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2023-轉錄調控項目文章大薈萃

2024-01-03


時光飛(fei)逝(shi),遙(yao)想2023,仿(fang)佛就在(zai)上周!

不(bu)過不(bu)要悲傷!相信你也和小派一樣(yang),在過去的(de)一年(nian)收獲滿滿!這(zhe)里(li)派門為您精(jing)選了2023轉錄調控(kong)精(jing)品文章(zhang),一文囊(nang)括8大研究(jiu)方向(xiang)。看完這(zhe)篇,想必“組學文章(zhang)無從下筆”這(zhe)么(me)冰冷的(de)幾個字(zi),再也不(bu)能從你37℃的(de)嘴(zui)里(li)說出!



目(mu)錄

1、醫學

醫(yi)學研究前沿

中藥(yao)提取物/化合物處理


2、農(nong)學-動物 

發育 

脅迫 


3、農學-植物

生長發育 

抗逆

植(zhi)物-微生物


4、其他(ta)方向 

食品 

環境(jing)



1、醫(yi)學

醫學研究前沿

作(zuo)為(wei)人(ren)類健(jian)康及(ji)發(fa)展(zhan)的基(ji)礎,醫學(xue)(xue)研(yan)(yan)究(jiu)一直備受矚目(mu)。隨著組(zu)學(xue)(xue)技(ji)術的快速發(fa)展(zhan),幫助(zhu)研(yan)(yan)究(jiu)者(zhe)們解決了一個又(you)一個科學(xue)(xue)問題,尤(you)其(qi)在(zai)疾病(bing)研(yan)(yan)究(jiu)中,通(tong)過組(zu)學(xue)(xue)方(fang)法深(shen)入了解疾病(bing)發(fa)展(zhan)、治(zhi)療的分(fen)子機制,已經成(cheng)為(wei)了最(zui)便捷、常(chang)見(jian)的研(yan)(yan)究(jiu)手段之一。下面(mian)就通(tong)過小派精選的部分(fen)前沿研(yan)(yan)究(jiu)項目(mu)文(wen)章,帶你回顧2023的醫學(xue)(xue)研(yan)(yan)究(jiu)熱點!

1、

文(wen)章題目:BRD9-mediated chromatin remodeling suppresses osteoclastogenesis through negative feedback mechanism

期刊:Nature Communications

影(ying)響因子:16.6

技術(shu)手段:RNA-seq,ATAC-seq,Chip-seq等(deng)

技術(shu)路線:

圖片1.png

部分研究結論:

研究發現(xian)髓系中BRD9缺失(shi)(shi)通(tong)過下調干擾(rao)素-β(IFN--β)信號(hao)來(lai)(lai)增強(qiang)破骨(gu)(gu)(gu)細(xi)胞譜系定(ding)型和骨(gu)(gu)(gu)吸收,BRD9與轉錄(lu)因子FOXP1相(xiang)互作(zuo)(zuo)用(yong),激(ji)活Stat1轉錄(lu),從而介(jie)導下游IFN-β信號(hao)通(tong)路激(ji)活。作(zuo)(zuo)者利用(yong)BRD9和柔性(xing)(xing)可注(zhu)射(she)絲光(guang)固化絲蛋白(bai)水凝(ning)膠(jiao)的藥理調節(jie)優勢,設計了(le)一種局部給(gei)藥系統,有效(xiao)減輕唑來(lai)(lai)膦(lin)酸(suan)(ZOL)相(xiang)關的頜骨(gu)(gu)(gu)壞死(ONJ),減輕脂多糖(LPS)誘導的局部侵襲性(xing)(xing)牙周(zhou)炎的急(ji)性(xing)(xing)骨(gu)(gu)(gu)丟失(shi)(shi)。這些結果證明(ming)了(le)BRD9在(zai)破骨(gu)(gu)(gu)細(xi)胞形成中的作(zuo)(zuo)用(yong)及其對骨(gu)(gu)(gu)疾病的治療潛(qian)力。


2、KSHV microRNA與擴(kuo)張(zhang)性心(xin)肌(ji)病關聯新機(ji)制(zhi)

文章題目:A Kaposi’s sarcoma-associated herpes virus-encoded microRNA contributes to dilated cardiomyopathy

期刊:Signal Transduction and Targeted Therapy

影響因子:39.3

技術手段:RIP-seq,轉(zhuan)錄組分析等

部(bu)分研究內容(rong):

圖片2.png

kshv-miR-K12-1-5pIFN信號通路(lu)示意圖

圖片3.png

組(zu)學分析結果

部分(fen)研(yan)究結論(lun):

擴張型心肌(ji)病(bing)(DCM)是心臟(zang)移植的(de)主(zhu)要原因。通過microRNA (miRNA)陣列,在DCM患者中(zhong)(zhong)檢測到卡(ka)波西肉瘤相關皰疹病(bing)毒(KSHV)編碼的(de)miRNA KSHV-mir-k12-1-5p。測定696例DCM患者血漿中(zhong)(zhong)KSHV DNA載量和KSHV-mir-k12-1-5p水平,KSHV DNA血清(qing)陽性的(de)DCM患者因心血管原因或心臟(zang)移植而(er)死亡(wang)的(de)個體終點風險增加。在心臟(zang)組織中(zhong)(zhong),與健康供者相比(bi),DCM患者心臟(zang)中(zhong)(zhong)的(de)KSHV DNA負荷也有所增加。

此外,KSHV感(gan)染(ran)的(de)(de)心(xin)臟內(nei)皮細胞(bao)(bao)釋放的(de)(de)KSHV-miR-K12-1-5p可(ke)以破壞(huai)心(xin)肌細胞(bao)(bao)中的(de)(de)I型干擾素信(xin)號通路。我們(men)使用(yong)了(le)兩種KSHV-miR-K12-1-5p過表達模型(agomiR和重組腺相關病毒(du)(du))來探索KSHV編(bian)碼的(de)(de)miRNA在體內(nei)的(de)(de)作用(yong)。KSHV-miR-K12-1-5p加(jia)重已知(zhi)嗜心(xin)病毒(du)(du)誘導(dao)的(de)(de)心(xin)功(gong)能障礙和炎癥浸潤。總之,KSHV感(gan)染(ran)是DCM的(de)(de)危險因(yin)素,為DCM的(de)(de)發展提供了(le)涉及(ji)病毒(du)(du)及(ji)其miRNA的(de)(de)見解(jie)。


3、

文(wen)章題目:Biomimetic Convex Implant for Corneal Regeneration Through 3D Printing

期刊(kan):ADVANCED SCIENCE

影響(xiang)因子:15.1

技術(shu)手段:RNA-seq等

技術路線:

圖片4.png

部分研究結論:

兔角膜上(shang)皮(pi)細(xi)胞(bao)(bao)(RCECs)在凹凸結構上(shang)更(geng)陡峭的曲(qu)率(lv)表(biao)面(mian)上(shang),細(xi)胞(bao)(bao)組織排列更(geng)整齊,細(xi)胞(bao)(bao)-底物(wu)粘附(fu)更(geng)緊密,這也可以通(tong)過有限元模擬和(he)信號通(tong)路分(fen)析得到驗證。相比于平面(mian)角膜植(zhi)(zhi)入(ru)(ru)體(ti)(ti)(ti),凸面(mian)植(zhi)(zhi)入(ru)(ru)體(ti)(ti)(ti)在體(ti)(ti)(ti)移植(zhi)(zhi)時與(yu)鄰近組織的貼合(he)更(geng)好(hao),細(xi)胞(bao)(bao)黏附(fu)更(geng)強(qiang),可在180天內加(jia)速(su)角膜上(shang)皮(pi)化,促(cu)進膠原纖維(wei)和(he)神(shen)經再(zai)生(sheng)。綜上(shang)所述,打(da)印的凸面(mian)角膜植(zhi)(zhi)入(ru)(ru)物(wu)可以促(cu)進角膜再(zai)生(sheng),為角膜損傷的治療(liao)提供一(yi)種新的轉化策略,這一(yi)發現(xian)加(jia)速(su)了3D打(da)印領域的進展。


4、

文章題目:TRPV1 regulates ApoE4-disrupted intracellular lipid homeostasis and decreases synaptic phagocytosis by microglia

期刊:Experimental & Molecular Medicine

影響因子(zi):12.8

技術手(shou)段(duan):RNA-seq,脂質(zhi)組等

技術路線(xian):

122.png

部分研究結論:

闡明APOE4誘(you)發(fa)阿(a)爾(er)(er)茲海(hai)默病(bing)的分子機制(zhi)和(he)細胞(bao)途徑(jing),對預(yu)防和(he)治(zhi)愈阿(a)爾(er)(er)茲海(hai)默病(bing)十分重(zhong)要。本研究發(fa)現(xian),用辣椒(jiao)素激活TRPV1可(ke)(ke)逆轉ApoE4誘(you)導的小膠(jiao)質(zhi)(zhi)細胞(bao)免疫(yi)功能(neng)(neng)障礙(ai)和(he)神經(jing)元(yuan)自噬損傷(shang),另外TRPV1基(ji)因(yin)缺失(shi)加重(zhong)了ApoE4小鼠的識別記憶障礙(ai)和(he)tau病(bing)理。總(zong)而言之,TRPV1調(diao)節脂質(zhi)(zhi)代謝可(ke)(ke)減輕(qing)ApoE4等位(wei)基(ji)因(yin)的影(ying)響,這可(ke)(ke)能(neng)(neng)是一種潛在的阿(a)爾(er)(er)茨海(hai)默癥治(zhi)療(liao)方法(fa)。


5、

文章(zhang)題目:Oxidized mitochondrial DNA induces gasdermin D oligomerization in systemic lupus erythematosus

期刊(kan):Nature Communications

影響因子:16.6

技(ji)術(shu)手段(duan):RNA-seq等(deng)

