2023-10-24
上次（點(dian)擊查看）帶大家了解如何用cytoscape繪制PPI網絡圖、以及使用MCODE插件來篩選核心網絡，今天小派再給大家來詳細介紹網絡調整的參數和其它兩個好用的小插件，助大家都能夠玩轉cytoscape。
Cytoscape和Java軟件可通過官網下載，或下方網盤獲取(qu)。 鏈接：//pan.baidu.com/s/1HqAbflFfRZHveuRgJZ3rGA?pwd=lv05 提取碼：lv05
四、Style調整參數 首先可以在Style里選擇一(yi)些(xie)預(yu)設的樣(yang)式，如：Smple1樣(yang)式。 然后可(ke)以對Node（節點）進行(xing)調整： Border Paint/Width：邊(bian)框的(de)顏色和寬度； Fill Color：節點填充的顏色； Width/Height：節點長寬； Image/Chart 1：自定義的節(jie)點圖形（圖像(xiang)、圖標或漸變）； Label：節點(dian)標簽； Label Color：節點(dian)標簽顏色； Label Font Size：節點標簽字體大小； Shape：節(jie)點形(xing)狀； Size：節點大(da)小； Transparency：節點(dian)填(tian)充顏色的透明(ming)度（0表示完全透明(ming)，255表示完全不透明(ming)）。 此外Properties里還有(you)一(yi)些其(qi)它可以調整的選項，常(chang)見的有(you)： Label Font Face：節點(dian)標簽字體； Label Position：節點標簽相對于邊的位(wei)置； Label Transparency：節點標簽的(de)透(tou)明度（0表(biao)示(shi)(shi)完全透(tou)明，255表(biao)示(shi)(shi)完全不透(tou)明）。 還可以對Edge（邊）進行調整： Color：邊的(de)顏色； Label：邊(bian)的標(biao)簽（其它(ta)的參數(shu)和Node里(li)的標(biao)簽類似）； Line Type：邊線(xian)條類型（實線(xian)，虛線(xian)等）； Source/Target Arrow Shape/Unselected Paint：箭頭(tou)/箭尾的形(xing)狀/顏色； Stroke Color：箭頭后面連線的顏色； Transparency：邊(bian)填充顏(yan)色的透明度（0表示(shi)(shi)完全透明，255表示(shi)(shi)完全不透明）； Width：邊線條寬度。 備(bei)注：這些調(diao)整可(ke)以通(tong)過分(fen)析網(wang)絡和(he)attributes里的(de)各種屬性(xing)進行自定義調(diao)整，例如(ru)節(jie)點(dian)的(de)顏色(se)按(an)照上下調(diao)區分(fen)、邊的(de)粗細按(an)照score值漸(jian)變、節(jie)點(dian)大小按(an)照Degree漸(jian)變等。
五、篩選hub基因--cytoHubba插件 當構建的PPI網絡存在上百個基因的對應關系時，可以利用cytoHubba插件通過拓撲網絡算法給每個基因賦值，排序發現其核心基因（hub gene）和子網絡。 首先在Apps里(li)的(de)App Manager...里(li)搜索并(bing)安裝cytoHubba插(cha)件。 操作步驟： 1、選擇左邊的(de)cytoHubba進入工作頁面(mian)； 2、Target Network里(li)選擇需要(yao)分析的(de)網絡； 3、點擊Calculate； 4、點(dian)擊Top 10，可根據(ju)需求調整(zheng)提(ti)取關鍵(jian)基因的數量；另外點(dian)擊MCC可選擇算法，它(ta)提(ti)供了11種拓撲分析(xi)方法，包括:MCC、Degree等； 5、Particular nodes為選擇感興趣的基因(yin)進行分(fen)析（一般是對整(zheng)個(ge)網(wang)絡分(fen)析的話，此(ci)項可以忽略(lve)）； 6、點擊左下方Display the shortest path：顯示最短(duan)的路(lu)徑，（Check the first-stage nodes：顯示出hub gene連接到的第一個節點、Display the expanded subnetwork：顯示出最長的子(zi)網絡）； 7、點擊Submit提交(jiao)； 8、提交(jiao)后(hou)就是按照Degree篩選的Top10核心基因和對應的網絡，右邊(bian)的列(lie)表就顯(xian)示核心基因的排名（顏色越(yue)深，證明分數越(yue)高，越(yue)顯(xian)著(zhu)）； 9、最(zui)后可以(yi)回到Style界面對(dui)網絡進行調整和導出。
