2024-07-01
文章題目(mu): Lactobacillus plantarum-Derived Extracellular Vesicles Modulate Macrophage Polarization and Gut Homeostasis for Alleviating Ulcerative Colitis 技(ji)術手段:16s rRNA測序、非靶代謝組檢(jian)測、免疫組織學和qRT-PCR等 江蘇大學,龔愛華教授(shou)團隊在《Agicultural and Food Chemistry》上發(fa)表了16s rRNA測序(xu),非(fei)靶代(dai)謝質譜檢(jian)測組學方法,闡明了LP-UJS來源的細胞外囊泡(LP-UJS-EVs)對小鼠潰(kui)瘍(yang)性結(jie)腸(chang)炎(UC)的免疫機(ji)制。 本研究的16s rRNA測序分析,非靶代謝組檢測分析和部分數據分析工作由上海派森諾生物科技股份有限公司完成。
研究背景(jing) 潰瘍(yang)性結腸(chang)(chang)炎(UC)是一種復雜的、動(dong)態的胃腸(chang)(chang)道(dao)疾病,UC的一個關(guan)鍵標(biao)志(zhi)是腸(chang)(chang)道(dao)菌群(qun)組成的改變,專注于恢復腸(chang)(chang)道(dao)菌群(qun)平衡(heng)的策略是治療干預的關(guan)鍵方面。 近年(nian)來,益生菌(jun)胞外囊泡(EVs)在生物醫學上的(de)(de)(de)應(ying)用引起了(le)(le)人們的(de)(de)(de)極大興趣。最近的(de)(de)(de)報道(dao)強調了(le)(le)植物乳桿(gan)菌(jun)衍生的(de)(de)(de)EV的(de)(de)(de)免(mian)疫(yi)調節和(he)抗炎作用,表(biao)明了(le)(le)解這些(xie)EV在形(xing)成(cheng)免(mian)疫(yi)反應(ying)中的(de)(de)(de)作用是很重(zhong)要(yao)的(de)(de)(de)。此外,益生菌(jun)EVs除(chu)了(le)(le)影(ying)響免(mian)疫(yi)應(ying)答(da)外,還具有調節腸(chang)道(dao)菌(jun)群和(he)糾正(zheng)腸(chang)道(dao)疾病的(de)(de)(de)雙(shuang)重(zhong)作用。 本研究探討了L. plantarum UJS001 (LP-UJS)衍生EV ((LP-UJS-EVs)緩解UC的(de)機制。根(gen)據我們的(de)研究結果(guo),LP-UJS-EV治(zhi)療促進腸道(dao)屏障的(de)修復(fu),誘導巨噬(shi)細胞M2極化,上調白細胞介(jie)素-10 (IL-10)和轉化生長(chang)因(yin)子(zi)β (TGF-β)調節(jie)腸道(dao)菌群組成,影響賴(lai)氨酸代(dai)謝途(tu)徑。對EVs作用的(de)探索為益生菌特別是其囊泡(pao)成分(fen)在UC治(zhi)療中(zhong)的(de)應用提供了一(yi)個新(xin)的(de)視(shi)角。 主要研究結果 1.LP-UJS的純化(hua)、鑒(jian)定及表征 本研究對菌(jun)株進行(xing)了初(chu)步純化和鑒定。利用特(te)異性引物擴(kuo)增(zeng)分離菌(jun)株的(de)16S rDNA,發現分離菌(jun)株與(yu)(yu)L的(de)相似性為99%。此(ci)(ci)外,系(xi)統發育樹顯示(shi),菌(jun)株LP-UJS001與(yu)(yu)L. plantarum在同(tong)一分支,因此(ci)(ci)被鑒定為L. plantarum(圖(tu)1D)。隨后(hou),從(cong)LP-UJS培養(yang)上(shang)清(qing)液中通過(guo)過(guo)濾濃縮(FC)聯合(he)超離心分離出EV。