技術路線(xian):

圖片6.png

部分研究結論:

在SLE患者(zhe)血(xue)清和(he)IFN-γ體外(wai)刺激后,中(zhong)性(xing)粒細(xi)胞(bao)(bao)釋(shi)放核(he)DNA和(he)線粒體DNA以及溶解(jie)性(xing)細(xi)胞(bao)(bao)死亡(wang)所需(xu)的(de)成孔蛋白GSDMD。從機制上講(jiang),SLE患者(zhe)血(xue)清體外(wai)刺激后,FcγR的(de)激活下調了SeRpinb1,導致(zhi)caspase-1/caspase-11的(de)自(zi)發(fa)激活和(he)GSDMD裂解(jie)為GSDMD-N。此(ci)外(wai),mtDNA氧化(hua)(hua)促進了GSDMD-N寡聚化(hua)(hua)和(he)細(xi)胞(bao)(bao)死亡(wang)。GSDMD是SLE患者(zhe)和(he)健康人中(zhong)性(xing)粒細(xi)胞(bao)(bao)與(yu)ICs孵育后從低(di)密度(du)粒細(xi)胞(bao)(bao)釋(shi)放細(xi)胞(bao)(bao)外(wai)mtDNA所必需(xu)的(de)。使用降(jiang)植烷誘(you)導的(de)狼瘡模(mo)型,實驗發(fa)現中(zhong)性(xing)粒細(xi)胞(bao)(bao)特異性(xing)Gsdmd缺乏癥(zheng)小鼠(shu)或Gsdmd抑制劑(ji)雙硫侖治療后,疾病嚴重(zhong)程度(du)顯(xian)著降(jiang)低(di)。總之,我們(men)的(de)研究強調了氧化(hua)(hua)mtDNA在誘(you)導GSDMD寡聚化(hua)(hua)和(he)孔形成中(zhong)的(de)重(zhong)要(yao)作(zuo)用。這些發(fa)現也(ye)表明(ming)GSDMD可能是SLE的(de)一個可能的(de)治療靶點。


6、

文章題目:ovalently Grafted Biomimetic Matrix Reconstructs the Regenerative Microenvironment of the Porous Gradient Polycaprolactone Scaffold to Accelerate Bone Remodeling

期(qi)刊:Small

影響因子:13.3

技(ji)術手(shou)段:蛋白組(zu)等

技術路(lu)線:

圖片7.png

部分研究結論:

本研(yan)究通過模仿(fang)骨(gu)(gu)基(ji)質(zhi)的軟硬結合(he)結構(gou),利(li)用多巴胺介導(dao)的仿(fang)生(sheng)細胞(bao)外基(ji)質(zhi)錨定聚(ju)多巴胺包(bao)被的3DP PCL支架(jia)(BM-g-DPCL),構(gou)建(jian)了一(yi)(yi)種化(hua)學(xue)鍵(jian)合(he)結構(gou)。它促進了干(gan)細胞(bao)在(zai)(zai)體(ti)外的遷(qian)移(yi)、增殖和(he)成骨(gu)(gu)分化(hua),并加速(su)(su)了體(ti)內內源性干(gan)細胞(bao)的募集和(he)快(kuai)速(su)(su)血(xue)管生(sheng)成。植入后,能在(zai)(zai)骨(gu)(gu)組織與種植體(ti)之間融合(he),誘導(dao)骨(gu)(gu)基(ji)質(zhi)沉(chen)積。蛋(dan)白質(zhi)組學(xue)證實細胞(bao)因子(zi)粘附、生(sheng)物礦化(hua)、快(kuai)速(su)(su)血(xue)管化(hua)和(he)細胞(bao)外基(ji)質(zhi)形成是臨床尺(chi)寸兔顱骨(gu)(gu)缺損重建(jian)滿(man)意的主(zhu)要因素。該(gai)策(ce)略為無生(sheng)長因子(zi)/細胞(bao)骨(gu)(gu)再生(sheng)支架(jia)提供了一(yi)(yi)種可選的設計思路。

其(qi)他精(jing)選案(an)例

物種

組學

期刊

文章(zhang)題目(mu)

轉錄組

Advanced Science


小鼠

轉錄組

Journal of Hazardous Materials


小鼠

轉錄組+代謝組+TMT蛋白組

Pharmacological Research


轉錄組(zu)+單細(xi)胞(bao)轉錄組(zu)

Science Translational Medicine

Diverse rescue potencies of p53 mutations to ATO are predetermined by intrinsic mutational properties

p53突變對ATO的不同(tong)拯(zheng)救能力是(shi)由(you)其固有的突變特性決(jue)定的

人(ren)

轉(zhuan)錄組

International Journal of Biological Sciences

NUF2 Drives Cholangiocarcinoma Progression and Migration via Inhibiting Autophagic Degradation of TFR1

NUF2通過(guo)抑制(zhi)TFR1的自噬降解驅動膽管癌的進(jin)展和遷移

大鼠

轉錄組

Critical Care

Altered intestinal microbiome and metabolome correspond to the clinical outcome of sepsis

腸道微生物組(zu)和代謝組(zu)的(de)改變與敗血癥的(de)臨(lin)床結果相對應

轉錄(lu)組

Experimental Cell Research

Hydrogen sulfide protects retinal pigment epithelium cells against  ferroptosis through the AMPK- and p62-dependent non-canonical NRF2-KEAP1 pathway

硫化氫(qing)通過AMPK-和(he)p62依賴(lai)的非典(dian)型NRF2-KEAP1途徑保(bao)護視網膜色素上皮細(xi)胞(bao)免(mian)受(shou)鐵死亡

小鼠

轉(zhuan)錄組

Cell Transplantation

Human Menstrual Blood–Derived Endometrial Stem Cells Promote Functional Recovery by Improving the Inflammatory Microenvironment in a Mouse Spinal Cord Injury Model

人(ren)經血來源的子宮(gong)內膜干細(xi)胞通(tong)過改善小鼠脊(ji)髓損傷(shang)模型(xing)的炎癥(zheng)微(wei)環境促進(jin)功能恢(hui)復(fu)

轉錄組

Journal of Cancer

LncRNA HOTAIR Enhances Epithelial-to-mesenchymal Transition to Promote the Migration and Invasion of Liver Cancer by Regulating NUAK1 via Epigenetic Inhibition miR-145-5p Expression

LncRNA HOTAIR通過表觀遺傳抑制miR-145-5p表達(da)調控NUAK1,增強上(shang)皮(pi)-間質轉化促(cu)進肝(gan)癌遷(qian)移和(he)侵襲

小鼠

轉錄(lu)組+16s+代謝組

Bioengineering & Translational Medicine

The efficacy of anti-proteolytic peptide R7I in intestinal inflammation, function, microbiota, and metabolites by multi-omics analysis in murine bacterial enteritis

通(tong)過多組學分析抗蛋白水(shui)解肽R7I對(dui)小(xiao)鼠細菌(jun)性腸(chang)炎腸(chang)道炎癥、功能、微生物群和代(dai)謝物的影響

轉錄組(zu)

Cell Reports

Glutamylation of an HIV-1 protein inhibits the immune response by hijacking STING

HIV-1蛋(dan)白的谷氨酰化通(tong)過劫(jie)持STING抑制免疫反應(ying)

大(da)鼠

脂質組+轉錄組

GENES AND IMMUNITY

αCGRP deficiency aggravates pulmonary fibrosis by activating the PPARγ signaling pathway

αCGRP缺失通過激活(huo)PPARγ信號通路加重肺(fei)纖維化

小鼠

轉錄組

Life Sciences

ARF1 maintains intestinal homeostasis by modulating gut microbiota and stem cell function

ARF1通過調節腸(chang)道(dao)微生物群和(he)干細(xi)胞功(gong)能維持腸(chang)道(dao)內(nei)穩(wen)態

小鼠

轉錄(lu)組

Experimental Cell Research

Increased OIT3 in macrophages promotes PD-L1 expression and hepatocellular carcinogenesis via NF-κB signaling

巨(ju)噬(shi)細胞中OIT3的升高通過NF-κB信號通路促進PD-L1表達和(he)肝細胞癌(ai)變(bian)

小(xiao)鼠

轉錄(lu)組

Immunobiology

TLR-2 agonist Pam3CSK4 has no therapeutic effect on visceral leishmaniasis in BALB/c mice and may enhance the pathogenesis of the disease

TLR-2激(ji)動(dong)劑Pam3CSK4對BALB/c小鼠內臟利什曼病無治療作用(yong),可能增(zeng)強其發病機制

小鼠

轉錄組

Food Science and Human Wellness

Per1/Per2 double knockout transcriptome analysis reveals circadian regulation of hepatic lipid metabolism

Per1/Per2雙敲除轉錄組分析揭示了肝(gan)臟脂質(zhi)代謝的(de)晝夜節律調(diao)節

小鼠

脂質組+16s

Molecules

Hyperoside Nanomicelles Alleviate Atherosclerosis by Modulating the Lipid Profile and Intestinal Flora Structure in High-Fat-Diet-Fed Apolipoprotein-E-Deficient Mice

金絲桃(tao)苷納米膠束通過調節高(gao)脂(zhi)飲食喂養的載脂(zhi)蛋白e缺乏小鼠的脂(zhi)質譜和腸道菌群結構來(lai)緩解動脈粥(zhou)樣硬化


中藥提取物/化合物處理

組學技(ji)術作(zuo)為(wei)優良的(de)技(ji)術手段,廣(guang)泛應用于(yu)評價藥物(wu)、化合物(wu)對生物(wu)體帶來(lai)的(de)療(liao)效或傷害(hai),從分子水平挖掘物(wu)質處理后對機(ji)體產(chan)生的(de)影響。小派(pai)整理了(le)2023一些相關實驗設(she)計的(de)研(yan)究案例,帶你快速(su)get經(jing)典文章(zhang)思(si)路。

