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IF8.7! 代謝組+微生物組助力蘋果鎘脅迫緩解機制研究

2024-02-21

文章題(ti)目(mu):Dopamine  alleviates  cadmium  stress  in  apple  trees  by recruiting  beneficial  microorganisms  to  enhance  the physiological  resilience  revealed  by  high-throughput sequencing  and  soil  metabolomics


河北農業大學在《Horticulture Research》上發表了多巴胺緩解蘋果鎘脅迫的研(yan)(yan)究(jiu)成果。本研(yan)(yan)究(jiu)中代謝組和微(wei)生物(wu)組檢測及部分數據分析工(gong)作由上海派森諾生物(wu)科技股份有限公(gong)司完成。


研究背景

由于農藥(yao)、化(hua)肥的過(guo)度(du)使用(yong)以及工業“三廢(fei)”的排放,導致土壤鎘污染(ran)日(ri)趨嚴(yan)(yan)重(zhong),鎘是土壤中(zhong)最常見的高毒性(xing)重(zhong)金屬(shu)污染(ran)物。蘋果是世(shi)界上最重(zhong)要的經(jing)濟水果之一,種植面積大,生長(chang)(chang)(chang)周期長(chang)(chang)(chang),巨大的時(shi)空跨(kua)度(du)使其容易遭受鎘污染(ran),嚴(yan)(yan)重(zhong)威脅(xie)(xie)蘋果生長(chang)(chang)(chang)發育和品質安全。多巴胺具(ju)有(you)(you)較強的抗氧(yang)化(hua)能力,在(zai)植物響應逆境脅(xie)(xie)迫(po)中(zhong)具(ju)有(you)(you)重(zhong)要作(zuo)用(yong)。然而,關于多巴胺調控蘋果鎘脅(xie)(xie)迫(po)的研究(jiu)較少(shao)。


技(ji)術路線

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研究內容

多(duo)巴胺(an)對鎘(ge)脅迫下蘋果生(sheng)長、總葉(xie)綠素含量(liang)、相對電(dian)解泄漏量(liang)、多(duo)巴胺(an)含量(liang)及光合參數(shu)的(de)影響

在第60天,鎘脅迫(ST)幼苗的株長(chang)、干粗、總(zong)干重和相(xiang)(xiang)(xiang)對生長(chang)率與(yu)對照(zhao)(CK)相(xiang)(xiang)(xiang)比均顯(xian)著降低(di)。相(xiang)(xiang)(xiang)反,與(yu)ST相(xiang)(xiang)(xiang)比,多巴(ba)胺(an)處理(DST)顯(xian)著提(ti)高了上(shang)述參數(shu)(圖1a-e)。此外,多巴(ba)胺(an)處理后的總(zong)葉綠素含量(TCC)比ST植株顯(xian)著提(ti)高了7.0%。與(yu)對照(zhao)相(xiang)(xiang)(xiang)比,ST植株的相(xiang)(xiang)(xiang)對離(li)子(zi)滲漏率(REL)顯(xian)著提(ti)高了44.8%,而(er)DST植株的REL僅提(ti)高了6.9%(圖1f和g)。

在(zai)處理60天后,測量(liang)了葉(xie)片(pian)和(he)根(gen)中多(duo)(duo)巴胺(an)(an)(an)的內源性水平:與(yu)對照(zhao)相比,Cd脅迫下根(gen)中多(duo)(duo)巴胺(an)(an)(an)含量(liang)顯著(zhu)升高。施用多(duo)(duo)巴胺(an)(an)(an)后,根(gen)和(he)葉(xie)中多(duo)(duo)巴胺(an)(an)(an)含量(liang)較ST顯著(zhu)提(ti)高了252.6%和(he)191.7%(圖1h),說明外源多(duo)(duo)巴胺(an)(an)(an)增加了內源多(duo)(duo)巴胺(an)(an)(an)水平。此外,DST植物的蒸騰速率(lv)(tr)、氣孔導度(du)(Gs)和(he)凈光(guang)合(he)速率(lv)(Pn)比ST顯著(zhu)提(ti)高了60.3%、80.0%和(he)64.3%,而細(xi)胞間CO2濃度(du)(Ci)則降低了2.3%(圖1i- l)。

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圖(tu)1 Cd脅(xie)迫下多巴胺(an)對蘋果生長(chang)參數及(ji)多巴胺(an)含量的(de)影響


