2017-05-24
轉(zhuan)錄組(zu)測序(xu)真(zhen)是個好方法(fa)，實驗有(you)困難(nan)？ seq一(yi)下！什么(me)？別(bie)人(ren)都做了？發文章越來(lai)越難(nan)？跟不上節奏？放(fang)心，老司機(ji)(ji)給你準備了新大(da)招，互(hu)作轉(zhuan)錄組(zu)測序(xu)！互(hu)作轉(zhuan)錄組(zu)測序(xu)（Dual RNA-seq）是2012年新興的(de)(de)(de)(de)技(ji)術，是通過(guo)RNA-seq反映兩個生(sheng)物(wu)(wu)間(jian)的(de)(de)(de)(de)互(hu)作關系(xi)，是繼單物(wu)(wu)種(zhong)(zhong)轉(zhuan)錄組(zu)后RNA家(jia)族的(de)(de)(de)(de)一(yi)顆(ke)極具發展(zhan)潛(qian)力的(de)(de)(de)(de)正在升起的(de)(de)(de)(de)新星，也(ye)是RNA領域最(zui)新的(de)(de)(de)(de)研(yan)究熱點(dian)。互(hu)作轉(zhuan)錄組(zu)測序(xu)在抗病或(huo)致病機(ji)(ji)理研(yan)究、新藥開(kai)發、農業病害(hai)研(yan)究和防治、物(wu)(wu)種(zhong)(zhong)進(jin)化(hua)和生(sheng)理適應等領域具有(you)廣泛(fan)的(de)(de)(de)(de)應用前景(jing)。這么(me)好的(de)(de)(de)(de)技(ji)術，怎么(me)用呢？來(lai)個最(zui)新案(an)例：
2017年1月，來自德國赫爾姆霍茲感染研究中心的Petra Dersch教授建立了基于組織互作轉錄組（Tissue Dual RNA-seq）的分析方法，并成功的應用在假結核耶爾森菌侵染腸淋巴細胞的研究中，結果發表在PNAS上。致病菌在侵染宿主的過程中需要快速調整其毒力和定植基因來應對宿主的免疫系統，宿主也會根據致病菌的侵染來激活免疫系統，這個侵染與被侵染的過程是一個互動的過程，而基因表達的變化是這個互動過程的直接體現。研究者使用假結核耶爾森菌侵染小鼠腸道，分析了侵染過程中小鼠腸淋巴細胞和假結核耶爾森菌基因表達的變化。結果發現，免疫系統的應答主要是中性粒細胞的離子滲入和TH17/TH1激活，假結核耶爾森菌在侵染的過程中上調了III型分泌系統，并激活了應對中性粒細胞介導的離子缺失、自由基壓力和營養限制的基因，對菌體毒力影響最大的是碳源儲存調節系統，這個系統是III型分泌系統上調必需的。
與(yu)之前的(de)研究報(bao)道(dao)中(zhong)的(de)模型或不(bu)同侵染(ran)(ran)時間點取樣不(bu)同，這一研究從(cong)真實(shi)的(de)侵染(ran)(ran)過(guo)程(cheng)入手，不(bu)僅揭示了(le)假(jia)結核(he)耶爾森菌侵染(ran)(ran)腸(chang)淋巴細胞(bao)的(de)動(dong)態過(guo)程(cheng)，還(huan)部分(fen)解(jie)析了(le)侵染(ran)(ran)的(de)機理以及侵染(ran)(ran)過(guo)程(cheng)中(zhong)假(jia)結核(he)耶爾森菌與(yu)腸(chang)淋巴細胞(bao)的(de)基因表達互動(dong)，為假(jia)結核(he)耶爾森菌感染(ran)(ran)的(de)預(yu)防和治療(liao)提(ti)供理論支持(chi)。
與傳統的(de)分子檢測方法或純(chun)培養轉(zhuan)(zhuan)(zhuan)錄組測序(xu)相(xiang)比，互(hu)(hu)作(zuo)(zuo)(zuo)轉(zhuan)(zhuan)(zhuan)錄組測序(xu)真正(zheng)的(de)做到了原(yuan)位分析(xi)，排(pai)除了人為因素的(de)干擾，還(huan)原(yuan)了現象的(de)本質，而且在(zai)(zai)分析(xi)的(de)過程(cheng)中將(jiang)2種(zhong)生物結(jie)合起來(lai)，更直接(jie)的(de)展示互(hu)(hu)作(zuo)(zuo)(zuo)關系及(ji)互(hu)(hu)作(zuo)(zuo)(zuo)機理。目前互(hu)(hu)作(zuo)(zuo)(zuo)轉(zhuan)(zhuan)(zhuan)錄組測序(xu)的(de)研究主要(yao)集中在(zai)(zai)病(bing)菌侵(qin)染方面，但互(hu)(hu)作(zuo)(zuo)(zuo)轉(zhuan)(zhuan)(zhuan)錄組測序(xu)應用(yong)范圍遠(yuan)不(bu)止這些，隨著RNA-seq技術的(de)改(gai)進和(he)分析(xi)手段(duan)的(de)發展，以及(ji)更多(duo)基因組信息被公(gong)布，互(hu)(hu)作(zuo)(zuo)(zuo)轉(zhuan)(zhuan)(zhuan)錄組測序(xu)將(jiang)大(da)有可為。方法已成熟(shu)，你還(huan)在(zai)(zai)等什(shen)么？趕緊(jin)上車，別讓到手的(de)PNCS跑了。
派(pai)森諾已做好了互作轉錄組測(ce)序的所有準備，趕緊來咨詢吧。
原始(shi)文(wen)獻：
Nuss A M, Beckstette M, Pimenova M, et al. Tissue dual RNA-seq allows fast discovery of infection-specific functions and riboregulators shaping host–pathogen transcriptomes[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2017: 201613405.
相關文(wen)獻：
1. Westermann A J, Barquist L, Vogel J. Resolving host–pathogen interactions by dual RNA-seq[J]. PLoS pathogens, 2017, 13(2): e1006033.
2. Burgess D J. Gene expression: Host-pathogen duels revealed by dual RNA-seq in vivo[J]. Nature Reviews Genetics, 2017, 18(3): 143-143.
3. Damron F H, Oglesby-Sherrouse A G, Wilks A, et al. Dual-seq transcriptomics reveals the battle for iron during Pseudomonas aeruginosa acute murine pneumonia[J]. Scientific Reports, 2016, 6.
4. Westermann A J, F?rstner K U, Amman F, et al. Dual RNA-seq unveils noncoding RNA functions in host–pathogen interactions[J]. Nature, 2016, 529(7587): 496-501.
5. Aprianto R, Slager J, Holsappel S, et al. Time-resolved dual RNA-Seq reveals extensive rewiring of lung epithelial and pneumococcal transcriptomes during early infection[J]. Genome Biology, 2016, 17(1): 198.
6. Nuss A M, Heroven A K, Waldmann B, et al. Transcriptomic profiling of Yersinia pseudotuberculosis reveals reprogramming of the Crp regulon by temperature and uncovers Crp as a master regulator of small RNAs[J]. PLoS Genet, 2015, 11(3): e1005087.