1、

文章題目:Chlorogenic Acid Ameliorates Post-Infectious Irritable Bowel Syndrome by Regulating Extracellular Vesicles of Gut Microbes

期刊:Advanced Science

影響因子:15.1

技術手段:非(fei)靶向代(dai)謝組(GC?TOF?MS),蛋白組,16s等

技術路線:

圖片8.png

部分研究結論:

本(ben)文研究了綠原(yuan)酸(CGA)在緩解大(da)鼠PI-IBS中的(de)(de)作(zuo)用,這是一(yi)種(zhong)具有(you)多(duo)種(zhong)藥理特(te)性的(de)(de)天然化合(he)物。直腸(chang)(chang)(chang)給(gei)藥CGA通(tong)(tong)過調(diao)節腸(chang)(chang)(chang)道(dao)(dao)菌群(qun)及其(qi)代(dai)謝(xie)產物緩解PI-IBS,闡明腸(chang)(chang)(chang)道(dao)(dao)菌群(qun)在PI-IBS發(fa)病機(ji)制(zhi)中起(qi)關鍵作(zuo)用。添(tian)加CGA顯著提高了糞(fen)便(bian)中產酸擬桿菌的(de)(de)豐(feng)度和甘(gan)氨(an)酸水平。原(yuan)核細(xi)(xi)胞(bao)和真核細(xi)(xi)胞(bao)之(zhi)間(jian)的(de)(de)生(sheng)物信(xin)號交換主要(yao)是通(tong)(tong)過細(xi)(xi)胞(bao)外(wai)囊(nang)泡(EVs)的(de)(de)分泌,甘(gan)氨(an)酸結(jie)構(gou)改變Bacteroides acidifaciens 胞(bao)外(wai)囊(nang)泡(EVs)并富集(ji)胞(bao)外(wai)囊(nang)泡中的(de)(de)功(gong)能蛋白;甘(gan)氨(an)酸誘導的(de)(de)EVs通(tong)(tong)過減(jian)輕腸(chang)(chang)(chang)道(dao)(dao)臟器炎癥和超敏反應,維持(chi)黏(nian)膜屏障功(gong)能從而減(jian)輕PI-IBS。因此,CGA通(tong)(tong)過腸(chang)(chang)(chang)道(dao)(dao)微(wei)生(sheng)物群(qun)及其(qi)代(dai)謝(xie)產物介導來緩解PI-IBS。本(ben)研究提出了一(yi)種(zhong)腸(chang)(chang)(chang)道(dao)(dao)微(wei)環(huan)境與宿主之(zhi)間(jian)信(xin)號交換的(de)(de)新(xin)機(ji)制(zhi)。


2、

文章題目:Structure and hepatoprotective activity of Usp10/NF-kB/Nrf2 pathway-related Morchella esculenta polysaccharide

期刊:Carbohydrate Polymers

影響因子:11.2

技術手段:代謝組(zu),16s,蛋(dan)白組(zu)等

技(ji)術路線:

圖片9.png

部分研究結論:

從羊肚(du)菌中提取并(bing)純化(hua)了水(shui)溶性羊肚(du)菌多(duo)糖2(MEP2),分子(zi)量為(wei)959kDa的(de)MEP2具有a→4)-α-D-Glcp-(1→葡(pu)聚糖主鏈,并(bing)且該分支在H-6位(wei)置被α-D-Glcp-(1→4)-α-D-Glcp-(1→殘(can)基和(he)α-D-Glcp-(1→殘(can)基。在慢性酒精(jing)(jing)誘導的(de)肝損傷小(xiao)鼠中,MEP2通(tong)過Usp10/Nrf2/NF-kB信號通(tong)路調節血(xue)清(qing)代謝(xie)產物和(he)腸道(dao)微生物群的(de)水(shui)平,以抑制炎癥(zheng)反應和(he)氧化(hua)應激,減輕(qing)肝損傷。這(zhe)些(xie)數據支持了MEP2作為(wei)酒精(jing)(jing)性肝損傷潛在治療策(ce)略(lve)的(de)應用。


3、從摩(mo)氏假(jia)單(dan)胞菌923中(zhong)提取的天(tian)然(ran)抗生(sheng)素吡唑三嗪對植物(wu)病(bing)原細菌和真菌具有抑制作用

文章題(ti)目(mu):The natural pyrazolotriazine pseudoiodinine from Pseudomonas mosselii 923 inhibits plant bacterial and fungal pathogens

期刊(kan):Nature Communications

影響因子:16.6

技術手段:基(ji)因(yin)組,轉錄組等

部分研究內容:

圖片10.png

GacA和CsrA介導(dao)吡(bi)唑三(san)嗪(qin)的生物(wu)合成

部分研究結論:

本文報(bao)道了從(cong)水稻(dao)根(gen)際土壤中(zhong)分(fen)離到一(yi)株(zhu)(zhu)具(ju)有特異性抑制植(zhi)物(wu)細菌(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)性病(bing)(bing)原菌(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)黃單胞菌(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)和真菌(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)病(bing)(bing)原菌(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)稻(dao)瘟病(bing)(bing)菌(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)生(sheng)長的假單胞菌(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)923株(zhu)(zhu)。該抗菌(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)化(hua)合物(wu)經高分(fen)辨(bian)率質譜、核磁(ci)共振和單晶(jing)x射線衍射純化(hua)并鑒(jian)定(ding)為(wei)pseudoiodinine。全(quan)基因(yin)組隨機(ji)突變、轉錄組分(fen)析和生(sheng)化(hua)分(fen)析確定(ding)pseudoiodinine生(sheng)物(wu)合成(cheng)簇為(wei)psdABCDEFG。通過(guo)優化(hua)發酵(jiao)培養(yang)基,過(guo)表達生(sheng)物(wu)合成(cheng)操縱子,去除CsrA結(jie)合位點,pseudoiodinine產量增加(jia)22.4倍。菌(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)株(zhu)(zhu)923和植(zhi)物(wu)中(zhong)純化(hua)的pseudoiodinine均(jun)能抑制病(bing)(bing)原菌(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)而不(bu)影(ying)響水稻(dao)寄主(zhu),表明pseudoiodinine可用于植(zhi)物(wu)病(bing)(bing)害(hai)的防治。

其他精選案例

物種

組學

期刊

文章題目(mu)

小鼠(shu)

轉錄組+宏(hong)基因組

Cell Metabolism

Hyodeoxycholic acid alleviates non-alcoholic fatty liver disease through modulating the gut-liver axis

羥(qian)脫氧膽(dan)酸通過調(diao)節腸(chang)-肝軸(zhou)減輕非酒精性脂肪(fang)肝疾病

大鼠

代(dai)謝組+16s

Journal of Functional Foods

Analysis of the alleviating effect of black bean peel anthocyanins on type 2 diabetes based on gut microbiota and serum metabolome

基于腸道菌群和血清代(dai)謝(xie)組分析黑(hei)豆皮花(hua)青素對2型糖尿病的緩(huan)解作(zuo)用(yong)

大鼠

全轉錄組

European Journal of Pharmacology

Bioinformatics analysis of ceRNA regulatory network of baicalin in alleviating pathological joint alterations in CIA rats

黃芩苷ceRNA調控網絡減輕CIA大鼠(shu)病(bing)理(li)性關節改變(bian)的生物(wu)信(xin)息學分(fen)析

小鼠

轉錄(lu)組

International Immunopharmacology

Novel antidepressant-like properties of the fullerenol in an LPS-induced depressive mouse model

富(fu)勒烯(xi)醇在LPS誘導的(de)抑郁小鼠模型(xing)中的(de)新型(xing)抗抑郁特性(xing)

大鼠(shu)

轉錄(lu)組

Food Chemistry

Investigation of isoflavone constituents from tuber of Apios americana Medik and its protective effect against oxidative damage on RIN-m5F cells

北美土圞兒(er)塊莖中異黃酮成分及其對RIN-m5F細胞氧化損傷的保(bao)護作用(yong)

轉(zhuan)錄(lu)組

Metabolites

Magnolol as a Protective Antioxidant Alleviates Rotenone-Induced Oxidative Stress and Liver Damage through MAPK/mTOR/Nrf2 in Broilers

厚(hou)樸酚(fen)作為保護(hu)性(xing)抗氧(yang)化劑通過MAPK/mTOR/Nrf2緩解魚(yu)藤酮誘(you)導(dao)的肉仔雞氧(yang)化應激(ji)和肝臟損(sun)傷

白(bai)色念珠菌(jun)

轉錄組+蛋白(bai)組

International Journal of Antimicrobial Agents

Miltefosine exhibits fungicidal activity through oxidative stress generation and Aif1 activation in Candida albicans

米特氟辛在白色念珠(zhu)菌中(zhong)通過氧化應(ying)激(ji)(ji)產生(sheng)和Aif1激(ji)(ji)活(huo)(huo)表現出(chu)殺真菌活(huo)(huo)性

白(bai)色念珠菌(jun)

轉錄組

Microbiology Spectrum

Hexyl-Aminolevulinate Ethosomes: a Novel Antibiofilm Agent Targeting Zinc Homeostasis in Candida albicans

己基(ji)氨基(ji)乙酰酸體:一種針對白色念珠菌鋅穩態的(de)新型抗(kang)生素(su)膜劑

意大利青霉

TMT標記蛋白(bai)組

Food Quality and Safety

Integrative cytology and proteome alterations unravel the multitarget effect of a novel alkaloid antofine against Penicillium italicum

綜合細胞學和蛋(dan)白質組學改變揭示了一種新型生物(wu)堿安(an)托芬(fen)對(dui)意大利青霉的多靶點效應



2、農學(xue)-動(dong)物(wu)

發育

農(nong)口動(dong)物/昆蟲研究受(shou)限?文章影響因子(zi)大打(da)折扣?不存(cun)在的(de)!看小派準備的(de)2023發育類(lei)研究專(zhuan)題(ti),無論是好思路,還(huan)是新技(ji)術,雙手(shou)奉上(shang)!還(huan)不快收藏起來!