多巴胺減輕Cd誘(you)導的氧化應(ying)激

與ST相(xiang)比,DST植株(zhu)H2O2含量(liang)和(he)O2??產(chan)量(liang)顯(xian)著(zhu)降低20.9%和(he)21.9%。葉綠(lv)素熒光(guang)參(can)數(Fv/Fm)和(he)非光(guang)化(hua)(hua)學猝滅系數(NPQ)均顯(xian)著(zhu)高(gao)(gao)于ST,分(fen)別提高(gao)(gao)了(le)11.4%和(he)19.0%。與此(ci)同時(shi),MST處理(li)的蘋果葉片過(guo)氧(yang)(yang)(yang)化(hua)(hua)物(wu)酶(POD)、過(guo)氧(yang)(yang)(yang)化(hua)(hua)氫酶(CAT)、超氧(yang)(yang)(yang)化(hua)(hua)物(wu)歧化(hua)(hua)酶(SOD)和(he)抗壞(huai)血酸(suan)氧(yang)(yang)(yang)化(hua)(hua)酶(APX)活性顯(xian)著(zhu)升高(gao)(gao),其中(zhong)上述(shu)抗氧(yang)(yang)(yang)化(hua)(hua)酶活性較(jiao)ST處理(li)分(fen)別顯(xian)著(zhu)提高(gao)(gao)了(le)26.0%、32.1%、43.2%和(he)63.2%。最后,與對照相(xiang)比,Cd脅(xie)迫下總抗氧(yang)(yang)(yang)化(hua)(hua)能力(T -AOC)顯(xian)著(zhu)提高(gao)(gao)了(le)10.9%,DST脅(xie)迫下提高(gao)(gao)了(le)26.4%(圖2)。

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圖2 多巴胺對Cd脅(xie)迫下應(ying)激反應(ying)性(xing)狀的影響(xiang)


多巴胺降低(di)了蘋果中Cd的含量

圖3a顯(xian)示了(le)(le)不(bu)同處理后的(de)蘋果葉和(he)(he)根(gen)的(de)染色,Cd以棕紅色復合體(ti)的(de)形式(shi)積累(lei)。與對(dui)照(zhao)相比(bi),ST處理植株(zhu)的(de)Cd濃度(du)和(he)(he)累(lei)積量分(fen)別(bie)顯(xian)著(zhu)增加了(le)(le)85.2倍(bei)(bei)和(he)(he)67.0倍(bei)(bei),葉片(pian)分(fen)別(bie)增加了(le)(le)1.72倍(bei)(bei)和(he)(he)1.32倍(bei)(bei)。與ST相比(bi),DST植株(zhu)的(de)Cd濃度(du)和(he)(he)累(lei)積量分(fen)別(bie)顯(xian)著(zhu)降(jiang)低了(le)(le)16.8%和(he)(he)9.3%,葉片(pian)分(fen)別(bie)降(jiang)低了(le)(le)34.8%和(he)(he)32.7%(圖3b)。

