空(kong)間轉(zhuan)錄(lu)組(zu)(zu)測(ce)序和單細(xi)(xi)胞轉(zhuan)錄(lu)組(zu)(zu)測(ce)序一起進(jin)行的(de)話(hua)，每(mei)個空(kong)轉(zhuan)的(de)樣(yang)本(ben)都需要搭配這(zhe)個樣(yang)本(ben)的(de)單細(xi)(xi)胞轉(zhuan)錄(lu)組(zu)(zu)嗎？
這(zhe)個(ge)按照老師(shi)的實驗設(she)計來。如果(guo)空轉(zhuan)的樣(yang)本來自四個(ge)病人，那么建議每個(ge)病人做一(yi)(yi)個(ge)單(dan)細(xi)胞(bao)。如果(guo)有幾個(ge)空轉(zhuan)的樣(yang)本來自一(yi)(yi)個(ge)病人的同一(yi)(yi)個(ge)組織，可以(yi)這(zhe)幾個(ge)樣(yang)本配一(yi)(yi)個(ge)單(dan)細(xi)胞(bao)。
空間轉(zhuan)錄(lu)組(zu)的(de)前(qian)期需(xu)要進(jin)行預透(tou)化，會(hui)不(bu)會(hui)預透(tou)化的(de)時候找不(bu)到(dao)條件呢？
對(dui)于預(yu)透化，我(wo)們已(yi)針對(dui)很(hen)多(duo)個樣本(ben)進行了測試。樣本(ben)的(de)(de)透化時(shi)間，其實是一個比較長(chang)的(de)(de)時(shi)間范圍，在那個范圍內都可(ke)以(yi)(yi)達到很(hen)好(hao)的(de)(de)mRNA釋放的(de)(de)效果。所以(yi)(yi)一般(ban)的(de)(de)組織經過預(yu)實驗摸(mo)索基本(ben)都可(ke)以(yi)(yi)找到透化時(shi)間。
空間(jian)轉錄組對(dui)于的組織大小有(you)什么要求嗎？
空間(jian)轉錄組Visium芯(xin)片的捕(bu)獲面(mian)積為6.5mmX6.5mm，所以(yi)在選(xuan)擇樣(yang)(yang)本(ben)前，首先確認好取材位置(zhi)及合(he)理的組織(zhi)大小(xiao)，可以(yi)保證Visium芯(xin)片的有效(xiao)利用率。因此對于(yu)樣(yang)(yang)本(ben)大小(xiao)，和(he)捕(bu)獲區(qu)(qu)域(yu)比較合(he)適，大于(yu)捕(bu)獲區(qu)(qu)域(yu)面(mian)積的樣(yang)(yang)本(ben)，可以(yi)考(kao)慮(lv)放在兩個捕(bu)獲區(qu)(qu)域(yu)。小(xiao)于(yu)捕(bu)獲區(qu)(qu)域(yu)面(mian)積的樣(yang)(yang)本(ben)，很難(nan)做到(dao)一個區(qu)(qu)域(yu)放多個樣(yang)(yang)本(ben)，只(zhi)能試做。
做(zuo)空轉的(de)組(zu)織確定好了，組(zu)織準備(bei)保存方面有什么要注意的(de)呢(ni)？
獲取新鮮組織(zhi)后，要對組織(zhi)進行一(yi)定的處(chu)理：
1、先冷(leng)(leng)(leng)(leng)凍后包埋(mai)(mai)法：新鮮組(zu)織樣(yang)本(ben)取下(xia)后要迅速用預(yu)(yu)冷(leng)(leng)(leng)(leng)的(de)(de)PBS溶(rong)液或生理鹽(yan)水進行(xing)沖洗(xi)，去除組(zu)織表(biao)面(mian)殘(can)留(liu)，然(ran)后用干(gan)凈(jing)的(de)(de)吸水紙吸干(gan)液體，用預(yu)(yu)冷(leng)(leng)(leng)(leng)的(de)(de)鑷子(zi)將(jiang)新鮮組(zu)織浸沒在(zai)(zai)異戊烷，組(zu)織速凍 1min 或直至(zhi)組(zu)織完全冷(leng)(leng)(leng)(leng)凍(實際冷(leng)(leng)(leng)(leng)凍時間取決(jue)于組(zu)織形(xing)態及(ji)大(da)小(xiao))，一旦冷(leng)(leng)(leng)(leng)凍，將(jiang)組(zu)織轉移到(dao)一個預(yu)(yu)冷(leng)(leng)(leng)(leng)的(de)(de) WHEATON CryoELITE 低(di)溫(wen)冷(leng)(leng)(leng)(leng)凍瓶中，并放(fang)置(zhi)在(zai)(zai)干(gan)冰上。接(jie)下(xia)來冷(leng)(leng)(leng)(leng)凍組(zu)織可放(fang)置(zhi)在(zai)(zai)-80℃下(xia)長期保存(cun)或立即(ji)進行(xing)下(xia)一步冷(leng)(leng)(leng)(leng)凍組(zu)織OCT包埋(mai)(mai)。
2、包埋(mai)和冷(leng)凍(dong)同(tong)時(shi)進(jin)行(xing)法(fa)：某(mou)些非常(chang)柔(rou)軟的(de)(de)組織（比如胚(pei)胎等(deng)），失去液(ye)體的(de)(de)支(zhi)撐就會改變其正常(chang)形(xing)態，對于這樣(yang)的(de)(de)組織可采(cai)取(qu)冷(leng)凍(dong)和包埋(mai)同(tong)時(shi)進(jin)行(xing)的(de)(de)方法(fa)。沒有異戊烷的(de)(de)條件下，可以采(cai)取(qu)包埋(mai)和冷(leng)凍(dong)同(tong)時(shi)進(jin)行(xing)的(de)(de)方法(fa)。
