2024-02-18
真菌（Fungi），是一種具真核的、產孢的、無葉綠體的真核生物。包含霉菌、酵母、蕈菌以及其他人類所熟知的菌菇類。目前世界上已經發現了十二萬多種真菌。真菌獨立于動物、植物和其他真核生物，自成一界。真菌的細胞有含甲殼素，能通過無性繁殖和有性繁殖的方式產生孢子。
2024年國家自然科學基金申請在即，各位專家學者一定在緊鑼密鼓的進行思路的完善，實驗的補充，標書的撰寫等工作中。如何能讓標書的內容更豐富充實，多組學研究思路必不可少，今天小派推薦了5篇真菌denovo合作文章，希望能為老師們提供新的思路和參考~
多組學思路1
【IF = 8.2】高(gao)質(zhi)量然色體級(ji)別銀耳(er)基(ji)因(yin)組助力巖藻(zao)多糖(TPS)的合成途徑研究 文章題目：A chromosome-scale genome and proteome draft of Tremella fuciformis 發表期刊：International Journal of Biological Macromolecules 測序平臺：Illumina novaseq + Pacbio + HiC 分析內容：真菌基因組測序，ANI分析，共線性分析，差異基因表達分析等 技術路線： 結果展示(shi)： 銀耳基因組圈圖 ANI分析 比較基因組圈圖 本(ben)研(yan)究首次組(zu)裝了一個染(ran)色(se)體水平的(de)(de)銀耳基(ji)(ji)因(yin)組(zu)，共10條染(ran)色(se)體，基(ji)(ji)因(yin)組(zu)大(da)小為27.38Mb。利用鳥槍法蛋白(bai)質組(zu)學(xue)發現了68.1%的(de)(de)蛋白(bai)編碼基(ji)(ji)因(yin)。研(yan)究還(huan)獲得了TPS生物(wu)合成相關基(ji)(ji)因(yin)，并通過比(bi)較轉(zhuan)錄組(zu)學(xue)和蛋白(bai)質組(zu)學(xue)揭示了它們在DM和FBMds中的(de)(de)差異(yi)表達。本(ben)研(yan)究為銀耳屬的(de)(de)生物(wu)學(xue)和遺傳學(xue)的(de)(de)進一步(bu)探索奠(dian)定基(ji)(ji)礎(chu)。
多組學思路2
【IF = 7.0】多組(zu)學聯合分析揭示(shi)黃色(se)金針菇采后(hou)氧化(hua)損(sun)傷的響應機制(zhi) 文章題目：Integrated multi-omic analyses on yellow Flammulina filiformis cultivar reveal postharvest oxidative damage responses 發(fa)表(biao)期刊：Postharvest Biology and Technology 測(ce)序平臺(tai)：Illumina novaseq 分析內容：真(zhen)菌基因組(zu)框架圖，轉錄組(zu)測(ce)序，蛋(dan)白質組(zu)測(ce)序、qPCR驗證(zheng)等(deng) 技(ji)術路線： 結(jie)果展示： 編碼基因在各個數據庫的注釋結果 本(ben)研究(jiu)發現氧(yang)化(hua)是黃色金(jin)(jin)(jin)針(zhen)菇(gu)(gu)采后(hou)褐(he)變(bian)的(de)(de)(de)(de)(de)根(gen)本(ben)原因(yin)，它可能與漆酶作(zuo)為多酚氧(yang)化(hua)酶參與金(jin)(jin)(jin)針(zhen)菇(gu)(gu)的(de)(de)(de)(de)(de)黑(hei)色素生(sheng)物合成有關，細胞衰老和(he)在氧(yang)氣的(de)(de)(de)(de)(de)暴露(lu)時間對褐(he)變(bian)的(de)(de)(de)(de)(de)發生(sheng)至關重(zhong)要(yao)。本(ben)研究(jiu)通過基(ji)因(yin)組(zu)、轉錄組(zu)和(he)蛋白質組(zu)的(de)(de)(de)(de)(de)綜合多組(zu)學分析，對氧(yang)處(chu)理和(he)厭氧(yang)處(chu)理的(de)(de)(de)(de)(de)金(jin)(jin)(jin)針(zhen)菇(gu)(gu)進行了比較研究(jiu)，挖掘(jue)出黃色金(jin)(jin)(jin)針(zhen)菇(gu)(gu)氧(yang)化(hua)變(bian)質過程(cheng)中的(de)(de)(de)(de)(de)相關基(ji)因(yin)和(he)代謝途徑，這(zhe)些研究(jiu)結果為黃色金(jin)(jin)(jin)針(zhen)菇(gu)(gu)的(de)(de)(de)(de)(de)采后(hou)保(bao)存(cun)和(he)未來的(de)(de)(de)(de)(de)遺傳育種奠定了基(ji)礎。
多組學思路3
【IF = 5.581】蟲草屬新菌種C. pseudotenuipes的鑒定及比較基因組研究 文章題目：Genomic Comparative Analysis of Cordyceps pseudotenuipes with Other Species from Cordyceps 發表期刊：Metabolites 測(ce)序平臺(tai)：Illumina novaseq 分析(xi)內(nei)容：真菌基(ji)因(yin)組框架圖、次生代(dai)謝產物合成基(ji)因(yin)簇分析、共(gong)線性分析、進化(hua)樹構建 技術路線： 結果(guo)展示： 比較基因簇分析 共線性分析 編碼基因在各個數據庫的注釋結果 本研究對C. pseudotenuipes基因組進行了測序分析，發現其基因組在調節蛋白活性和轉化、信號轉導和代謝、碳水化合物運輸和代謝、捕獲能量和分解碳水化合物等方面具有豐富的功能基因。此外，蟲草屬物種只有七個假定的BGCs與已知的基因簇高度相似，表明該物種具有產生其他次生代謝物的巨大潛力，這些發現為靶向基因組挖掘提供了可能。