觀(guan)察到,LP-UJS-EV為球(qiu)形雙層膜結構(圖(tu)1E),帶負(fu)電荷(圖(tu)1F),此(ci)(ci)外,以每1010個(ge)顆(ke)粒3mg /mL的(de)濃度(du)檢測LP-UJS-EV蛋白(圖(tu)1G)。經FC和離心處理后(hou),獲得更高(gao)濃度(du)的(de)EV(圖(tu)1H)。 圖(tu)1:LP-UJS的純化和鑒定 2.LP-UJS-EVs促進腸上皮細(xi)胞生長和(he)巨噬細(xi)胞M2極化 為了探討不同濃度的LP-UJS-EVs在炎癥條件下(xia)對正常腸(chang)上皮細胞(bao)活性(xing)和(he)巨噬細胞(bao)極(ji)化的影(ying)響。研究(jiu)結果顯示,LP-UJS-EVs促進HCoEpiC和(he)IEC-6細胞(bao)的生長呈濃度依賴性(xing),并且(qie)根(gen)據巨噬細胞(bao)M2標志物CD163、IL-10、TGF-β 的mRNA水平(ping)變(bian)化量,確認了在0.3 mg/mL時效果最顯著(zhu)(P < 0.05)(圖(tu)2)。 圖(tu)2:LP-UJS-EVs促進腸上皮細胞生長和巨噬細胞m2極化 3.LP-UJS-EVs減輕DSS誘導的(de)小鼠UC 為了研究LP-UJS-EVs對UC的影響(xiang),通過1周DSS誘導(dao)建立UC模型(xing),并在模型(xing)建立后開始治療(圖3A)。 根據體(ti)重(zhong)(zhong)變化(hua)評分(fen),DAI和(he)結腸(chang)長(chang)度評估小(xiao)鼠(shu)(shu)UC程(cheng)度。從第5天(tian)到(dao)第10天(tian),其他三(san)組(zu)小(xiao)鼠(shu)(shu)的(de)(de)體(ti)重(zhong)(zhong)均較對照(zhao)組(zu)下降,其中(zhong)DSS組(zu)體(ti)重(zhong)(zhong)下降最明顯(xian)(P < 0.0001)。從第11天(tian)到(dao)第14天(tian),LP-UJS組(zu)和(he)LP-UJS- EV組(zu)小(xiao)鼠(shu)(shu)體(ti)重(zhong)(zhong)逐漸增加(jia)(P < 0.001)(圖3B),其中(zhong)LP-UJS- EV組(zu)小(xiao)鼠(shu)(shu)體(ti)重(zhong)(zhong)增加(jia)更為顯(xian)著(P < 0.05)。此外,DSS組(zu)的(de)(de)DAI評分(fen)高于(yu)其他三(san)組(zu)。值得注意的(de)(de)是,LP-UJS-EVs組(zu)DAI評分(fen)略低于(yu)LPUJS組(zu)(P < 0.05)(圖3C)。 以上結果(guo)表明,LP-UJS和(he)LP-UJS- ev均能有(you)效(xiao)治療UC,且LP-UJS- ev效(xiao)果(guo)優于LPUJS。 圖3:LP-UJS-EVs可減輕DSS誘導的小鼠UC 4.LP-UJS-EVs修復UC小鼠腸(chang)道(dao)屏障 本研究(jiu)為(wei)了評(ping)估和比較LP-UJS-EVs處理對DSS誘導(dao)UC小鼠腸道(dao)屏障的影響,采(cai)用HE和Alcian染色進行組(zu)織學分(fen)析。 結果顯(xian)(xian)示,P-UJS和(he)LP-UJS-EVs均能(neng)(neng)顯(xian)(xian)著恢復UC小鼠杯狀細胞的數(shu)量,改善結構破壞,減(jian)少炎癥細胞的浸潤(圖4A)。此(ci)外,免(mian)疫組化染色結果顯(xian)(xian)示,LPUJS和(he)LP-UJS-EVs均能(neng)(neng)恢復ZO-1、cludin -1和(he)ALPI的表(biao)達,修復組織損傷,且LP-UJS-EVs效果優于(yu)(yu)(yu)LP-UJS (P < 0.01)(圖4B)。