2023-03-01
曼哈頓圖(tu)，圖(tu)形外(wai)觀形似摩天大樓，其本質(zhi)就(jiu)是一張散點圖(tu)，用于(yu)展(zhan)示大量非(fei)零的波(bo)動數據并突出具有強(qiang)相關性的位(wei)點。通常(chang)用于(yu)全基因組關聯研究（GWAS），以顯(xian)示重要的SNP。
一、 圖表解讀 圖表類型可切換為普通曼哈頓圖、環形曼哈頓圖和SNP密度圖。以全基因組關聯分析（GWAS）為例： 1.1 普通曼哈頓圖圖解 散點(dian)圖(tu)：展示SNP與表(biao)型關聯的顯著(zhu)程(cheng)度。 閾值線：一般表示顯著性水平閾值，通常認為在閾值線上方的點為顯著點。 橫坐(zuo)標：展示(shi)SNP所在染色體。 縱坐標：展(zhan)示SNP與表型關(guan)聯的顯著性P值。 熱圖：展示一定窗口內SNP個數。 以下圖為例子：顏色越接近藍色，表示在該窗口內SNP越多，反之越少。 1.2 環形曼哈頓圖圖解 圖表含義與普通曼哈頓圖一致，圖形按環形展示。（普通曼哈頓圖和環形曼哈頓圖，都可以設置是否顯示染色體密度圖） 1.3 SNP密度圖圖解 橫坐標：為每條染色體上的堿基位置。 縱坐(zuo)標：為(wei)染(ran)色體(ti)編(bian)號，顏色(se)的(de)變化代表在一定窗口(kou)內SNP的(de)個(ge)數(shu)。 以下圖為例子：顏色越接近綠色表示在該窗口內SNP越多，反之越少。
二、 參數調整 2.1 閾值線 可自定義輸入某一閾值（建議不超過Y軸最大值），添加為閾值線，閾值線最多可添加5條。 2.2 顯著點 可選擇在閾值線上方的散點是否要突出顯示。當顯著點需要突出顯示時，可調整顯著點形狀、大小與顏色。 2.3 高亮點 提供3種添加高亮散點的方式。 手(shou)動添加(jia)適合單個高亮點、選擇粘貼和上傳文件適合多個高亮點的添加。下圖為手動添加高亮點為例：