多組學思路4
【IF = 5.3】致病性P.brasilianse菌株的發病機制研究 文章題目：Whole-genome sequencing and functional annotation of pathogenic Paraconiothyrium brasiliense causing human cellulitis 發表(biao)期刊：Human Genomics 測序平臺：Illumina novaseq + ONT 分(fen)析內容：真菌基因(yin)組近完成(cheng)圖、基因(yin)家族分(fen)析、系(xi)統發(fa)育(yu)樹構(gou)建、次生(sheng)代(dai)謝物生(sheng)物合成(cheng)基因(yin)簇分(fen)析 技術路線： 結果展示： 基因組圈圖 基因家族分析 分別基于ITS序列和單拷貝基因的系統進化樹 利用(yong)全基(ji)因(yin)組測序技術對GGX 413的(de)基(ji)因(yin)組進行組裝注釋，為(wei)研究(jiu)(jiu)(jiu)其(qi)基(ji)因(yin)組的(de)結(jie)構(gou)特征(zheng)和功(gong)能提供了(le)基(ji)礎(chu)。從遺傳學角度研究(jiu)(jiu)(jiu)了(le)GGX 413的(de)毒力(li)因(yin)子、CAZymes、肽(tai)酶、次級代謝產物(wu)和其(qi)他基(ji)因(yin)產物(wu)，并篩選了(le)其(qi)基(ji)因(yin)組中與(yu)人類(lei)疾病相關的(de)致病基(ji)因(yin)，有助于未來研究(jiu)(jiu)(jiu)GGX 413和其(qi)他真菌在人類(lei)中的(de)潛在致病機制(zhi)。
多組學思路5
【IF = 5.2】中國首(shou)例嗜棕櫚油念珠菌的基因組特征及其(qi)耐藥(yao)性(xing)研究 文(wen)章題(ti)目：The first rare case of Candida palmioleophila infection reported in China and its genomic evolution in a human host environment 發表期刊：Frontiers in Microbiology 測序(xu)平臺：Illumina novaseq + Pacbio 分析內容：真(zhen)菌基(ji)因組近(jin)完成圖、真(zhen)菌重(zhong)測序分(fen)(fen)(fen)析、基(ji)因家(jia)(jia)族分(fen)(fen)(fen)析、單拷貝基(ji)因進化樹構建、分(fen)(fen)(fen)歧(qi)時間估算分(fen)(fen)(fen)析和基(ji)因家(jia)(jia)族收縮與擴張分(fen)(fen)(fen)析 技術路線： 結果展示： C.palmioleophila基因組圈圖 比較基因組學分析 本研究報道了中國第一例嗜棕櫚油念珠菌（C. palmiolephila）感染致死病例，并對該菌在人類宿主環境中的進化進行了研究。結果發現該菌株基因組穩定性較好，可能存在進化緩慢的情況。此外，還對嗜棕櫚孢油念珠菌的微生物學和遺傳進化特征進行了詳細的分析，這將有助于提高對稀有致病真菌的鑒定，豐富人們對致病真菌種類的認識。
如需進一步討論，歡(huan)迎發郵件(jian)或者致電我們喲（郵箱地址：microsupport@doudin.cn，聯(lian)系(xi)電話：021-80118168-8617）！ 文(wen)獻(xian)： [1] Li Y, Zhan G, Tu M, et al. A chromosome-scale genome and proteome draft of Tremella fuciformis[J]. Int J Biol Macromol. 2023, 247: 125749. [2] Wu N,Wu YS et al.The first rare case of Candida palmioleophila infection reported in China and its genomic evolution in a human host environment[J]. Frontiers in Microbiology, 2023, Volume14. [3] Yu Fu, Hao Tan, Bo Wang, et al. Integrated multi-omic analyses on yellow Flammulina filiformis cultivar reveal postharvest oxidative damage responses[J]. Postharvest Biology and Technology, 2022, 195(4):112111. [4] Lu Y, Wang Y, Yuan X, et al. Genomic Comparative Analysis of Cordyceps pseudotenuipes with Other Species from Cordyceps [J]. Metabolites 2022, 12, 844. [5] Haibing Liu, Yue Zhang , Jianguo Chen.Whole-genome sequencing and functional annotation of pathogenic Paraconiothyrium brasiliense causing human cellulitis[J].Human Genomics.2023,17:65.
