序號 | 分析項目 | 類(lei)別 | 分(fen)析(xi) | 備注 |
1 | 數據整(zheng)理(li) | A | ||
2 | 數據質(zhi)控 | A | ||
3 | 數據獲取(qu) | A | ||
4 | 基(ji)因組序列(lie)拼裝與分析 | A | ||
5 | 蛋白編碼基因預測(ce) | A | ||
6 | 非編(bian)碼 RNA 預測 | A | ||
7 | 其他非編碼 RNA 預測(ce) | A | ||
8 | CRISPRs 預(yu)測 | A | ||
9 | 原(yuan)噬(shi)菌體預測(ce) | B | ||
10 | 基因島預測(ce) | B | 完成(cheng)圖 | |
11 | 致病(bing)菌毒力因(yin)子(zi)（VFDB）分析 | B | ||
12 | 抗生素抗性（CARD）分析 | B | ||
13 | 碳水化合物活性酶（CAZy）分析 | B | ||
14 | 信號(hao)肽預測 | B | ||
15 | 跨膜螺(luo)旋預測(ce) | B | ||
16 | 蛋白編碼基因(yin)的序列比對 | A | ||
17 | 蛋白編碼基因的 GO 注(zhu)釋 | A | ||
18 | 蛋白編碼基因的 eggNOG 注(zhu)釋 | A | ||
19 | 蛋(dan)白(bai)編碼基因的(de) KEGG 注釋 | A | ||
20 | 蛋白編碼基因的 Swiss-Prot 注釋(shi) | A | ||
21 | 蛋(dan)白編碼基因(yin)的 TrEMBL 注釋 | C | ||
22 | 蛋白編(bian)碼基(ji)因的 Pfam 注釋 | C | ||
23 | 蛋白編碼基因的 CDD 注釋 | C | ||
24 | 蛋白(bai)編碼基因的 InterProscan 注釋(shi) | C | ||
25 | 基(ji)因組(zu)圈圖繪制 | B | 完(wan)成圖 | |
26 | 基因組基本(ben)信息比較分析(xi) | C | 參考基因組數(shu)量≥1 | |
27 | 泛(fan)基(ji)因組分析 | C | 參考基因組數量≥10 | |
28 | 基(ji)因(yin)家族分析 | C | 參考(kao)基因組數量≥1 | |
29 | 基于 16s rDNA 的系統發育樹(shu)重構 | C | 參考基因(yin)組數量≥2 | |
30 | 基(ji)于單(dan)拷貝基(ji)因(yin)的系統發育樹重構 | C | 參考(kao)基因組數量(liang)≥2 | |
31 | 基于(yu) Mauve 的(de)全基因組序列比對 | C | 參考基(ji)因組數量≥1 | |
32 | 基于 MUMmer 的全基因組(zu)序列比對 | C | 參考基因組數量≥1 | |
33 | 基因(yin)組數據上傳(chuan) | C | 提供相(xiang)關數據 |
A+B： 完成圖標準分析內容； C： 個性化分析內容。
圖 1：Pan-Core 基因稀釋(shi)曲(qu)線(xian)
圖(tu) 2 ：共線(xian)性(xing)分(fen)析
