(de)(de)(de)(de)TREM2+/TYROBP+ TAMs的(de)(de)(de)(de)(de)比(bi)例(li)較高(gao)。這些(xie)觀察結果(guo)表明(ming)，從SLS腫(zhong)瘤(liu)細胞(bao)(bao)到TAMs的(de)(de)(de)(de)(de)調節軸是(shi)通過APOE-TREM2/TYROBP的(de)(de)(de)(de)(de)相互作用（圖(tu)(tu)(tu)6l）。研(yan)究者(zhe)在(zai)1個(ge)獨立的(de)(de)(de)(de)(de)AML樣本中(zhong)(zhong)使用10 X Visium空間(jian)(jian)轉錄(lu)組(zu)分(fen)析(xi)驗(yan)證了這一觀察（圖(tu)(tu)(tu)6m）。

8.對腫瘤和腫瘤微環境之間的分子相互作用的分析，為SLS和IS腫瘤的不同精確治療策略提供了潛在的目標

在免(mian)疫(yi)區，研究(jiu)(jiu)者(zhe)還觀察到AML中(zhong)(zhong)(zhong)的(de)(de)B淋巴細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)和(he)樹(shu)(shu)突(tu)狀(zhuang)(zhuang)(zhuang)細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)相(xiang)(xiang)對于正(zheng)常(chang)腎臟(zang)的(de)(de)富集情況。他們(men)(men)檢測到1620個B細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)主要(yao)來自腫(zhong)(zhong)(zhong)(zhong)(zhong)瘤(liu)(liu)(liu)(liu)(liu)(liu)（圖(tu)7a，b），重(zhong)新聚類顯示了個細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)群(qun)。其中(zhong)(zhong)(zhong)，有(you)5個是特別富含腫(zhong)(zhong)(zhong)(zhong)(zhong)瘤(liu)(liu)(liu)(liu)(liu)(liu)的(de)(de)。他們(men)(men)發現在腫(zhong)(zhong)(zhong)(zhong)(zhong)瘤(liu)(liu)(liu)(liu)(liu)(liu)（群(qun)集5）和(he)鄰(lin)近的(de)(de)正(zheng)常(chang)腎臟(zang)（群(qun)集1）中(zhong)(zhong)(zhong)都(dou)有(you)表(biao)達高水平的(de)(de)CD20（MS4A1）和(he)CXCR5的(de)(de)濾泡(pao)B細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)（圖(tu)7b）。相(xiang)(xiang)比之下(xia)，表(biao)達免(mian)疫(yi)球蛋白γ（IGHG1、CD27、CD38）的(de)(de)漿(jiang)狀(zhuang)(zhuang)(zhuang)B細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)只富集于腫(zhong)(zhong)(zhong)(zhong)(zhong)瘤(liu)(liu)(liu)(liu)(liu)(liu)中(zhong)(zhong)(zhong)（圖(tu)7c）。他們(men)(men)又對樹(shu)(shu)突(tu)狀(zhuang)(zhuang)(zhuang)細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)重(zhong)新聚類確(que)定(ding)了一個增(zeng)(zeng)殖(zhi)細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)的(de)(de)小(xiao)集群(qun)（集群(qun)3）（圖(tu)7d，e）。據報道，HAVCR2（TIM-3）是樹(shu)(shu)突(tu)狀(zhuang)(zhuang)(zhuang)細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)在抗腫(zhong)(zhong)(zhong)(zhong)(zhong)瘤(liu)(liu)(liu)(liu)(liu)(liu)免(mian)疫(yi)中(zhong)(zhong)(zhong)的(de)(de)一個重(zhong)要(yao)調節因子。增(zeng)(zeng)殖(zhi)的(de)(de)集群(qun)表(biao)現出高的(de)(de)HAVCR2表(biao)達（圖(tu)7f），表(biao)明增(zeng)(zeng)殖(zhi)的(de)(de)樹(shu)(shu)突(tu)狀(zhuang)(zhuang)(zhuang)細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)有(you)促進(jin)腫(zhong)(zhong)(zhong)(zhong)(zhong)瘤(liu)(liu)(liu)(liu)(liu)(liu)的(de)(de)功能。最后，研究(jiu)(jiu)者(zhe)使用(yong)細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)互作(zuo)分(fen)析對腫(zhong)(zhong)(zhong)(zhong)(zhong)瘤(liu)(liu)(liu)(liu)(liu)(liu)微環境(jing)中(zhong)(zhong)(zhong)所有(you)細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)類型之間的(de)(de)潛在聯系進(jin)行了探究(jiu)(jiu)。對SLS主導(dao)的(de)(de)腫(zhong)(zhong)(zhong)(zhong)(zhong)瘤(liu)(liu)(liu)(liu)(liu)(liu)與(yu)IS主導(dao)的(de)(de)腫(zhong)(zhong)(zhong)(zhong)(zhong)瘤(liu)(liu)(liu)(liu)(liu)(liu)中(zhong)(zhong)(zhong)配體-受體相(xiang)(xiang)互作(zuo)用(yong)的(de)(de)差(cha)異分(fen)析顯示，在這兩(liang)種(zhong)腫(zhong)(zhong)(zhong)(zhong)(zhong)瘤(liu)(liu)(liu)(liu)(liu)(liu)細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)狀(zhuang)(zhuang)(zhuang)態下(xia)，腫(zhong)(zhong)(zhong)(zhong)(zhong)瘤(liu)(liu)(liu)(liu)(liu)(liu)微環境(jing)串擾(rao)是不同的(de)(de)。例(li)如，在SLS主導(dao)的(de)(de)腫(zhong)(zhong)(zhong)(zhong)(zhong)瘤(liu)(liu)(liu)(liu)(liu)(liu)中(zhong)(zhong)(zhong)發現了更多的(de)(de)腫(zhong)(zhong)(zhong)(zhong)(zhong)瘤(liu)(liu)(liu)(liu)(liu)(liu)和(he)血液內皮細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)之間的(de)(de)相(xiang)(xiang)互作(zuo)用(yong)，這與(yu)SLS主導(dao)的(de)(de)腫(zhong)(zhong)(zhong)(zhong)(zhong)瘤(liu)(liu)(liu)(liu)(liu)(liu)中(zhong)(zhong)(zhong)豐(feng)富的(de)(de)內皮細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)一致（圖(tu)7g）。在SLS主導(dao)的(de)(de)腫(zhong)(zhong)(zhong)(zhong)(zhong)瘤(liu)(liu)(liu)(liu)(liu)(liu)中(zhong)(zhong)(zhong)，CD8和(he)CD4 T細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)與(yu)其他細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)類型的(de)(de)相(xiang)(xiang)互作(zuo)用(yong)被剝奪，這可(ke)能是觀察到的(de)(de)抑(yi)制T細(xi)(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)(bao)克隆擴展的(de)(de)分(fen)子機(ji)制的(de)(de)原因（圖(tu)7g）。