2024-01-22
好消息！派森諾宏基因組Binning分(fen)析全新流程現已研(yan)發完成！！！
Binning分(fen)析是宏基(ji)因(yin)組(zu)分(fen)析的(de)高級分(fen)析，基(ji)于(yu)Binning分(fen)析可以對宏基(ji)因(yin)組(zu)的(de)結果進行延深(shen)和拓展(zhan)。相信大(da)家和小派一樣(yang)對于(yu)宏基(ji)因(yin)組(zu)Binning分(fen)析有很多問題，那么(me)和小派一起來看看吧！
01、Binning分析是什么？ 宏基(ji)因(yin)組分(fen)箱（Binning）是一(yi)個基(ji)于(yu)宏基(ji)因(yin)組測序得(de)到(dao)的(de)(de)reads或contig 基(ji)因(yin)序列進行(xing)聚類分(fen)箱的(de)(de)過程(cheng)。類似于(yu)將我們的(de)(de)不(bu)同(tong)顏色的(de)(de)衣服整理分(fen)類到(dao)不(bu)同(tong)的(de)(de)衣柜中。重要的(de)(de)是，binning分(fen)箱可(ke)以(yi)精細到(dao)單(dan)個純菌(jun)的(de)(de)基(ji)因(yin)組水平(ping)。同(tong)時，我們也可(ke)以(yi)基(ji)于(yu)得(de)到(dao)的(de)(de)單(dan)菌(jun)基(ji)因(yin)組進行(xing)更加深入的(de)(de)分(fen)析。 宏基因組Binning的原(yuan)理
02、Binning 有什么用(yong)？ （1）獲得單菌基因組草圖 通過對Binning得(de)到(dao)的(de)(de)bins進(jin)行后續組(zu)裝，可以得(de)到(dao)許多無法培養和未知的(de)(de)細菌、古菌、病毒的(de)(de)基因(yin)組(zu)草圖。接(jie)著就可以進(jin)行單一菌株的(de)(de)基因(yin)和功能(neng)注釋(shi)、比較基因(yin)組(zu)分析、進(jin)化(hua)分析等(deng)，使(shi)我們得(de)以洞(dong)察這些無法在實驗室培養獲得(de)的(de)(de)菌株的(de)(de)微(wei)進(jin)化(hua)機(ji)(ji)制(zhi)(zhi)，宿主(zhu)的(de)(de)互作機(ji)(ji)制(zhi)(zhi)和營(ying)養代謝途徑等(deng)。 基(ji)于宏基(ji)因組Binning分析單(dan)菌草圖構建(jian)的(de)系統發育(yu)樹(shu) （2）聯合(he)分(fen)析 得到樣本中(zhong)(zhong)的(de)keystone的(de)單菌(jun)、進行系統發(fa)育分析(xi)、MWAS整(zheng)合(he)分析(xi)。從地球上(shang)最深的(de)馬里亞納(na)海溝(gou)到探索月(yue)球生物(wu)資(zi)源，從植物(wu)內生菌(jun)到人體病(bing)原菌(jun)，Binning可以挖掘極端環境中(zhong)(zhong)的(de)新物(wu)種和(he)暗(an)物(wu)質、植物(wu)和(he)微生物(wu)的(de)共(gong)同進化機制、回答臨(lin)床微生物(wu)與(yu)宿主的(de)互作機制。當然，Binning也(ye)可以與(yu)其(qi)他組學、metadata進行整(zheng)合(he)分析(xi)，從而深入研究細菌(jun)、古菌(jun)、病(bing)毒、真菌(jun)與(yu)宿主的(de)功能機制。 基于(yu)宏(hong)基因組Binning進行的(de)關聯分析
03、我做(zuo)(zuo)細菌(jun)基因組(zu)完成圖和框(kuang)架圖就可(ke)以獲得單菌(jun)的(de)基因組(zu)，為什(shen)么還要做(zuo)(zuo)Binning分(fen)析？ 細菌(jun)基(ji)(ji)因(yin)組完成(cheng)圖和(he)框架圖是(shi)獲得細菌(jun)基(ji)(ji)因(yin)組最(zui)好的(de)(de)一種方法(fa)。但是(shi)細菌(jun)基(ji)(ji)因(yin)組完成(cheng)圖和(he)框架圖需(xu)要我(wo)們從樣品中(zhong)(zhong)分離(li)細菌(jun)的(de)(de)純菌(jun)，獲得單菌(jun)純度(du)比(bi)較高(gao)的(de)(de)DNA，而(er)我(wo)們知道自然(ran)環境中(zhong)(zhong)大(da)約99%的(de)(de)微(wei)(wei)生(sheng)物是(shi)無法(fa)培養和(he)找到合適的(de)(de)分離(li)條(tiao)件的(de)(de)，這時候(hou)就(jiu)要借助Binning分析獲得樣品中(zhong)(zhong)無法(fa)培養的(de)(de)微(wei)(wei)生(sheng)物基(ji)(ji)因(yin)組