1、

文章題(ti)目:Multi- and Transgenerational Developmental Impairments Are Induced by Decabromodiphenyl Ethane (DBDPE) in Zebrafish Larvae

期刊:Environmental Science & Technology

影響因子:11.4

技術手段(duan):全(quan)基因(yin)組甲(jia)基化,RNA-seq等

技術路(lu)線:

圖片11.png

部分研究結論:

本(ben)研(yan)究(jiu)結(jie)(jie)果(guo)證(zheng)實(shi),DBDPE生(sheng)命(ming)周期暴(bao)露會導致后代多代和(he)跨代發(fa)育障礙,并增加(jia)疾病易感(gan)性。此(ci)外,DBDPE暴(bao)露引發(fa)了(le)(le)三代表(biao)(biao)觀遺傳和(he)基(ji)因(yin)表(biao)(biao)達譜(pu)的變化。生(sheng)物信息學分析表(biao)(biao)明,與(yu)能(neng)量代謝和(he)神經發(fa)育相關的過(guo)(guo)程明顯中斷。此(ci)外,通(tong)過(guo)(guo)機(ji)器學習獲得了(le)(le)一(yi)系(xi)列轉錄和(he)甲基(ji)化水平的候(hou)選基(ji)因(yin),這些候(hou)選基(ji)因(yin)涵蓋了(le)(le)主要受影(ying)響的途(tu)徑(jing),生(sheng)化指標(biao)、神經遞(di)質水平和(he)運動行為結(jie)(jie)果(guo)都證(zheng)明了(le)(le)該觀點。

1、母體免疫因子與生(sheng)殖(zhi)系統(tong)微生(sheng)物對后代發(fa)育的影響

文章題目:Maternal effects drive intestinal  development beginning in the embryonic period on the basis of maternal immune and microbial transfer in chickens

期刊:Microbiome

影(ying)響因子:15.5

技術(shu)手段:RNA-seq,16s等

部分研究(jiu)內容:

圖片12.png

微生物多樣性分析(xi)

圖片13.png

轉錄組分(fen)析

部分研究結論:

該(gai)研(yan)究表(biao)明,母體(ti)(ti)免疫優勢對鳥類(lei)胚胎期(qi)(qi)開始(shi)的(de)(de)(de)后代健康有積極影響。研(yan)究結(jie)果還(huan)表(biao)明,適應性母體(ti)(ti)效應可能(neng)通(tong)過(guo)高水(shui)平的(de)(de)(de)母體(ti)(ti)免疫因子的(de)(de)(de)垂(chui)直轉移(yi)和(he)(he)由增強(qiang)的(de)(de)(de)母體(ti)(ti)免疫形(xing)成的(de)(de)(de)生(sheng)殖(zhi)(zhi)系統微(wei)生(sheng)物群的(de)(de)(de)垂(chui)直轉移(yi)來(lai)實(shi)現(xian)。綜上所述,通(tong)過(guo)改善(shan)產(chan)蛋期(qi)(qi)種(zhong)鳥的(de)(de)(de)營(ying)養(yang)和(he)(he)健康管理(li),提高種(zhong)鳥的(de)(de)(de)免疫力,可以實(shi)現(xian)種(zhong)鳥養(yang)殖(zhi)(zhi)場(chang)(chang)、孵化場(chang)(chang)和(he)(he)養(yang)殖(zhi)(zhi)場(chang)(chang)這三條家禽養(yang)殖(zhi)(zhi)產(chan)業鏈的(de)(de)(de)雙贏。母體(ti)(ti)生(sheng)殖(zhi)(zhi)系統中的(de)(de)(de)微(wei)生(sheng)物可能(neng)是促(cu)進動物健康的(de)(de)(de)有用資源。

其他精選案例

豬(zhu)

smart-seq2

JOURNAL OF ANIMAL SCIENCE


轉錄(lu)組

International Journal of Molecular Sciences

Transcriptomics and Selection Pressure Analysis Reveals the Influence Mechanism of PLIN1 Protein on the Development of Small Size in Min Pigs

轉錄組學(xue)和選(xuan)擇壓力分析揭示了PLIN1蛋(dan)白對小型豬發育的影響(xiang)機制

蜚蠊

比較轉錄組

Molecular Phylogenetics and Evolution

Advances in the understanding of Blattodea evolution: Insights from phylotranscriptomics and spermathecae

昆蟲進化的研究進展:來自(zi)系統轉錄組學和(he)精子(zi)科(ke)的見解

冰川山蝶

有參(can)轉錄組

International Journal of Molecular Sciences

Diapause-Linked Gene Expression Pattern and Related Candidate Duplicated Genes of the Mountain Butterfly Parnassius glacialis (Lepidoptera: Papilionidae) Revealed by Comprehensive Transcriptome Profiling

綜合轉錄組分(fen)析揭示高山蝶(鱗翅目:鳳蝶科)滯育相關基因表(biao)達模式及(ji)相關候選重復基因


脅迫

環境的(de)(de)變(bian)化(hua)同樣會對機體(ti)產生較大影響,隨(sui)著(zhu)環境惡(e)化(hua)、污染(ran)嚴重(zhong)、全(quan)球(qiu)變(bian)暖等問(wen)題(ti)的(de)(de)加劇(ju)下,研究(jiu)動物在相應環境中的(de)(de)耐受程度,與受到的(de)(de)影響,也(ye)是(shi)當今的(de)(de)重(zhong)要(yao)研究(jiu)課題(ti)。如果您也(ye)是(shi)這(zhe)樣的(de)(de)研究(jiu)課題(ti),又對實(shi)驗設計無從下手,不(bu)如先(xian)從做個組學開(kai)始(shi),幫(bang)您迅(xun)速聚(ju)焦關鍵(jian)信息,為下游(you)實(shi)驗提供指(zhi)導思(si)路。

1、

文章題(ti)目:Triphenyl phosphate induced reproductive toxicity through the JNK signaling pathway in Caenorhabditis elegans

期刊:Journal of Hazardous Materials

影響因子(zi):13.6

技術手段(duan):RNA-seq等

技術路線:

圖片14.png

部分研究結論:

本研究表明(ming),暴露于TPHP會影響秀麗(li)隱桿(gan)(gan)線蟲(chong)的(de)生(sheng)殖(zhi)(zhi)能力,包括增加性(xing)(xing)(xing)腺細(xi)胞(bao)凋亡(wang)的(de)數量,減(jian)少子宮內發育胚胎的(de)數量以(yi)及減(jian)少后代的(de)數量。此外,通(tong)(tong)過轉錄組分析、qRT-PCR實驗和(he)突變體(ti)驗證方法證實了TPHP暴露會通(tong)(tong)過JNK信號通(tong)(tong)路誘導(dao)秀麗(li)隱桿(gan)(gan)線蟲(chong)的(de)生(sheng)殖(zhi)(zhi)毒(du)(du)性(xing)(xing)(xing)。其中(zhong),JNK信號通(tong)(tong)路中(zhong)kgb-2和(he)vhp-1基(ji)因的(de)缺失(shi)在秀麗(li)隱桿(gan)(gan)線蟲(chong)暴露于TPHP后生(sheng)殖(zhi)(zhi)性(xing)(xing)(xing)能下降中(zhong)起著至(zhi)關(guan)重要(yao)的(de)作用。這些發現有助于深入了解芳基(ji)OPFRs在無(wu)脊椎動物體(ti)內的(de)生(sheng)物積累性(xing)(xing)(xing),對芳基(ji)OPFRs的(de)毒(du)(du)性(xing)(xing)(xing)評價具有重要(yao)意(yi)義,并可為尋找毒(du)(du)性(xing)(xing)(xing)更小、危害更小的(de)阻燃(ran)劑提供(gong)基(ji)礎的(de)毒(du)(du)性(xing)(xing)(xing)和(he)毒(du)(du)理機制(zhi)數據(ju)。


2、

文章題目:Polystyrene nanospheres-induced hepatotoxicity in swamp eel (Monopterus albus): From biochemical, pathological and transcriptomic perspectives

期刊:Science of the Total Environment

影響因子:9.8

技(ji)術手段:RNA-seq等(deng)

技術(shu)路線:

圖片15.png

部分研究結論:

本(ben)研究通過綜合分(fen)析,從分(fen)子、細(xi)胞和(he)組織水平(ping)研究了(le)PS-NPs慢(man)性暴露對(dui)黃鱔的(de)毒(du)理學效應和(he)機制。研究結果揭示了(le)MPs誘(you)導肝毒(du)性的(de)物理化(hua)學和(he)分(fen)子機制,并(bing)強(qiang)調了(le)淡水養殖中(zhong)MPs的(de)生態風(feng)險評估。


3、

文(wen)章(zhang)題目:Geosmin disrupts energy metabolism and locomotor behavior of zebrafish in early life stages

期刊:Science of the Total Environment

影響因子:9.8

技術手段:RNA-seq,代謝組等

技術路線:

圖片16.png

部分研究結論:

本研(yan)究通過生化參數檢測(ce)以及(ji)轉錄組(zu)和代謝(xie)組(zu)分析表明,土(tu)臭素(su)可能會導(dao)致水生動(dong)物(wu)的(de)線粒體應(ying)激,這為我們(men)提供了對土(tu)臭素(su)影響能量代謝(xie)潛(qian)在(zai)(zai)機制的(de)新見解。也提醒我們(men),在(zai)(zai)未來的(de)研(yan)究中應(ying)注意(yi)慢(man)性暴露(lu)后的(de)發育毒性。

