WGBS對(dui)于物(wu)種(zhong)有什么(me)要求？
1) 是否為低甲(jia)基化率(lv)的物種；已報道的低甲(jia)基化率(lv)的物種共(gong)有(you)6種：果(guo)蠅、面粉甲(jia)蟲(chong)、釀酒酵母、粟酒裂殖酵母、線蟲(chong)和黃(huang)曲霉。
2) 該物種的(de)基因(yin)組(zu)完(wan)成情(qing)況如何（影響 Bisulfite-Seq 的(de)比對，至(zhi)(zhi)少至(zhi)(zhi)少拼接(jie)到scaffold水平(ping)，較為完(wan)整的(de)注釋）。
3) 基(ji)因組是否存在復雜(za)(za)因素(su)：GC 含量偏高、雜(za)(za)合度偏高、轉座子、重復區域等。
4) 物種為(wei)真核生物。
Bisulfite 處理后(hou)非甲基化(hua) C 的(de) CT 轉化(hua)率(lv)是多(duo)少(shao)？
目前我們的(de)(de)實驗流程很成熟，能保證(zheng) Bisulfite 處(chu)理后非甲基(ji)(ji)化 C 的(de)(de) CT 轉(zhuan)化率在 99.5%以(yi)上(shang)，確(que)保Bisulfite 對(dui) DNA 的(de)(de)處(chu)理達到生(sheng)物信息(xi)分析(xi)要求。如果樣品的(de)(de)DNA不(bu)存在不(bu)發生(sheng)甲基(ji)(ji)化的(de)(de)DNA作為對(dui)照（例如：擬(ni)南芥(jie)的(de)(de)葉綠體(ti)的(de)(de)DNA都是不(bu)發生(sheng)甲基(ji)(ji)化），都會在樣品中混入control DNA的(de)(de)方法來驗證(zheng)Bisulfite的(de)(de)轉(zhuan)化率。
WGBS推薦數(shu)據量多少？需要(yao)生物(wu)學(xue)重復(fu)嗎？
通(tong)常WGBS甲(jia)基(ji)化建議測(ce)序(xu)深(shen)(shen)度為30X，生物學重(zhong)復為兩個。如(ru)(ru)果研究同(tong)類細(xi)胞的(de)需(xu)要(yao)(yao)5-15X測(ce)序(xu)深(shen)(shen)度，如(ru)(ru)果需(xu)要(yao)(yao)研究區域較短的(de)DMR需(xu)要(yao)(yao)15X以上的(de)測(ce)序(xu)深(shen)(shen)度，如(ru)(ru)果想分(fen)析區域較長的(de)DMR測(ce)序(xu)深(shen)(shen)度達到1-2X即可。建議如(ru)(ru)果要(yao)(yao)分(fen)析DMR至少需(xu)要(yao)(yao)兩個生物學重(zhong)復。
