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科研服務

動植物基因組de novo測序

常見問題

  • 基(ji)因組框架圖(tu)和精細圖(tu)有什么(me)不(bu)同? 

    框架圖能(neng)覆蓋基(ji)因(yin)組常(chang)染(ran)色體區(qu)域(yu)90%,覆蓋基(ji)因(yin)區(qu)域(yu)95%,Contig N5到(dao)(dao)5 kb,Scaffold N50達(da)到(dao)(dao)20 kb,單(dan)堿(jian)基(ji)錯(cuo)誤率(lv)在十(shi)萬(wan)分之一(yi)以下。精細圖能(neng)覆蓋基(ji)因(yin)組常(chang)染(ran)色體區(qu)域(yu)95%,覆蓋基(ji)因(yin)區(qu)域(yu)98%,Contig N5到(dao)(dao)20 kb,Scaffold N50達(da)到(dao)(dao)300 kb,單(dan)堿(jian)基(ji)錯(cuo)誤率(lv)在十(shi)萬(wan)分之一(yi)以下。

  • 動植物基因組從頭測序時為什么需要構建不同類型的文庫?

    因為動植(zhi)物(wu)基(ji)(ji)因組大、復雜度(du)高(gao),且存在(zai)大量的(de)重(zhong)復區域,因此需要制(zhi)備不同梯度(du)的(de)測序文(wen)庫,進行雙末端測序,使得在(zai)拼接中能夠跳過大范圍的(de)重(zhong)復區,從(cong)而避免了基(ji)(ji)因組中重(zhong)復序列造成 的(de)錯(cuo)拼,提高(gao)了拼接的(de)質(zhi)量;同時結(jie)合BAC或Fosmid文(wen)庫以及(ji)多種(zhong)測序平臺的(de)綜(zong)合運用(yong),保(bao)證(zheng)了測序的(de)準確性和基(ji)(ji)因組的(de)完(wan)整性,從(cong)而完(wan)成高(gao)等動植(zhi)物(wu)的(de)基(ji)(ji)因組圖譜繪(hui)制(zhi)。

  • 在動植物基(ji)因組(zu)從(cong)頭測(ce)序中(zhong),不同測(ce)序平臺(tai)分別(bie)有什(shen)么優勢?

    以Illumina 為(wei)(wei)(wei)代(dai)表的(de)(de)二(er)代(dai)測(ce)(ce)序(xu)(xu)平(ping)(ping)臺(tai),具(ju)(ju)有(you)(you)測(ce)(ce)序(xu)(xu)數(shu)(shu)據(ju)量大,成本低,可以為(wei)(wei)(wei)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)組(zu)(zu)測(ce)(ce)序(xu)(xu)提供高(gao)覆蓋(gai)率的(de)(de)數(shu)(shu)據(ju)的(de)(de)優勢。但是該平(ping)(ping)臺(tai)存在讀長短、具(ju)(ju)有(you)(you) GC 偏好性等特(te)點,難以跨過重復序(xu)(xu)列(lie)區域和高(gao) GC 含量的(de)(de)區域。以PacBio 公(gong)司(si)的(de)(de)RS II和Sequel 平(ping)(ping)臺(tai)為(wei)(wei)(wei)代(dai)表的(de)(de)三代(dai)測(ce)(ce)序(xu)(xu)平(ping)(ping)臺(tai),具(ju)(ju)有(you)(you)讀長長(平(ping)(ping)均(jun)reads 長度 > 10 kb)、測(ce)(ce)序(xu)(xu)速度快(運行(xing)時(shi)間(jian)短,單個SMRT Cell的(de)(de)運行(xing)時(shi)間(jian)為(wei)(wei)(wei)2~6 hour)、通(tong)量高(gao)(平(ping)(ping)均(jun)每個 SMRT Cell 產生~8G有(you)(you)效數(shu)(shu)據(ju))、無(wu)(wu) GC 偏好性、能(neng)檢(jian)測(ce)(ce)堿(jian)基(ji)(ji)修飾信息(xi)(包括(kuo)甲基(ji)(ji)化修飾)、無(wu)(wu) PCR 偏向性(不(bu)需要經過 PCR 擴增(zeng),避免測(ce)(ce)序(xu)(xu)覆蓋(gai)的(de)(de)不(bu)均(jun)一性)等特(te)點,尤其適合動(dong)植(zhi)物(wu)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)組(zu)(zu)的(de)(de)從頭測(ce)(ce)序(xu)(xu)。根據(ju)物(wu)種基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)組(zu)(zu)的(de)(de)特(te)點及(ji)復雜程度,派森諾生物(wu)會科學地設計測(ce)(ce)序(xu)(xu)實(shi)驗方(fang)案,合理地將多(duo)個平(ping)(ping)臺(tai)搭配在一起(qi)使用,既(ji)能(neng)解決復雜基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)組(zu)(zu)的(de)(de)測(ce)(ce)序(xu)(xu)難題,保證基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)組(zu)(zu)測(ce)(ce)序(xu)(xu)的(de)(de)質量,同時(shi)也能(neng)兼(jian)顧實(shi)驗項目的(de)(de)經濟性。