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中華絨螯蟹轉錄組測序（三）

2016-02-15


 

簡介 


       中華絨螯蟹（Eriocheir sinensis ）是一種經濟蟹類，又稱河蟹、毛蟹、清水蟹、大閘蟹。中華絨螯蟹在幼蟹時期，存在一個明顯的形態學變化的過程，即從第五幼體（Z5）發育為大眼幼體（M），該過程有較高的死亡率。中華絨螯蟹轉錄組測序是怎樣的呢？中國科學院海洋研究所劉媛教授和她的團隊用這兩個時期的中華絨鰲蟹幼體為實驗樣品，通過轉錄組測序探究這個過程中基因表達差異變化。

       測序分析結(jie)(jie)果共(gong)發(fa)現652個(ge)差(cha)(cha)異表達(da)基(ji)(ji)因(yin)(yin)（DEGs），這(zhe)些(xie)差(cha)(cha)異基(ji)(ji)因(yin)(yin)富(fu)集(ji)的(de)(de)(de)(de)代謝(xie)(xie)(xie)通路主要分布(bu)在外(wai)源(yuan)性物質生(sheng)物降解和(he)代謝(xie)(xie)(xie)（8.16%）、輔(fu)酶(mei)因(yin)(yin)子和(he)維生(sheng)素代謝(xie)(xie)(xie)（6.7%）、酯類代謝(xie)(xie)(xie)（6.36%）和(he)氨基(ji)(ji)酸(suan)代謝(xie)(xie)(xie)（6.28%）。其中(zhong)(zhong)，有19個(ge)差(cha)(cha)異基(ji)(ji)因(yin)(yin)與(yu)(yu)幼蟹的(de)(de)(de)(de)形態特征和(he)感(gan)觀變化有關；62個(ge)差(cha)(cha)異基(ji)(ji)因(yin)(yin)與(yu)(yu)碳(tan)水化合物、酯類和(he)蛋白質消化和(he)代謝(xie)(xie)(xie)有關。在這(zhe)些(xie)差(cha)(cha)異基(ji)(ji)因(yin)(yin)中(zhong)(zhong)，與(yu)(yu)物質代謝(xie)(xie)(xie)有關的(de)(de)(de)(de)基(ji)(ji)因(yin)(yin)表達(da)在Z5樣品中(zhong)(zhong)是上調的(de)(de)(de)(de)，推測從第(di)五(wu)幼體(ti)到大眼幼體(ti)時(shi)期需(xu)要釋放(fang)大量的(de)(de)(de)(de)能量，實時(shi)定量PCR進一步驗(yan)證了(le)這(zhe)個(ge)結(jie)(jie)果。

       該研究成(cheng)果Comparative transcriptomic analysis provides insights into the molecular basis of the metamorphosis and nutrition metabolism change from zoeae to megalopae in Eriocheir sinensis于(yu)近(jin)日(ri)發表(biao)在（影響因子(zi)2.055）雜志(zhi)上(shang)。

       中華(hua)絨鰲蟹(xie)的轉錄組測序及信息分(fen)析(xi)工作(zuo)，由上海派森(sen)諾生物科(ke)技(ji)股份有限公司完成，這也是派森(sen)諾生物繼兩篇中華(hua)絨鰲蟹(xie)轉錄組測(ce)序后的第三篇中華絨鰲蟹轉錄組測序文章(zhang)。


 方法 


       取不同生長階段的中華絨鰲蟹幼體Z5和M進行轉錄組測序


 樣本量 


       2個樣本


測序平臺 


       Illumina HiSeq 2000平臺(tai)


 分析內容 


      1.   基(ji)因表達差異分析

     2. 聚類(lei)分析(xi)

     3. eggNOG注釋

      4. KEGG注釋

      5. qPCR驗證

 

 結果展示 


中華絨螯蟹轉錄組測序柱狀圖

                                                           圖(tu)1 中華絨螯蟹轉錄組測序(xu)eggNOG基因功能(neng)注釋(shi)


中華絨螯蟹轉錄組測序扇形圖

圖(tu)2 KEGG基因功能注釋


 

中華絨螯蟹轉錄組測序柱狀圖

                                                                                                            圖3 GO中(zhong)華(hua)絨螯蟹(xie)轉錄組(zu)測(ce)序基因(yin)功能注(zhu)釋析



中華絨螯蟹轉錄組測序散點圖

 

                                                                                                    圖4 中華絨(rong)螯蟹轉(zhuan)錄組測(ce)序基因表(biao)達差異(yi)分析(xi)



                                                                                                                                   圖(tu)5 qPCR驗(yan)證


 參考文獻 

Li Y, Min H, Cui Z, et al. Comparative transcriptomic analysis provides insights into the molecular basis of the metamorphosis and nutrition metabolism change from zoeae to megalopae in Eriocheir sinensis [J]. Comparative Biochemistry & Physiology Part D Genomics & Proteomics, 2015, 13(13C):1-9. doi:10.1016/j.cbd.2014.10.002


本(ben)文由RNA-Seq技術支持馬培(pei)培(pei)整理(li)