Peak Calling

使(shi)用(yong)統計(ji)學方(fang)(fang)法計(ji)算出參考(kao)基因(yin)(yin)組上比對上的 Reads 顯(xian)著富集(ji)的區(qu)域（稱為 Peak），這些區(qu)域在不(bu)同的實驗中表示不(bu)同的研(yan)究重點，獲得 Peak 后，可對 Peak 進(jin)(jin)行后續的 Peak 序(xu)列 Motif 分析(xi)、 Peak 注釋等(deng)分析(xi)，進(jin)(jin)一(yi)步(bu)挖掘感興(xing)趣的方(fang)(fang)向。Peak 在外顯(xian)子、內含(han)子、5’UTR、3’UTR、基因(yin)(yin)間區(qu)等(deng)區(qu)域上的分布情況如(ru)下：

功能性區(qu)域Peak分布

Peak序列Motif分析

轉錄因(yin)(yin)子(zi)往往傾向于結(jie)合在特(te)定的(de)(de)(de) DNA 序列(lie)上，這些(xie) DNA 序列(lie)通常具(ju)有高度相似的(de)(de)(de)核苷酸序列(lie)模式，即(ji)(ji)每個轉錄因(yin)(yin)子(zi)都有一個目標 DNA 序列(lie)的(de)(de)(de) Motif，公(gong)開(kai)發表的(de)(de)(de)轉錄因(yin)(yin)子(zi)數(shu)據(ju)庫中(zhong)一般(ban)記錄了轉錄因(yin)(yin)子(zi)對應(ying)的(de)(de)(de) Motif 信息。對 Peak 序列(lie)計算 Motif，在公(gong)共數(shu)據(ju)庫中(zhong)搜索這些(xie) Motif 對應(ying)的(de)(de)(de)轉錄因(yin)(yin)子(zi)，即(ji)(ji)可(ke)得到此種狀(zhuang)態下染色質(zhi)開(kai)放區可(ke)能結(jie)合的(de)(de)(de)轉錄因(yin)(yin)子(zi)。

Motif分析示意(yi)圖

Peak鄰近基因GO富集分析

統計Peak鄰近(jin)基因(yin)(yin)顯著富集(ji)的(de)GO條(tiao)目(mu)，從而展示可能被轉錄因(yin)(yin)子調控的(de)基因(yin)(yin)功(gong)能，對每(mei)個Peak鄰近(jin)基因(yin)(yin)進(jin)行GO注釋(shi)，得到其所有的(de)GO功(gong)能條(tiao)目(mu)。

GO富集(ji)柱狀圖

差異Peak鄰近基因Pathway富集分析

統計各個KEGG Pathway上(shang)包含的差異Peak鄰近基(ji)因數目及(ji)富集程(cheng)度(du)，進而確定差異Peak鄰近基(ji)因主要(yao)參與的代(dai)謝途徑和信號通路(lu)。

KEGG富集分析

Overlap基因分析

為(wei)了(le)研究轉(zhuan)錄因(yin)子(zi)/組蛋(dan)白修飾是如何調控下游(you)基因(yin)，通常要結合表達數據 RNA-seq 分析，進一步研究轉(zhuan)錄因(yin)子(zi)/組蛋(dan)白修飾的調控作用(yong)，即促進或抑制基因(yin)表達。

韋恩圖(tu)