2024-01-12
Xenium是10x Genomics公司最新推(tui)出的(de)組(zu)(zu)織(zhi)空間原(yuan)位(wei)分(fen)析(xi)(xi)儀(yi)，該儀(yi)器(qi)可(ke)以(yi)在不(bu)損傷組(zu)(zu)織(zhi)切片的(de)情(qing)況下檢測大量目(mu)標基因(yin)的(de)組(zu)(zu)織(zhi)原(yuan)位(wei)表達水平并對數據進行可(ke)視(shi)化，且兼(jian)容目(mu)前已有的(de)多種分(fen)析(xi)(xi)流程，可(ke)以(yi)滿足用(yong)不(bu)同(tong)靶標組(zu)(zu)合進行定量分(fen)析(xi)(xi)和靈活展示的(de)科研(yan)需(xu)求。
為什么要用Xenium？
單(dan)細胞轉(zhuan)錄組
可以獲得組織中包(bao)含的細胞類型和表達譜情況，解決了細胞異質性(xing)問題
但無法得知(zhi)細胞的(de)空間表達信息
空間轉錄(lu)組（Visium/Cytassist）
可(ke)以得知切片(pian)上不同(tong)spot點對應(ying)的細胞類型和表達情況
但(dan)分辨率(lv)低，始終是(shi)(shi)基于(yu)點(dian)陣水平而(er)不是(shi)(shi)細(xi)胞水平
Xenium空間原(yuan)位分(fen)析
通過靶(ba)向探針與強大的光(guang)學元件、數據采集和精(jing)確解碼(ma)技術相結合，能夠以亞細胞分辨率(lv)在(zai)整張切片上快速檢測(ce)大量靶(ba)點(dian)的組織原位表達水平
既有商業(ye)化pannel也支持(chi)定(ding)制化panel，滿足各種科研需求
Xenium原理介紹
樣(yang)本(ben)制備
將FF或FFPE組織切片置于Xenium載玻片上，對切片進行處理：FF樣本進行固定和透化、FFPE樣本進行脫蠟和解交聯；
探針雜交、連接與擴增
利用可(ke)環化的DNA探針與切片中互(hu)補的靶RNA雜(za)交(jiao)。過量的，未結合的探針在雜(za)交(jiao)后的清洗步驟中被沖(chong)走；
在去除未(wei)結合的探(tan)針(zhen)后，添加一個連接酶將(jiang)探(tan)針(zhen)進(jin)行(xing)連接，并進(jin)行(xing)滾環式(shi)擴增(zeng)；
進行自身(shen)熒(ying)光淬滅和DAPI染色；
Xenium上機(ji)和解碼分析
組織原(yuan)位的特(te)異性擴增(zeng)產物經過多輪熒(ying)光探(tan)針(zhen)雜交，成(cheng)像和探(tan)針(zhen)去除，形(xing)成(cheng)原(yuan)位熒(ying)光信號序列，儀器解碼這(zhe)個熒(ying)光序列即(ji)可(ke)獲得該位置(zhi)所屬基(ji)因(yin)。
Xenium 平臺優勢
■ 分辨率達(da)到真正的亞細胞水平，保留RNA分子(zi)的原位特征；
■ 超大成像區(qu)域（10.45mm x 22.45 mm），支持多樣本拼片，且每次可同時上機(ji)兩張(zhang)玻(bo)片；
■ 可兼容新鮮冷凍樣本(ben)（FF）和石蠟包埋(mai)組織(zhi)（FFPE），滿足不同科(ke)研需求；
■ 樣本(ben)幾乎無損，Xenium分(fen)析后(hou)的切(qie)片可支持繼續做HE、IF和Cytassist 分(fen)析；
■ 提供定(ding)制(zhi)panel，既可在(zai)商業化panel（包(bao)含6個(ge)人類和(he)2個(ge)小鼠panel）上添加多達100個(ge)性(xing)化定(ding)制(zhi)靶點，也支持為(wei)哺乳動物及其他大多數帶有完整轉錄(lu)組(zu)注釋的物種設(she)計獨立的定(ding)制(zhi)基(ji)(ji)因組(zu)合，最多包(bao)含480個(ge)基(ji)(ji)因；
■ 數據可(ke)視化快(kuai)捷方便，同時(shi)也(ye)兼容其(qi)他算(suan)法包。
