2023-03-27
群體進化簡介
群(qun)體進(jin)化(hua)(hua)(hua)研究是(shi)基于全基因組(zu)重測(ce)序或簡化(hua)(hua)(hua)基因組(zu)測(ce)序技術(shu)獲得物(wu)種自然群(qun)體各亞群(qun)的基因組(zu)信息(xi)，得到大量的SNP、InDel、SV和(he)CNV等(deng)變異信息(xi)，討論(lun)(lun)群(qun)體的遺(yi)傳(chuan)(chuan)結(jie)構(gou)、馴(xun)化(hua)(hua)(hua)機制(zhi)、種群(qun)歷(li)史(shi)以(yi)及群(qun)體進(jin)化(hua)(hua)(hua)動(dong)態等(deng)生物(wu)學問題。探究群(qun)體進(jin)化(hua)(hua)(hua)可(ke)以(yi)為(wei)動(dong)植物(wu)遺(yi)傳(chuan)(chuan)育種和(he)瀕(bin)臨滅絕的動(dong)植物(wu)保護等(deng)提供理(li)論(lun)(lun)依(yi)據，同時也可(ke)以(yi)為(wei)地球地質、生態、氣候(hou)、歷(li)史(shi)人類活(huo)動(dong)變化(hua)(hua)(hua)的研究提供生物(wu)學佐證。 升級版分析流程圖 升級亮點一 6項高級分析升級為標準分析，深入挖掘群體遺傳多樣性信息 小派結合多(duo)年群(qun)(qun)體進化項目(mu)分(fen)(fen)(fen)析經驗，對群(qun)(qun)體進化產品進行了(le)全新的升級。標準分(fen)(fen)(fen)析新增加：全基因(yin)組關(guan)系矩(ju)陣計算、狀態同源(yuan)IBS矩(ju)陣計算、基因(yin)流分(fen)(fen)(fen)析、連(lian)鎖不平衡分(fen)(fen)(fen)析、Tajima's D 分(fen)(fen)(fen)析、選擇性(xing)清除分(fen)(fen)(fen)析，多(duo)維度(du)揭示群(qun)(qun)體內與群(qun)(qun)體間進化關(guan)系充實文章(zhang)內容。 序號 分析項目 應用 1 全基(ji)因組關系(xi)矩陣Gmatrix 個體間親緣關系 2 狀態同源IBS矩陣 估計(ji)個體(ti)間共享染色體(ti)片段的(de)百(bai)分比 3 基因流分析 群體間基因交流向 4 連鎖不平衡分析 基因連鎖程度 5 Tajima's D 分析（需要參考基因組） 檢(jian)測中性(xing)進化及受(shou)選擇程度(du) 6 選擇性清除(chu)分析（需(xu)要參考基因組） 篩選受選擇的位點與基因 標準分析部分結果展示： 【圖】系統進化樹 【圖】PCA主成分 【圖】群體結構 【圖】G值矩陣熱圖 【圖】IBS 距離矩陣熱圖 【圖】基因交流樹狀圖 【圖】LD分布圖 【圖】選擇性清除散點圖 【圖】基因KEGG富集 【圖】Tajima's D值在染色體上的分布圖 升級亮點二 選擇性清除分析不限組數免費分析 小派(pai)大放(fang)送選(xuan)擇(ze)性清(qing)除不限組(zu)數，滿足老(lao)師(shi)一個項目(mu)內(nei)多(duo)組(zu)進行(xing)選(xuan)擇(ze)消(xiao)除分析(xi)的需(xu)求。無論(lun)您的栽培(pei)或(huo)馴(xun)化(hua)的物種有(you)多(duo)少個亞群(qun)，都可以與野生祖(zu)先進行(xing)選(xuan)擇(ze)性清(qing)除分析(xi)，得到受選(xuan)擇(ze)的區(qu)域并進行(xing)GO、KEGG富(fu)集分析(xi)。 選擇消除分析可以做什么？ 挖掘(jue)人工馴(xun)化(hua)過程中受選擇的基因。 挖掘物(wu)種適應性進化中受選(xuan)擇的基因。 升級亮點三 高級分析滿足您的個性化需求，提高文章檔次 小派結合市場需求推出4種個性化分析項目，為文章發表提供更多的亮點！ROH分析，通過ROH的長度和頻率可以反映群體歷史；分歧時間估算，推斷物種系統發育關系以及分歧時間對探討物種起源與演化具有重要意義；種群歷史推斷，通過高深度重測序解析種群瓶頸、擴張、遷移、混合等事件；群(qun)體特異SNP、InDel分析，通過(guo)開發分子(zi)標(biao)記區(qu)分不(bu)同亞群(qun)，也可(ke)以繪制指(zhi)紋圖譜申請專利喲~ 序號 分析項目 應用 1 連續純合片(pian)段ROH分析（需要參(can)考基因(yin)組） 計算近交系數 2 分歧進化時間估算 1）推斷物種(zhong)系統發育(yu)關系；2）分歧時間對探討物種(zhong)起(qi)源與演化 3 種(zhong)群歷史推斷(duan)（需要參考基(ji)因組） 解析種群瓶頸、擴(kuo)張、遷(qian)移、混合等事件 4 群體特異SNP、InDel分析 1）分子標記(ji)區(qu)分不(bu)同亞群；2）繪制(zhi)指紋圖譜申(shen)請(qing)專利 高級分析部分結果展示： 【圖】基于ROH的基因組近交系數的分布圖 【圖】分歧進化時間進化樹 【圖】有效種群大小 群體進化測序策略 選樣策略 測序策略 推薦深度 適用范圍 亞(ya)群劃分(fen)明顯(xian)的自然(ran)群體 每個亞(ya)群樣品數(shu)≥10；亞(ya)群數(shu)≥3。 