WGBS對(dui)于物種(zhong)有什么要求？
1) 是(shi)否(fou)為低(di)甲基化率(lv)的(de)(de)物種(zhong)(zhong)；已報道的(de)(de)低(di)甲基化率(lv)的(de)(de)物種(zhong)(zhong)共(gong)有6種(zhong)(zhong)：果蠅、面粉甲蟲、釀酒酵母、粟酒裂(lie)殖酵母、線(xian)蟲和(he)黃曲霉。
2) 該物種(zhong)的基因組(zu)完成情況如(ru)何（影響 Bisulfite-Seq 的比對，至(zhi)少至(zhi)少拼接到(dao)scaffold水(shui)平，較為完整的注釋）。
3) 基因(yin)組(zu)是否存(cun)在復雜因(yin)素：GC 含量偏(pian)(pian)高、雜合度(du)偏(pian)(pian)高、轉座子、重復區域等。
4) 物種為(wei)真核生(sheng)物。
Bisulfite 處理(li)后非甲基化 C 的 CT 轉化率是多少？
目前(qian)我們的實驗(yan)流程很成熟，能保證(zheng) Bisulfite 處(chu)理后非甲基化(hua)(hua) C 的 CT 轉化(hua)(hua)率在(zai) 99.5%以上，確保Bisulfite 對 DNA 的處(chu)理達到生(sheng)物信息分析(xi)要求。如果樣品的DNA不存(cun)在(zai)不發(fa)生(sheng)甲基化(hua)(hua)的DNA作為對照(zhao)（例如：擬南芥的葉(xie)綠(lv)體的DNA都是不發(fa)生(sheng)甲基化(hua)(hua)），都會在(zai)樣品中混入control DNA的方法來驗(yan)證(zheng)Bisulfite的轉化(hua)(hua)率。
WGBS推薦數(shu)據量多少(shao)？需要(yao)生物學重復(fu)嗎(ma)？
通常(chang)WGBS甲基化建(jian)議測(ce)序深度(du)為(wei)30X，生(sheng)物(wu)(wu)學重復(fu)為(wei)兩個。如(ru)果研究同類細胞的(de)(de)需(xu)(xu)要(yao)5-15X測(ce)序深度(du)，如(ru)果需(xu)(xu)要(yao)研究區(qu)域較(jiao)短的(de)(de)DMR需(xu)(xu)要(yao)15X以上的(de)(de)測(ce)序深度(du)，如(ru)果想(xiang)分析區(qu)域較(jiao)長的(de)(de)DMR測(ce)序深度(du)達(da)到1-2X即可。建(jian)議如(ru)果要(yao)分析DMR至少(shao)需(xu)(xu)要(yao)兩個生(sheng)物(wu)(wu)學重復(fu)。 ;
