目(mu)前已報道(dao)全長轉(zhuan)錄(lu)組(zu)文章大都采用“三(san)+二(er)”的(de)(de)(de)模式，三(san)代(dai)建庫(ku)測序(xu)以檢測更準確的(de)(de)(de)結構變(bian)(bian)異(yi)為(wei)主，對(dui)于有(you)(you)參考(kao)(kao)基因(yin)(yin)組(zu)物種(zhong)可(ke)(ke)以準確檢測可(ke)(ke)變(bian)(bian)剪(jian)切(qie)，融合基因(yin)(yin)，新基因(yin)(yin)的(de)(de)(de)預測，對(dui)于無參考(kao)(kao)基因(yin)(yin)組(zu)物種(zhong)提供準確的(de)(de)(de)參考(kao)(kao)序(xu)列，有(you)(you)助于后(hou)期(qi)差異(yi)分析；二(er)代(dai)測序(xu)轉(zhuan)錄(lu)組(zu)研究可(ke)(ke)以實現較三(san)代(dai)更準確的(de)(de)(de)定量。此外“三(san)+二(er)”模式可(ke)(ke)以利用二(er)代(dai)的(de)(de)(de)數(shu)據對(dui)三(san)代(dai)進行校正。

全長(chang)轉錄(lu)組(zu)是基于PacBio Sequel三(san)代(dai)測序平臺，無需打斷拼接(jie)，直接(jie)獲得包含5’，3’UTR，poly A tail的完整(zheng)轉錄(lu)本，從(cong)而準確(que)分析有參(can)考基因(yin)組(zu)物(wu)種(zhong)可變剪切及融合(he)基因(yin)等結構(gou)信(xin)(xin)息(xi)，克服無參(can)考基因(yin)組(zu)物(wu)種(zhong)轉錄(lu)本拼接(jie)較短(duan)、信(xin)(xin)息(xi)不完整(zheng)的難題。

基(ji)于PacBio Sequel平(ping)臺(tai)，如(ru)果是想(xiang)獲(huo)得轉錄組中(zhong)高表達(da)基(ji)因(yin)，可選擇(ze)1個(ge)文庫測(ce)1-3個(ge)Cell （5~15G數(shu)據），如(ru)果想(xiang)獲(huo)得更多(duo)低(di)豐度(du)基(ji)因(yin)，建(jian)議1個(ge)文庫測(ce)3個(ge)Cell以上。同時(shi)，也需(xu)要參考(kao)研(yan)究物種(zhong)轉錄組復雜(za)性，如(ru)多(duo)倍(bei)體物種(zhong)，基(ji)因(yin)數(shu)量一般相對(dui)較多(duo)，在(zai)參考(kao)上述情況后，需(xu)適量增加(jia)數(shu)據量。

有參考基因組和無參考基因組的(de)物(wu)種均適合。

主要依(yi)據研(yan)究(jiu)目(mu)的(de)而定。通常，如果想獲得某物種(zhong)比較多(duo)的(de)轉錄(lu)本(ben)信息，建(jian)(jian)議(yi)采(cai)集不同組(zu)(zu)織(zhi)樣(yang)(yang)本(ben)提取RNA，等(deng)量(liang)混(hun)合(he)測(ce)序，得到盡可(ke)能多(duo)的(de)表(biao)達(da)轉錄(lu)本(ben)。如植物，建(jian)(jian)議(yi)取根、莖、葉(xie)、花、果實等(deng)；如動物，建(jian)(jian)議(yi)取肝(gan)臟、腎臟、腸、皮膚等(deng)部位；如果只(zhi)針對某個組(zu)(zu)織(zhi)部位進行組(zu)(zu)織(zhi)特異(yi)性全長轉錄(lu)組(zu)(zu)分(fen)析，則(ze)可(ke)只(zhi)對該(gai)組(zu)(zu)織(zhi)取樣(yang)(yang)，也可(ke)以(yi)取該(gai)組(zu)(zu)織(zhi)不同的(de)發育時期(qi)樣(yang)(yang)品提取RNA，等(deng)量(liang)混(hun)合(he)分(fen)析。