序號(hao) | 分析項目 | 類別 | 分析 | 備注 |
1 | 數據整理 | A | ||
2 | 數(shu)據質控 | A | ||
3 | 數據獲取(qu) | A | ||
4 | 基(ji)因組序(xu)列拼(pin)裝與分析 | A | ||
5 | 蛋(dan)白編(bian)碼基因(yin)預測 | A | ||
6 | 非編碼 RNA 預測 | A | ||
7 | 其(qi)他(ta)非編碼 RNA 預(yu)測 | A | ||
8 | CRISPRs 預測 | A | ||
9 | 原噬菌體預測 | B | ||
10 | 基因島預測(ce) | B | 完成圖 | |
11 | 致病菌毒力因(yin)子（VFDB）分析(xi) | B | ||
12 | 抗生(sheng)素抗性(xing)（CARD）分析 | B | ||
13 | 碳水化(hua)合(he)物(wu)活性酶（CAZy）分析 | B | ||
14 | 信號肽預測 | B | ||
15 | 跨膜螺旋預測(ce) | B | ||
16 | 蛋白編碼(ma)基(ji)因(yin)的序列比對 | A | ||
17 | 蛋白編碼基因的 GO 注釋 | A | ||
18 | 蛋(dan)白編碼基因的(de) eggNOG 注釋(shi) | A | ||
19 | 蛋(dan)白編(bian)碼基因的 KEGG 注釋 | A | ||
20 | 蛋白編碼(ma)基因的 Swiss-Prot 注釋 | A | ||
21 | 蛋白編碼基因(yin)的 TrEMBL 注(zhu)釋 | C | ||
22 | 蛋(dan)白編碼(ma)基因的 Pfam 注釋 | C | ||
23 | 蛋(dan)白編碼基因的 CDD 注釋 | C | ||
24 | 蛋白編碼(ma)基(ji)因的 InterProscan 注釋 | C | ||
25 | 基因組(zu)圈圖繪制 | B | 完成圖 | |
26 | 基(ji)因組基(ji)本信息比較分析 | C | 參考基因(yin)組數量≥1 | |
27 | 泛基因組分(fen)析(xi) | C | 參考基因組數量≥10 | |
28 | 基(ji)因(yin)家族分(fen)析 | C | 參考基(ji)因(yin)組(zu)數量≥1 | |
29 | 基于 16s rDNA 的系統發育(yu)樹重構 | C | 參考基因組(zu)數量≥2 | |
30 | 基于單(dan)拷貝基因的系統發育樹重構 | C | 參考基因(yin)組數量≥2 | |
31 | 基于 Mauve 的全基因組序列(lie)比對 | C | 參考(kao)基因組(zu)數量≥1 | |
32 | 基于 MUMmer 的全(quan)基因組序列比對 | C | 參考(kao)基(ji)因組數量≥1 | |
33 | 基因組數(shu)據上(shang)傳 | C | 提(ti)供相(xiang)關數(shu)據 |
A+B： 完成(cheng)圖標準分(fen)析(xi)內容； C： 個性化分(fen)析(xi)內容。
圖 1：Pan-Core 基(ji)因稀(xi)釋曲(qu)線
圖 2 ：共線性(xing)分析
