2023-04-20
福(fu)爾馬(ma)林固定、石蠟包埋(Formalin-Fixed and Parrffin-Embedded，FFPE) 組(zu)(zu)(zu)織(zhi)是(shi)生(sheng)物學尤(you)其是(shi)醫學領(ling)域常見(jian)的(de)組(zu)(zu)(zu)織(zhi)保存(cun)形式，但(dan)是(shi)這(zhe)一保存(cun)方式存(cun)在(zai)著DNA/RNA 降解(jie)(jie)的(de)情(qing)況(kuang)，導致FFPE樣(yang)本(ben)的(de)檢(jian)測(ce)手段非(fei)常受限。Visium FFPE 空間(jian)基因表(biao)達(da)分(fen)析作(zuo)為一種突破性的(de)解(jie)(jie)決(jue)方案，將(jiang)組(zu)(zu)(zu)織(zhi)學技術的(de)優勢與(yu)RNA測(ce)序的(de)高(gao)通量和發現能力融入FFPE組(zu)(zu)(zu)織(zhi)樣(yang)本(ben)中，可(ke)對病(bing)理學家主(zhu)導的(de)傳統分(fen)析進行(xing)補充。它(ta)能夠以(yi)高(gao)分(fen)辨率(lv)對整張(zhang)組(zu)(zu)(zu)織(zhi)切(qie)片進行(xing)分(fen)析，從空間(jian)上分(fen)析人和小鼠FFPE樣(yang)本(ben)中超過18,000個基因的(de)RNA表(biao)達(da)。前(qian)面小派已介紹，10x Genomics 公司再一次(ci)對技術進行(xing)了革(ge)新，CytAssist 空間(jian)轉錄組(zu)(zu)(zu)平臺應(ying)(ying)運(yun)而(er)生(sheng)。它(ta)不但(dan)可(ke)以(yi)解(jie)(jie)決(jue)傳統 Visium 產(chan)品中 FFPE 樣(yang)本(ben)在(zai)應(ying)(ying)用中的(de)難點，而(er)且擁有更好的(de)數據產(chan)出。
Visium CytAssist 是(shi)一(yi)款(kuan)輕便小巧且易于攜帶的(de)臺式儀器，和全(quan)新升級(ji)試劑v2.0搭(da)配，它(ta)可以將(jiang)普通玻片(pian)上FFPE組織切片(pian)的(de)轉(zhuan)錄(lu)組信息(xi)轉(zhuan)移到10x Visium基因表達捕獲玻片(pian)上，從(cong)而實現整合組織學信息(xi)與轉(zhuan)錄(lu)組信息(xi)的(de)目(mu)的(de)。目(mu)前CytAssist同時兼容(rong)H&E染(ran)色和免疫熒光染(ran)色（IF）的(de)FFPE樣(yang)本(ben)。 CytAssist便攜式儀器（來自10x官(guan)方資料） 技術原理 首先，對普通玻(bo)(bo)片(pian)(pian)(pian)(pian)上面的(de)FFPE組(zu)織切(qie)片(pian)(pian)(pian)(pian)進行脫蠟、成像(xiang)、解交聯和探(tan)針(zhen)雜(za)交，在探(tan)針(zhen)雜(za)交后，將(jiang)兩(liang)張標(biao)準載玻(bo)(bo)片(pian)(pian)(pian)(pian)和一張含兩(liang)個捕(bu)(bu)獲(huo)區(qu)域(yu)（6.5 mm x 6.5 mm 或者 11 mm x 11 mm）的(de)Visium玻(bo)(bo)片(pian)(pian)(pian)(pian)放入(ru)CytAssist儀器(qi)(qi)中，使普通玻(bo)(bo)片(pian)(pian)(pian)(pian)上的(de)組(zu)織切(qie)片(pian)(pian)(pian)(pian)與2個Visium捕(bu)(bu)獲(huo)區(qu)域(yu)對齊后通過(guo)CytAssist儀器(qi)(qi)捕(bu)(bu)捉明(ming)場圖像(xiang)。接下來，通過(guo)運行CytAssist將(jiang)普通玻(bo)(bo)片(pian)(pian)(pian)(pian)上的(de)轉(zhuan)錄組(zu)信息（選定(ding)目標(biao)區(qu)域(yu)的(de)探(tan)針(zhen)）原位轉(zhuan)移到基因表達芯(xin)(xin)片(pian)(pian)(pian)(pian)的(de)捕(bu)(bu)獲(huo)區(qu)域(yu)。在捕(bu)(bu)獲(huo)區(qu)域(yu)中，通過(guo)帶(dai)有不(bu)同位置標(biao)簽的(de)探(tan)針(zhen)獲(huo)取所研(yan)究區(qu)域(yu)的(de)轉(zhuan)錄組(zu)信息（探(tan)針(zhen)釋放和捕(bu)(bu)獲(huo)），從(cong)而獲(huo)取樣本(ben)切(qie)片(pian)(pian)(pian)(pian)不(bu)同空(kong)間位置的(de)轉(zhuan)錄本(ben)的(de)表達水(shui)平。