2017-04-20
超(chao)過80%綠色(se)植(zhi)物生命循環的(de)中(zhong)心是(shi)胚(pei)胎(tai)，且(qie)植(zhi)物體細(xi)胞胚(pei)被(bei)廣泛(fan)應(ying)用于種(zhong)質保護，基因工(gong)程育(yu)種(zhong)以及人工(gong)種(zhong)子生產領域。MicroRNAs在植(zhi)物體細(xi)胞胚(pei)發(fa)育(yu)（SE）的(de)調節(jie)過程中(zhong)起關鍵作用，但目前為(wei)止SE各個階段的(de)分(fen)子調節(jie)機制仍不明確(que)。
今年3月，沈陽農業大學孫紅梅教授課題組在《Frontiers in plant science》雜志發表一篇題為“Small RNA and transcriptome Sequencing Reveal a Potential miRNA-Mediated Interaction Network that Functions during Somatic Embryogenesis in Lilium pumilum DC.fisch”的文章，通過高通量轉錄組以及small RNA測序的方法，探討細葉百合中SE不同階段的分子調節機制，并構建了該植物SE階段中的miRNAs-靶標調控網絡。
1. 研究(jiu)目(mu)的
本文對(dui)細(xi)葉(xie)百合(he)(he)的(de)(de)6種不同(tong)的(de)(de)SE樣品進行轉錄(lu)組和small RNA測序(xu)研究，探(tan)討(tao)SE不同(tong)階段基(ji)因表達(da)的(de)(de)動態(tai)變化過(guo)程，并對(dui)miRNAs目標基(ji)因進行預測。我們的(de)(de)研究結果為進一步探(tan)索SE的(de)(de)關鍵基(ji)因奠定(ding)了(le)基(ji)礎，并闡述了(le)百合(he)(he)屬的(de)(de)體細(xi)胞胚發生過(guo)程機理(li)。
2. 研(yan)究方法(fa)
分別收集6組細葉(xie)百(bai)合不同階段的SE樣(yang)品，采用(yong)Illumina Hieq測(ce)序平(ping)臺(tai)進行(xing)small RNA以及轉錄組測(ce)序。對經過質量控(kong)制(zhi)的數據首先進行(xing)基因功能注釋(shi)，并進行(xing)差(cha)異表達(da)富集分析，qRT-PCR驗證。
3. 分析(xi)結果(guo)
本研究總共獲得452個(ge)已(yi)知的miRNAs，57個(ge)新的miRNAs和(he)40個(ge)miRNA*s。SE不同(tong)階(jie)段差(cha)異(yi)表達(da)的已(yi)知miRNAs被鑒定。隨后，12個(ge)差(cha)異(yi)表達(da)miRNAs的表達(da)水平和(he)4個(ge)靶標(biao)基因(yin)通過qRT-PCR驗證。同(tong)時轉(zhuan)錄組(zu)測(ce)序共組(zu)裝66422個(ge)基因(yin)，其中(zhong)38004和(he)15497個(ge)基因(yin)被分(fen)別注釋到(dao)GO和(he)KEGG中(zhong)。且在這(zhe)些基因(yin)當中(zhong)，2182個(ge)轉(zhuan)錄本被預測(ce)為(wei)396個(ge)已(yi)知的miRNAs的靶標(biao)，這(zhe)些miRNAs靶基因(yin)的功能主(zhu)要富集在細胞分(fen)化(hua)，細胞分(fen)裂和(he)代謝過程(cheng)等(deng)GO term，在KEGG中(zhong)富集的主(zhu)要路徑(jing)為(wei)碳水化(hua)合(he)物代謝，激(ji)素(su)信號(hao)傳導(dao)等(deng)。
該研究中(zhong)轉錄組及(ji)small RNA測(ce)序及(ji)信(xin)息分(fen)析(xi)工(gong)作由上海(hai)派森(sen)諾生物科技股(gu)份有限公司完成(cheng)。
4. 參考文獻
Zhang J, Xue B, Gai M, Song S, Jia N and Sun H(2017) Small RNA and Transcriptome Sequencing Reveal a Potential miRNA-Mediated Interaction Network that Functions During Somatic Embryogenesis in Lilium pumilum DC. Fisch.. Front. Plant Sci. 8:566. doi:10.3389/fpls.2017.00566
