目前已報道全長轉(zhuan)錄組(zu)文章(zhang)大都采(cai)用“三(san)(san)+二(er)”的(de)(de)模(mo)式(shi)，三(san)(san)代建庫測(ce)(ce)序以檢測(ce)(ce)更(geng)(geng)準確(que)(que)的(de)(de)結構變異為主(zhu)，對(dui)于(yu)(yu)有參考(kao)基因(yin)組(zu)物種可以準確(que)(que)檢測(ce)(ce)可變剪切，融(rong)合基因(yin)，新(xin)基因(yin)的(de)(de)預測(ce)(ce)，對(dui)于(yu)(yu)無參考(kao)基因(yin)組(zu)物種提供準確(que)(que)的(de)(de)參考(kao)序列，有助于(yu)(yu)后期差異分(fen)析；二(er)代測(ce)(ce)序轉(zhuan)錄組(zu)研(yan)究可以實現較三(san)(san)代更(geng)(geng)準確(que)(que)的(de)(de)定量。此外“三(san)(san)+二(er)”模(mo)式(shi)可以利用二(er)代的(de)(de)數據(ju)對(dui)三(san)(san)代進(jin)行(xing)校(xiao)正。

全長轉錄組(zu)是(shi)基(ji)(ji)(ji)于PacBio Sequel三(san)代測序平臺，無(wu)需打斷(duan)拼接，直接獲(huo)得(de)包含5’，3’UTR，poly A tail的完整轉錄本，從而準確分析有參考(kao)(kao)基(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)組(zu)物種可(ke)變剪切及融合基(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)等結構信息(xi)(xi)，克(ke)服無(wu)參考(kao)(kao)基(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)組(zu)物種轉錄本拼接較短、信息(xi)(xi)不完整的難題。

基(ji)于PacBio Sequel平臺，如(ru)果是(shi)想(xiang)獲(huo)得轉錄組(zu)中高表達基(ji)因(yin)，可(ke)選(xuan)擇1個(ge)文庫測1-3個(ge)Cell （5~15G數據），如(ru)果想(xiang)獲(huo)得更多(duo)低豐(feng)度基(ji)因(yin)，建議(yi)1個(ge)文庫測3個(ge)Cell以(yi)上(shang)。同時，也需要參考研究(jiu)物(wu)種(zhong)轉錄組(zu)復雜性，如(ru)多(duo)倍體物(wu)種(zhong)，基(ji)因(yin)數量(liang)(liang)一般相對較(jiao)多(duo)，在參考上(shang)述情況后，需適量(liang)(liang)增(zeng)加數據量(liang)(liang)。

有參考基(ji)因(yin)組和無參考基(ji)因(yin)組的物種均適合。

主要依據研究目的(de)而定。通常(chang)，如果想獲得(de)某物種比較多(duo)的(de)轉(zhuan)錄(lu)本(ben)(ben)信息，建(jian)議(yi)采(cai)集不同組(zu)織樣(yang)本(ben)(ben)提取(qu)RNA，等(deng)(deng)量混合測序，得(de)到盡(jin)可能多(duo)的(de)表(biao)達(da)轉(zhuan)錄(lu)本(ben)(ben)。如植物，建(jian)議(yi)取(qu)根、莖、葉、花、果實等(deng)(deng)；如動物，建(jian)議(yi)取(qu)肝臟、腎臟、腸、皮(pi)膚等(deng)(deng)部(bu)位(wei)；如果只(zhi)針對某個組(zu)織部(bu)位(wei)進行(xing)組(zu)織特異性全長轉(zhuan)錄(lu)組(zu)分析(xi)，則可只(zhi)對該組(zu)織取(qu)樣(yang)，也可以(yi)取(qu)該組(zu)織不同的(de)發育時期樣(yang)品提取(qu)RNA，等(deng)(deng)量混合分析(xi)。                                ;