1. sc-ATAC seq與bulk ATAC seq有什么(me)不同？
2. sc-ATAC seq可以與sc-RNA seq進行聯合分析嗎？
3. 只做(zuo)sc-ATAC seq可以進行細胞分群(qun)和注(zhu)釋嗎？
答(da)1：scATAC-Seq可在單細胞(bao)分辨率下鑒(jian)定染(ran)色(se)(se)質的開(kai)放區(qu)域，可以得(de)知不(bu)(bu)同細胞(bao)類型間的開(kai)放染(ran)色(se)(se)質差(cha)(cha)異。bulk ATAC seq只能得(de)到樣本中所有(you)細胞(bao)的均(jun)值，無法區(qu)分不(bu)(bu)同樣品中同一細胞(bao)類型的開(kai)放染(ran)色(se)(se)質區(qu)域或不(bu)(bu)同細胞(bao)類型間開(kai)放染(ran)色(se)(se)質的差(cha)(cha)異。
答(da)2：可以(yi)(yi)，sc-ATAC seq與sc-RNA seq聯(lian)合分(fen)析可以(yi)(yi)深(shen)入探索TF通過染色質(zhi)開放性變化調(diao)控某類細胞(bao)的某個(ge)基因轉錄表(biao)達(da)的機制(zhi)。從(cong)實驗設(she)計上，可以(yi)(yi)一(yi)個(ge)樣本(ben)分(fen)成兩份同(tong)時分(fen)別(bie)測sc-ATAC seq可以(yi)(yi)與sc-RNA seq，也(ye)可以(yi)(yi)使用10x 新推出(chu)的多(duo)組學方案，即(ji)一(yi)個(ge)細胞(bao)同(tong)時分(fen)析染色質(zhi)開放和基因表(biao)達(da)，少量樣本(ben)即(ji)可得到多(duo)組數據(ju)。
答3：sc-ATAC seq是(shi)基于peak的(de)信號豐度值進(jin)行單細(xi)胞聚類(lei)(lei)與(yu)分(fen)群，得到的(de)細(xi)胞分(fen)群不依賴于基因表(biao)達(da)，效果(guo)一般不佳，主要體(ti)現在分(fen)辨率偏低，一般只能(neng)將大類(lei)(lei)細(xi)胞區分(fen)開，其分(fen)群效果(guo)沒有對應的(de)10×RNA-seq數據的(de)好(hao)。建議是(shi)和(he)sc-RNA seq進(jin)行聯合分(fen)析，基于已經注釋好(hao)細(xi)胞類(lei)(lei)型(xing)的(de) scRNA 數據，采(cai)用 Seurat TransferData 的(de)方(fang)法，獲得 scATAC 的(de)細(xi)胞類(lei)(lei)型(xing)注釋。
