2018-05-24
小(xiao)伙伴們還記得，上周我們發布的嗎？
在(zai)(zai)此基(ji)礎上(shang)，派森(sen)諾生物與華中農業大(da)學動物醫學學院繼續(xu)合作，再接再厲，在(zai)(zai)《Acta Tropica》（影(ying)響因子2.218）上(shang)發表(biao)文章，揭(jie)示西藏(zang)自治區甘南地(di)區健(jian)康牦牛與腹(fu)瀉(xie)牦牛的糞(fen)便真菌(jun)菌(jun)群的差異。
1 研究背景?
牦牛是青藏(zang)高原(yuan)的代表性動(dong)物，大多數的牦牛生(sheng)活在中(zhong)亞喜馬拉雅地區的高寒地帶（3000m），例如中(zhong)國、尼(ni)泊爾等。
世(shi)界上幾(ji)乎90%的(de)牦牛(niu)生活在中國西部的(de)6個省，而牛(niu)產業(ye)目前(qian)在中國農(nong)業(ye)中位居第三。牛(niu)腹瀉因其對(dui)牛(niu)生育、產奶(nai)產量和體重增加的(de)重大影(ying)響，可(ke)引起嚴重的(de)經(jing)濟損失。
有(you)研究發現腸道菌(jun)群可以提供維生素和能(neng)量，對維持宿(su)主健(jian)康(kang)(kang)有(you)著(zhu)重(zhong)要作用。而真菌(jun)被廣泛認為對瘤胃功能(neng)，動物營養(yang)和改善(shan)木質纖維素代謝有(you)著(zhu)重(zhong)要作用，但是關(guan)于高寒高原上，健(jian)康(kang)(kang)和腹瀉牦牛之間的(de)真菌(jun)菌(jun)群差異，目前依然知之甚(shen)少。
本研究利用高通量(liang)測序，對(dui)西(xi)藏自(zi)治區甘南(nan)地區的(de)健康(kang)成(cheng)年牦牛、腹瀉(xie)成(cheng)年牦牛和(he)腹瀉(xie)牦牛犢之間(jian)的(de)真菌菌群的(de)組成(cheng)和(he)多樣(yang)性進行研究。
2 研究方法
測序技術：Illumina Miseq平(ping)臺(tai)
測序模式：真菌ITS序列?
實驗設計：
3 研究結果
在健(jian)康(kang)牦(mao)牛，腹瀉成(cheng)年(nian)牦(mao)牛和腹瀉牦(mao)牛犢中(zhong)chao1、ACE、Shannon 和Simpson指數并沒有顯著性差(cha)(cha)(cha)異。說(shuo)明(ming)各組(zu)間的微生物菌群豐富度和均勻度都無(wu)顯著差(cha)(cha)(cha)異。但是在PCA分(fen)析中(zhong)，各分(fen)組(zu)間的微生物菌落結(jie)構有著顯著差(cha)(cha)(cha)異，特別是健(jian)康(kang)成(cheng)年(nian)牦(mao)牛和腹瀉成(cheng)年(nian)牦(mao)牛之間。
圖(tu)1 PCA分析
在(zai)門水平上，Ascomycota（各(ge)分(fen)(fen)組中(zhong)分(fen)(fen)別是76.2%、71.9%、83.0%）和Basidiomycota（各(ge)分(fen)(fen)組中(zhong)分(fen)(fen)別是6.8%、10.2%、5.4%）是所有牦牛樣本(ben)中(zhong)主要(yao)的微生物(wu)菌(jun)群(qun)。
在屬水平上，Sporormiella 在Group 1和3中要(yao)比Group 2高，然而Podospora 在牦牛(niu)犢中要(yao)比成年牦牛(niu)高，Ustilago在Group 2中要(yao)比Group 1和3中要(yao)高。
圖2 門和屬水平微生物分類組成
在門水平的差(cha)異分析中，Neocallimastigomycota 在健康牦牛和腹瀉牦牛犢間(jian)是(shi)有(you)顯著性差(cha)異。
在(zai)屬(shu)水平(ping)的(de)差(cha)異(yi)(yi)分析中，發現23個(ge)屬(shu)在(zai)健(jian)康成(cheng)年牦(mao)牛(niu)和(he)腹瀉成(cheng)年牦(mao)牛(niu)間(jian)是有顯(xian)著性差(cha)異(yi)(yi)的(de)，28個(ge)屬(shu)在(zai)健(jian)康成(cheng)年牦(mao)牛(niu)和(he)腹瀉牦(mao)牛(niu)犢間(jian)有顯(xian)著性差(cha)異(yi)(yi)，23個(ge)屬(shu)在(zai)腹瀉成(cheng)年牦(mao)牛(niu)和(he)腹瀉牦(mao)牛(niu)犢間(jian)有明顯(xian)差(cha)異(yi)(yi)。
通過熱圖分(fen)析發現Gibberella 和(he)Aspergillus 在(zai)健康(kang)牦牛和(he)腹(fu)瀉牦牛之(zhi)間(jian)有顯著差(cha)異，Leptosphaeia在(zai)腹(fu)瀉成(cheng)年(nian)牦牛和(he)腹(fu)瀉牦牛犢之(zhi)間(jian)有顯著性差(cha)異。
圖3 屬水平微生物菌群差異分析
圖4 熱圖分析
總結
通過高通量測序(xu)發(fa)(fa)現，三組(zu)(zu)牦牛(niu)共(gong)有(you)248種真菌，有(you)趣(qu)的是共(gong)有(you)97種真菌只存(cun)在(zai)于腹瀉組(zu)(zu)而在(zai)健康組(zu)(zu)中卻沒有(you)，同時發(fa)(fa)現在(zai)健康組(zu)(zu)中特有(you)的真菌有(you)212種。
本研(yan)究報道了青藏(zang)高原高海拔地區的(de)(de)腹瀉牦牛的(de)(de)真(zhen)菌菌群組成(cheng)多樣性的(de)(de)變化，有利于對牦牛的(de)(de)腹瀉展開(kai)立(li)體預防(fang)。?
參考文獻
Li K, Mehmood K, Zhang H, et al. Characterization of Fungus Microbial Diversity in Healthy and Diarrheal Yaks in Gannan Region of Tibet Autonomous Prefecture[J]. Acta Tropica, 2018, 182.