重測序 ≥5X/樣本 有參考基因組 簡化測序 基因(yin)組(zu)≤1G，測1G/樣(yang)；基因(yin)組(zu)1G~5G，測2G/樣(yang)；基因(yin)組(zu)5G~20G，測5G/樣(yang)； 無(wu)參或(huo)參考基因(yin)組較(jiao)大 注：本(ben)次產品升級只針對于有(you)(you)參群體(ti)進化進行升級，無參也可以做群體(ti)進化分析，但(dan)部分分析項限有(you)(you)參無法分析。 派森諾群體進化項目文章 年份 文章題目 期刊 研究內容 2022 Molecular and morphological analyses clarify species delimitation in section Costatae and reveal Betula buggsii sp. nov. (sect. Costatae, Betulaceae) in China Annals of Botany 群體進化助(zhu)力樺木(mu)屬(shu)碩樺組物種鑒定與劃分(fen) 2022 Asian Swamp eel Monopterus albus Population Structure and Genetic Diversity in China Frontiers in Genetics 中國(guo)黃鱔的群體結(jie)構(gou)和(he)遺傳分化研究(jiu) 2022 Polygenic adaptation contributes to the invasive success of the Colorado potato beetle Molecular Ecology 科羅拉多馬鈴薯甲(jia)蟲(chong)的(de)多基因適(shi)應機制(zhi)研(yan)究(jiu) 2022 Population Genetic Structure and Biodiversity Conservation of a Relict and Medicinal Subshrub Capparis spinosa in Arid Central Asia Diversity 中亞干(gan)旱地(di)區殘留(liu)藥用亞灌木刺山柑群體遺傳結(jie)構及生(sheng)物多樣(yang)性保護 2022 ddRAD-Seq reveals evolutionary insights into population differentiation and the cryptic phylogeography of Hyporhamphus intermedius in China Ecology and Evolution 揭示中國間下鱵種群的進化歷史 2022 Ancient Mitogenomes Suggest Stable Mitochondrial Clades of the Siberian Roe Deer Genes 線粒體(ti)基因組研究揭示西(xi)伯利亞狍(pao)的群體(ti)進化歷史 2022 First description of the mitogenome and phylogeny: Aedes vexansand Ochlerotatus caspius of the Tribe Aedini (Diptera: Culicidae) Infection, Genetics and Evolution 線粒(li)體基因組測序助力伊蚊族系統發育(yu)研究新進(jin)展(zhan) 2022 The First Mitochondrial Genomes of the Family Haplodiplatyidae (Insecta: Dermaptera) Reveal Intraspecific Variation and Extensive Gene Rearrangement Biology 蠼螋(sou)的(de)線粒體基(ji)因組變(bian)異(yi)、常見的(de)線粒體基(ji)因組結構特征及(ji)系統發(fa)育關系 如需進行群體進化測序、分析，歡迎發郵件或者致電我們喲（郵箱地址：genome_support@doudin.cn，聯系電話：021-80118168-6611）！
