1. 如何測定引物的OD值?
用(yong)紫(zi)外分(fen)(fen)光(guang)光(guang)度(du)(du)計在260nm波長測(ce)(ce)定(ding)溶(rong)液(ye)的(de)吸(xi)(xi)光(guang)度(du)(du)來定(ding)量(liang),請注意紫(zi)外分(fen)(fen)光(guang)光(guang)度(du)(du)計的(de)使(shi)用(yong),測(ce)(ce)定(ding)時溶(rong)液(ye)的(de)吸(xi)(xi)光(guang)度(du)(du)稀(xi)(xi)(xi)釋到(dao)(dao)0.2-0.8之間(吸(xi)(xi)光(guang)度(du)(du)太(tai)高(gao)或太(tai)低會有較大的(de)誤差(cha))。DNA干粉用(yong)一定(ding)體積的(de)水充分(fen)(fen)振蕩溶(rong)解以后,取部分(fen)(fen)溶(rong)液(ye)稀(xi)(xi)(xi)釋到(dao)(dao)1ml并(bing)在1ml標準(zhun)比(bi)色(se)皿中(zhong)測(ce)(ce)定(ding)其吸(xi)(xi)光(guang)度(du)(du),即(ji)為所測(ce)(ce)體積的(de)OD值,進(jin)而可以計算出(chu)母(mu)液(ye)的(de)OD值。 舉例:您拿到(dao)(dao)一管干粉的(de)DNA,用(yong)1ml水溶(rong)解成(cheng)母(mu)液(ye),取該母(mu)液(ye)50μL稀(xi)(xi)(xi)釋成(cheng)1ml并(bing)在1ml標準(zhun)比(bi)色(se)杯(bei)中(zhong)測(ce)(ce)定(ding)的(de)吸(xi)(xi)光(guang)度(du)(du)為0.25,說明該50μL中(zhong)含有0.25OD的(de)DNA,也(ye)即(ji)說明原來1ml母(mu)液(ye)中(zhong)含有5OD的(de)DNA。
3. 合成引(yin)物(wu)的稀釋與保(bao)存?
初始拿到(dao)的(de)(de)DNA,其(qi)性狀(zhuang)為(wei)薄膜狀(zhuang)或者粉末(mo)狀(zhuang)的(de)(de)白色(se)粉末(mo),附在離(li)(li)心(xin)管(guan)(guan)內壁(bi)上(shang)。稀(xi)釋前,請將引(yin)(yin)物管(guan)(guan)離(li)(li)心(xin)數秒使(shi)DNA聚集(ji)到(dao)管(guan)(guan)低,小心(xin)開(kai)啟管(guan)(guan)蓋(gai)(gai),以免引(yin)(yin)起粉末(mo)飛(fei)揚造成DNA損(sun)失,再加(jia)入適量(liang)的(de)(de)TE緩沖液,蓋(gai)(gai)好管(guan)(guan)蓋(gai)(gai),漩渦振蕩混勻(yun)并使(shi)其(qi)充分溶解。建(jian)議將引(yin)(yin)物稀(xi)釋于(yu)TE(10mM Tris-HCL,pH8.0,1mM EDTA)溶液中(zhong),濃度高于(yu)10μM,并于(yu)-200C儲(chu)存。 例如(ru):如(ru)果您(nin)需要稀(xi)釋到(dao)10μM,只需要加(jia)入(管(guan)(guan)內總(zong)nmol數/10)ml的(de)(de)TE即可(ke)(ke)。沒有溶解的(de)(de)引(yin)(yin)物非常穩定,可(ke)(ke)以在-20℃下保(bao)存至少1年(nian),溶解好的(de)(de)引(yin)(yin)物可(ke)(ke)以事先稀(xi)釋為(wei)100μmoL/L的(de)(de)儲(chu)存液,分裝數份保(bao)存于(yu)-20℃冰箱,可(ke)(ke)以保(bao)存至少半(ban)年(nian)以上(shang)(反(fan)復(fu)多次(ci)凍(dong)融會降低使(shi)用壽命)。
4. 熒光標記的DNA如何稀釋與保存?
熒光(guang)標(biao)記(如HEX,TET,FAM,Cy3,Cy5等)的(de)DNA對(dui)光(guang)較敏感,在合成及運輸過程中。接到合成引(yin)(yin)物(wu)(wu)后,請(qing)立即避(bi)光(guang)保(bao)存(cun)。對(dui)于(yu)(yu)非(fei)Cy類(lei)的(de)熒光(guang)標(biao)記引(yin)(yin)物(wu)(wu),建(jian)議將引(yin)(yin)物(wu)(wu)稀釋于(yu)(yu)TE溶液中,濃度(du)高(gao)于(yu)(yu)10μM,并于(yu)(yu)-20℃儲存(cun)于(yu)(yu)暗(an)盒中。Cy3及Cy5標(biao)記的(de)引(yin)(yin)物(wu)(wu)在堿(jian)性條件(jian)下易降解,所以此類(lei)引(yin)(yin)物(wu)(wu)應于(yu)(yu)中性條件(jian)下在-20℃避(bi)光(guang)保(bao)存(cun)。
9. 已(yi)經溶解的引物,為什么(me)原(yuan)先(xian)使(shi)用正常,而過一段(duan)時間(jian)再(zai)使(shi)用就(jiu)不好了?
