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IF=23.8!多組學輔助構建國際首張綿羊多組織表觀基因組圖譜,為綿羊育種計劃帶來福音!

2025-02-14

文章題目:Comprehensive multi‐tissue epigenome atlas in sheep: A resource for complex traits, domestication, and breeding

蘭州大學王維民教授團隊在iMeta在線發表了題為“Comprehensive multi-tissue epigenome atlas in sheep: A resource for complex traits, domestication and breeding”的文章。研究通過整合多組學數據集,為未來研究綿羊復雜性狀提供了基礎資源和成功案例。本研究(jiu)中轉錄組(zu)檢測及部分(fen)數據分(fen)析工作由上海派(pai)森諾生物科技股份有限公司完成。

一、研究(jiu)亮點(dian)

?基(ji)(ji)于9個重要組織的92個轉錄組和表觀(guan)基(ji)(ji)因組數據集,構建(jian)了(le)首張綿羊(yang)多(duo)組織表觀(guan)遺傳調控圖譜;

?鑒定出753723個非(fei)冗余功(gong)能(neng)元件,其(qi)中(zhong)60%以上為首次發現,主要(yao)包括與感知(zhi)能(neng)力、免疫反(fan)應和(he)尾部(bu)脂肪沉積相關的組織特異性(xing)啟動子和(he)增(zeng)強子;

?利用多(duo)維組學數據集鑒(jian)定出一(yi)個新的變異,Chr13:51760995A>C,位于激活(huo)增強子(zi)區域(yu),影響綿羊尾(wei)部脂肪沉積。

二、研究(jiu)背(bei)景

綿羊(yang)(Ovis aries)作為重要(yao)(yao)的(de)農(nong)業動物之(zhi)一,具有豐富的(de)經濟價值,但對其(qi)適應(ying)性進化(hua)和重要(yao)(yao)農(nong)藝性狀的(de)分子遺傳機制仍(reng)知之(zhi)甚少。此外,全(quan)面的(de)功能(neng)基(ji)因組(zu)注釋(shi)對于(yu)闡明畜禽農(nong)藝性狀的(de)分子機制至關重要(yao)(yao),但目前(qian)仍(reng)缺乏對綿羊(yang)基(ji)因組(zu)功能(neng)元(yuan)件的(de)系(xi)統注釋(shi)。

三、研究方法

研究材料:兩只6月(yue)齡半(ban)同胞湖羊公(gong)羔的18個組織樣本(軟(ruan)骨、盲(mang)腸、垂體、下丘腦、肝(gan)臟、背最長肌、瘤胃(wei)、脾臟和尾脂)

研(yan)究(jiu)方法(fa):RNA-Seq、ATAC-Seq、CUT&Tag和Hi-C

四、研(yan)究路(lu)線

五、研究結果

1、綿羊多組織表觀基因組圖(tu)譜概述(shu)