血清(qing)FITC -葡(pu)聚糖4 (FD4)濃(nong)度(du)表(biao)明,LP-UJS和(he)LP-UJS-EVs均能(neng)(neng)顯(xian)(xian)著降低(di)DSS引起的腸黏膜通(tong)透性增加(P < 0.01)(圖4C)。LP-UJS-EVs組大鼠血清(qing)IL-10、TGF-β濃(nong)度(du)顯(xian)(xian)著高于(yu)(yu)(yu)DSS組(P < 0.01)。LP-UJS-EVs組IL-6、TNF-α、組胺水平明顯(xian)(xian)低(di)于(yu)(yu)(yu)DSS組(P < 0.05)(圖4D-H) 綜(zong)上,LP-UJS和LP-UJS-EVs在降低炎(yan)癥(zheng)引(yin)起的腸(chang)通透性(xing)增(zeng)加、修復腸(chang)黏(nian)膜(mo)結構、抑制炎(yan)癥(zheng)進展等方面均有顯著作用。并(bing)且LP-UJS-EVs的效(xiao)果優于LP-UJS。 圖(tu)4:LP-UJS-EVs修復(fu)UC小鼠腸道屏障 5.LP-UJS-EVs通過驅(qu)動巨(ju)噬細胞M2極(ji)化(hua)減輕(qing)腸道炎癥(zheng) 觀察(cha)到(dao)LP-UJS-EVs對DSS誘導的 UC小鼠的治(zhi)療(liao)作(zuo)用與(yu)免疫應答之間的相關(guan)性,并觀察(cha)到(dao)LP-UJS-EVs治(zhi)療(liao)UC小鼠MLNs中CD4+/CD8+ T細(xi)胞(bao)比例降低的逆轉(zhuan)(P < 0.05)(圖(tu)5A)。與(yu)DSS組相比,LP-UJS組和LP-UJS- ev組Treg細(xi)胞(bao)比例均降低(P < 0.01)。 進一步分析(xi)巨(ju)(ju)噬(shi)細胞比(bi)例(li),DSS組M1巨(ju)(ju)噬(shi)細胞較(jiao)對(dui)照(zhao)組顯著(zhu)增(zeng)加(P < 0.05)。LP-UJS和LP-UJS- ev治療后,M1巨(ju)(ju)噬(shi)細胞比(bi)例(li)顯著(zhu)降低(P < 0.01),且LP-UJS- ev組比(bi)LP-UJS組下(xia)降更(geng)(geng)明顯。相比(bi)于DSS組,CD163+ M2巨(ju)(ju)噬(shi)細胞的(de)(de)(de)比(bi)例(li)LP-UJS組和LP-UJS- EV組均(jun)顯著(zhu)升高(gao)(P < 0.01),其中LP-UJS- ev組升高(gao)更(geng)(geng)為(wei)明顯(P < 0.001)。值得注(zhu)意(yi)的(de)(de)(de)是,LP-UJS-EVs組M2巨(ju)(ju)噬(shi)細胞的(de)(de)(de)比(bi)例(li)與(yu)對(dui)照(zhao)組相比(bi)增(zeng)加了(le)約6倍,與(yu)DSS組相比(bi)增(zeng)加了(le)近3倍。這強調(diao)了(le)驅動巨(ju)(ju)噬(shi)細胞M2極化是LP-UJS-EVs減輕UC小鼠炎癥的(de)(de)(de)關鍵機(ji)制,且LP-UJS-EVs的(de)(de)(de)效果優(you)于LP-UJS (P < 0.05)(圖(tu)5C)。 圖(tu)5:LP-UJS-EVs通過(guo)驅動巨(ju)噬細胞(bao)M2極化(hua)減輕腸(chang)道炎癥 6.LP-UJS-EVs對(dui)UC小鼠腸道菌群(qun)組成的影響 在確定了LP-UJS-EVs的(de)(de)免疫調節作用后,本研(yan)究(jiu)試圖通(tong)過16S rRNA基因序列(lie)分析(xi)(xi)(xi)來研(yan)究(jiu)它們對(dui)UC小鼠腸道(dao)微生物群的(de)(de)潛(qian)在影響。擬桿菌門(men)(men)和(he)厚壁菌門(men)(men)是(shi)(shi)(shi)小鼠腸道(dao)中(zhong)相(xiang)(xiang)(xiang)對(dui)豐度(du)最(zui)高的(de)(de)兩個門(men)(men)。