2024-01-22
空間(jian)轉(zhuan)錄(lu)組測(ce)序通過將組織(zhi)切片的高(gao)通量轉(zhuan)錄(lu)組分析和形態學背景(jing)結合，讓科研工(gong)作者更好的了(le)(le)解發育和疾病過程中細胞(bao)(bao)與細胞(bao)(bao)的相互作用(yong)關(guan)系。利用(yong)10x Genomics空間(jian)轉(zhuan)錄(lu)組技術已發表的文(wen)獻已有(you)400+，但基于(yu)55μm spot檢測(ce)的分辨(bian)率無法達到單(dan)個細胞(bao)(bao)的水平。2024年(nian)伊始，小(xiao)(xiao)派(pai)給科研工(gong)作者獻上(shang)了(le)(le)一份新(xin)年(nian)大(da)禮——單(dan)細胞(bao)(bao)分辨(bian)率的空間(jian)轉(zhuan)錄(lu)組Visium HD。下(xia)面來跟小(xiao)(xiao)派(pai)一起(qi)詳細了(le)(le)解下(xia)10x Genomics Visium HD~
Visium HD原理——“小方格，大力量” Visium HD空(kong)間(jian)(jian)基因表達(da)玻(bo)片(pian)包含兩個(ge)6.5mm×6.5mm的捕獲區(qu)域，每(mei)個(ge)捕獲區(qu)域內包含數百萬個(ge)2 x 2 μm帶有空(kong)間(jian)(jian)位(wei)置(zhi)標簽(qian)的小(xiao)方格(ge)，小(xiao)方格(ge)連(lian)續排列“無(wu)間(jian)(jian)隙”，實現了單個(ge)細胞的分辨(bian)率。 圖(tu)1 Visium HD 空間基因表(biao)達玻片示意圖(tu)
Visium HD流程——“老友相助，數據無憂” Visium HD采用(yong)探針捕獲方(fang)式(shi)，基于CytAssist 儀器轉片(pian)，適用(yong)于人、小鼠的FFPE（福爾(er)馬林固定(ding)石蠟包(bao)埋組織(zhi)）樣本(ben)。CytAssist平(ping)臺避免了(le)手(shou)動貼片(pian)帶來的脫片(pian)等問(wen)題，此(ci)外CytAssist更不需(xu)要進行預透化實驗，整個(ge)實驗流程更加簡潔高效，且CytAssist平(ping)臺能夠實現(xian)精準的轉錄(lu)本(ben)定(ding)位(wei)，產出數據質量更優秀。結合Visium HD單細胞分辨率(lv)，可謂是“強強聯合”。 具體工(gong)作流程如(ru)下(xia)： 圖2 基于CytAssist的實驗流(liu)程(cheng)圖
Visium HD優勢——“只有想不到，沒有做不到” ■ 單細胞(bao)分(fen)辨率+連續(xu)的(de)(de)組織覆蓋，更加還原組織的(de)(de)空間結構信息 圖(tu)3 Visium和Visium HD對比 ■ 微(wei)米級高質量空(kong)間數據，解析空(kong)間原位(wei)全轉錄組(zu)精細圖譜(pu) 在人類前列腺(xian)癌FFPE樣本(ben)示例結果中，共檢測到18069個基因，通過Visium HD可以清晰的觀察的前列腺(xian)癌組(zu)織精細(xi)的組(zu)織結構，與HE染色結果相匹配。 圖4 人前(qian)列腺(xian)癌Visium HD數(shu)據展示 在人乳腺原位導管(guan)癌FFPE樣本示例結果中，Visium HD 確定(ding)了不(bu)同細(xi)胞(bao)的(de)不(bu)同空間(jian)定(ding)位，并(bing)通過平(ping)(ping)滑肌細(xi)胞(bao)標志物MYH11和PLN正確定(ding)位了H&E圖像中的(de)血(xue)管(guan)以及沿血(xue)管(guan)排(pai)列的(de)平(ping)(ping)滑肌細(xi)胞(bao)，以其高分辨(bian)率為微小組織(zhi)結構生物學特征研究提(ti)供了很好的(de)條(tiao)件。 圖(tu)5 人(ren)乳腺原位導管癌Visium HD數據(ju)展示 ■ 易于使用的可視(shi)化工具 Visium HD的數據(ju)分析和Visium平臺一(yi)樣，可(ke)利用Space Ranger自動將空間基因(yin)表(biao)達信息疊(die)加在組織圖像上(shang)，并識別具(ju)有相似轉錄特征的條形碼標記的方(fang)塊簇。然后，利用Loupe Browser（可(ke)視化軟(ruan)件）進行交(jiao)互(hu)式分析。數據(ju)同(tong)時(shi)也兼容其他算法包。 圖6 Loupe Browser分析界(jie)面展示 ■ 已完成多種FFPE樣本的測(ce)試(shi) 圖(tu)7 官(guan)方(fang)測試(shi)的樣本類型(xing) 最后小派給大(da)家(jia)整理(li)了關于Visium和Visium HD的(de)對比，詳細指標(biao)如(ru)下表(biao)： 空間產品(pin) Visium Visium HD 分辨率 55 μm 2 μm mRNA捕(bu)獲原理 poly A捕(bu)獲 探針捕獲 探針捕獲 物(wu)種 不限 人、小鼠 人、小鼠 樣本類型 FF（新鮮冰凍(dong)組織(zhi)） FF、FFPE FFPE 捕(bu)獲區域大(da)小 6.5mm×6.5mm 6.5mm×6.5mm 6.5mm×6.5mm /11mm×11mm 芯片規(gui)格 4個(ge)捕獲區域(yu)/芯片 2個捕(bu)獲區域/芯片 2個(ge)捕(bu)獲(huo)區域/芯片 轉片 無需轉片(pian) CytAssist轉(zhuan)片 CytAssist轉(zhuan)片 是否透(tou)化 是 否 否