為推進綿羊基(ji)因(yin)組(zu)(zu)的(de)(de)功(gong)能(neng)注(zhu)釋和(he)(he)(he)(he)探(tan)討增(zeng)(zeng)強基(ji)因(yin)組(zu)(zu)注(zhu)釋對解(jie)釋綿羊復(fu)雜性(xing)狀(zhuang)的(de)(de)作用,研究(jiu)小組(zu)(zu)對9個(ge)重要組(zu)(zu)織(軟骨(gu)、盲腸、垂體(ti)(ti)、下丘(qiu)腦、肝(gan)臟(zang)(zang)、背最長肌(ji)、瘤胃、脾臟(zang)(zang)和(he)(he)(he)(he)尾(wei)脂(zhi))進行了RNA-Seq、ATAC-seq、兩種組(zu)(zu)蛋白修飾(H3K27ac和(he)(he)(he)(he)H3K4me3)的(de)(de)CUT&Tag和(he)(he)(he)(he)Hi-C測序(xu)(xu),生(sheng)成了92個(ge)表觀(guan)基(ji)因(yin)組(zu)(zu)數(shu)據(ju)(ju)(ju)集(ji)。為探(tan)討增(zeng)(zeng)強基(ji)因(yin)組(zu)(zu)注(zhu)釋在(zai)解(jie)釋綿羊復(fu)雜性(xing)狀(zhuang)中(zhong)的(de)(de)作用,整合(he)了全球29個(ge)品(pin)種的(de)(de)364個(ge)全基(ji)因(yin)組(zu)(zu)測序(xu)(xu)(WGS)數(shu)據(ju)(ju)(ju),用于群體(ti)(ti)結構和(he)(he)(he)(he)選(xuan)擇信號分析。同時收集(ji)了2,003只(zhi)綿羊的(de)(de)胴體(ti)(ti)重和(he)(he)(he)(he)尾(wei)脂(zhi)重表型(xing)數(shu)據(ju)(ju)(ju)以及WGS數(shu)據(ju)(ju)(ju)。從ATAC-seq、H3K27ac和(he)(he)(he)(he)H3K4me3數(shu)據(ju)(ju)(ju)中(zhong)分別鑒(jian)定(ding)(ding)出(chu)258403、20945和(he)(he)(he)(he)52552個(ge)peaks,ATAC peaks被(bei)注(zhu)釋到非編(bian)碼區域,而H3K27ac和(he)(he)(he)(he)H3K4me3 peaks主要被(bei)注(zhu)釋到基(ji)因(yin)的(de)(de)啟動(dong)子(zi)區域。此外,共(gong)鑒(jian)定(ding)(ding)出(chu)753723個(ge)非冗余(yu)調控元件,包括(kuo)40606個(ge)潛在(zai)的(de)(de)啟動(dong)子(zi)、158677個(ge)潛在(zai)的(de)(de)增(zeng)(zeng)強子(zi)和(he)(he)(he)(he)846058個(ge)開放染色質區域,其中(zhong)超過(guo)84%和(he)(he)(he)(he)64%的(de)(de)增(zeng)(zeng)強子(zi)和(he)(he)(he)(he)啟動(dong)子(zi)是(shi)本研究(jiu)中(zhong)新鑒(jian)定(ding)(ding)的(de)(de),50.51%的(de)(de)啟動(dong)子(zi)和(he)(he)(he)(he)31.35%的(de)(de)增(zeng)(zeng)強子(zi)與已(yi)發(fa)表肝(gan)臟(zang)(zang)數(shu)據(ju)(ju)(ju)中(zhong)鑒(jian)定(ding)(ding)的(de)(de)重疊(die)。

相關性結果顯示,ATAC-seq、H3K4me3和H3K27ac數據集彼此之間表現出很強的正相關性(平均R = 0.68),三種表觀遺傳標記信號分布在基因轉錄起始位點(TSS)周圍的區域。以兩只綿羊的尾脂組織為代表性組織進行了原位Hi-C測序,并在25kb的分辨率下構建了全基因組互作圖譜。結果發現,染色體之間的空間距離越近,相互作用程度越高,尤其是在同一個染色體中。基于上述數據集生成了(le)高分辨(bian)率、多(duo)組(zu)織的(de)表(biao)觀(guan)基因組(zu)圖(tu)譜(pu),豐富了(le)綿(mian)羊基因組(zu)中功(gong)能元(yuan)件(jian)的(de)注(zhu)釋(shi)。

