2017-03-29
紅鰭東方鲀（Takifugu rubripes）為重要的海水養殖經濟魚類，肉質細嫩、味道鮮美，蛋白質含量高，營養含量豐富，有＂魚類之王＂之稱。地理位置多分布于黃海、渤海和日本海域。是一種可以進行養殖的鲀科魚類中的優良品種。紅鰭東方鲀為研究魚類受精、性別決定、性發育的模式生物。關于紅鰭東方鲀性腺分子機制的報道較少，尚未通過組學的手段對性腺的分子機制進行研究。
今年2月，大連海洋大學仇雪梅教授課題組在Comparative Biochemistry and Physiology, Part D雜志發表一篇題為Comparative RNA-Seq analysis of differentially expressed genes in the testis and ovary of Takifugu rubripes的文章，通過轉錄組學的方法，探討性腺發育的分子機制。
1. 研究(jiu)目的
本文分(fen)別對紅鰭(qi)東(dong)方鲀(tun)的精巢(chao)和卵(luan)巢(chao)開(kai)展轉錄組(zu)學(xue)研究(jiu)，探討紅鰭(qi)東(dong)方鲀(tun)精巢(chao)和卵(luan)巢(chao)的RNA層面的差異(yi)，并(bing)關注差異(yi)表(biao)達基因的分(fen)子功(gong)能。本研究(jiu)也為紅鰭(qi)東(dong)方鲀(tun)的基因組(zu)學(xue)數據庫提供了寶貴的資(zi)源。
2. 研究方(fang)法(fa)
分別收集(ji)紅鰭東方鲀精巢和卵(luan)巢做為(wei)供試樣本(ben)，各(ge)為(wei)一組，采用Illumina Nextseq500測(ce)序平臺。對經過質量控制的數據首(shou)先(xian)基因(yin)功(gong)能注釋(shi)，并進行差異表達富(fu)集(ji)分析，熒光定(ding)量PCR驗證及cSNP分析。
3. 分析結果
本(ben)研究共(gong)有18,523個(ge)基因(yin)(yin)被注釋，精巢(chao)和(he)卵巢(chao)兩組相比(bi)，共(gong)有680個(ge)差異(yi)(yi)表達基因(yin)(yin)。在(zai)精巢(chao)中(zhong)，發(fa)現(xian)556個(ge)基因(yin)(yin)表達量出現(xian)顯著(zhu)上(shang)調(diao)；在(zai)卵巢(chao)中(zhong)，發(fa)現(xian)124個(ge)基因(yin)(yin)表達量出現(xian)顯著(zhu)上(shang)調(diao)。GO和(he)KEGG代謝通路分析證(zheng)實這些差異(yi)(yi)基因(yin)(yin)所(suo)翻譯的(de)蛋(dan)白參(can)與信號轉導和(he)性腺發(fa)育(yu)。轉錄組測序的(de)基因(yin)(yin)變化與qPCR的(de)基因(yin)(yin)變化關系基本(ben)一致。在(zai)精巢(chao)中(zhong)，作者發(fa)現(xian)23,879個(ge)cSNP位點，卵巢(chao)中(zhong)有55,675個(ge)。
該研究轉錄組測序及信(xin)息分析工作由上海派森(sen)諾生(sheng)物(wu)科技股份有限公司完成。