04、我做Binning分(fen)析就一定能獲得目標微(wei)生物的基因組嗎？ Binning分析(xi)是(shi)獲得無法培養的(de)微(wei)生(sheng)(sheng)(sheng)物(wu)(wu)基(ji)因(yin)組(zu)最好的(de)一種方法。Binning分析(xi)的(de)結果與測序(xu)的(de)數(shu)據量，測序(xu)的(de)數(shu)據的(de)數(shu)據質量，序(xu)列的(de)拼接效果和目標微(wei)生(sheng)(sheng)(sheng)物(wu)(wu)基(ji)因(yin)組(zu)的(de)復雜(za)程(cheng)度都有關系。所以不一定能100%獲得目標微(wei)生(sheng)(sheng)(sheng)物(wu)(wu)的(de)基(ji)因(yin)組(zu)。但是(shi)派森諾宏基(ji)因(yin)組(zu)Binning全新(xin)升級，使用全新(xin)新(xin)流程(cheng)，更(geng)加嚴格的(de)參數(shu)，更(geng)加多樣性化的(de)分析(xi)，提高您獲得目標微(wei)生(sheng)(sheng)(sheng)物(wu)(wu)基(ji)因(yin)組(zu)的(de)可能。 派森諾宏基因組(zu)Binning分(fen)析流程
05、派(pai)森諾的宏基因組binning分析結果(guo)有哪些？ 我(wo)們(men)升(sheng)級(ji)的分(fen)析(xi)結果(guo)十分(fen)豐富，其(qi)中包含(han)了基礎的bin的統計查(cha)找、物種(zhong)的功能注釋等內(nei)容(rong)。更重要的是，老師們(men)可(ke)以自由(you)選擇(ze)系統發育分(fen)析(xi)的方法(fa)，比如Phyloplan 、GTDB等。此外，我(wo)們(men)也可(ke)以將(jiang)其(qi)他的元數據和bins進行高級(ji)關(guan)聯分(fen)析(xi)，從(cong)而解決各研究(jiu)領域(yu)的科學(xue)問題(ti)。 派森諾(nuo)宏基(ji)(ji)因組Binning分析結果預覽(lan)，更(geng)多結果請查看派森諾(nuo)宏基(ji)(ji)因組Binning分析報告
06、派森諾的宏基(ji)因(yin)組binning分析有哪些項目經驗？ 派(pai)森(sen)諾宏(hong)基(ji)因組(zu)一直是派(pai)森(sen)諾的王牌(pai)產品，宏(hong)基(ji)因組(zu)binning分析作為宏(hong)基(ji)因組(zu)的高級分析也是積(ji)累了大量經驗。 派(pai)森諾宏(hong)基(ji)因組Binning發表的文章 點擊(ji)標題查看原文
最(zui)(zui)后(hou)的最(zui)(zui)后(hou)，Binning的強大之處不(bu)僅在于發表(biao)高分(fen)文(wen)章，如果想要(yao)獲得更多可能，快來探(tan)索派森(sen)諾(nuo)宏(hong)基(ji)因(yin)組Binning分(fen)析吧！ 參考文獻 Lin H, Ascher DB, Myung Y, Lamborg CH, Hallam SJ, Gionfriddo CM, Holt KE, Moreau JW. Mercury methylation by metabolically versatile and cosmopolitan marine bacteria. ISME J. 2021 Jun;15(6):1810-1825. doi: 10.1038/s41396-020-00889-4. Epub 2021 Jan 27. PMID: 33504941; PMCID: PMC8163782 Wang J, Jia H. Metagenome-wide association studies: fine-mining the microbiome. Nat Rev Microbiol. 2016 Aug;14(8):508-22. doi: 10.1038/nrmicro.2016.83. Epub 2016 Jul 11. PMID: 27396567.
