2016-01-29
簡介:
中華絨螯(ao)蟹(xie)（Eriocheir sinensis）是一種(zhong)經(jing)濟蟹類，又(you)稱河蟹(xie)(xie)、毛(mao)蟹(xie)(xie)、清(qing)水蟹(xie)(xie)、大閘蟹(xie)(xie)，為中(zhong)國久(jiu)負盛名的(de)(de)(de)美食。中(zhong)國境內廣泛分布于南(nan)北沿海各地湖泊，蟹(xie)(xie)中(zhong)含有較多(duo)的(de)(de)(de)維生素A，對(dui)皮膚的(de)(de)(de)角(jiao)化(hua)有幫助；對(dui)兒童的(de)(de)(de)佝僂病，老年(nian)人的(de)(de)(de)骨(gu)質(zhi)疏松也能起(qi)到(dao)補充鈣質(zhi)的(de)(de)(de)作(zuo)用。中(zhong)華絨螯蟹(xie)(xie)中(zhong)性別(bie)偏(pian)好(hao)基(ji)(ji)因在雌雄個(ge)體中(zhong)基(ji)(ji)因表(biao)達存在差異(yi)，為了(le)探索蟹(xie)(xie)的(de)(de)(de)性別(bie)偏(pian)向型基(ji)(ji)因表(biao)達，對(dui)雌雄個(ge)體的(de)(de)(de)中(zhong)華絨螯蟹(xie)(xie)進(jin)行轉錄組(zu)測序(xu)，探究性別(bie)偏(pian)好(hao)基(ji)(ji)因的(de)(de)(de)表(biao)達差異(yi)，探討(tao)兩性異(yi)形(xing)的(de)(de)(de)分子機制。
以中華絨螯蟹為例的海洋生物轉錄組測序的情況是怎么樣的呢？中科院海洋研究所的劉媛教授和她的團隊對雌雄中華絨螯蟹的樣本進行轉錄組測序，結果共驗證(zheng)(zheng)148個性(xing)(xing)別相(xiang)關(guan)基(ji)因(yin)，檢測到29個性(xing)(xing)別決定通(tong)路；不同(tong)性(xing)(xing)別的差異表達基(ji)因(yin)與(yu)新陳代謝(xie)和免疫相(xiang)關(guan)；并證(zheng)(zheng)實某(mou)些性(xing)(xing)別相(xiang)關(guan)基(ji)因(yin)在雌雄個體中表達存(cun)在顯(xian)著差異，大多數差異基(ji)因(yin)參(can)與(yu)新陳代謝(xie)和免疫等(deng)過程(cheng)，而不是明顯(xian)與(yu)性(xing)(xing)功能(neng)相(xiang)關(guan)。
免疫通路的差異基因中，雌性個體中18個上調基因由體液免疫因素引起，雄性個體中8個上調的差異基因是在模式識別受體上，這表明免疫防御的性別差異可能存在于中華絨蝥蟹中，本研究將為進一步研究中華絨螯蟹的雌雄異型提供分子機制。該研究成果Comparative Transcriptome Analysis Reveals Sex-Biased Gene Expression in Juvenile Chinese Mitten Crab Eriocheir sinensis于近日發表在PLoS ONE（影響因子3.234）雜志上。
中華絨螯蟹的轉錄組測序及信息分析工作，由上海派森諾生物科技股份有限公司完成(cheng)，這也是我公(gong)司(si)完成(cheng)的第(di)二(er)篇中華(hua)絨螯蟹文章。
方法：
雌(ci)雄中華絨螯蟹個體
樣(yang)本量：
2個樣本
測序(xu)平臺:
Proton平臺
分析內容(rong):
1、 SNP分析
2、 GO注(zhu)釋
3、 特定代謝通路分析(xi)
4、 qPCR驗證
結果:
共驗證(zheng)148個(ge)(ge)性(xing)別相關基因(yin)，檢測到(dao)29個(ge)(ge)性(xing)別決定通路；不同性(xing)別的差(cha)異(yi)表達(da)基因(yin)與(yu)新陳代(dai)謝和免疫相關；并證(zheng)實某些性(xing)別相關基因(yin)在(zai)雌雄(xiong)個(ge)(ge)體(ti)中表達(da)存在(zai)顯著差(cha)異(yi)。
部分結果(guo)展示:
圖1 SNP位(wei)點分析(xi)
圖2 溶(rong)酶體代(dai)謝通(tong)路基因表達(da)差異分析
析
圖3差異表達基因GO注釋
參(can)考(kao)文獻