圖1 綿(mian)羊多組織(zhi)表觀基因組圖譜

2、跨多組(zu)織和(he)物種染色質狀態的預測(ce)和(he)表征

整合9種(zhong)組(zu)(zu)織(zhi)中(zhong)的(de)(de)三個表(biao)觀遺傳標記數據集(ji)(ATAC-seq、H3K4me3和H3K27ac),共定義六種(zhong)染(ran)(ran)(ran)(ran)色(se)質狀(zhuang)態(tai),主要分(fen)為啟(qi)動(dong)(dong)子(zi)(zi)(TssA和TssW)、增強子(zi)(zi)(EnhA和EnhAW)、ATAC島和靜止/抑(yi)(yi)制(zhi)(zhi)區(qu)(qu)(qu)域(yu)。啟(qi)動(dong)(dong)子(zi)(zi)狀(zhuang)態(tai)(TssA和TssW)在TSS處表(biao)現(xian)出最(zui)(zui)高的(de)(de)富集(ji)度,并且(qie)與(yu)其(qi)他(ta)染(ran)(ran)(ran)(ran)色(se)質狀(zhuang)態(tai)相(xiang)比,其(qi)基(ji)因(yin)表(biao)達平(ping)均(jun)水平(ping)最(zui)(zui)高。此外,利(li)用公開的(de)(de)DNA甲(jia)基(ji)化數據研究了組(zu)(zu)織(zhi)中(zhong)DNA甲(jia)基(ji)化和染(ran)(ran)(ran)(ran)色(se)質狀(zhuang)態(tai)之(zhi)間的(de)(de)關系。結果發現(xian)激活啟(qi)動(dong)(dong)子(zi)(zi)的(de)(de)甲(jia)基(ji)化水平(ping)最(zui)(zui)低(di),這證(zheng)實了眾所周知的(de)(de)基(ji)因(yin)表(biao)達和啟(qi)動(dong)(dong)子(zi)(zi)甲(jia)基(ji)化水平(ping)之(zhi)間的(de)(de)負相(xiang)關性(xing)(xing)。全(quan)基(ji)因(yin)組(zu)(zu)染(ran)(ran)(ran)(ran)色(se)質狀(zhuang)態(tai)圖譜顯示抑(yi)(yi)制(zhi)(zhi)區(qu)(qu)(qu)域(yu)分(fen)布(bu)(bu)在整個基(ji)因(yin)組(zu)(zu)的(de)(de)大(da)部分(fen)區(qu)(qu)(qu)域(yu),除此之(zhi)外其(qi)他(ta)染(ran)(ran)(ran)(ran)色(se)質狀(zhuang)態(tai)的(de)(de)分(fen)布(bu)(bu)相(xiang)似。還(huan)檢查(cha)了不同(tong)組(zu)(zu)織(zhi)中(zhong)染(ran)(ran)(ran)(ran)色(se)質狀(zhuang)態(tai)的(de)(de)分(fen)布(bu)(bu),結果表(biao)明(ming),啟(qi)動(dong)(dong)子(zi)(zi)狀(zhuang)態(tai)(TssA和TssW)的(de)(de)活性(xing)(xing)變化較小,而(er)增強子(zi)(zi)狀(zhuang)態(tai)(EnhA和EnhAW)的(de)(de)活性(xing)(xing)在組(zu)(zu)織(zhi)之(zhi)間變化較大(da)。

比較綿羊、牛和豬基因組之間激活啟動子(TssA)和強激活增強子(EnhA)序列的保守性。結果顯示,綿羊基因組中80.45%的TssA和81.99%的EnhA區域在牛基因組中保守,而豬基因組中只有25.87%的TssA和30.66%的EnhA保守。同時,在綿羊、牛和豬的同源基因CD86附近均觀察到保守和非保守的TssA和EnhA區域,其中H3K4me3和H3K27ac組蛋白修飾模式在這三個物種中是一致的。這表明(ming)調控元(yuan)(yuan)件在(zai)進化(hua)關系更(geng)近的物(wu)種(zhong)之間往往更(geng)保(bao)守,而高度保(bao)守的調控元(yuan)(yuan)件可能(neng)在(zai)不同物(wu)種(zhong)之間發揮相(xiang)似的功能(neng)作用。

圖2 九種組(zu)織(zhi)的全基因組(zu)染色(se)質狀(zhuang)態圖

3、基因和染色質狀態的組織特異性分析

在(zai)9種組(zu)(zu)(zu)織(zhi)(zhi)(zhi)中總共檢測(ce)到8334個組(zu)(zu)(zu)織(zhi)(zhi)(zhi)特(te)(te)(te)異(yi)性基(ji)(ji)(ji)因(yin)。這(zhe)些組(zu)(zu)(zu)織(zhi)(zhi)(zhi)特(te)(te)(te)異(yi)性基(ji)(ji)(ji)因(yin)的(de)功能(neng)(neng)預測(ce)準確反映了各種組(zu)(zu)(zu)織(zhi)(zhi)(zhi)的(de)特(te)(te)(te)定生物(wu)學功能(neng)(neng)。基(ji)(ji)(ji)于qRT-PCR對組(zu)(zu)(zu)織(zhi)(zhi)(zhi)特(te)(te)(te)異(yi)性基(ji)(ji)(ji)因(yin)中代表(biao)(biao)基(ji)(ji)(ji)因(yin)的(de)表(biao)(biao)達進行檢測(ce),驗(yan)證(zheng)了分析結果的(de)準確性。此外與其(qi)他(ta)組(zu)(zu)(zu)織(zhi)(zhi)(zhi)相比(bi)(bi),組(zu)(zu)(zu)織(zhi)(zhi)(zhi)特(te)(te)(te)異(yi)性基(ji)(ji)(ji)因(yin)在(zai)相應(ying)組(zu)(zu)(zu)織(zhi)(zhi)(zhi)中表(biao)(biao)現出更(geng)強的(de)活躍染色質狀態富集和較少(shao)的(de)抑制區域(yu)。同時,根據基(ji)(ji)(ji)因(yin)重(zhong)疊(die)(die)(die)(die)EnhA的(de)數量將基(ji)(ji)(ji)因(yin)分為(wei)三組(zu)(zu)(zu)。結果表(biao)(biao)明(ming),與EnhA區域(yu)重(zhong)疊(die)(die)(die)(die)較少(shao)的(de)基(ji)(ji)(ji)因(yin)相比(bi)(bi),EnhA區域(yu)重(zhong)疊(die)(die)(die)(die)較多的(de)基(ji)(ji)(ji)因(yin)表(biao)(biao)達水平較高,組(zu)(zu)(zu)織(zhi)(zhi)(zhi)特(te)(te)(te)異(yi)性較低。GO富集分析表(biao)(biao)明(ming),只(zhi)有一(yi)個EnhA重(zhong)疊(die)(die)(die)(die)的(de)基(ji)(ji)(ji)因(yin)與組(zu)(zu)(zu)織(zhi)(zhi)(zhi)特(te)(te)(te)異(yi)性功能(neng)(neng)相關,例(li)如脾臟中的(de)溶酶體活性和吞噬作用。相反,具(ju)有多個EnhA重(zhong)疊(die)(die)(die)(die)區域(yu)的(de)基(ji)(ji)(ji)因(yin)富集了更(geng)普(pu)遍的(de)生物(wu)學功能(neng)(neng)。