如(ru)果(guo)您(nin)溶解(jie)引物的水(shui)PH過(guo)低或污染了菌或核酸酶,會使(shi)(shi)引物降(jiang)解(jie)。使(shi)(shi)用(yong)時沒有充分解(jie)凍(dong)混合,液體(ti)不均勻也可能(neng)會造成引物加入量不準確。建(jian)議分裝引物,避免反復(fu)凍(dong)溶。建(jian)議使(shi)(shi)用(yong)10mM Tris pH7.5緩沖液溶解(jie)引物,因(yin)為(wei)有些(xie)蒸餾水(shui)的pH值(zhi)比較低(pH4-5),引物在這種(zhong)條件下不穩定(ding)。還有一種(zhong)可能(neng)性(xing)是引物沒有問題,而是PCR使(shi)(shi)用(yong)材料是模板的質量與(yu)先(xian)前(qian)使(shi)(shi)用(yong)的不完(wan)全(quan)一致。
10. 引物純(chun)化方式有(you)哪些,如何選(xuan)擇?
◆ C18柱脫(tuo)(tuo)鹽:有人稱其為簡(jian)易反相柱,它對DNA有特異性的(de)(de)(de)(de)吸附(fu),可以(yi)(yi)被有機溶(rong)解洗脫(tuo)(tuo),但(dan)不會被水(shui)洗脫(tuo)(tuo),所以(yi)(yi)能去除鹽分。它不能去除比目的(de)(de)(de)(de)片(pian)(pian)段(duan)短的(de)(de)(de)(de)小(xiao)片(pian)(pian)段(duan)。實際上,它是(shi)一種(zhong)(zhong)脫(tuo)(tuo)鹽的(de)(de)(de)(de)作(zuo)用(yong)。這種(zhong)(zhong)方(fang)法一般不會對普通PCR反應產生影響。對于(yu)(yu)需(xu)要(yao)(yao)用(yong)于(yu)(yu)測序(xu)、克隆的(de)(de)(de)(de)引物不能使用(yong)這個級別(bie)。 ◆ PAGE純(chun)(chun):PAGE純(chun)(chun)化(hua)(hua)法是(shi)使用(yong)變(bian)性聚丙(bing)烯酰胺凝膠電泳,對DNA片(pian)(pian)段(duan)進行(xing)分離,然后從凝膠中回(hui)收目的(de)(de)(de)(de)DNA的(de)(de)(de)(de)方(fang)法。PAGE純(chun)(chun)化(hua)(hua)法也(ye)是(shi)一種(zhong)(zhong)非常有效(xiao)的(de)(de)(de)(de)DNA純(chun)(chun)化(hua)(hua)方(fang)法,純(chun)(chun)化(hua)(hua)后的(de)(de)(de)(de)DNA純(chun)(chun)度大(da)于(yu)(yu)95%,對長鏈(lian)Oligo DNA (大(da)于(yu)(yu)50mer)的(de)(de)(de)(de)純(chun)(chun)化(hua)(hua)。 ◆ HPLC純(chun)(chun)化(hua)(hua):HPLC純(chun)(chun)化(hua)(hua)是(shi)使用(yong)高(gao)效(xiao)液相色譜的(de)(de)(de)(de)原理,對DNA片(pian)(pian)段(duan)進行(xing)純(chun)(chun)化(hua)(hua)。純(chun)(chun)度可以(yi)(yi)大(da)于(yu)(yu)99%。主要(yao)(yao)用(yong)于(yu)(yu)短鏈(lian)和修飾引物的(de)(de)(de)(de)純(chun)(chun)化(hua)(hua)。該法的(de)(de)(de)(de)弱點是(shi)成本較高(gao),批量生產效(xiao)率不高(gao)。
13.引物片段(duan)退火后不能連接到(dao)載體(ti)上是什么問(wen)題(ti)?
連接(jie)反應需(xu)要引(yin)物的(de)5’磷(lin)酸(suan)基團。如(ru)果需(xu)要將合成(cheng)的(de)引(yin)物退火(huo)直(zhi)接(jie)連接(jie)相應的(de)載體(ti)上(shang),引(yin)物需(xu)要磷(lin)酸(suan)化。磷(lin)酸(suan)化的(de)產(chan)物如(ru)果還不能(neng)連接(jie)載體(ti)上(shang),需(xu)要檢查載體(ti)的(de)酶切效果,SiRNA分子具(ju)有特殊的(de)對稱結(jie)構,退火(huo)的(de)難(nan)度(du)(du)較大,退火(huo)時(shi)需(xu)要提高退火(huo)溫度(du)(du)。