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圖3 植物(wu)Cd濃(nong)度與積累


多(duo)巴胺調節抗氧化酶和抗壞血酸(suan)(AsA) -谷胱甘肽(GSH)循環相關基因以(yi)及Cd攝取和解(jie)毒(du)基因

大部分抗氧化酶(mei)和AsA-GSH循環相關基(ji)(ji)因(yin)在(zai)(zai)ST葉(xie)(xie)片(pian)(pian)中(zhong)(zhong)(zhong)均有(you)不(bu)同程(cheng)度(du)的上(shang)(shang)(shang)(shang)調,而(er)在(zai)(zai)ST根中(zhong)(zhong)(zhong)無明顯(xian)差異。然而(er),多(duo)巴胺作用后,幾(ji)乎所(suo)有(you)抗氧化和AsA-GSH相關基(ji)(ji)因(yin)均顯(xian)著(zhu)(zhu)上(shang)(shang)(shang)(shang)調。其中(zhong)(zhong)(zhong),MdCAT在(zai)(zai)葉(xie)(xie)片(pian)(pian)中(zhong)(zhong)(zhong)比ST上(shang)(shang)(shang)(shang)調1.9倍,MdCAT、MdMDHAR和MdcGR在(zai)(zai)根中(zhong)(zhong)(zhong)分別上(shang)(shang)(shang)(shang)調3.2倍、3.6倍和3.4倍(圖4a-b)。與(yu)ST相比,DST葉(xie)(xie)片(pian)(pian)中(zhong)(zhong)(zhong)MdNRAMP3、MdHMA4、MdHA7和MdFRO2-like的表達量分別下(xia)調42.3%、53.2%、69.1%和62.6%,在(zai)(zai)根中(zhong)(zhong)(zhong)分別下(xia)調55.6%、66.4%、10.6和38.6%。在(zai)(zai)Cd脫毒基(ji)(ji)因(yin)中(zhong)(zhong)(zhong),MdCAX2和MdNAS1在(zai)(zai)葉(xie)(xie)片(pian)(pian)中(zhong)(zhong)(zhong)顯(xian)著(zhu)(zhu)上(shang)(shang)(shang)(shang)調76.4%和125.7%,MdCAX2在(zai)(zai)根中(zhong)(zhong)(zhong)顯(xian)著(zhu)(zhu)上(shang)(shang)(shang)(shang)調58.3%(圖4c-d)。

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圖4 不同處理下抗氧(yang)化酶、AsA-GSH循環(huan)和Cd吸收解(jie)毒(du)相關(guan)基因的(de)表達


微生物多樣性和群落組成

多(duo)(duo)(duo)巴胺處理(li)后細(xi)菌(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)和(he)(he)真菌(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)α-多(duo)(duo)(duo)樣性評(ping)估顯示(shi),與(yu)ST相比,Simpson指數(shu)明(ming)顯升高。非度(du)(du)量多(duo)(duo)(duo)維尺度(du)(du)分析(NMDS)顯示(shi),Cd脅迫(po)和(he)(he)外源多(duo)(duo)(duo)巴胺處理(li)導致不同(tong)處理(li)間差異顯著(圖5a-b)。在各種處理(li)中(zhong),酸(suan)桿菌(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)、氯桿菌(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)、放線菌(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)占(zhan)細(xi)菌(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)群(qun)落的主(zhu)導地位,擔子(zi)菌(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)門(men)、子(zi)囊菌(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)門(men)占(zhan)真菌(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)群(qun)落的主(zhu)導(圖5c-d)。優勢細(xi)菌(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)和(he)(he)真菌(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)屬也發生了變(bian)化,DST中(zhong)大多(duo)(duo)(duo)數(shu)優勢細(xi)菌(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)和(he)(he)真菌(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)(jun)屬的相對豐度(du)(du)相對于ST顯著降低(圖5e-f)。

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圖5 根際(ji)土壤微(wei)生(sheng)物(wu)群落(luo)組(zu)成


不同處理后微生物群落的聚(ju)集(ji)

群(qun)(qun)落組(zu)(zu)裝(zhuang)(zhuang)過(guo)(guo)程(cheng)決定了物種分布(bu)和(he)(he)豐度的模式,這是(shi)(shi)微(wei)生(sheng)物組(zu)(zu)生(sheng)態學的核心。Homogenizing dispersal在CK和(he)(he)ST根(gen)(gen)際細菌(jun)群(qun)(qun)落的隨機過(guo)(guo)程(cheng)中占主導地(di)位。多(duo)巴胺(an)改變了根(gen)(gen)際細菌(jun)的組(zu)(zu)裝(zhuang)(zhuang)過(guo)(guo)程(cheng),Undominanted、Homogenizing dispersal和(he)(he)Dispersal limitation分別占66.7%、22.2%和(he)(he)11.1%。對于(yu)根(gen)(gen)際真菌(jun)群(qun)(qun)落,Undominant process是(shi)(shi)CK最重要的組(zu)(zu)裝(zhuang)(zhuang)過(guo)(guo)程(cheng),而Homogeneous selection在ST和(he)(he)DST樣本(ben)中占主導地(di)位(圖6)。

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圖6 β-NTI在細(xi)菌(a)和真菌(b)樣品中的分布