在九種組織中鑒定了184019個組織特異性EnhA,發現組織特異性EnhA區域信號與組織特異性基因表達之間存在顯著正相關(p<0.05)。GO富集分析結果表明,所有與組織特異性EnhA重疊的基因都表現出相應組織的已知生物學功能。同時還對組織特異性EnhA序列中的motif進行了富集分析,發現與其他組織相比,相應組織中的motif對應轉錄因子表達水平更高。這表明組織特異性EnhA區域可能通過組織特異性轉錄因子(TF)與組織特異性motif之間的結合來調控基因,從而影響基因的組織特異性表達。此外,激活啟動子也表現出組織特異性功能,盡管與EnhA相比程度較低,但進一步支持了活性染色質狀態在調節組織特異性功能中的關鍵作用。結果表明,染色質狀(zhuang)態的系統分析(xi)對下游整(zheng)合表觀基因組數據以解析(xi)綿羊(yang)農藝性狀(zhuang)變(bian)異(yi)的遺傳機制非(fei)常(chang)重要。

圖3 組織特(te)異性基(ji)因和染(ran)色質(zhi)狀態(tai)的功能表征(zheng)

4、染色(se)質狀態預測,加(jia)深(shen)對(dui)綿羊馴(xun)化和改良過程中表(biao)型變(bian)異的理解

為探討(tao)功(gong)能元(yuan)件(jian)是否(fou)在受馴(xun)(xun)化和(he)改良(liang)影(ying)響的(de)(de)(de)(de)基(ji)(ji)因(yin)組(zu)(zu)區域(yu)中(zhong)(zhong)顯(xian)著富集(ji)(ji)。對來自全球的(de)(de)(de)(de)364只綿(mian)羊(yang)(yang)進行基(ji)(ji)于最大似然估計(ji)的(de)(de)(de)(de)群體(ti)結(jie)構分析(xi)。結(jie)果表明,所(suo)有個(ge)(ge)體(ti)被分為三個(ge)(ge)獨立的(de)(de)(de)(de)簇:亞(ya)洲摩(mo)弗倫(lun)羊(yang)(yang)、中(zhong)(zhong)國地(di)方綿(mian)羊(yang)(yang)品(pin)種(zhong)(zhong)和(he)改良(liang)品(pin)種(zhong)(zhong)。剖析(xi)綿(mian)羊(yang)(yang)的(de)(de)(de)(de)馴(xun)(xun)化,計(ji)算了(le)(le)野羊(yang)(yang)和(he)家養綿(mian)羊(yang)(yang)之間(jian)的(de)(de)(de)(de)固定(ding)指數(FST)、種(zhong)(zhong)群擴展單(dan)倍型(xing)純合性(XP-EHH)和(he)核苷酸多(duo)樣性比率(π比率)。共(gong)確定(ding)了(le)(le)46個(ge)(ge)候選基(ji)(ji)因(yin)組(zu)(zu)區域(yu),結(jie)果發現TssA、TssW和(he)EnhA區域(yu)在受馴(xun)(xun)化影(ying)響的(de)(de)(de)(de)基(ji)(ji)因(yin)組(zu)(zu)區域(yu)中(zhong)(zhong)高(gao)度(du)富集(ji)(ji)。在組(zu)(zu)織特(te)異性染色(se)質(zhi)狀態富集(ji)(ji)分析(xi)中(zhong)(zhong),發現與免疫(yi)功(gong)能相關(guan)的(de)(de)(de)(de)脾臟特(te)異性TssA和(he)EnhA以及(ji)與感(gan)知能力(li)相關(guan)下丘(qiu)腦(nao)特(te)異性TssA的(de)(de)(de)(de)富集(ji)(ji)程度(du)較高(gao)。這一(yi)結(jie)果與綿(mian)羊(yang)(yang)在早期馴(xun)(xun)化過(guo)程中(zhong)(zhong)感(gan)知能力(li)和(he)生存(cun)能力(li)被優先選擇的(de)(de)(de)(de)事實相一(yi)致(zhi)。