其他(ta)精選案例

黑斑(ban)原鮡

轉錄(lu)組

Aquaculture Reports

Liver transcriptome analysis revealing response to high-temperature stress  in Glyptosternum maculatum (Sisoridae: Siluriformes)

肝(gan)臟(zang)轉錄組分(fen)析(xi)揭示(shi)斑狀(zhuang)雕胸骨對高溫脅迫的響應

大黃魚(yu)

TMT標記蛋白組

Aquaculture

Proteomic and transcriptomic analysis of large yellow croaker (Larimichthys crocea) during early development under hypoxia and acidification stress

缺(que)氧和(he)酸化脅迫下大黃魚早期發育(yu)的蛋白質組學和(he)轉(zhuan)錄組學分(fen)析

黃鱔

轉(zhuan)錄組

Science of the Total Environment

Dietary polystyrene nanoplastics exposure alters hepatic glycolipid metabolism, triggering inflammatory responses and apoptosis in Monopterus albus

飲食中的聚苯乙烯納米塑(su)料(liao)暴露會改(gai)變(bian)黃鱔(shan)的肝糖脂(zhi)代謝,引(yin)發(fa)炎癥反應和細(xi)胞(bao)凋亡

轉錄組

journal of applied toxicology

Inorganic arsenic exposure promotes malignant progression by HDAC6-mediated down-regulation of HTRA1

無機砷暴(bao)露通過hdac6介導的HTRA1下調促進惡性進展

小(xiao)鼠

轉錄組

Molecules

BDE-47 Induces Immunotoxicity in RAW264.7 Macrophages through the Reactive Oxygen Species-Mediated Mitochondrial Apoptotic Pathway

BDE-47通過活性(xing)氧介導的線粒體凋亡(wang)途(tu)徑(jing)誘導RAW264.7巨噬(shi)細(xi)胞的免疫(yi)毒(du)性(xing)



3、農學-植物(wu)

生長發育


生長(chang)(chang)發育是(shi)植物研(yan)究(jiu)的基石,無論是(shi)育種、抗逆、轉基因等研(yan)究(jiu),都離不開(kai)植物生長(chang)(chang)發育過程(cheng)的知識作為(wei)理論研(yan)究(jiu)基礎。這里小派精(jing)選了相關的項目文章,帶您看(kan)(kan)看(kan)(kan)2023年植物生長(chang)(chang)發育方(fang)向(xiang)還有哪些(xie)新收獲(huo)!

1、RLI2通過促進翻譯(yi)機制的組裝來調(diao)節擬南芥雌性配子體和胚(pei)胎的發育

文(wen)章題(ti)目:RLI2 regulates Arabidopsis female gametophyte and embryo development by facilitating the assembly of the translational machinery

期刊:Cell Reports

影響因子:8.8

技(ji)術手段:蛋(dan)白組,RNA-seq等

研究路線(xian):

圖片17.png

部分研究結論:

本(ben)研究報(bao)道了RNase L抑制劑2/ATP-BINDING CASSETTE E2 (RLI2/ABCE2)調控擬南芥(jie)的(de)(de)(de)翻譯(yi)(yi)。RLI2的(de)(de)(de)零突變是(shi)配(pei)(pei)子(zi)體(ti)(ti)和(he)胚(pei)胎致(zhi)命的(de)(de)(de),而RLI2的(de)(de)(de)敲(qiao)(qiao)低則(ze)引起多(duo)效性(xing)(xing)發(fa)育缺陷。RLI2與幾種翻譯(yi)(yi)相關因子(zi)相互作用(yong)。RLI2的(de)(de)(de)敲(qiao)(qiao)低會影響參與翻譯(yi)(yi)調控和(he)胚(pei)胎發(fa)育的(de)(de)(de)一組蛋(dan)白(bai)質(zhi)的(de)(de)(de)翻譯(yi)(yi)效率,表(biao)明RLI2在這些過程中起著(zhu)關鍵作用(yong)。特(te)別是(shi),RLI2敲(qiao)(qiao)低突變體(ti)(ti)表(biao)現(xian)出與生(sheng)長素信號和(he)雌性(xing)(xing)配(pei)(pei)子(zi)體(ti)(ti)和(he)胚(pei)胎發(fa)育有關的(de)(de)(de)基(ji)因表(biao)達減(jian)少。因此,研究結(jie)果表(biao)明,RLI2促進了翻譯(yi)(yi)機制的(de)(de)(de)組裝,并間接調節了生(sheng)長素信號傳(chuan)導,從而調節了植物的(de)(de)(de)生(sheng)長發(fa)育。


2、

文章題目:Unexpected growth promotion of Chlorella sacchrarophila triggered by herbicides DCMU

期(qi)刊:Journal of Hazardous Materials

影響因子:13.6

技(ji)術手段:RNA-seq等

技術路(lu)線:

圖片18.png

部分研究結論:

本(ben)研究結果表明,DCMU對小(xiao)球藻(zao)(zao)光(guang)自養的(de)(de)損害大(da)于混(hun)合營養。此外(wai),低濃(nong)度(du)的(de)(de)DCMU (20 - 80 μg/L) 能促進(jin)小(xiao)球藻(zao)(zao)的(de)(de)混(hun)合營養生(sheng)(sheng)長,特(te)別是在高(gao)(gao)輻照下(xia)。機制(zhi)分析表明,DCMU可以通過抑制(zhi)PSII中(zhong)的(de)(de)電子傳遞來減(jian)輕(qing)光(guang)損傷,維持小(xiao)球藻(zao)(zao)較高(gao)(gao)的(de)(de)葉綠素含(han)量,從而(er)提高(gao)(gao)小(xiao)球藻(zao)(zao)對葡萄糖(tang)的(de)(de)利(li)用,最(zui)終促進(jin)小(xiao)球藻(zao)(zao)的(de)(de)生(sheng)(sheng)長。

其(qi)他精(jing)選案(an)例

物種

組學

期(qi)刊

文章題目(mu)

櫻桃

轉錄組

Frontiers in Plant Science

Strigolactones modulate stem length and diameter of cherry rootstocks through interaction with other hormone signaling pathways

獨(du)腳金(jin)內酯通過與(yu)其他(ta)激(ji)素信號通路的(de)相互作用(yong)調節(jie)櫻(ying)桃砧(zhen)木(mu)的(de)莖長和直徑(jing)

木茼蒿

轉錄組+代謝組

Scientia Horticulturae

Integrated transcriptomics and metabolomics analyses provide insights into the mechanisms of capitulum architecture in Argyranthemum  frutescens (Asteraceae)

整合轉錄組(zu)學和代謝組(zu)學分析(xi)為木茼蒿(菊(ju)科)頭狀花(hua)序結(jie)構機制提供了新的見解

桉樹

轉錄組(zu)

Tree Physiology

Natural annual transcriptome dynamics of Eucalyptus reveal seasonal adaptation of tropical/sub-tropical trees

桉樹自然年轉錄(lu)組動態揭示了熱(re)帶/亞熱(re)帶樹木的(de)季節適應性(xing)


抗逆

植(zhi)物在自(zi)然環(huan)(huan)境中(zhong)生(sheng)(sheng)長(chang),常(chang)遇到(dao)一些不利(li)于(yu)(yu)植(zhi)物體代謝和生(sheng)(sheng)長(chang)發育(yu)的環(huan)(huan)境因素,無論是來(lai)自(zi)自(zi)然環(huan)(huan)境的非生(sheng)(sheng)物脅(xie)迫(po)、生(sheng)(sheng)物脅(xie)迫(po),還是由人類(lei)活(huo)動為植(zhi)物生(sheng)(sheng)長(chang)帶(dai)來(lai)的影響與(yu)脅(xie)迫(po)。對于(yu)(yu)植(zhi)物抗逆的研究,有助(zhu)于(yu)(yu)在未(wei)來(lai)幫助(zhu)植(zhi)物更好的適應環(huan)(huan)境,茁壯成長(chang)。下(xia)面通過小派的2023植(zhi)物抗逆組學文章,帶(dai)你看看“植(zhi)物警長(chang)”如何抵抗“黑惡勢力”!


1、

文章題目:Differentially-expressed genes related to glutathione metabolism and heavy metal transport reveals an adaptive, genotype-specific mechanism to Hg2+ exposure in rice (Oryza sativa L.)

期刊:Environmental Pollution

影響因子:8.9

技術手段:RNA-seq等

技術路線:

圖片19.png

部分研究結論:

在汞(gong)脅迫(po)下,兩種(zhong)水(shui)(shui)稻基(ji)(ji)因(yin)型的(de)活(huo)性氧(H2O2)的(de)產(chan)生增加了(le)MDA含量,從(cong)而(er)加劇(ju)了(le)過氧化(hua)(hua)對膜的(de)損(sun)傷。然(ran)而(er),H655中抗(kang)氧化(hua)(hua)酶(mei)和(he)GSH代謝相關基(ji)(ji)因(yin)的(de)上(shang)(shang)調表達(da)(da),使H655的(de)抗(kang)氧化(hua)(hua)酶(mei)活(huo)性(CAT、SOD)和(he)GSH含量高(gao)于H767,從(cong)而(er)增強了(le)H655對Hg的(de)耐受性。另一方(fang)面,GST和(he)PCS的(de)高(gao)表達(da)(da)催化(hua)(hua)H655中Hg與GSH結合,從(cong)而(er)誘導轉(zhuan)運(yun)體基(ji)(ji)因(yin)YLS2在H655中上(shang)(shang)調表達(da)(da)。增加了(le)該水(shui)(shui)稻基(ji)(ji)因(yin)型的(de)汞(gong)轉(zhuan)運(yun)和(he)積累(lei)能(neng)力。因(yin)此,H655的(de)地上(shang)(shang)部組織中汞(gong)的(de)積累(lei)量超過H767(圖6)。本(ben)研究(jiu)通過對汞(gong)脅迫(po)下水(shui)(shui)稻品種(zhong)的(de)生理和(he)分(fen)子特征的(de)研究(jiu),揭示了(le)水(shui)(shui)稻對汞(gong)脅迫(po)的(de)適應機制,有利于制定培育耐汞(gong)水(shui)(shui)稻品種(zhong)的(de)新策略。