最后，把基因表達芯(xin)(xin)片(pian)(pian)(pian)(pian)從(cong)儀器(qi)(qi)中取出，進行后續探(tan)針(zhen)延伸及(ji)文庫構建。 基于CytAssist的FFPE空間轉錄組(zu)解決方(fang)案工(gong)作流(liu)程(cheng)（來自10x官方(fang)資料） 技術優勢 兼容的樣本類型更加豐富 適用于新(xin)鮮樣本(ben)、普通(tong)石蠟塊組織、存(cun)檔的(de)玻片(pian)樣本(ben)、已(yi)經通(tong)過H&E染色或(huo)者免疫熒光染色貼(tie)在(zai)普通(tong)玻片(pian)上(shang)的(de)樣本(ben)等。通(tong)過 Visium CytAssist 系(xi)統將(jiang)分析(xi)物轉移到(dao) Visium 建(jian)庫芯片(pian)上(shang)，進一步(bu)擴展了樣本(ben)類型。 基因檢測靈敏度和特異性更高 采用了(le)(le)新的(de)探針(zhen)(zhen)設計(ji)，對(dui)(dui)(dui)于約90%的(de)基因(yin)設計(ji)了(le)(le)三對(dui)(dui)(dui)探針(zhen)(zhen)對(dui)(dui)(dui)，對(dui)(dui)(dui)于一些高(gao)表達(da)的(de)基因(yin)設計(ji)了(le)(le)一對(dui)(dui)(dui)探針(zhen)(zhen)，具(ju)有高(gao)靈敏(min)度(du)和高(gao)特異性。較(jiao)高(gao)的(de)基因(yin)捕獲數可以使得注(zhu)釋的(de)細胞種(zhong)類和基因(yin)種(zhong)類更多。 樣本質控要求降低 質檢(jian)標(biao)準降(jiang)低(di)為 DV200>30%（DV200表示(shi)大(da)于200個(ge)核苷酸的(de)RNA片段(duan)占所(suo)有 RNA片段(duan)的(de)百分比(bi)），可檢(jian)測更(geng)多(duo)高降(jiang)解度的(de)樣(yang)本(ben)(ben)。升級后的(de)玻片對(dui)組織(zhi)的(de)粘附性更(geng)高，不用再(zai)做預測試(shi)即(ji)可開展正式實(shi)(shi)驗(yan)。但是，對(dui)于一些特(te)殊樣(yang)本(ben)(ben)，比(bi)如(ru)含有骨組織(zhi)的(de)樣(yang)本(ben)(ben)，即(ji)使(shi)(shi)貼片使(shi)(shi)用的(de)是10x官方推(tui)薦(jian)的(de)品牌，也難(nan)免會(hui)出現(xian)在轉片前的(de)實(shi)(shi)驗(yan)過程(cheng)中出現(xian)脫片的(de)可能。 芯片配置更靈活 兼具 6.5 mm*6.5 mm 和(he) 11 mm*11mm 兩(liang)種規格，方(fang)便研究者(zhe)根據組織塊大小靈活選擇感興趣的(de)病理區域，適用于更(geng)多組織類型。 湊片更自由 一(yi)張芯(xin)片從四個點(dian)陣(zhen)減少至兩個點(dian)陣(zhen)，不(bu)再(zai)擔心湊樣難的問題(ti)。助力實驗快速高(gao)效(xiao)進(jin)行。 數據展示 對于人類(lei)卵巢(chao)癌10×官(guan)方(fang)測(ce)試數據展示，使用CytAssist的(de)組織測(ce)序數據的(de)利(li)用率更高，獲得(de)更多的(de)差異表(biao)達基因數量(liang)，從而獲取(qu)更多有意義的(de)信息。 10×官(guan)方(fang)人卵巢(chao)癌測試數據（來(lai)自10x官(guan)方(fang)資料） 送樣要求 ?石蠟包埋(mai)樣本厚度需>3 mm，客(ke)戶按照自(zi)己所需的(de)方位要求，自(zi)行(xing)包埋(mai)并(bing)做好(hao)標記(ji)。 ?貼好的白片(pian)、做過 H&E 染色的切片(pian)厚(hou)度均4-5um ，需(xu)準備(bei)20-30張貼片(pian);若樣本微小或其他特殊(shu)樣本，請提(ti)前與實驗室溝通，確定(ding)方案。 ?石蠟包(bao)埋/切片樣(yang)本(ben)(ben)，均需避光常溫運輸(shu)。如遇(yu)天氣炎(yan)熱，可放 2-4 個冰袋。對于特殊樣(yang)本(ben)(ben)或者客(ke)戶首次寄送(song)樣(yang)本(ben)(ben)的情況，請提前(qian)與實驗室(shi)技術(shu)人員溝通，確保項目順利進行。
