2017-08-03
大(da)黃魚（Larimichthys crocea）是(shi)中國南部主要的(de)海洋經濟魚類之一。 基于(yu)現在商業化(hua)養殖(zhi)中高密(mi)度放養的(de)現狀，為了解析(xi)大(da)黃魚在擁(yong)擠脅迫下的(de)生理變化(hua)以及(ji)免疫應答(da)研究(jiu)，以求(qiu)實現利益雙贏(ying)，中國水產科學研究(jiu)院東海水產研究(jiu)所唐保軍副(fu)研究(jiu)員及(ji)其團隊選取大(da)密(mi)度梯度（34.2 kg/m3）養殖(zhi)的(de)大(da)黃魚在五個時間點0 h，6 h，24 h， 48 h， 96 h取樣進行(xing)無參(can)考基因組(zu)轉錄(lu)組(zu)測(ce)序。測(ce)序數據(ju)過濾后共捕獲到 129,000,000 條clean reads，拼接(jie)得(de)到 40,123 條unigenes。
GO分析結果(guo)顯示，外界脅(xie)迫引起的(de)(de)(de)差(cha)異(yi)表(biao)(biao)達(da)基因(yin)主要富集在分子(zi)功能，生物學過(guo)(guo)程(cheng)，胞內(nei)反應(ying)，離子(zi)束縛和(he)細(xi)胞過(guo)(guo)程(cheng)代(dai)謝通(tong)路(lu)(lu)(lu)中。KEGG聚類(lei)分析結果(guo)表(biao)(biao)明，在免(mian)疫相關的(de)(de)(de)16個(ge)(ge)代(dai)謝通(tong)路(lu)(lu)(lu)中，補(bu)體和(he)凝血(xue)級聯通(tong)路(lu)(lu)(lu)中AAP、AAT、CIR、C3、C7、C8B、C8G、CD59、CFB、F5、F9、F11、FGG、HCF2、HF1共15個(ge)(ge)基因(yin)以及C4、C5、F2、F7共4個(ge)(ge)基因(yin)分別(bie)在24h和(he)48h表(biao)(biao)達(da)量(liang)上調，其次在趨化因(yin)子(zi)信號(hao)通(tong)路(lu)(lu)(lu)、Toll樣(yang)受體傳導通(tong)路(lu)(lu)(lu)、白細(xi)胞跨內(nei)皮遷移通(tong)路(lu)(lu)(lu)中也(ye)均有基因(yin)差(cha)異(yi)表(biao)(biao)達(da)。qPCR驗(yan)證結果(guo)與上述結論一致。對(dui)大黃魚(yu)的(de)(de)(de)轉錄組分析結果(guo)顯示，擁擠脅(xie)迫能顯著(zhu)影響魚(yu)類(lei)的(de)(de)(de)免(mian)疫應(ying)答(da)反應(ying)，同時需(xu)要注意的(de)(de)(de)是，長期的(de)(de)(de)外界脅(xie)迫也(ye)會對(dui)魚(yu)類(lei)的(de)(de)(de)防御系統造成一定程(cheng)度的(de)(de)(de)損傷(shang)。
該研究成果Transcriptome analysis and discovery of genes involved in immune pathways in large yellow croaker (Larimichthys crocea) under high stocking density stress于2017年7月13日發表在Fish and Shellfish Immunology雜(za)志上。大黃魚的轉錄組測序(xu)及(ji)信息(xi)分析工作(zuo)，由(you)上海派森諾生物科技(ji)股份有限公司完(wan)成。
方法：對大黃魚進(jin)行密度(du)脅迫(po)處理，取0，6 ，24 ， 48 ， 96 h肝臟(zang)組織進(jin)行轉錄組測序
樣本量：5組樣本
測序(xu)平臺：Illumina HiSeq平臺
分(fen)析內容：
1. 基因表達差(cha)異分析
2. GO注釋
3. eggNOG注釋
4. KEGG注釋
5. qPCR驗證(zheng)
結果：測序數(shu)據過(guo)濾后共(gong)捕獲(huo)到 129,000,000 條(tiao)clean reads，拼接得到 40,123 條(tiao)unigenes。 在(zai)免疫(yi)相(xiang)關的(de)(de)16個(ge)代謝通(tong)路(lu)中(zhong)，補體(ti)和(he)凝血級聯(lian)通(tong)路(lu)中(zhong)AAP、AAT、CIR、C3、C7、C8B、C8G、CD59、CFB、F5、F9、F11、FGG、HCF2、HF1共(gong)15個(ge)基因(yin)以及C4、C5、F2、F7共(gong)4個(ge)基因(yin)分別在(zai)24h和(he)48h表達量上(shang)(shang)調，其次在(zai)趨(qu)化(hua)因(yin)子信號通(tong)路(lu)、Toll樣受體(ti)傳導(dao)通(tong)路(lu)、白(bai)細(xi)胞跨(kua)內(nei)皮遷移通(tong)路(lu)中(zhong)也均(jun)有基因(yin)差異表達。qPCR驗證結(jie)果與(yu)上(shang)(shang)述結(jie)論一(yi)致。對(dui)大黃魚(yu)(yu)(yu)的(de)(de)轉錄組分析結(jie)果顯示，擁擠脅迫能(neng)顯著影響魚(yu)(yu)(yu)類的(de)(de)免疫(yi)應(ying)答反應(ying)，同時需要(yao)注意(yi)的(de)(de)是，長期(qi)的(de)(de)外界脅迫也會(hui)對(dui)魚(yu)(yu)(yu)類的(de)(de)防御系統造成一(yi)定程度的(de)(de)損傷。
結果展示：
圖1 大黃魚轉錄(lu)組(zu)unigenes長度分(fen)布圖
圖(tu)2 eggNOG基(ji)因功能注釋
圖3 GO基(ji)因功能注釋
圖(tu)4 補體和凝血級聯(lian)通(tong)路(lu)差異基因的KEGG富集分析
圖(tu)5 qPCR結果驗證圖(tu)
參考文獻：
Sun P, Bao P, Tang B, Transcriptome analysis and discovery of genes involved in immune pathways in large yellow croaker (Larimichthys crocea) under high stocking density stress, Fish and Shellfish Immunology (2017), doi: 10.1016/j.fsi.2017.07.013.
