2023-06-12
一、GWAS基本概念
GWAS（Genome-wide Association Studies）是研(yan)究動植物復雜性(xing)(xing)(xing)(xing)狀的(de)(de)重要手段。對(dui)于自然群體具有豐富遺傳多樣性(xing)(xing)(xing)(xing)的(de)(de)每個(ge)個(ge)體進行(xing)全(quan)基(ji)因組重測(ce)序，檢測(ce)分(fen)布(bu)于全(quan)基(ji)因組范圍的(de)(de)SNP標記(ji)，基(ji)于連鎖不平(ping)衡關系，結(jie)合(he)不同性(xing)(xing)(xing)(xing)狀的(de)(de)表型(xing)數據，進行(xing)分(fen)子標記(ji)與(yu)(yu)表型(xing)性(xing)(xing)(xing)(xing)狀的(de)(de)關聯(lian)分(fen)析，可以快速鑒(jian)定與(yu)(yu)目標表型(xing)性(xing)(xing)(xing)(xing)狀變異關聯(lian)的(de)(de)遺傳標記(ji)或者候選基(ji)因。
（二）
準備樣本表型數據
200個個體以上
DNA提取上機測序
測序深度5~10X/樣本
測序樣本與參考基因組比對
進行基因型檢測
基因型和表型關聯
GWAS定位分析
查找候選基因
三、GWAS適用范圍
1.GWAS適用于自然群體和遺傳群體；
自然群體(ti)：自然(ran)群(qun)體一(yi)般是由一(yi)些(xie)核心種質、自交系、品種、地方品系或者野生(sheng)近緣種材(cai)料(liao)組成，這些(xie)材(cai)料(liao)具(ju)之間在(zai)目標性狀上具(ju)有(you)很強(qiang)的(de)多態性，但在(zai)其它性狀上應盡量保(bao)持隨(sui)機變異(yi)。
遺傳群(qun)體：暫時性分離群體：如F1、F2、BC1等，這類(lei)群體可(ke)以在短期內構建，其分離單位是個(ge)體，不穩定，一經自交或(huo)近交其遺(yi)傳組成(cheng)就會發(fa)生(sheng)變化(hua)，無(wu)法永久使用。
永久性分離群體：如RIL、DH群(qun)(qun)體(ti)等，這類群(qun)(qun)體(ti)構建費時費力，其分(fen)離單位(wei)是株系(xi)(xi)，不同株系(xi)(xi)之間存在基因(yin)型(xing)的(de)(de)差異，而株系(xi)(xi)內個體(ti)間的(de)(de)基因(yin)型(xing)是相同且純合的(de)(de)，是自交(jiao)不分(fen)離的(de)(de)。這類群(qun)(qun)體(ti)可通(tong)過自交(jiao)或近交(jiao)繁殖后代，而不會改(gai)變群(qun)(qun)體(ti)的(de)(de)遺傳組成，可以(yi)永久使(shi)用(yong)。
2.質量性狀、數量性狀和分級性狀；
四、派森諾GWAS分析優勢
1.標準分析多維度挖掘群體遺傳多樣性信息，豐富文章內容
注：A為標準分析。
2.標準分析中GWAS定位與LD-Blook圖繪制均不限性狀個數
【圖】曼哈頓圖
【圖】QQ-plot圖
【圖】LD-Blook圖
五、近三年GWAS高分文章列表
GWAS是解析(xi)動植物(wu)(wu)復雜(za)數量(liang)性(xing)狀的重(zhong)要手段之(zhi)一(yi)，目(mu)前廣(guang)(guang)泛用于植物(wu)(wu)、動物(wu)(wu)、模式物(wu)(wu)種和人類。GWAS具有(you)(you)更(geng)高的分辨率、研究材料(liao)來(lai)源廣(guang)(guang)泛，可捕獲的變異豐富，無需構建遺(yi)傳(chuan)群(qun)體節(jie)省時(shi)間等優(you)點，近(jin)年(nian)來(lai)發文數量(liang)逐年(nian)增長。隨著(zhu)派森諾(nuo)GWAS產品不斷優(you)化升級(ji)，讓您的每一(yi)個項(xiang)目(mu)都有(you)(you)更(geng)好的體驗。