2、

文章題目:Effects of cadmium on transcription, physiology, and ultrastructure of two tobacco cultivars

期刊:Science of the Total Environment

影響因子:9.8

技(ji)術(shu)手段:RNA-seq等(deng)

技術(shu)路(lu)線:

圖片20.png

部分研究結論:

該研究發現鎘(ge)(ge)脅迫(po)(po)下NC55中(zhong)NtNRAMP5基(ji)因的表(biao)達(da)量(liang)(liang)顯(xian)著高(gao)(gao)(gao)于(yu)(yu)K326,導致NC55葉片(pian)(pian)中(zhong)積(ji)累了更多的鎘(ge)(ge)。同時,NtNRAMP3a, NtNRAMP3b和NtNRAMP6在(zai)NC55中(zhong)的高(gao)(gao)(gao)表(biao)達(da)增加了NC55對鎘(ge)(ge)的敏感性(xing)(xing)。另外,鎘(ge)(ge)脅迫(po)(po)下K326中(zhong)POD活性(xing)(xing)較高(gao)(gao)(gao),ROS和MDA積(ji)累量(liang)(liang)較低,ABA含量(liang)(liang)較高(gao)(gao)(gao),耐鎘(ge)(ge)相關轉(zhuan)錄(lu)因子(zi)(WRKY、MYB、NAC、bHLH)表(biao)達(da)量(liang)(liang)較高(gao)(gao)(gao),提(ti)高(gao)(gao)(gao)了K326對鎘(ge)(ge)的耐受(shou)性(xing)(xing)。導致K326根系和葉片(pian)(pian)超微結構受(shou)鎘(ge)(ge)損傷程度均(jun)低于(yu)(yu)NC55,氮代(dai)謝和光合作用速率均(jun)高(gao)(gao)(gao)于(yu)(yu)NC55。最終導致鎘(ge)(ge)脅迫(po)(po)下K326生(sheng)物量(liang)(liang)顯(xian)著高(gao)(gao)(gao)于(yu)(yu)NC55。這項(xiang)研究闡(chan)明了煙草葉片(pian)(pian)鎘(ge)(ge)積(ji)累和鎘(ge)(ge)耐受(shou)性(xing)(xing)的機理(li),為培育低鎘(ge)(ge)積(ji)累、高(gao)(gao)(gao)鎘(ge)(ge)耐受(shou)性(xing)(xing)煙草品種奠定了理(li)論(lun)基(ji)礎。

其他精選案例

物種

組學

期刊

文章題目

玉米

轉錄組+蛋白組

Genes

Proteome and Ubiquitylome Analyses of Maize Endoplasmic Reticulum under Heat Stress

熱脅迫下玉米內質網蛋(dan)白質組(zu)和(he)泛素組(zu)分析(xi)

月牙藻

代謝組

Journal of Environmental Sciences

Metabolomic profiles in a green alga ( Raphidocelis subcapitata ) following erythromycin treatment: ABC transporters and energy metabolism

紅(hong)霉(mei)素處(chu)理后月牙(ya)藻(zao)(Raphidocelis subcapitata)的代謝(xie)組學特征:ABC轉(zhuan)運蛋白和能量代謝(xie)

全轉錄組

Scientia Horticulturae

Whole transcriptome analysis of trifoliate orange (Poncirus trifoliata (L.)  Raf.) under osmotic stress

枳(Poncirus trifoliata, L.)全轉錄(lu)組分析)在滲透脅迫下

櫻桃

轉錄(lu)組

Scientia Horticulturae

Strigolactone and salicylic acid regulate the expression of multiple  stress-related genes and enhance the drought resistance of cherry rootstocks

獨腳金(jin)內酯和水(shui)楊酸(suan)調節(jie)多(duo)種脅迫(po)相關基(ji)因(yin)的表達,增(zeng)強了櫻桃砧木的抗(kang)旱(han)性

苦草(cao)

轉錄組+16s

Environmental and Experimental Botany

Ecological effects and molecular mechanisms of single and coexisting PFOS and Cu exposure on submerged macrophytes and periphytic biofilms in aquatic environments

全氟辛烷磺酸和銅單一及共存(cun)暴(bao)露對(dui)水(shui)生(sheng)環(huan)境中(zhong)淹(yan)沒植(zhi)(zhi)物(wu)和周圍植(zhi)(zhi)物(wu)生(sheng)物(wu)膜的生(sheng)態(tai)效應及分(fen)子機制

甜菜

轉錄組

Journal of Soil Science and Plant Nutrition

Nitrogen Application Promotes DroughtStressed Sugar Beet Growth by Improving Photosynthesis, Osmoregulation, and Antioxidant Defense

施氮(dan)通過改善(shan)光合(he)作用、滲透(tou)調節和抗氧(yang)化防(fang)御促進干旱脅迫下甜菜(cai)的生(sheng)長

大豆(dou)

轉(zhuan)錄(lu)組

Plants

Overexpression of lncRNA77580 Regulates Drought and Salinity Stress Responses in Soybean

lncRNA77580過表達調(diao)控大豆(dou)干旱和鹽脅迫響應



植物-微生物


提起微(wei)生物(wu)(wu),植(zhi)物(wu)(wu)絕對對他“又愛又恨”!一方面(mian)很多(duo)微(wei)生物(wu)(wu)會(hui)引起植(zhi)物(wu)(wu)的(de)真菌、細菌病害,令植(zhi)物(wu)(wu)痛不欲生;另一方面(mian),又有(you)(you)很多(duo)微(wei)生物(wu)(wu)具有(you)(you)促(cu)生作用,與植(zhi)物(wu)(wu)相(xiang)輔相(xiang)成。這里小(xiao)派(pai)歸納了2023年植(zhi)物(wu)(wu)與微(wei)生物(wu)(wu)領域的(de)精品(pin)研究,一起來(lai)品(pin)品(pin)?

1、番茄免疫識別(bie)的(de)二重性(xing)及(ji)青枯(ku)菌多聚半乳糖醛酸外切酶(mei)PehC的(de)毒力活性(xing)

文(wen)章題目:Duality of immune recognition by tomato and virulence activity of the Ralstonia solanacearum exo-polygalacturonase PehC

期刊:Plant Cell

影響因子:11.6

技術手段(duan):RNA-seq等

技術路線:

圖片21.png

部分研究結論:

作(zuo)者(zhe)提出了(le)PehC在(zai)(zai)(zai)青(qing)枯(ku)(ku)菌(jun)(jun)侵(qin)染(ran)中發揮多(duo)重(zhong)功能(neng)的(de)工作(zuo)模(mo)(mo)(mo)型(xing):在(zai)(zai)(zai)侵(qin)染(ran)過程中,青(qing)枯(ku)(ku)菌(jun)(jun)分泌PehA水解(jie)寄主植(zhi)物細胞壁的(de)重(zhong)要成(cheng)分果膠,生成(cheng)OGs。OGs作(zuo)為(wei)一種DAMP,可(ke)被(bei)植(zhi)物細膜(mo)表面受體WAK1識別(bie)(bie)并觸發DTI。為(wei)了(le)逃避這種識別(bie)(bie),青(qing)枯(ku)(ku)進化出PehB和(he)(he)PehC來降解(jie)OG,生成(cheng)二聚體GalA2和(he)(he)單體GalA。這些單糖(tang)可(ke)以在(zai)(zai)(zai)侵(qin)染(ran)早期(qi)作(zuo)為(wei)碳源被(bei)青(qing)枯(ku)(ku)菌(jun)(jun)利(li)用,幫(bang)助其在(zai)(zai)(zai)木(mu)質部中定殖和(he)(he)生長。同時為(wei)了(le)抵抗青(qing)枯(ku)(ku)菌(jun)(jun)的(de)入侵(qin),番茄進一步進化出了(le)RLK類型(xing)的(de)模(mo)(mo)(mo)式識別(bie)(bie)受體來識別(bie)(bie)PehC,激活(huo)PTI免疫。該(gai)研究提出了(le)番茄與青(qing)枯(ku)(ku)菌(jun)(jun)共同進化的(de)模(mo)(mo)(mo)型(xing),為(wei)植(zhi)物與病原菌(jun)(jun)之間的(de)競賽提供了(le)新的(de)模(mo)(mo)(mo)式。


2、葉際微(wei)生物組誘導宿主代(dai)謝(xie)防(fang)御水(shui)稻(dao)稻(dao)曲(qu)病

文章題目:Phyllosphere microbiome induces host metabolic defence against rice false-smut disease

期刊(kan):Nature Microbiology

影(ying)響因子(zi):28.3

技術手段:RNA-seq, 16s等

部分研(yan)究內容:

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微生(sheng)物組分析

圖片23.png

轉錄組(zu)分(fen)析

部分研究結論:

