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科研服務

ChIP-Seq

常見問題

  • Input是什么(me),有什么(me)作用

    input是(shi)(shi)指樣(yang)(yang)本(ben)經過超聲(sheng),但(dan)是(shi)(shi)沒有(you)(you)進(jin)(jin)行ChIP,包含樣(yang)(yang)本(ben)超聲(sheng)后總DNA,可以(yi)進(jin)(jin)行電泳,檢測超聲(sheng)效(xiao)果(guo),同(tong)(tong)時,可以(yi)與最后ChIP樣(yang)(yang)本(ben)進(jin)(jin)行比較,看ChIP的效(xiao)率(lv)(如果(guo)用同(tong)(tong)一引物進(jin)(jin)行PCR,ChIP組和input組亮度差不多,說明(ming)ChIP效(xiao)率(lv)高,基本(ben)上,樣(yang)(yang)本(ben)中所有(you)(you)的目的基因片段(duan)都被(bei)ChIP下來了,反之(zhi),說明(ming)效(xiao)率(lv)低,實驗(yan)條件有(you)(you)待改進(jin)(jin))

  • ChIP-seq測序需要多(duo)少數(shu)據量(liang)?

    推薦20M reads /樣本(ben)的數(shu)據量(liang)。

  • 文(wen)庫(ku)制備過(guo)程是(shi)否需(xu)要PCR 擴(kuo)增?PCR 擴(kuo)增后是(shi)否會影響最后的結果?                ;                    

    基于二代測序平臺的ChIP-Seq在文(wen)庫制備過程中需(xu)要(yao)進行PCR,主要(yao)是(shi)為(wei)了獲得足夠上機反應的DNA量(liang),如果提供的DNA樣(yang)品足量(liang),可減少PCR循環數。因此由(you)PCR引起的偏向(xiang)性小(xiao)。                                    

  • DNA 片段范圍的跨度會對后續測序有影響嗎?

    有影響,定量準確性、測序質量與數據產量都可能受到影響,而且跨度越大,影響越大。通常我們要求打斷后DNA電泳主帶在100-500 bp 范圍內,主峰介于200-300 bp。目前在建庫過程中允許的最長跨度為200 bp。
  • ChIP-Seq是否需要做陰性對照測序?

    通常可以選擇Input作為對照進行測序,也可根據經費情況靈活安排。
  • 哪些因素會影響ChIP-Seq的結果?

    抗體的質量與特異性、實驗設計、ChIP的實驗操作、DNA片段長度范圍、測序深度、測序質量等都會影響ChIP-Seq的結果。