為什么CircRNA測序的研究比較熱?
1)多角度(du)闡述分子生(sheng)物學問題的需(xu)要;
2)從(cong)新(xin)的角度(du)發現導致樣本存(cun)在差(cha)異的需要;
3)尋找影響疾病發生的分(fen)子標記;
4)探究circRNA的未知功能;
5)尋找導致microRNA表達發生變化的機理(li)。
CircRNA測序需要多少數據量?
推薦10G clean data/樣本(ben)的數據量。
CircRNA測序的(de)條件(jian)?
1. 有參考基因組,并(bing)且有CircRNA注釋信息;
2. 有相應(ying)的核糖(tang)體去(qu)除試劑盒。
CircRNA有哪些特點?
1. 大多(duo)存(cun)在(zai)于(yu)細胞質中(zhong),且序列高度(du)保守;
2. 一(yi)般細胞或組織中(zhong),環狀(zhuang)RNA較穩定,半衰(shuai)期在48h,其他mRNA(線(xian)性)半衰(shuai)期約(yue)為(wei)10h;血清中(zhong)的外(wai)顯子環狀(zhuang)RNA不穩定,半衰(shuai)期<15s。
3. 不(bu)(bu)同細胞中表達(da)的環狀(zhuang)RNA可能不(bu)(bu)同;
4. 同一個(ge)基因可(ke)(ke)能即產生線(xian)性mRNA,又可(ke)(ke)以轉(zhuan)錄成環(huan)狀(zhuang)RNA;
5. 總量估計,外顯子環狀RNA(exonic ciRcRNA)的量約(yue)為(wei)polyA mRNA(線性mRNA)的1%;占非核糖(tang)體(ti)RNA的0.8%;
6. 大部(bu)分為ncRNA。