本研究確定了(le)水稻(dao)(dao)和(he)常駐微生(sheng)(sheng)物群之間相(xiang)互作用的(de)(de)代謝(xie)防御,以防御全球流(liu)行的(de)(de)植(zhi)(zhi)物病原體Ustilaginoidea virens,這(zhe)導致了(le)稻(dao)(dao)曲病。通(tong)過(guo)對(dui)16S和(he)轉錄組(zu)測序數據的(de)(de)分(fen)析,確定了(le)富含疾(ji)病抑(yi)制穗的(de)(de)關鍵微生(sheng)(sheng)物類(lei)(lei)群,特別是乳酸(suan)(suan)菌和(he)曲霉,將這(zhe)些(xie)數據與(yu)(yu)初(chu)級代謝(xie)分(fen)析、宿主(zhu)基(ji)因(yin)組(zu)編(bian)輯和(he)微生(sheng)(sheng)物分(fen)離(li)物移植(zhi)(zhi)實驗(yan)相(xiang)結合,表明具有(you)這(zhe)些(xie)類(lei)(lei)群的(de)(de)植(zhi)(zhi)物能夠以宿主(zhu)支鏈氨(an)基(ji)酸(suan)(suan)(BCAA)依賴(lai)的(de)(de)方式抵抗U. virens感染。亮(liang)氨(an)酸(suan)(suan)是一種主(zhu)要的(de)(de)支鏈氨(an)基(ji)酸(suan)(suan),通(tong)過(guo)過(guo)量(liang)產生(sheng)(sheng)H2O2誘導細胞凋亡樣死亡,從(cong)而抑(yi)制了(le)U. virens的(de)(de)致病性(xing)。此外,初(chu)步田間試驗(yan)表明,亮(liang)氨(an)酸(suan)(suan)可與(yu)(yu)化學殺(sha)菌劑(ji)聯合使用,劑(ji)量(liang)減少50%,但(dan)效果與(yu)(yu)較高濃度的(de)(de)殺(sha)菌劑(ji)相(xiang)似。這(zhe)些(xie)發現可能有(you)助于保護作物免受全球范圍內流(liu)行的(de)(de)稻(dao)(dao)曲病。

其他精選案例

物種(zhong)

組學

期刊

文章題目

枳-叢(cong)枝菌根

轉(zhuan)錄組+miRNA

PLANT CELL AND ENVIRONMENT

Integrated miRNA-mRNA analysis reveals candidate miRNA family regulating arbuscular mycorrhizal symbiosis of Poncirus trifoliata

綜合miRNA-mrna分析揭示了(le)調控枳叢(cong)枝菌根共生(sheng)的候選miRNA家族

庫爾勒香(xiang)梨-枯草芽孢桿菌(jun)

轉錄組

Postharvest Biology and Technology

Investigating the resistance responses to Alternaria brassicicola in ’Korla’ fragrant pear fruit induced by a biocontrol strain Bacillus subtilis Y2

研(yan)究枯草芽孢桿(gan)菌Y2對“庫(ku)爾勒”香梨果實的抗(kang)性反(fan)應

玉(yu)米(mi)-哈茨木(mu)霉

轉錄組+miRNA

Journal of Fungi

Identification of miRNAs Involved in Maize-Induced Systemic Resistance Primed by Trichoderma harzianum T28 agains Cochliobolus heterostrophus

哈茨木霉T28誘導玉米對異養褐蝗系(xi)統性抗性相關mirna的鑒定(ding)

番茄-尖(jian)孢(bao)鐮刀菌(jun)

轉錄組

Phytopathology Research

Enhancing tomato resistance by exploring early defense events against Fusarium wilt disease

探索番茄對枯萎病的早(zao)期防(fang)御事(shi)件,增強番茄的抗(kang)性




4、其他方向


食品

組學技術手段不(bu)局限于應用(yong)在(zai)基礎生(sheng)命(ming)科學研(yan)究(jiu)領域(yu),也可以在(zai)實際生(sheng)產應用(yong)中發(fa)揮(hui)廣泛作用(yong),在(zai)果實保鮮、貯(zhu)藏、品質與食(shi)品風味(wei)研(yan)究(jiu)中,都(dou)有他(ta)們不(bu)小的貢獻。這里小派帶(dai)你看看,組學還能(neng)這么用(yong)!

1、

文(wen)章題目:Weissella confusa M1 as an adjunct culture assists microbial succession and flavor formation in gray sufu

期刊:LWT - Food Science and Technology

影響因子:6

技術手段(duan):風味組(zu),宏基因組(zu)等

技術路線:

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部分研究結論:

本文首(shou)次從(cong)微生(sheng)(sheng)物(wu)(wu)(wu)(wu)學(xue)和(he)風味(wei)組的(de)角(jiao)度研究了(le)新菌(jun)株(zhu)Weissella confusa M1作(zuo)為青腐(fu)(fu)乳(ru)輔助(zhu)培(pei)養(yang)物(wu)(wu)(wu)(wu)的(de)適用(yong)性(xing)。結果表明(ming),與(yu)(yu)自然(ran)發酵腐(fu)(fu)乳(ru)相比,接(jie)種(zhong)M1菌(jun)改善了(le)腐(fu)(fu)乳(ru)的(de)風味(wei)、色澤、質地(di)和(he)口(kou)感(gan)。M1增加了(le)13種(zhong)游(you)離氨基酸的(de)含量,特別是(shi)天冬氨酸和(he)谷氨酸,并通過(guo)參與(yu)(yu)氨基酸和(he)碳(tan)水化合物(wu)(wu)(wu)(wu)的(de)運輸和(he)代謝,推動了(le)發酵過(guo)程中(zhong)(zhong)微生(sheng)(sheng)物(wu)(wu)(wu)(wu)群落(luo)的(de)多(duo)(duo)樣性(xing)和(he)動態。接(jie)種(zhong)M1后產生(sheng)(sheng)了(le)許多(duo)(duo)揮發性(xing)化合物(wu)(wu)(wu)(wu),其中(zhong)(zhong)正(zheng)己(ji)醛和(he)二甲基硫醚對青腐(fu)(fu)乳(ru)的(de)風味(wei)最(zui)重要。在(zai)M1發酵過(guo)程中(zhong)(zhong),腸桿菌(jun)和(he)魏斯氏菌(jun)與(yu)(yu)13種(zhong)關(guan)(guan)鍵風味(wei)化合物(wu)(wu)(wu)(wu)呈正(zheng)相關(guan)(guan)。腸桿菌(jun)和(he)四(si)球菌(jun)與(yu)(yu)多(duo)(duo)種(zhong)氨基酸的(de)產生(sheng)(sheng)有(you)關(guan)(guan)。這些(xie)發現證明(ming)M1是(shi)一種(zhong)很(hen)有(you)前途的(de)加工輔助(zhu)培(pei)養(yang)物(wu)(wu)(wu)(wu)。


2、低溫保(bao)存(cun)過程中草菇采后品質的促進

文章題目:Lysine and threonine supplementation promotes postharvest quality of Volvariella volvacea mushroom during low-temperature preservation via maintenance of the citrate cycle

期刊(kan):LWT - Food Science and Technology

影(ying)響因子:6

技術手段:RNA-seq,代謝組等

部分研究(jiu)內容:

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代謝組和(he)轉錄組分(fen)析結果

部分研究結論:

結(jie)果(guo)表明,L345-0044噴霧(wu)處(chu)理(li)對草(cao)菇具有48 h的(de)(de)(de)抗(kang)(kang)凍效果(guo),增加蛋白(bai)質翻譯、蛋白(bai)質輸出、N-聚(ju)糖生物合(he)成和賴(lai)氨(an)酸代謝(xie)(xie)是抗(kang)(kang)冷脅迫的(de)(de)(de)必要條件(jian)。乙(yi)酰輔酶(mei)A的(de)(de)(de)合(he)成通過賴(lai)氨(an)酸或蘇氨(an)酸代謝(xie)(xie)參與維(wei)持(chi)檸檬酸循(xun)環。抑制與UBEV2相互作用(yong)的(de)(de)(de)APC/C可能參與了通路活性(xing)的(de)(de)(de)上調。通過補充L-賴(lai)氨(an)酸或L-蘇氨(an)酸來延(yan)長草(cao)菇的(de)(de)(de)低(di)溫保存。進(jin)一步的(de)(de)(de)努(nu)力應該針對改(gai)進(jin)現有的(de)(de)(de)低(di)溫保存方法的(de)(de)(de)商業應用(yong)。

其他精選案例(li)

物(wu)種

組學

期刊

文章題目

獼(mi)猴(hou)桃

轉錄組(zu)(zu)+代謝組(zu)(zu)

Postharvest Biology and Technology

The mechanism of gibberellins treatment suppressing kiwifruit postharvestripening processes by transcriptome analysis

赤霉(mei)素處(chu)理(li)抑制獼猴桃采(cai)后成熟過程的轉錄組分析機制

蘑菇

轉錄組

Journal of Agricultural and Food Chemistry

LCysteine Treatment Delayed the Quality Deterioration of Fresh-Cut Button Mushrooms by Regulating Oxygen Metabolism, Inhibiting Water Loss, and Stimulating Endogenous H2S Production

L-半胱氨酸處理(li)通過調(diao)節氧代謝、抑制(zhi)水(shui)分流(liu)失和刺激(ji)內源(yuan)性(xing)H2S產生(sheng)延緩了鮮(xian)切(qie)蘑(mo)菇的品質惡(e)化

金針(zhen)菇

轉錄組

Postharvest Biology and Technology

Integrated multi-omic analyses on yellow Flammulina filiformis cultivar reveal postharvest oxidative damage responses

綜合多(duo)組學(xue)分析揭示黃色金針(zhen)菇采后氧化損傷反應(ying)


環境

環(huan)(huan)境性質復雜,對于(yu)環(huan)(huan)境的研(yan)究(jiu)往(wang)往(wang)需(xu)要大量的數據分析(xi)與挖(wa)掘。組學作為(wei)可以直接獲(huo)取大規模(mo)實驗數據的技術手(shou)段之一,非常適(shi)用于(yu)環(huan)(huan)境相關研(yan)究(jiu),同(tong)時結合多(duo)組學方法,可以從多(duo)角(jiao)度、多(duo)維(wei)度挖(wa)掘數據,解析(xi)環(huan)(huan)境信息。

1、

文章題目:Natural Algaecide Sphingosines Identi?ed in Hybrid Straw Decomposition Driven by White-Rot Fungi

