2024-01-08
1.細胞類型注(zhu)釋的時候，列表中(zhong)展示的marker基因(yin)是什么(me)？需要(yao)幾個marker基因(yin)來確定一種細胞類型？marker基因(yin)只有列表中(zhong)提供的這幾種嗎？
marker基因(yin)是在(zai)已知細(xi)胞(bao)類型(xing)中特(te)異表達的基因(yin)，是用于定義該細(xi)胞(bao)類型(xing)的標(biao)記(ji)基因(yin)。
確(que)定一種細(xi)胞類型的(de)marker數(shu)量(liang)是不固定，取決(jue)于marker 基(ji)因(yin)的(de)特異性和不同項目中(zhong)的(de)樣本細(xi)胞基(ji)因(yin)表達情況。
一般(ban)來說(shuo)，人和鼠(shu)等常見物種，marker基因的數量較多，根(gen)據項目的實際表(biao)達情況，我們(men)一般(ban)提供(gong)(gong)3-4個用于注釋(shi)細胞類(lei)型(xing)的marker基因。部分(fen)稀有物種，可參考的文獻較少(shao)時，我們(men)一般(ban)提供(gong)(gong)1-2個用于注釋(shi)細胞類(lei)型(xing)的marker基因。
2.γδT與αβT有什么(me)(me)區(qu)別，怎么(me)(me)注(zhu)釋γδT？
我們常說(shuo)的(de)(de)(de)T細胞(bao)其實是(shi)指αβT，約占T淋巴細胞(bao)的(de)(de)(de)95%，其表(biao)面的(de)(de)(de)T細胞(bao)受體(ti)（TCRs）由α鏈(lian)和β鏈(lian)組成。而γδT（Gamma delta T cells，GDTCells）約占T淋巴細胞(bao)的(de)(de)(de)5%，TCRs由γ鏈(lian)和δ鏈(lian)組成。大多(duo)數的(de)(de)(de)γδT細胞(bao)的(de)(de)(de)特點是(shi)CD4-/CD8-[1]。
在(zai)T細胞(bao)注(zhu)釋的(de)時候，一般先根據(ju)CD3D,CD4,CD8A的(de)表達(da)(da)，初(chu)步將T細胞(bao)劃分(fen)成CD4T 和CD8T；隨后查看(kan)是否(fou)有特殊T細胞(bao)的(de)存在(zai)，比如γδT。γδT一般會表達(da)(da)CD3D，不表達(da)(da)CD4/CD8A；最后，再根據(ju)γδT特異表達(da)(da)的(de)marker基因(yin)，如TRGC1,TRDV2等，來判斷是否(fou)有γδT。
圖一(yi) αβT與其他T細胞的區分
3.腫瘤細胞是怎(zen)么注釋的？
腫(zhong)瘤(liu)細(xi)胞(bao)具有(you)異(yi)質性，目前(qian)暫無特(te)異(yi)的(de)(de)marker基(ji)因(yin)能(neng)將惡性細(xi)胞(bao)和正(zheng)常細(xi)胞(bao)區分開來(lai)。我們(men)提供的(de)(de)marker列表上所展(zhan)示的(de)(de)基(ji)因(yin)，是腫(zhong)瘤(liu)來(lai)源的(de)(de)細(xi)胞(bao)類型的(de)(de)marker基(ji)因(yin)或者(zhe)是腫(zhong)瘤(liu)特(te)異(yi)性上調的(de)(de)差異(yi)基(ji)因(yin)，并不是鑒定腫(zhong)瘤(liu)細(xi)胞(bao)的(de)(de)marker基(ji)因(yin)。
而在實(shi)體(ti)腫瘤項目(mu)的(de)(de)研究(jiu)中，推薦使(shi)用單細胞(bao)拷貝數變(bian)異（CNV）分析(xi)來區(qu)分惡性細胞(bao)和正常細胞(bao)。目(mu)前主(zhu)流的(de)(de)分析(xi)軟件有(you)inferCNV，inferCNV需要(yao)一(yi)組(zu)正常細胞(bao)作(zuo)為參考，通過熱圖就能(neng)夠看出腫瘤基因組(zu)中的(de)(de)哪些區(qu)域發生了擴增或缺失，從而幫助判斷腫瘤細胞(bao)。
4.對于(yu)Unknown亞群，是不是就無法定義？
在(zai)定義細(xi)胞(bao)類型(xing)的時候，會(hui)遇到某個cluster不(bu)表達已知(zhi)的marker基(ji)因(yin)(yin)，這種情況不(bu)代表這個cluster就無意(yi)義，因(yin)(yin)此會(hui)保(bao)留(liu)該cluster，并(bing)定義為Unknown。對(dui)于這類細(xi)胞(bao)，可以參考(kao)差異(yi)基(ji)因(yin)(yin)富集結(jie)果或根據細(xi)胞(bao)表達的基(ji)因(yin)(yin)功能來定義細(xi)胞(bao)類型(xing)。
巨(ju)噬細(xi)胞可以繼續細(xi)分成M1,M2亞型嗎(ma)？還(huan)有(you)別的(de)注(zhu)釋方式(shi)嗎(ma)？
部分組織(zhi)樣本(ben)的巨噬細(xi)胞可以注釋到M1,M2亞型，但這種注釋方式(shi)，會使得(de)巨噬細(xi)胞失去內部的異質性(xing)，不利于進一步的研究。
目前有文獻采用機械(xie)分群(qun)的(de)方式(shi)，同時(shi)選擇每(mei)個(ge)cluster的(de)差異基(ji)因(yin)列表(biao)(biao)中高表(biao)(biao)達(da)的(de)基(ji)因(yin)進行亞群(qun)注釋[2]。根據cluster中表(biao)(biao)達(da)的(de)基(ji)因(yin)功能來定(ding)義巨噬細胞，這種(zhong)方式(shi)，極(ji)大(da)程度的(de)體現(xian)了(le)巨噬細胞內部(bu)差異，有利于研究(jiu)巨噬細胞內部(bu)的(de)異質性。
圖二(er) 文獻中巨噬細(xi)胞的(de)定義(yi)
參考(kao)文獻
1.harlotte M. Mousset,Willemijn Hobo,Rob Woestenenk, Frank Preijers, Harry Dolstra,Anniek B. van der Waart.Comprehensive Phenotyping of T Cells Using Flow Cytometry.Cytometry A.2019 Jun;95(6):647-654.
2.Jingjing Qi,Hongxiang Sun,Yao Zhang,Zhengting Wang,Zhenzhen Xun,Ziyi Li,Xinyu Ding,Rujuan Bao,Liwen Hong,Wenqing Jia,Fei Fang,Hongzhi Liu,Lei Chen,Jie Zhong,Duowu Zou,Lianxin Liu,Leng Han,Florent Ginhoux,Yingbin Liu,Youqiong Ye,Bing Su.Single-cell and spatial analysis reveal interaction of FAP+ fibroblasts and SPP1+ macrophages in colorectal cancer.Nat Commun.2022 Apr 1;13(1):1742