微生(sheng)物群落(luo)的網絡分析

共線性網絡分(fen)析結果發現,在DST樣本(ben)的(de)細菌(jun)群落(luo)中(zhong),節點數和總(zong)鏈接數較(jiao)ST顯(xian)著增加。在真菌(jun)群落(luo)中(zhong),與ST相比,多(duo)(duo)巴(ba)胺處理(li)后節點數和總(zong)鏈接數明顯(xian)減少(shao)。此外細菌(jun)和真菌(jun)群落(luo)之間的(de)總(zong)鏈接數明顯(xian)增加。并且(qie)鎘脅迫條件(jian)下多(duo)(duo)巴(ba)胺處理(li)使(shi)中(zhong)介(jie)中(zhong)心性前五的(de)關(guan)鍵(jian)屬發生改變。以上結果表明,Cd脅迫和多(duo)(duo)巴(ba)胺對微(wei)生物組成結構有(you)顯(xian)著影響(圖7)。

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圖7 根際土(tu)壤中細(xi)菌(jun)群(qun)落(luo)(a)、真(zhen)菌(jun)群(qun)落(luo)(b)、細(xi)菌(jun)和真(zhen)菌(jun)群(qun)落(luo)(c)之間的網絡分析


潛(qian)在(zai)有益微(wei)生(sheng)物相對豐度與RGR和全(quan)株Cd積(ji)累(lei)的關系(xi)

基(ji)于(yu)LEfSe分析,篩選出了DST處理(li)中(zhong)的標志微(wei)生物群(qun)落。隨(sui)后,我們將標志菌群(qun)豐(feng)度與(yu)(yu)植株相(xiang)對生長速率(RGR)和整株Cd積累量(liang)之間進行相(xiang)關性分析。結(jie)果發現(xian)Pseudoxanthomonas, Aeromicrobium, Bradyrhizobium, Frankia, Saccharimonadales, Novosphingobium, Streptomyces 與(yu)(yu)整株Cd積累量(liang)顯著負相(xiang)關,與(yu)(yu)RGR顯著正相(xiang)關(圖8-10)。

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圖(tu)8 細(xi)菌(a)和真(zhen)菌(b)譜系的(de)進化(hua)分布圖(tu)

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圖9 生物標(biao)記類群的相(xiang)對豐(feng)度與(yu)相(xiang)對生長率(RGR)的關(guan)系(Pearson相(xiang)關(guan)分(fen)析)

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圖10 生物標(biao)記類群相對豐度與全株(zhu)Cd積累的關(guan)系(Pearson相關(guan)分析)


外源多巴胺(an)調節Cd脅迫的土(tu)壤代謝(xie)

利(li)用代(dai)(dai)謝組學對(dui)各處(chu)理(li)土(tu)(tu)壤代(dai)(dai)謝物進行(xing)研究(VIP > 1,P < 0.05)。偏(pian)最小二(er)乘判(pan)別分(fen)析(PLS-DA)表明(ming),處(chu)理(li)間(jian)存在(zai)顯(xian)(xian)(xian)著的分(fen)離。Cd脅迫和添(tian)加多巴胺(an)后,14種(zhong)(zhong)和18種(zhong)(zhong)代(dai)(dai)謝物的豐(feng)度分(fen)別發生了顯(xian)(xian)(xian)著變化。這些(xie)結果表明(ming),外源多巴胺(an)明(ming)顯(xian)(xian)(xian)改變了鎘脅迫下(xia)土(tu)(tu)壤代(dai)(dai)謝譜。施用多巴胺(an)后,13種(zhong)(zhong)土(tu)(tu)壤代(dai)(dai)謝物相對(dui)豐(feng)度明(ming)顯(xian)(xian)(xian)上調,5種(zhong)(zhong)土(tu)(tu)壤代(dai)(dai)謝物相對(dui)豐(feng)度明(ming)顯(xian)(xian)(xian)下(xia)調(圖11)。

