空間(jian)轉(zhuan)錄(lu)組測序和單細胞(bao)轉(zhuan)錄(lu)組測序一(yi)起進行的話，每個空轉(zhuan)的樣本都需要搭配這個樣本的單細胞(bao)轉(zhuan)錄(lu)組嗎？
這(zhe)個按(an)照老師的實驗設計來。如果(guo)空(kong)轉的樣(yang)(yang)本來自四個病(bing)人(ren)，那么建議每個病(bing)人(ren)做一(yi)個單細胞。如果(guo)有幾(ji)個空(kong)轉的樣(yang)(yang)本來自一(yi)個病(bing)人(ren)的同一(yi)個組織，可以(yi)這(zhe)幾(ji)個樣(yang)(yang)本配(pei)一(yi)個單細胞。
空間轉錄組的前期需(xu)要進(jin)行預透(tou)化，會(hui)不會(hui)預透(tou)化的時候找不到條件(jian)呢？
對(dui)于預透化，我們已針對(dui)很多個(ge)(ge)(ge)樣(yang)本(ben)進行了測試。樣(yang)本(ben)的透化時(shi)(shi)間，其實是一(yi)個(ge)(ge)(ge)比較長(chang)的時(shi)(shi)間范圍(wei)，在那個(ge)(ge)(ge)范圍(wei)內都可以達到很好的mRNA釋放的效(xiao)果。所以一(yi)般(ban)的組(zu)織(zhi)經過(guo)預實驗摸索(suo)基本(ben)都可以找(zhao)到透化時(shi)(shi)間。
空間(jian)轉錄組對于的(de)組織(zhi)大小有什么(me)要(yao)求嗎？
空間轉(zhuan)錄組Visium芯片的捕(bu)獲(huo)面積(ji)為6.5mmX6.5mm，所以(yi)(yi)在選擇樣(yang)本(ben)前，首先確(que)認好取材位置及合(he)理的組(zu)織大小，可以(yi)(yi)保(bao)證Visium芯片的有效利用率。因此(ci)對于(yu)樣(yang)本(ben)大小，和(he)捕(bu)獲(huo)區(qu)(qu)(qu)域(yu)比較合(he)適，大于(yu)捕(bu)獲(huo)區(qu)(qu)(qu)域(yu)面積(ji)的樣(yang)本(ben)，可以(yi)(yi)考慮放在兩個捕(bu)獲(huo)區(qu)(qu)(qu)域(yu)。小于(yu)捕(bu)獲(huo)區(qu)(qu)(qu)域(yu)面積(ji)的樣(yang)本(ben)，很難做到一個區(qu)(qu)(qu)域(yu)放多個樣(yang)本(ben)，只(zhi)能試做。
做空轉的(de)組織確定好了，組織準備保存(cun)方面(mian)有什(shen)么要注意的(de)呢？
獲取新鮮組織后，要對(dui)組織進行(xing)一(yi)定的處(chu)理：
1、先冷(leng)(leng)凍(dong)(dong)后包(bao)埋(mai)法：新(xin)鮮(xian)組(zu)(zu)(zu)(zu)織(zhi)(zhi)樣本(ben)取下后要迅(xun)速用預(yu)冷(leng)(leng)的(de)PBS溶液或生理鹽(yan)水進行(xing)(xing)沖洗(xi)，去(qu)除組(zu)(zu)(zu)(zu)織(zhi)(zhi)表面殘留，然后用干(gan)凈的(de)吸水紙吸干(gan)液體，用預(yu)冷(leng)(leng)的(de)鑷子將(jiang)新(xin)鮮(xian)組(zu)(zu)(zu)(zu)織(zhi)(zhi)浸沒(mei)在異戊烷，組(zu)(zu)(zu)(zu)織(zhi)(zhi)速凍(dong)(dong) 1min 或直至組(zu)(zu)(zu)(zu)織(zhi)(zhi)完全冷(leng)(leng)凍(dong)(dong)(實際冷(leng)(leng)凍(dong)(dong)時(shi)間取決于組(zu)(zu)(zu)(zu)織(zhi)(zhi)形態及大小)，一旦冷(leng)(leng)凍(dong)(dong)，將(jiang)組(zu)(zu)(zu)(zu)織(zhi)(zhi)轉移到(dao)一個預(yu)冷(leng)(leng)的(de) WHEATON CryoELITE 低(di)溫冷(leng)(leng)凍(dong)(dong)瓶(ping)中，并放(fang)置在干(gan)冰(bing)上。接(jie)下來(lai)冷(leng)(leng)凍(dong)(dong)組(zu)(zu)(zu)(zu)織(zhi)(zhi)可放(fang)置在-80℃下長期保存或立即進行(xing)(xing)下一步冷(leng)(leng)凍(dong)(dong)組(zu)(zu)(zu)(zu)織(zhi)(zhi)OCT包(bao)埋(mai)。
2、包埋和(he)冷(leng)凍同時(shi)進行法(fa)：某些非常(chang)柔軟(ruan)的(de)組(zu)織(zhi)（比(bi)如(ru)胚胎(tai)等），失去液體的(de)支撐就會改變其正常(chang)形態(tai)，對(dui)于這樣的(de)組(zu)織(zhi)可(ke)采(cai)取冷(leng)凍和(he)包埋同時(shi)進行的(de)方(fang)法(fa)。沒(mei)有異(yi)戊(wu)烷的(de)條(tiao)件下，可(ke)以采(cai)取包埋和(he)冷(leng)凍同時(shi)進行的(de)方(fang)法(fa)。