與(yu)其他三組(zu)相(xiang)(xiang)(xiang)比,DSS組(zu)Bacteroidetes與(yu)Firmicutes的(de)(de)比例最(zui)低,Verrucomicrobia的(de)(de)相(xiang)(xiang)(xiang)對(dui)豐度(du)最(zui)高,而LP-UJS-EVs組(zu)Chloroflexi的(de)(de)相(xiang)(xiang)(xiang)對(dui)豐度(du)最(zui)高(圖6A)。其次,通(tong)過β-多(duo)樣(yang)性(xing)分析(xi)(xi)(xi)分析(xi)(xi)(xi)不同組(zu)間(jian)的(de)(de)多(duo)樣(yang)性(xing)差異(yi)。基于Bray - Curtis指數的(de)(de)主坐標分析(xi)(xi)(xi)(PCoA)表明,DSS組(zu)與(yu)LP-UJS和(he)LP-UJS-EVs組(zu)有(you)顯著差異(yi)。PC1占總變化的(de)(de)29.8%,PC2占16.1%(圖6B)。此(ci)外,非度(du)量多(duo)維(wei)尺度(du)(NMDS)顯示出(chu)與(yu)PCoA結果相(xiang)(xiang)(xiang)似的(de)(de)結果,應(ying)力值(zhi)為0.091(圖6C)。值(zhi)得注(zhu)意的(de)(de)是(shi)(shi)(shi),當(dang)應(ying)力小于0.2時,NMDS分析(xi)(xi)(xi)結果被廣泛認為是(shi)(shi)(shi)更可(ke)靠的(de)(de)。因此(ci),PCoA和(he)NMDS分析(xi)(xi)(xi)都是(shi)(shi)(shi)可(ke)靠的(de)(de)。 物種組(zu)成(cheng)(cheng)熱(re)圖上看(kan),DSS組(zu)Coprococcus、parabobacteroides、Staphylococcus、Odoribacter、Allobaculum和(he)Turicibacter的豐(feng)度(du)顯(xian)著高(gao)于對照組(zu)(P < 0.05)。LP-UJS-EVs治療導致Coprococcus、parabobacteroides、Staphylococcus和(he)Allobaculum豐(feng)度(du)顯(xian)著下降,恢復了與對照組(zu)相似的組(zu)成(cheng)(cheng)形(xing)式(shi)(圖6D,E)。 根據(ju)(ju)細菌(jun)(jun)標(biao)記基(ji)因單(dan)獨(du)測(ce)序數據(ju)(ju)進一步(bu)預測(ce)功能單(dan)元(yuan)組(zu)成(cheng)(cheng),發現最豐(feng)(feng)富(fu)的(de)(de)三個功能通路(lu)是核苷(gan)和(he)核苷(gan)酸生物(wu)合(he)成(cheng)(cheng)、氨基(ji)酸生物(wu)合(he)成(cheng)(cheng)以及輔因子、假(jia)基(ji)、電子載體和(he)維生素生物(wu)合(he)成(cheng)(cheng)(圖(tu)6G)。為了研(yan)究腸道菌(jun)(jun)群、炎癥物(wu)質和(he)M1/M2巨(ju)噬細胞標(biao)志物(wu)蛋白(bai)表(biao)(biao)(biao)(biao)達(da)(da)之間的(de)(de)潛(qian)在(zai)相(xiang)(xiang)關(guan)(guan)(guan)(guan)性,相(xiang)(xiang)關(guan)(guan)(guan)(guan)性分析結果顯示,Prevotella和(he)Clostridiaceae_Clostridium的(de)(de)豐(feng)(feng)度與(yu)(yu)TNF-α和(he)CD86的(de)(de)表(biao)(biao)(biao)(biao)達(da)(da)呈(cheng)負相(xiang)(xiang)關(guan)(guan)(guan)(guan)(P < 0.05), AF12的(de)(de)表(biao)(biao)(biao)(biao)達(da)(da)與(yu)(yu)TNF-α呈(cheng)負相(xiang)(xiang)關(guan)(guan)(guan)(guan)(P < 0.05)。