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圖11 不同處理(li)下土(tu)壤代謝組


根際微(wei)生物(wu)群與(yu)土壤代謝物(wu)的相(xiang)關性

將(jiang)標志(zhi)微生物(wu),差(cha)異代謝物(wu),RGR和(he)整株(zhu)Cd積累(lei)量,共(gong)同建(jian)立(li)共(gong)線性(xing)網絡圖。結果(guo)發現(xian) (3β,5ξ,9ξ)-3,6,19-trihydroxyurs-12-en-28-oic acid (r = 0.8424)和(he)juniperic acid (r = 0.7939)的相(xiang)(xiang)(xiang)對(dui)豐(feng)度(du)與(yu)(yu)RGR顯著正(zheng)相(xiang)(xiang)(xiang)關。(10E,15Z)-9,12,13-trihydroxy-10,15-octadecadienoic acid (r = ?0.8182)、(3β,5ξ,9ξ)-3,6,19-trihydroxyurs-12-en-28-oic acid (r = ?0.8061)和(he)L-threonic acid (r = ?0.8061) 的相(xiang)(xiang)(xiang)對(dui)豐(feng)度(du)與(yu)(yu)整株(zhu)Cd積累(lei)量顯著負相(xiang)(xiang)(xiang)關。并且(qie)相(xiang)(xiang)(xiang)關代謝物(wu)和(he)微生物(wu)之間也具有(you)顯著相(xiang)(xiang)(xiang)關性(xing)。Saccharimonadales, Pseudoxanthomonas和(he)Novosphingobium 分別與(yu)(yu) L-threonic acid (r = 0.9152), profenamine (r = 0.8788)和(he)juniperic acid (r = 0.8788)顯著正(zheng)相(xiang)(xiang)(xiang)關。(3β,5ξ,9ξ)-3,6,19-trihydroxyurs-12-en-28-oic acid 與(yu)(yu)Aeromicrobium (r = 0.8545), Bradyrhizobium (r = 0.8424)和(he)Streptomyces (r = 0.8061)顯著正(zheng)相(xiang)(xiang)(xiang)關(圖12)。

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圖12 生(sheng)物(wu)標記類群、土(tu)壤代謝(xie)物(wu)和相對生(sheng)長(chang)速率/全株(zhu)Cd積累(lei)的(de)共線(xian)性(xing)分析


研(yan)究結論(lun)

本研究(jiu)利用土壤微生(sheng)物組和(he)代謝(xie)(xie)組聯合分(fen)析(xi),研究(jiu)了(le)多(duo)巴胺(an)對鎘脅(xie)(xie)迫(po)下蘋果(guo)植株(zhu)(zhu)生(sheng)長(chang)的(de)(de)影響(xiang)。研究(jiu)發現(xian),多(duo)巴胺(an)可以(yi)增強(qiang)植株(zhu)(zhu)光(guang)合作(zuo)用,激活(huo)活(huo)性氧清除系統,降低植株(zhu)(zhu)體(ti)內活(huo)性氧水平;抑制鎘吸收基因的(de)(de)表達,促進鎘解毒基因的(de)(de)表達,減少(shao)植株(zhu)(zhu)鎘積累,從(cong)而(er)緩解鎘脅(xie)(xie)迫(po)對植株(zhu)(zhu)生(sheng)長(chang)的(de)(de)抑制。此外,多(duo)巴胺(an)顯(xian)著改(gai)變了(le)土壤代謝(xie)(xie)物的(de)(de)組成以(yi)及根(gen)際微生(sheng)物群落多(duo)樣(yang)性。LEfSe分(fen)析(xi)表明(ming)多(duo)巴胺(an)可通過誘導植物招募(mu)潛在(zai)的(de)(de)有益(yi)微生(sheng)物來(lai)抵抗鎘脅(xie)(xie)迫(po)。共現(xian)網絡顯(xian)示,多(duo)巴胺(an)正(zheng)(zheng)向調(diao)(diao)節的(de)(de)幾個代謝(xie)(xie)產物與植物相(xiang)對生(sheng)長(chang)速(su)率呈顯(xian)著正(zheng)(zheng)相(xiang)關,與鎘積累則呈顯(xian)著負相(xiang)關,表明(ming)潛在(zai)有益(yi)微生(sheng)物可能被上述代謝(xie)(xie)產物所(suo)調(diao)(diao)控。研究(jiu)結果(guo)有助于今后深入(ru)研究(jiu)多(duo)巴胺(an)調(diao)(diao)控蘋果(guo)鎘脅(xie)(xie)迫(po)的(de)(de)功能機制,也為果(guo)園土壤重金屬治理提供了(le)新的(de)(de)思路和(he)策(ce)略。



原文索(suo)引(yin): 

Cao Y, Du P, Zhang J, Ji J, Xu J, Liang B. Dopamine alleviates cadmium stress in apple trees by recruiting beneficial microorganisms to enhance the physiological resilience revealed by high-throughput sequencing and soil metabolomics. Hortic Res. 2023 May 22;10(7):uhad112. 

doi: 10.1093/hr/uhad112.