為什么CircRNA測序的研究比較熱?
1)多角度闡述分子生(sheng)物學問題(ti)的需要;
2)從新的角度發(fa)現導致樣本(ben)存在差異的需(xu)要(yao);
3)尋找影響疾病發生的分子(zi)標記(ji);
4)探(tan)究(jiu)circRNA的(de)未知(zhi)功能(neng);
5)尋(xun)找導致microRNA表達發生(sheng)變化的機(ji)理。
CircRNA測序需要多少數據量?
推薦10G clean data/樣本(ben)的數據量(liang)。
CircRNA測序的條件(jian)?
1. 有參考基(ji)因(yin)組,并(bing)且(qie)有CircRNA注釋(shi)信息;
2. 有相應的核糖(tang)體去除試劑(ji)盒。
CircRNA有(you)哪(na)些特點?
1. 大多存在(zai)于細(xi)胞質中,且序列高度保守;
2. 一般細(xi)胞或組織中,環(huan)狀RNA較(jiao)穩定,半衰期(qi)在48h,其他mRNA(線性)半衰期(qi)約為10h;血清中的外顯子環(huan)狀RNA不穩定,半衰期(qi)<15s。
3. 不同細胞中表達的(de)環(huan)狀(zhuang)RNA可能不同;
4. 同(tong)一個基因可能(neng)即產生線性mRNA,又可以轉(zhuan)錄成環狀RNA;
5. 總量估計,外顯子環狀RNA(exonic ciRcRNA)的(de)(de)量約為polyA mRNA(線性mRNA)的(de)(de)1%;占(zhan)非核糖體RNA的(de)(de)0.8%;
6. 大部(bu)分為ncRNA。