此外,對亞洲摩弗倫羊與中國地方綿羊品種(WN)、亞洲摩弗倫羊與改良品種(WI)和中國地方綿羊品種與改良品種(NI)進行FST、XP-EHH和π比率的比較分析。結果發現在WN、WI和NI比較中分別鑒別到49、53和13個候選基因組區域。富集分析結果顯示,在NI組中盲腸、尾脂特異性TssA和背最長肌特異性EnhA高度富集,而脾臟、瘤胃和尾脂特異性EnhA在WN和WI組中高度富集。這與改良綿羊品種的育種目標相一致:更快的生長速度和減少尾脂沉積,而地方綿羊品種則是具有較強的適應性和抵抗力,這些結果(guo)表明(ming)功能元件在解釋綿(mian)羊的適應性進(jin)化和復(fu)雜(za)農藝性狀方面(mian)發揮(hui)重要作用。

圖4 綿羊馴化(hua)和改良過程中選定(ding)區域染色質狀態的富集(ji)

5、鑒(jian)定與綿羊(yang)尾部(bu)脂肪(fang)沉積相(xiang)關(guan)的基因組區域(yu)

對168只脂尾型綿羊品種和170只瘦尾型綿羊品種進行了基于固定指數(FST)的選擇信號分析,將前5‰的窗口定義為候選基因組區域。結果發現兩個信號最強的區域分別位于Chr13(51.15-52.05Mb)和(he)Chr15(3.67-4.50Mb)。進一步分別對長脂尾、短脂尾、脂臀尾、短瘦尾和長瘦尾綿羊品種兩兩進行選擇信號分析,發現在不同脂尾綿羊和瘦尾綿羊種群的比較分析中鑒別到相同的選擇區域。進一步對這兩個基因組區域的等位基因頻率進行統計,發現瘦尾和脂尾型綿羊群體中的等位基因頻率分布存在很大的差異,表明這兩個區域(yu)(yu)可能是影響綿羊尾(wei)脂(zhi)沉(chen)積的候選(xuan)基因組(zu)區域(yu)(yu)。

為(wei)縮小影響綿羊(yang)尾脂(zhi)(zhi)(zhi)(zhi)沉積的(de)(de)基因組(zu)區域,本研究對2,003只具有尾脂(zhi)(zhi)(zhi)(zhi)重(zhong)量和(he)(he)尾脂(zhi)(zhi)(zhi)(zhi)相(xiang)對重(zhong)(尾脂(zhi)(zhi)(zhi)(zhi)重(zhong)/胴體重(zhong))的(de)(de)大規模隊列進行GWAS分析(xi)。根(gen)據(ju)-log10(0.05/總SNP)=8.63的(de)(de)閾值(zhi),在Chr7、Chr9和(he)(he)Chr13染(ran)色體上篩(shai)選出984個和(he)(he)1086個與尾脂(zhi)(zhi)(zhi)(zhi)重(zhong)量和(he)(he)尾脂(zhi)(zhi)(zhi)(zhi)相(xiang)對重(zhong)顯著相(xiang)關(guan)的(de)(de)SNPs位點,其(qi)中981個SNPs與尾脂(zhi)(zhi)(zhi)(zhi)重(zhong)量和(he)(he)尾脂(zhi)(zhi)(zhi)(zhi)相(xiang)對重(zhong)均顯著相(xiang)關(guan),且位于Chr13染(ran)色體的(de)(de)受選擇區域。值(zhi)得注意的(de)(de)是,這些SNPs位于內含子和(he)(he)基因間區域,且處于強LD狀態(tai),因此有必要整合多(duo)組(zu)學數據(ju)來確定影響尾部脂(zhi)(zhi)(zhi)(zhi)肪(fang)沉積的(de)(de)因果變異。

