Input是什么(me),有什么(me)作用
input是(shi)(shi)指樣(yang)(yang)本(ben)經過超聲(sheng),但(dan)是(shi)(shi)沒有(you)(you)進(jin)(jin)行ChIP,包含樣(yang)(yang)本(ben)超聲(sheng)后總DNA,可以(yi)進(jin)(jin)行電泳,檢測超聲(sheng)效(xiao)果(guo),同(tong)(tong)時,可以(yi)與最后ChIP樣(yang)(yang)本(ben)進(jin)(jin)行比較,看ChIP的效(xiao)率(lv)(如果(guo)用同(tong)(tong)一引物進(jin)(jin)行PCR,ChIP組和input組亮度差不多,說明(ming)ChIP效(xiao)率(lv)高,基本(ben)上,樣(yang)(yang)本(ben)中所有(you)(you)的目的基因片段(duan)都被(bei)ChIP下來了,反之(zhi),說明(ming)效(xiao)率(lv)低,實驗(yan)條件有(you)(you)待改進(jin)(jin))
ChIP-seq測序需要多(duo)少數(shu)據量(liang)?
推薦20M reads /樣本(ben)的數(shu)據量(liang)。
文(wen)庫(ku)制備過(guo)程是(shi)否需(xu)要PCR 擴(kuo)增?PCR 擴(kuo)增后是(shi)否會影響最后的結果?
基于二代測序平臺的ChIP-Seq在文(wen)庫制備過程中需(xu)要(yao)進行PCR,主要(yao)是(shi)為(wei)了獲得足夠上機反應的DNA量(liang),如果提供的DNA樣(yang)品足量(liang),可減少PCR循環數。因此由(you)PCR引起的偏向(xiang)性小(xiao)。