相(xiang)(xiang)反,副擬桿菌(jun)(jun)的(de)(de)豐(feng)(feng)度與(yu)(yu)組(zu)胺、IL-6、TNF-α、CD86的(de)(de)表(biao)(biao)(biao)(biao)達(da)(da)呈(cheng)正(zheng)相(xiang)(xiang)關(guan)(guan)(guan)(guan)(P < 0.05),異桿菌(jun)(jun)與(yu)(yu)組(zu)胺、IL-6的(de)(de)表(biao)(biao)(biao)(biao)達(da)(da)呈(cheng)正(zheng)相(xiang)(xiang)關(guan)(guan)(guan)(guan)(P < 0.05),糞球菌(jun)(jun)與(yu)(yu)IL-6、TNF-α的(de)(de)表(biao)(biao)(biao)(biao)達(da)(da)呈(cheng)正(zheng)相(xiang)(xiang)關(guan)(guan)(guan)(guan)(P < 0.05), Turicibacter與(yu)(yu)TNF-α的(de)(de)表(biao)(biao)(biao)(biao)達(da)(da)呈(cheng)正(zheng)相(xiang)(xiang)關(guan)(guan)(guan)(guan)(P < 0.05)(圖(tu)6F)。 圖(tu)6:LP-UJS-EVs對UC小鼠腸道菌群組成的影(ying)響 7.LP-UJS-EVs影響UC小鼠糞便代(dai)謝組(zu)學 為了(le)闡明LP-UJS-EVs對UC小鼠代謝的潛在影(ying)響,對小鼠糞(fen)便樣本(ben)進(jin)行了(le)非靶代謝組(zu)學檢測(ce),通(tong)過對LP-UJS組(zu)和DSS組(zu)之間以及(ji)LP-UJS- ev組(zu)和DSS組(zu)之間差異(yi)代謝物的富集分析(xi),發(fa)現通(tong)路賴氨(an)酸降解是兩個(ge)比較組(zu)中(zhong)最關鍵(jian)的共(gong)同代謝通(tong)路(圖7B,C)。 此外(wai),兩(liang)個比(bi)較組共有13個共同差異代謝物,其中(zhong)上調(diao)4個,下調(diao)9個(P < 0.05, VIP > 1, fold change >2或<0.5)(圖7D)。在(zai)兩(liang)組的13種共有差異代謝物中(zhong),LP-UJS和(he)LP-UJS-EV處理顯(xian)著提高了(le)1-棕(zong)櫚酰(xian)甘油(you)磷膽(dan)堿、3-酮鞘醇(chun)(chun)、氧己酸、香草扁桃(tao)酸、n1乙酰(xian)亞精(jing)胺、3-羥(qian)基芐(xia)基醇(chun)(chun)糖苷、12OPDA、25-羥(qian)基膽(dan)固醇(chun)(chun)和(he)GMP水平(P < 0.05)。相反,別嘌呤醇(chun)(chun)、甲氧二烯、二十(shi)二碳六烯酸和(he)氯氰菊酯水平明顯(xian)下調(diao)(P < 0.05)。 腸道微(wei)生物菌(jun)(jun)群與(yu)代謝(xie)物之間的相關性分析結果顯示,葡萄球(qiu)菌(jun)(jun)與(yu)n1 -乙酰精(jing)胺(an)和氧己二酸呈(cheng)負(fu)相關(P < 0.05)(圖7F)。這些發(fa)現強調了葡萄球(qiu)菌(jun)(jun)和腸道代謝(xie)物(如(ru)n -乙酰精(jing)胺(an)和氧己二酸)在UC小鼠炎癥發(fa)病機(ji)制(zhi)中的重要作(zuo)用。 