2017-05-25
派森諾生物與廈門大學(xue)合(he)作，在《Appl Environ Microbiol》（最(zui)新影響因子：3.823）發表(biao)文(wen)章，探討地理位置對(dui)基(ji)因組(zu)進化的(de)影響。
研究背景
在(zai)海洋的(de)(de)(de)(de)透(tou)光層(ceng)，好(hao)氧(yang)不產氧(yang)光合(he)(he)細菌(jun)（AAPB）是(shi)(shi)一類可以利用光能的(de)(de)(de)(de)異養(yang)細菌(jun)，生態(tai)調查研究(jiu)表明(ming)這(zhe)一功能類群(qun)(qun)在(zai)海洋中(zhong)廣(guang)泛分(fen)布且在(zai)一些海區占有重(zhong)要(yao)份額，獨(du)特(te)的(de)(de)(de)(de)光能利用能力使其在(zai)海洋碳循環過程中(zhong)充(chong)當著(zhu)重(zhong)要(yao)角(jiao)色。而且，作為從厭(yan)氧(yang)光合(he)(he)細菌(jun)到異養(yang)細菌(jun)進(jin)化過程中(zhong)的(de)(de)(de)(de)過渡類群(qun)(qun)，這(zhe)個類群(qun)(qun)的(de)(de)(de)(de)研究(jiu)對于我們認識光合(he)(he)細菌(jun)的(de)(de)(de)(de)進(jin)化歷史具有非常重(zhong)要(yao)的(de)(de)(de)(de)意義。檸檬(meng)酸微菌(jun)屬屬于α-蛋白菌(jun)綱，鞘(qiao)脂單(dan)胞(bao)菌(jun)目，是(shi)(shi)AAPB成員之一，在(zai)貧瘠的(de)(de)(de)(de)海洋中(zhong)廣(guang)泛存在(zai)。 本文的(de)(de)(de)(de)主(zhu)要(yao)研究(jiu)目的(de)(de)(de)(de)是(shi)(shi)通過檸檬(meng)酸微菌(jun)屬（16S序(xu)列相同(tong)(tong)）進(jin)行基因組測序(xu)，探討地理(li)起源不同(tong)(tong)時(shi)對基因組進(jin)化的(de)(de)(de)(de)影響。
研究材料：從南海、地中海、以及南大西洋(yang)分離得到了9株檸檬微菌屬，具體見下(xia)表(biao)：
測序(xu)平臺：JL354菌株(zhu)采用454測(ce)序(xu)，其它8株(zhu)菌采用Illumina Miseq測(ce)序(xu)平臺。
研究結果
1. 9株菌的概述
從南海(hai)、地中海(hai)、以(yi)及南大西(xi)洋分離(li)得到了9株檸檬微菌(jun)屬(shu)，鑒定后發現它們具有相同的16S序列(lie)。基因(yin)組測序結果顯示在主要區(qu)域的細菌(jun)具有高度共線性。
2. 比較基因組分(fen)析
基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)島(dao)在(zai)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)組(zu)進(jin)化和(he)分(fen)(fen)(fen)(fen)化中起著重要的(de)(de)(de)(de)作用。分(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi)共獲得(de)9個(ge)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)島(dao)，主要涉及IV型(xing)分(fen)(fen)(fen)(fen)泌系(xi)統、鞭毛生(sheng)物合(he)(he)(he)(he)成(cheng)、噬菌(jun)體(ti)和(he)整(zheng)合(he)(he)(he)(he)性原件，這些可通過精細(xi)的(de)(de)(de)(de)比(bi)較(jiao)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)組(zu)學分(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi)獲得(de)。有(you)趣的(de)(de)(de)(de)是(shi)(shi)，兩(liang)個(ge)不同(tong)(tong)的(de)(de)(de)(de)光合(he)(he)(he)(he)作用的(de)(de)(de)(de)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)簇的(de)(de)(de)(de)共存(cun)不僅在(zai)研究的(de)(de)(de)(de)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)組(zu)中發(fa)現(xian)，而(er)且(qie)首(shou)次在(zai)環境樣品(pin)中證實。兩(liang)個(ge)不同(tong)(tong)的(de)(de)(de)(de)光合(he)(he)(he)(he)作用基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)簇共存(cun)現(xian)象的(de)(de)(de)(de)存(cun)在(zai)表(biao)明：這對于(yu)在(zai)海(hai)洋中生(sheng)存(cun)的(de)(de)(de)(de)檸(ning)(ning)檬酸微菌(jun)屬成(cheng)員來(lai)說可能(neng)是(shi)(shi)一種適應機制。比(bi)較(jiao)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)組(zu)特(te)征分(fen)(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)(xi)（如基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)島(dao)、核苷(gan)酸序列一致性、單核苷(gan)酸多態(tai)性、系(xi)統進(jin)化）表(biao)明海(hai)洋內的(de)(de)(de)(de)菌(jun)株具有(you)共同(tong)(tong)的(de)(de)(de)(de)進(jin)化歷史，這與其他區域(yu)（南(nan)海(hai)和(he)地(di)中海(hai)）分(fen)(fen)(fen)(fen)離(li)的(de)(de)(de)(de)菌(jun)株是(shi)(shi)不同(tong)(tong)的(de)(de)(de)(de)。區域(yu)差異(yi)是(shi)(shi)導致觀察到的(de)(de)(de)(de)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)組(zu)分(fen)(fen)(fen)(fen)化的(de)(de)(de)(de)部分(fen)(fen)(fen)(fen)原因(yin)(yin)(yin) ，而(er)且(qie)區域(yu)差異(yi)也(ye)促使微生(sheng)物去適應當地(di)的(de)(de)(de)(de)環境。從地(di)中海(hai)分(fen)(fen)(fen)(fen)離(li)出(chu)的(de)(de)(de)(de)三株檸(ning)(ning)檬酸微菌(jun)屬，是(shi)(shi)在(zai)數百年前由(you)其它菌(jun)株演變而(er)來(lai)，并(bing)進(jin)化成(cheng)了一個(ge)新(xin)的(de)(de)(de)(de)小組(zu)。
