1. sc-ATAC seq與bulk ATAC seq有什(shen)么不同？
2. sc-ATAC seq可以與sc-RNA seq進行聯(lian)合(he)分析嗎？
3. 只做sc-ATAC seq可(ke)以進行(xing)細胞(bao)分群和(he)注釋嗎？
答1：scATAC-Seq可在單細(xi)(xi)胞分辨率(lv)下鑒定染(ran)色質(zhi)(zhi)的(de)開(kai)放(fang)區(qu)域，可以得(de)知不(bu)同細(xi)(xi)胞類(lei)(lei)型間(jian)(jian)的(de)開(kai)放(fang)染(ran)色質(zhi)(zhi)差異(yi)(yi)。bulk ATAC seq只(zhi)能得(de)到樣本中所有細(xi)(xi)胞的(de)均值，無法(fa)區(qu)分不(bu)同樣品中同一細(xi)(xi)胞類(lei)(lei)型的(de)開(kai)放(fang)染(ran)色質(zhi)(zhi)區(qu)域或(huo)不(bu)同細(xi)(xi)胞類(lei)(lei)型間(jian)(jian)開(kai)放(fang)染(ran)色質(zhi)(zhi)的(de)差異(yi)(yi)。
答2：可以(yi)，sc-ATAC seq與sc-RNA seq聯合分(fen)(fen)析可以(yi)深入探索(suo)TF通(tong)過(guo)染色(se)質開放(fang)性變(bian)化調控(kong)某(mou)(mou)類細胞(bao)的(de)某(mou)(mou)個基因(yin)轉錄表(biao)達(da)的(de)機制。從(cong)實驗設計(ji)上，可以(yi)一(yi)個樣本分(fen)(fen)成(cheng)兩份同(tong)時分(fen)(fen)別測(ce)sc-ATAC seq可以(yi)與sc-RNA seq，也(ye)可以(yi)使用(yong)10x 新推出的(de)多(duo)組學方案，即一(yi)個細胞(bao)同(tong)時分(fen)(fen)析染色(se)質開放(fang)和基因(yin)表(biao)達(da)，少量(liang)樣本即可得(de)到多(duo)組數據。
答(da)3：sc-ATAC seq是基于(yu)peak的(de)(de)(de)信(xin)號豐度值進行單細胞(bao)聚類(lei)與分群，得到的(de)(de)(de)細胞(bao)分群不依賴于(yu)基因(yin)表達，效(xiao)果一(yi)般(ban)(ban)不佳，主(zhu)要體(ti)現(xian)在分辨率偏低，一(yi)般(ban)(ban)只能(neng)將大類(lei)細胞(bao)區(qu)分開(kai)，其分群效(xiao)果沒有對(dui)應(ying)的(de)(de)(de)10×RNA-seq數據(ju)的(de)(de)(de)好(hao)。建議是和sc-RNA seq進行聯合分析，基于(yu)已(yi)經注(zhu)釋(shi)(shi)好(hao)細胞(bao)類(lei)型(xing)的(de)(de)(de) scRNA 數據(ju)，采(cai)用(yong) Seurat TransferData 的(de)(de)(de)方(fang)法，獲得 scATAC 的(de)(de)(de)細胞(bao)類(lei)型(xing)注(zhu)釋(shi)(shi)。