圖7:LP-UJS-EVs對UC小(xiao)鼠(shu)糞便(bian)代謝(xie)水平的影(ying)響 研究(jiu)結(jie)論 最近的研(yan)(yan)究(jiu)表明,多種乳桿菌(jun)種類分泌的EV可(ke)以促進動物(wu)(wu)模型炎癥性腸病(bing)的恢(hui)復。植物(wu)(wu)EVs在(zai)體外實(shi)驗中可(ke)誘(you)導(dao)巨噬細(xi)胞M2極化(hua)(hua)22,但在(zai)體內是否也能誘(you)導(dao)巨噬細(xi)胞M2極化(hua)(hua)尚無文獻報道(dao)。在(zai)這(zhe)項研(yan)(yan)究(jiu)中。作者(zhe)全面從體內和體外研(yan)(yan)究(jiu)揭示了LP-UJS-EVs在(zai)協調巨噬細(xi)胞向M2表型極化(hua)(hua)和調節免(mian)疫反應方面的實(shi)質性影響。 UC的(de)發展與腸道微生物(wu)群(qun)多樣性的(de)減少和(he)(he)病原體豐(feng)(feng)度的(de)增加(jia)有(you)著復(fu)雜(za)的(de)聯系(xi),本研(yan)究,將特定細菌(jun)(jun)與炎癥標志物(wu)聯系(xi)起來的(de)相關性分(fen)析為腸道生態系(xi)統內(nei)復(fu)雜(za)的(de)相互作用網絡(luo)提供了有(you)價值(zhi)的(de)見解,LP-UJS-EVs選擇性影響(xiang)益(yi)生菌(jun)(jun)和(he)(he)致病菌(jun)(jun)豐(feng)(feng)度的(de)能力為靶向治(zhi)療干預開辟了道路,并為UC治(zhi)療提供了個性化(hua)的(de)方法。 一些研(yan)(yan)究(jiu)(jiu)證(zheng)(zheng)明,腸(chang)道菌(jun)群(qun)在人體(ti)賴(lai)氨(an)酸(suan)代(dai)(dai)謝(xie)中起著(zhu)重(zhong)要(yao)作用(yong),本研(yan)(yan)究(jiu)(jiu)也驗(yan)證(zheng)(zheng)了(le)這一結(jie)論(lun),并(bing)且通過(guo)微(wei)生(sheng)物(wu)菌(jun)群(qun)和(he)代(dai)(dai)謝(xie)組(zu)相關性分析,發(fa)現了(le)差(cha)異代(dai)(dai)謝(xie)物(wu)n1 -乙酰(xian)精(jing)胺(an)與(yu)葡萄球菌(jun)之間呈現顯著(zhu)負相關,n1 -乙酰(xian)精(jing)胺(an)在治(zhi)(zhi)療(liao)結(jie)腸(chang)炎(yan)和(he)增強對癌(ai)癥(包括結(jie)腸(chang)癌(ai))的抵抗力方面具有顯著(zhu)的治(zhi)(zhi)療(liao)作用(yong)。經LP-UJS-EVs治(zhi)(zhi)療(liao)后,觀察到n1 -乙酰(xian)精(jing)胺(an)水平顯著(zhu)升高,這間接證(zheng)(zheng)實了(le)腸(chang)道微(wei)生(sheng)物(wu)群(qun)組(zu)成和(he)代(dai)(dai)謝(xie)物(wu)的調節是(shi)LP-UJS-EVs發(fa)揮其治(zhi)(zhi)療(liao)作用(yong)的關鍵途徑(jing)。 總(zong)體(ti)而言,本研究(jiu)在(zai)EV水平(ping)上對LP-UJS治療(liao)UC的機(ji)制有了(le)全面的了(le)解,此外,LP-UJS-EVs與氧己二酸和巨噬細(xi)胞極化(hua)之間(jian)的關聯為進一步(bu)探索(suo)開辟(pi)了(le)道(dao)路,并可能為治療(liao)腸道(dao)炎癥(zheng)性疾病的創新治療(liao)策略提供新的途(tu)徑。 原文鏈(lian)接://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jafc.4c01758