六、iRegulon插件 iRegulon作為一個Cytoscape插件，可以識別目標基因的重要調控因子，支持人類、小鼠和果蠅基因。該插件主要使用近10000個TF motifs數據庫和1000個ChIP-seq數據集或“tracks”來檢測富集的TF motifs或ChIPseq峰。接下來，它將富集的TF motifs和“tracks”與靶點基因聯系起來。 首先在Apps里的App Manager...里搜索并安裝iRegulon插件。 首先需(xu)要(yao)準備(bei)用(yong)于分析的(de)靶(ba)基因列表，并導入Cytoscape（選為(wei)source node即可）。 選中(zhong)需要(yao)分析的基因（黃色為已選中(zhong)），然后打(da)開Apps→iRegulon→Predict regulators and targets。 打開(kai)后出現(xian)以下(xia)參數窗(chuang)口： Name for analysis：分析命(ming)名(ming)； Species and gene nomenclature：物種(zhong)和基因(yin)命(ming)名法（人(ren)、小鼠和果蠅）； Node information： Number of selected genes：所預測的基因數目； Ranking： Type of search space：基于(yu)基因； Motif collection：10k / 6k； Track collection：1120 ChIP-seq/ 750； Putative regulatory region：起始(shi)位點上下游端； Motif / Track rankings database：排序(xu)所(suo)依據的數據庫； Recovery： Enrichment score threshold：富集分數； ROC threshold for AUC calculation：AUC值； Rank threshold：排序(xu)閾值； TF prediction： Maximim false discovery rate (FDR) on motif similarity：發現錯誤率。 插(cha)件需要調(diao)整的參數較多，一(yi)般都是(shi)在(zai)原理涉及(ji)到(dao)的數據庫，若需要詳細了解(jie)可查看對應插(cha)件文獻。一(yi)般使用默(mo)認參數即可。 結(jie)果(guo)主要分三(san)個(ge)部分：Motifs，Tracks，Transcription Factors。 Motifs： Enriched Motif ID：特(te)征序(xu)列(lie)ID； NES：根據PWM庫富集出來(lai)計算(suan)得分，類(lei)似(si)匹配(pei)程度； AUC：基因里包含多少(shao)比例的共(gong)表達(da)基因來表示； ClusterCode：聚類（根據相似的Motifs）； #Target：目標基因數目； #TF：轉錄因(yin)子數目； 左邊：logo展示圖(tu)：用于描述序(xu)列特征（字母(mu)的相對大小表示它們(men)在序(xu)列中的頻率，每個(ge)字母(mu)的高度與該位(wei)置的相應堿基的出(chu)現頻率成正比，常以bits為單位(wei)）； 中間： Transcription Factor：轉錄(lu)因(yin)子； orthologous identification：同源性； Motif Simialrity : Motif 間相似性； 右邊：靶(ba)基因(yin)的名稱。 Motif和Tracks應該是兩個類(lei)似的(de)求TF的(de)數據庫，出來的(de)結果列名也類(lei)似，一(yi)般選擇(ze)Motifs的(de)結果。 選(xuan)擇Transcription Factors后，列表主要以TF呈現結果。可(ke)以按照靶(ba)基因排序，看和目(mu)標基因里靶(ba)向(xiang)最多的(de)TF有哪些(xie)。例如選(xuan)中第(di)一(yi)個(ge)SMPX轉錄因子后，1里顯示這個(ge)TF對應(ying)(ying)的(de)4個(ge)Motifs，2里顯示Motif對應(ying)(ying)的(de)TF，3里該TF對應(ying)(ying)的(de)12個(ge)靶(ba)基因。 繪制網(wang)絡(luo)(luo)圖時，可以選擇感興趣的(de)(de)或對應靶基因最多的(de)(de)TF，直接選中再點擊上(shang)方＋，就可出(chu)現對應網(wang)絡(luo)(luo)。 添加完感(gan)興趣的TF后，可以通過Layout和Style對(dui)網(wang)絡(luo)進(jin)行調整(zheng)后導出保存。 此外(wai)，iRegulon插件還可以通(tong)過TF預測靶(ba)基因。 本期(qi)(qi)cytoscape的使用(yong)就介紹到(dao)這里，更(geng)多cytoscape的實(shi)用(yong)方(fang)法分享，敬請期(qi)(qi)待！
