CUT&Tag技術應(ying)用(yong)？
應(ying)用于表觀遺傳學領域的蛋白(bai)質(zhi)與DNA互作研(yan)究
研究轉錄(lu)因(yin)子在全基因(yin)組上的結合或(huo)分布位點
研究組蛋白修飾在全基因組上的(de)分布位點
研(yan)究轉(zhuan)錄因子(zi)下游調控的靶基(ji)因
抗體應該如何選擇？
CUT&Tag的數據產出主要(yao)取(qu)決(jue)于樣本量、一(yi)抗特異性(xing)和(he)一(yi)抗的靶點豐(feng)度(du)。一(yi)抗需要(yao)客戶提供商品化的ChIP級別(bie)的(de)一抗(kang)(kang)原液， 項目結束(shu)后可(ke)寄還(huan)剩余(yu)一抗(kang)(kang)。如需公司提供(gong)二抗(kang)(kang)，則限定鼠/兔源的一抗，如(ru)無(wu)需使用公(gong)司(si)二抗，則需要老師提供二抗。
CUT&Tag和ChIP-seq，該(gai)如何選擇(ze)？
植物(wu)以(yi)外的物(wu)種，無論是(shi)組織樣本還是(shi)細胞樣本，推薦CUT&Tag ，相對來說CUT&Tag具有(you)更(geng)高的成功率(lv)和信(xin)噪比；植(zhi)物樣本，推薦ChIP-seq。植物樣本提核困難，不適(shi)合CUT&Tag。
CUT&Tag和ChIP-seq有什么(me)區別(bie)？
從建庫(ku)流程角度，CUT&Tag要(yao)求(qiu)的細胞起始量遠低于ChIP-seq，不需(xu)要對樣本進行甲醛交聯，使用beads吸(xi)附活(huo)細胞的狀態下先(xian)進行一(yi)抗孵育，后使用Tn5轉座酶切割片段并添(tian)加(jia)接頭(tou)，且無需后(hou)續的解(jie)交聯(lian)步(bu)驟(zou)。即(ji)樣本(ben)起始(shi)量、樣本(ben)狀態(tai)、抗體孵育、核酸(suan)片段化等步(bu)驟(zou)原理和(he)ChIP-seq均不相同(tong)。從結果(guo)上看，CUT&Tag的數據信噪比更好，可重復性更好。
做CUT&Tag實驗的時候，陰(yin)性對(dui)照和陽性對(dui)照怎么(me)設(she)置，作(zuo)用是什么(me)?
與(yu) ChIP 不同，該實驗方案(an)不需要 input 樣本，但需要添加陰性(xing)對(dui)(dui)照(zhao)和(he)陽(yang)性(xing)對(dui)(dui)照(zhao)。針對(dui)(dui)抗體的陽(yang)性(xing)對(dui)(dui)照(zhao)可以采用RNA Pol II/組蛋白，證明系統沒(mei)有問題。陰性對照使用與(yu)一抗相同種屬(shu)的(de)IgG，陽性對照，陰性對照證明抗體(ti)(ti)特異(yi)，實(shi)驗(yan)結(jie)果可(ke)信。
客(ke)戶有(you)動物組織(zhi)，建議(yi)消化(hua)成原(yuan)代(dai)細胞送(song)樣(yang)還是將組織(zhi)凍(dong)存送(song)樣(yang)？
建議寄(ji)送凍存組(zu)織。CUT&Tag對(dui)細胞(bao)的活(huo)性(xing)要求(qiu)(qiu)較高(gao)，原代細胞(bao)通常活(huo)性(xing)偏低(di)，凍(dong)存復蘇(su)后的細胞(bao)活(huo)性(xing)很難達到(dao)送樣(yang)要求(qiu)(qiu)，建議(yi)將新鮮組織清理(li)凍(dong)存，及時送樣(yang)。
CUT&Tag接收(shou)樣本的物(wu)種(zhong)有什么要(yao)求?
CUT&Tag適用于(yu)哺(bu)乳動物細胞的蛋白-DNA互作研究，酵母、植物等細胞需(xu)要經過(破除細胞壁或者提取細胞核)來進行實驗。CUT&Tag在哺乳動物細胞(bao)系上(shang)的(de)應用比較成熟，動物組織(zhi)經過處理得到懸浮(fu)單個細胞(bao)同樣可以進行實(shi)驗。
