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科研服務

菌群多樣性組成譜全長測序

派(pai)森諾特色分析內容舉(ju)例


種水平(ping)的精細(xi)組成圖


上圖中(zhong),橫坐標依(yi)據樣本(ben)名排(pai)列,每一(yi)個(ge)柱形圖代(dai)表一(yi)個(ge)樣本(ben),并以顏色區分(fen)各分(fen)類單(dan)(dan)元(yuan),縱坐標代(dai)表各分(fen)類單(dan)(dan)元(yuan)的相(xiang)對豐度,柱子(zi)越長,該分(fen)類單(dan)(dan)元(yuan)在對應樣本(ben)中(zhong)的相(xiang)對豐度越高。


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組(zu)間差異顯著的(de)種水平分類單元(yuan)的(de)豐度(du)分布小提琴圖


上(shang)(shang)圖(tu)中,橫坐(zuo)標為組間差異顯(xian)著的(de)種水(shui)平(ping)分(fen)(fen)(fen)類(lei)單元,縱坐(zuo)標為各分(fen)(fen)(fen)類(lei)單元在各樣(yang)本(ben)(組)內的(de)序列量(liang),以(yi)小(xiao)提琴(qin)圖(tu)結合箱(xiang)線圖(tu)的(de)形式展示(shi):其中,小(xiao)提琴(qin)圖(tu)可以(yi)直觀(guan)地顯(xian)示(shi)數(shu)據的(de)分(fen)(fen)(fen)布特(te)征,“小(xiao)提琴(qin)”的(de)“胖瘦(shou)”反映了樣(yang)本(ben)數(shu)據分(fen)(fen)(fen)布的(de)密度(du)高低(寬(kuan)度(du)越寬(kuan),表(biao)明該序列量(liang)水(shui)平(ping)所對應的(de)樣(yang)本(ben)越多(duo));箱(xiang)線圖(tu)邊(bian)框代(dai)表(biao)上(shang)(shang)下(xia)四分(fen)(fen)(fen)位(wei)(wei)數(shu)間距(Interquartile range,IQR),橫線代(dai)表(biao)中位(wei)(wei)值,上(shang)(shang)下(xia)觸須分(fen)(fen)(fen)別代(dai)表(biao)上(shang)(shang)下(xia)四分(fen)(fen)(fen)位(wei)(wei)以(yi)外(wai)的(de)1.5倍IQR范(fan)圍(wei),符(fu)號“?”表(biao)示(shi)超過范(fan)圍(wei)的(de)極(ji)端值。

種(zhong)水(shui)平關聯(lian)網絡分析(xi)圖


上圖中,各節點的圓圈代(dai)表(biao)種水平(ping)的各分類(lei)單元,以不同(tong)的顏色標識,節點之(zhi)間(jian)(jian)的連接表(biao)明(ming)兩個物種之(zhi)間(jian)(jian)存在相關(guan)性(xing),紅線表(biao)明(ming)正相關(guan),綠線表(biao)明(ming)負相關(guan)。通過某節點的連接越多,表(biao)明(ming)該物種與菌群中其它成員的關(guan)聯(lian)越密切。


菌群代(dai)謝功能預(yu)測(ce)的KEGG直系同源基因簇(KO)豐度熱圖


上圖中,樣本先按(an)照彼此之(zhi)間功(gong)能(neng)類(lei)(lei)群(qun)豐(feng)度分布的(de)相(xiang)似度進行(xing)聚(ju)類(lei)(lei),根據聚(ju)類(lei)(lei)結(jie)果橫(heng)向依次(ci)排列。同理,功(gong)能(neng)類(lei)(lei)群(qun)也按(an)照彼此在不同樣本中分布的(de)相(xiang)似度進行(xing)聚(ju)類(lei)(lei),根據聚(ju)類(lei)(lei)結(jie)果縱向依次(ci)排列。圖中,紅色代表在對(dui)應樣本中豐(feng)度較(jiao)高(gao)的(de)功(gong)能(neng)類(lei)(lei)群(qun),綠色代表豐(feng)度較(jiao)低的(de)功(gong)能(neng)類(lei)(lei)群(qun)。