期刊:Advanced Science

影響因子:15.1

技術(shu)手(shou)段:RNA-seq,代(dai)謝組等

技術路線(xian):

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部分研究結論:

該研究(jiu)結合轉錄(lu)組(zu)和(he)非(fei)靶向(xiang)代謝組(zu)學方法,發現了一類(lei)新(xin)型高效化(hua)感抑藻(zao)劑——鞘(qiao)(qiao)氨(an)醇(chun)類(lei)天然分(fen)子。初步研究(jiu)發現,鞘(qiao)(qiao)氨(an)醇(chun)類(lei)物質可破壞藻(zao)類(lei)光合作用系(xi)(xi)統(tong)和(he)抗氧(yang)(yang)化(hua)系(xi)(xi)統(tong)、影響藻(zao)類(lei)對(dui)二氧(yang)(yang)化(hua)碳(tan)的(de)吸收、誘導藻(zao)類(lei)細胞凋亡。預期未來可為藻(zao)華化(hua)感控制提供新(xin)的(de)解決方案。


2、協同微(wei)(wei)生物相(xiang)互作用驅動孔隙(xi)環境中(zhong)的空間分布

文(wen)章題目:Cooperative microbial interactions drive spatial segregation in porous environments

期刊:Nature Communications

影響因(yin)子(zi):16.6

技術(shu)手段:基因組,轉錄(lu)組,非靶(ba)向(xiang)代謝組,16S rRNA擴(kuo)增(zeng)子等

部分研(yan)究內容:

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生物膜形成過程中的空間(jian)生態位劃分(fen)

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群落組裝期間的(de)外(wai)代謝產(chan)物(wu)池動態

部分研究結論:

本研究(jiu)采用(yong)(yong)微流控(kong)芯片來表(biao)征多孔(kong)的(de)(de)(de)(de)(de)地下(xia)環(huan)境(jing),并表(biao)明自(zi)由(you)生(sheng)活和(he)(he)形成生(sheng)物膜(mo)(mo)(mo)的(de)(de)(de)(de)(de)細菌(jun)之(zhi)間的(de)(de)(de)(de)(de)合作(zuo)微生(sheng)物相(xiang)互(hu)作(zuo)用(yong)(yong)觸發了(le)主動(dong)的(de)(de)(de)(de)(de)空(kong)間隔離,從(cong)而(er)促(cu)進(jin)了(le)它們(men)各自(zi)在(zai)(zai)隔離的(de)(de)(de)(de)(de)微棲(qi)息(xi)(xi)地中(zhong)的(de)(de)(de)(de)(de)優(you)勢(shi)地位。在(zai)(zai)最初的(de)(de)(de)(de)(de)定植過(guo)(guo)程中(zhong),自(zi)由(you)生(sheng)活和(he)(he)形成生(sheng)物膜(mo)(mo)(mo)的(de)(de)(de)(de)(de)微生(sheng)物從(cong)混合的(de)(de)(de)(de)(de)浮(fu)游接(jie)種物中(zhong)分(fen)離出來,占(zhan)據環(huan)境(jing)流體和(he)(he)顆粒表(biao)面。與(yu)競爭導致的(de)(de)(de)(de)(de)空(kong)間排斥相(xiang)反,主動(dong)的(de)(de)(de)(de)(de)空(kong)間隔離是由(you)合作(zuo)相(xiang)互(hu)作(zuo)用(yong)(yong)引(yin)起的(de)(de)(de)(de)(de),這提(ti)高了(le)生(sheng)物膜(mo)(mo)(mo)和(he)(he)浮(fu)游生(sheng)物種群的(de)(de)(de)(de)(de)適合度。我們(men)進(jin)一步表(biao)明,自(zi)由(you)生(sheng)活的(de)(de)(de)(de)(de)節桿菌(jun)通過(guo)(guo)清(qing)除生(sheng)物膜(mo)(mo)(mo)抑制劑D-氨(an)基(ji)酸誘導表(biao)面定植,并從(cong)形成生(sheng)物膜(mo)(mo)(mo)的(de)(de)(de)(de)(de)菌(jun)株分(fen)泌的(de)(de)(de)(de)(de)公(gong)共(gong)產物中(zhong)獲益。總的(de)(de)(de)(de)(de)來說,該研究(jiu)結果揭示(shi)了(le)合作(zuo)微生(sheng)物相(xiang)互(hu)作(zuo)用(yong)(yong)如(ru)何有(you)助于微生(sheng)物在(zai)(zai)分(fen)離的(de)(de)(de)(de)(de)微棲(qi)息(xi)(xi)地中(zhong)共(gong)存,并推動(dong)地下(xia)生(sheng)物膜(mo)(mo)(mo)群落演(yan)替。


3、海洋鹵代(dai)有(you)機(ji)(ji)物呼吸菌(OHRB)協同交互及其對鹵代(dai)有(you)機(ji)(ji)物(HOCs)的適應機(ji)(ji)制

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文章題目:Marine Dehalogenator and Its Chaperones: Microbial Duties and Responses in 2,4,6-Trichlorophenol Dechlorination

期刊(kan):Environmental Science & Technology

影響因子:11.4

技術手段(duan):宏(hong)蛋(dan)白(bai)組,代(dai)謝組,宏(hong)基(ji)因組等

技術(shu)路線:

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部分研究結論:

本研(yan)究(jiu)(jiu)鑒定到一株新的(de)(de)非專性海洋(yang)(yang)OHRB,該(gai)菌具多個保守基序相似卻系統發育多樣性的(de)(de)RdhA,這對(dui)研(yan)究(jiu)(jiu)海洋(yang)(yang)OHRB在地理和(he)遺傳上的(de)(de)基因流動具有重要意義。研(yan)究(jiu)(jiu)還(huan)揭(jie)示了Dendrosporobacter、Methanosarcina 和(he)Peptococcaceae DCH的(de)(de)基因組信息(xi),并構建和(he)驗證(zheng)了它(ta)們(men)的(de)(de)代(dai)謝(xie)(xie)通路。結(jie)果表明,TCP脫(tuo)氯培(pei)養物(wu)中產甲烷菌的(de)(de)發生(sheng)(sheng)主要與消耗代(dai)謝(xie)(xie)中間體有關,而不是(shi)輔助(zhu)(zhu)脫(tuo)氯。此外(wai),研(yan)究(jiu)(jiu)還(huan)闡(chan)明了Dendrosporobacter在輔助(zhu)(zhu)TCP脫(tuo)氯中的(de)(de)重要作用,以(yi)及它(ta)對(dui)TCP的(de)(de)強適應性,為HOCs如何塑造(zao)微生(sheng)(sheng)物(wu)群(qun)落(luo)結(jie)構和(he)功(gong)能提(ti)供深入的(de)(de)見解。綜上所述,本研(yan)究(jiu)(jiu)加深了我(wo)們(men)對(dui)海洋(yang)(yang)OHRB (rdhAs)、輔助(zhu)(zhu)微生(sheng)(sheng)物(wu)以(yi)及微生(sheng)(sheng)物(wu)對(dui)HOC適應機制的(de)(de)理解。


4、

文章題(ti)目:Aerobic Degradation of the Antidiabetic Drug Metformin by Aminobacter sp. Strain NyZ550

期刊(kan):Environmental Science & Technology

影(ying)響因(yin)子:11.4

技術(shu)手段:基因組,轉錄組,代謝組等

技術路(lu)線:

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部分研究結論:

研(yan)究(jiu)首先調研(yan)了全(quan)國12個污(wu)水(shui)處理廠污(wu)水(shui)樣(yang)品中(zhong)的(de)(de)(de)二(er)(er)甲(jia)雙(shuang)胍(gua)及(ji)其(qi)(qi)代(dai)(dai)謝(xie)產物(wu)(wu)的(de)(de)(de)污(wu)染情(qing)況,在所有(you)(you)樣(yang)品中(zhong)均檢測(ce)(ce)到(dao)(dao)μg/L水(shui)平的(de)(de)(de)二(er)(er)甲(jia)雙(shuang)胍(gua)及(ji)其(qi)(qi)代(dai)(dai)謝(xie)產物(wu)(wu)的(de)(de)(de)總累積濃度(du),同時檢測(ce)(ce)了污(wu)水(shui)樣(yang)品中(zhong)的(de)(de)(de)土著微生(sheng)物(wu)(wu)對(dui)于(yu)二(er)(er)甲(jia)雙(shuang)胍(gua)的(de)(de)(de)降解能力,最終分離到(dao)(dao)一(yi)(yi)株(zhu)能以(yi)二(er)(er)甲(jia)雙(shuang)胍(gua)為唯一(yi)(yi)碳、氮(dan)源生(sheng)長的(de)(de)(de)菌(jun)株(zhu),將其(qi)(qi)命名為Aminobacter sp 菌(jun)株(zhu) NyZ550。通過同位素標記、離子色譜、質譜檢測(ce)(ce)等技術(shu)鑒定NyZ550代(dai)(dai)謝(xie)二(er)(er)甲(jia)雙(shuang)胍(gua)的(de)(de)(de)直接代(dai)(dai)謝(xie)產物(wu)(wu)為胍(gua)基脲和二(er)(er)甲(jia)胺,并借(jie)助轉錄(lu)組測(ce)(ce)序確定菌(jun)株(zhu)NyZ550代(dai)(dai)謝(xie)二(er)(er)甲(jia)雙(shuang)胍(gua)的(de)(de)(de)關(guan)鍵基因簇,提(ti)出了其(qi)(qi)完整(zheng)的(de)(de)(de)代(dai)(dai)謝(xie)途徑。該代(dai)(dai)謝(xie)途徑可能與環境中(zhong)頻繁檢出的(de)(de)(de)高濃度(du)胍(gua)基脲殘留有(you)(you)關(guan),其(qi)(qi)生(sheng)態意義有(you)(you)待進一(yi)(yi)步探究(jiu)。