哪(na)些物種可以研究lncRNA？
要做lncRNA分析，對(dui)物種(zhong)有以下要求：
a. 物(wu)種為真核生物(wu)；
b. 物(wu)種具(ju)有參考(kao)基(ji)因組；
c. 具有較為(wei)完整的注釋。
為(wei)什(shen)么(me)lncRNA要測鏈特異性文庫(ku)？
測(ce)序后的(de)(de)數(shu)(shu)據分(fen)析可(ke)確定轉錄(lu)(lu)本(ben)是來(lai)自正義還(huan)是反義DNA鏈(lian)。與(yu)普通轉錄(lu)(lu)組測(ce)序相比，它(ta)更(geng)能(neng)準確地統計轉錄(lu)(lu)本(ben)的(de)(de)數(shu)(shu)量和確定基(ji)因的(de)(de)結構，同時可(ke)以發現(xian)更(geng)多的(de)(de)反義轉錄(lu)(lu)本(ben)，可(ke)以更(geng)好地鑒(jian)定antisense lncRNA。
lncRNA測序，構建文庫(ku)時為什(shen)么(me)要去(qu)除(chu)rRNA？
lncRNA中(zhong)只有lincRNA的(de)3’端帶有polyA結構，其他lncRNA沒有polyA結構，因此，為了獲得更全(quan)的(de)lncRNA信(xin)息(xi)，不建議采用oligo(dT)磁(ci)珠(zhu)富集(ji)的(de)方式。
什么(me)是(shi)LncRNA測序？
LncRNA-長鏈(lian)非編碼RNA（Long noncoding RNA）是一類(lei)長度超過200nt的RNA分(fen)子，它們少有蛋白(bai)編碼潛能，并(bing)且能夠和DNA、RNA及(ji)蛋白(bai)質結合，以RNA的形式(shi)在多(duo)種層面(mian)上（表(biao)觀遺(yi)傳調控(kong)、轉錄(lu)調控(kong)以及(ji)轉錄(lu)后調控(kong)等）調控(kong)基(ji)(ji)因的表(biao)達水平。LncRNA測序是研究已(yi)有參考基(ji)(ji)因組物(wu)種的特定(ding)(ding)組織(zhi)或細胞在某個(ge)特定(ding)(ding)時期(qi)轉錄(lu)出的LncRNA和mRNA。
LncRNA測序的條件
有參考(kao)基因組，并且有LncRNA注釋信(xin)息：常見的包括(kuo)人、小鼠、大鼠、豬、牛(niu)、兔(tu)、斑馬魚(yu)、酵母、擬(ni)南(nan)(nan)芥、果蠅、秀麗線蟲；擬(ni)南(nan)(nan)芥、玉米、葡(pu)萄、金銀花、水稻、西(xi)紅柿、大豆。
