CUT&Tag技術應用？
應用(yong)于(yu)表觀遺傳學領域的蛋白質(zhi)與DNA互(hu)作(zuo)研究
研究轉錄因子在全基因組上的結合或分布位(wei)點
研究組蛋(dan)白修飾(shi)在全基因組上的分布位點(dian)
研究轉錄因子下游(you)調控的靶基因
抗(kang)體應(ying)該如何選擇？
CUT&Tag的(de)數據產出主要(yao)(yao)取決于樣(yang)本量、一(yi)(yi)抗(kang)(kang)特異(yi)性(xing)和一(yi)(yi)抗(kang)(kang)的(de)靶點豐度(du)。一(yi)(yi)抗(kang)(kang)需要(yao)(yao)客戶(hu)提供(gong)商(shang)品化的(de)ChIP級別的一(yi)抗(kang)(kang)原液， 項(xiang)目(mu)結束后可寄(ji)還剩余(yu)一(yi)抗(kang)(kang)。如需公司提供二(er)抗(kang)(kang)，則限定鼠/兔源的一抗(kang)，如無需使用公司二(er)抗(kang)，則需要老師提供二(er)抗(kang)。
CUT&Tag和ChIP-seq，該(gai)如(ru)何選擇(ze)？
植物以外的物種(zhong)，無論(lun)是組織樣(yang)本(ben)還是細胞樣(yang)本(ben)，推薦CUT&Tag ，相對來說CUT&Tag具有更高的成(cheng)功率(lv)和信噪比；植物樣本，推(tui)薦(jian)ChIP-seq。植物(wu)樣本提核困難，不適(shi)合CUT&Tag。
CUT&Tag和ChIP-seq有什么區別？
從建庫流程角度，CUT&Tag要(yao)求的細胞起(qi)始量遠低于(yu)ChIP-seq，不需要對樣(yang)本進行甲醛交聯，使用beads吸附活細(xi)胞的(de)狀態(tai)下先進行(xing)一(yi)抗(kang)孵(fu)育，后(hou)使(shi)用Tn5轉座酶切割(ge)片段并添加接頭(tou)，且無需后續的(de)解(jie)交(jiao)聯步驟(zou)。即樣(yang)本起始量(liang)、樣(yang)本狀態、抗(kang)體孵育、核酸片段化等步驟(zou)原(yuan)理和ChIP-seq均不相同。從結果(guo)上看，CUT&Tag的數據信噪比更好，可重復性更好。
做CUT&Tag實(shi)驗的(de)時(shi)候，陰性對照(zhao)和陽性對照(zhao)怎么(me)設置，作(zuo)用是什么(me)?
與(yu) ChIP 不(bu)同(tong)，該實驗方案不(bu)需要(yao) input 樣本，但需要(yao)添加(jia)陰性(xing)對(dui)照和(he)陽性(xing)對(dui)照。針對(dui)抗體(ti)的陽性(xing)對(dui)照可以(yi)采(cai)用(yong)RNA Pol II/組蛋白，證明系(xi)統沒(mei)有問題。陰性對照使(shi)用(yong)與一抗相同種屬的IgG，陽性對照(zhao)，陰性對照(zhao)證明抗體(ti)特異(yi)，實驗結果可信。
客(ke)戶(hu)有動物組織，建(jian)議消(xiao)化成原代細胞(bao)送樣(yang)還(huan)是將組織凍存送樣(yang)？
建(jian)議寄送(song)凍(dong)存組(zu)織。CUT&Tag對細(xi)胞的活性要(yao)求較高，原代(dai)細(xi)胞通常活性偏低，凍(dong)存復蘇后(hou)的細(xi)胞活性很難達到送(song)樣要(yao)求，建議將(jiang)新鮮組(zu)織清(qing)理凍(dong)存，及時送(song)樣。
CUT&Tag接(jie)收樣本(ben)的物(wu)種有什么要求(qiu)?
CUT&Tag適用于(yu)哺乳動物細胞的蛋(dan)白-DNA互(hu)作研究，酵母、植(zhi)物等細胞(bao)需要經過(破(po)除細胞壁或(huo)者提取(qu)細胞核)來(lai)進行實驗。CUT&Tag在哺乳動(dong)(dong)物細(xi)胞(bao)(bao)系(xi)上的應(ying)用比(bi)較成熟，動(dong)(dong)物組(zu)織經過處理得到(dao)懸浮(fu)單個細(xi)胞(bao)(bao)同樣可以(yi)進行實(shi)驗。
