2023-05-25
差異基因(yin)（differential gene），是指(zhi)一個基因(yin)在(zai)RNA水(shui)平處在(zai)不同環境壓力(li)、時間(jian)、空間(jian)等方面下(xia)，表達有顯著性(xing)差異的(de)基因(yin)。單(dan)細(xi)胞轉(zhuan)錄組(zu)數(shu)據(ju)中(zhong)，cluster間(jian)差異基因(yin)分(fen)(fen)析和組(zu)間(jian)差異基因(yin)分(fen)(fen)析也是下(xia)游(you)分(fen)(fen)析中(zhong)必不可少(shao)的(de)。那(nei)我們(men)如何(he)通過好看(kan)的(de)圖表來可視化咱們(men)單(dan)細(xi)胞數(shu)據(ju)中(zhong)的(de)差異基因(yin)呢，請看(kan)以下(xia)介紹：
一、差異基因火山圖
圖表解(jie)讀：展示指定細胞類(lei)型組間對(dui)比的差異基因 橫坐(zuo)標(biao)：展示差異基因組間表達水(shui)平Log2倍數(shu) 縱坐標：展示差異(yi)基因組間差異(yi)顯著程度-Log10 P value 圖(tu)表說明：Log2 fold change 閾(yu)值線(xian)(xian)和-Log10P閾(yu)值線(xian)(xian)條。在(zai)Log2 fold change 閾(yu)值線(xian)(xian)區間(jian)(jian)內的(de)基(ji)(ji)(ji)因差(cha)(cha)異(yi)倍(bei)數(shu)(shu)低(di)；在(zai)-Log10P閾(yu)值線(xian)(xian)之(zhi)下(xia)的(de)基(ji)(ji)(ji)因差(cha)(cha)異(yi)不顯著；Log2 fold change 閾(yu)值線(xian)(xian)區間(jian)(jian)內和且(qie)-Log10P在(zai)閾(yu)值線(xian)(xian)之(zhi)下(xia)的(de)基(ji)(ji)(ji)因差(cha)(cha)異(yi)倍(bei)數(shu)(shu)低(di)且(qie)差(cha)(cha)異(yi)不顯著(n.s)；Log2 fold change 閾(yu)值線(xian)(xian)區間(jian)(jian)外和且(qie)-Log10P在(zai)閾(yu)值線(xian)(xian)之(zhi)上的(de)基(ji)(ji)(ji)因差(cha)(cha)異(yi)倍(bei)數(shu)(shu)高且(qie)P value 顯著(p-value and Log2FC)。 適用場景：有(you)分組數據即可(ke)
二、差異基因熱圖
圖(tu)表(biao)解讀(du)：展示不同細胞類型上下調基因分布和多組對比 橫坐標：差異基因 縱(zong)坐(zuo)標：對比組和細胞類型 圖表(biao)說明：圖標分左右(you)兩部分，左邊為(wei)(wei)在三組(zu)(zu)中基因(yin)表達模式發生顯著變化的基因(yin),如O-AL/Y-AL組(zu)(zu)比較(jiao)為(wei)(wei)上(shang)調或(huo)者(zhe)下調，但O-CR/O-AL組(zu)(zu)比較(jiao)為(wei)(wei)下調/或(huo)者(zhe)上(shang)調(稱為(wei)(wei)rescue差異基因(yin))；右(you)邊為(wei)(wei)每個細胞(bao)類型各組(zu)(zu)間(jian)比較(jiao)的unique基因(yin)。 適用場景(jing)：數據分組(zu)數量高于2
三、差異基因柱狀圖
圖表解(jie)讀：展示不同細胞(bao)類(lei)型(xing)組間對比上下調基因Log2FC分(fen)布(bu)和數(shu)量 橫(heng)坐(zuo)標：細(xi)胞類型 縱(zong)坐標：Log2 fold change 和基(ji)因(yin)數目 圖(tu)表說(shuo)明：圖分(fen)上下兩部(bu)分(fen)，下部(bu)分(fen)展示(shi)每個(ge)細胞(bao)類型(xing)組間(jian)對比的(de)差異(yi)基因(yin)(yin)Log2 fold change分(fen)布，上部(bu)分(fen)展示(shi)每個(ge)細胞(bao)類型(xing)組間(jian)對比差異(yi)基因(yin)(yin)(區分(fen)上下調(diao))的(de)數(shu)目。 適(shi)用場(chang)景：有分組信息(xi)即可
四、差異基因曼哈頓圖
圖表解讀：展示不同細胞類(lei)型(xing)組間對比上(shang)下調基因Log2FC分布(bu)和(he)top5基因 橫坐標：細(xi)胞類型 縱坐標(biao)：基因的Log2 fold change 圖表說明：圖分(fen)上下兩部分(fen)，下部分(fen)展(zhan)示每個(ge)細(xi)胞(bao)類(lei)型(xing)組間對比(bi)上調(diao)差異(yi)基(ji)因Log2 fold change分(fen)布和(he)top5差異(yi)基(ji)因名稱(cheng)，上部分(fen)展(zhan)示每個(ge)細(xi)胞(bao)類(lei)型(xing)組間對比(bi)下調(diao)的差異(yi)基(ji)因Log2 fold change分(fen)布和(he)top5差異(yi)基(ji)因名稱(cheng)。 適用場景：有分(fen)組信(xin)息(xi)即可