圖5 不同尾型綿羊的全基因組選擇信號分析

6、利用多維數據集對與尾(wei)部脂肪沉(chen)積(ji)的候選因果變異(yi)進行優先排序

為確定與尾脂沉積相關的候選因果變異并探討其對尾脂沉積的作用,本研究整合了不同尾型的選擇性掃描分析結果、尾脂重性狀的GWAS結果和綿羊尾部脂肪組織的表觀基因組數據(即ATAC-seq、H3K27ac、H3K4me3和Hi-C數據)。結果僅發現兩個SNPs(Chr13:51760995A>C和Chr13:51825895G>A)位于OCR和H3K27ac峰。這兩個SNPs也位于與骨形態發生蛋白2(BMP2)、LOC101117953和LOC101118027基因相同的拓撲關聯域(TAD)中。結果表明這(zhe)兩個SNPs可能與綿羊尾脂(zhi)沉積密切相關。

圖6 整合全(quan)基(ji)因組關(guan)聯研究(GWAS)和表觀基(ji)因組數據,定位與(yu)綿羊(yang)尾脂沉積(ji)顯著相(xiang)關(guan)的(de)候(hou)選因果變異

為進一步探討候選變異如何影響綿羊尾部脂肪沉積,本研究統計了Chr13:51760995A>C和Chr13:51825895G>A SNPs位點在338只不同尾型綿羊群體中的等位基因頻率。與脂尾型綿羊品種相比,Chr13:51760995A和Chr13:51825895G的參考等位基因在瘦尾型綿羊品種中的頻率更高。攜帶參考等位基因(A/G)個體的尾脂重和尾脂相對重(尾脂重/胴體重)顯著低于攜帶突變等位基因(C/A,p < 0.01)的個體。此外,對具有不同基因型綿羊的尾部脂肪組織進行轉錄分析,結果表明Chr13:51760995A>C的SNP位點的改變影響BMP2基(ji)因的表達。而Chr13:51825895G>A的(de)(de)突變(bian)不影(ying)響BMP2及其(qi)附近基(ji)因(yin)的(de)(de)表達。

為驗證BMP2基因對綿羊尾脂肪沉積的影響,從尾部脂肪組織中分離原代前脂肪細胞,誘導其分化為成熟的白色脂肪細胞,構建過表達載體pcDNA3.1-BMP2,檢測過表達效率、增殖及分化潛能。結果(guo)表明(ming),BMP2過表達并不影響(xiang)細胞增(zeng)殖,但增(zeng)強其(qi)成脂能力,表現為脂滴聚集和甘油三酯含量增加,以及脂肪細胞標志基因表達增加。相反,轉染BMP2基因siRNA的細胞中脂滴聚集和甘油三酯含量與陰性對照組相比明顯降低(p < 0.05)。綜上所述,位(wei)于強激(ji)活增強子區域的Chr13:51760995A>C是一個影(ying)響綿羊尾脂重(zhong)性狀的可靠候選因果變異(yi)。

圖7 候選功能(neng)位(wei)點(dian)鑒定及靶基(ji)因驗(yan)證

六、研究結論

本研究建立了(le)(le)首張綿(mian)羊多組織(zhi)表觀基因組圖(tu)(tu)譜,填補了(le)(le)現有綿(mian)羊圖(tu)(tu)譜數據集的(de)(de)(de)空白。這為解析(xi)綿(mian)羊的(de)(de)(de)適應性(xing)進化和(he)復雜(za)經濟性(xing)狀提供了(le)(le)基礎數據資源。同時,通過對(dui)多組學數據集的(de)(de)(de)整合分析(xi),鑒別了(le)(le)一個新的(de)(de)(de)因果突變(Chr13:51760995A>C),該位點可作為綿(mian)羊育(yu)種(zhong)計劃中(zhong)減少(shao)尾(wei)脂沉積的(de)(de)(de)潛在遺(yi)傳標記(ji)。總之,這些發現為綿(mian)羊育(yu)種(zhong)提供了(le)(le)寶(bao)貴的(de)(de)(de)資源和(he)分子標記(ji),有助于加速遺(yi)傳改良。

原文索引

//doi.org/10.1002/imt2.254